小学校で人気のプログラミング言語Scratchで機械学習を学ぶ本がでているそうです!

最近は小学校でプログラミングを教えるようになっています。小学校で使われているのはScratchというプログラミング学習のために作られたプログラミング言語です。ブロックを組み合わせてプログラムが作れるので、楽しくプログラミングを学んでいる小学生がとても多いと聞きます。スクラッチで機械学習を学ぶという内容の本がでていて、10月9日までKindle版が無料で入手できるというツイートをみたので早速ダウンロードしてみました。

Amazonのページにいって、kindle unlimitedで無料で読めるのですが、そちらではなく¥0で購入のほうのボタンを押して購入します。
Kindle unlimitedは本の貸出なのでAmazonが貸し出しをやめれば読めなくなります。Kindle unlimitedでは最大20冊までしか借りることができません。この本をKindle unlimitedで読むと、借りている本にカウントされて、あと19冊しか貸出できなくなるというデメリットが生じます。

これに反して、0円で購入しておけば貸出ではないので、 Kindle unlimitedで貸出可能な冊数も減りませんし、端末で永久的に読めるわけです。ということで、この本は0円で購入することをお勧めします。

ツチノコを捕まえる時は注意しましょう。毒ヘビかもしれせん!

昨日、庭仕事をしていると外の水道栓のそばにマムシがいるのを奥さんが発見しました。ほおっておけばよいと庭仕事をしていたのですが、また水栓のところにいくとまだいます。スコップで攻撃したのですが、何回かスコップの先があたったはずなのに、どこかに逃げて見失ってしまいました。付近の植木鉢やレンガを起こしたのですがいません。するとなんと玄関においてある菊の植木鉢の中にいて、菊の茎にまきついていると奥さんがみつけてくれました。みていると、するすると移動して雨どいのパイプの周りに巻き付いてしまいました。
さっそく剪定ばさみをとってきて、鎌首をあげているマムシの首を後ろからはさんで地面に押し付けて固定。スコップの先で体を切断して殺しました。庭にマムシがでたのは10年か20年ぶりくらいです。暗いときにかまれたりすると、なにに咬まれたかわからなかったりするので、治療が遅れて死ぬこともあるそうです。年間10人くらいはなくなっていると聞いたことがあります。田舎暮らしの注意点の一つです。

このマムシで思い出したのは、滋賀県のツチノコ騒ぎです。1980年の7月ごろ、農作業で草刈りをしていた人たちが、草むらの中に奇妙なヘビが潜んでいるのを見つけました。見たこともない珍しいヘビで、見るからに毒ヘビ風の鎖模様のヘビだったので、ツチノコかもなどと期待して、みんなでよってたかって捕獲して、役場にもちこみました。ヘビに詳しい京都教育大学の深田教授に問い合わせたところ、深田先生曰く 「それはラッセルクサリヘビという猛毒のヘビです。咬まれたら死にます。近くに血清をもっているところはありません。」
咬まれたら死んでいるところだったんですね。恐ろしい話です。

実はこのラッセルクサリヘビ。暴力団がタイからの短銃密輸に使ったヘビでした。暴力団員達は、現地でコブラ15匹、ラッセイルクサリヘビ30匹、シマヘビ25匹を購入。これら70匹のヘビを7つの袋に詰めて、その袋に短銃を4、5丁づつ入れて税関検査をすりぬけたそうです、毎日新聞の7月13日付の記事によると、犯人はこうして用意した短銃入りのヘビ入りの袋を、ヘビだけの袋と混ぜて金網の貼ってある箱に入れて輸入。スネークセンターでの鑑賞用に輸入しますと申告したそうです。ヘビは検疫対象ではないので、税関検査も金網の隙間から棒をいれて袋をつついて、たしかにヘビが入っていることを確認しただけで通過したそうです。こうしてまんまと短銃を密輸したあと、あらかじめ用意しておいた100キロのドライアイスを箱にいれてヘビを殺し、凍ったヘビを確認した後、袋から短銃を回収しました。凍死したヘビは犯人の実家がある滋賀県の山中に捨てたのだそうです。警察はこの暴力団員を逮捕して短銃の密輸について追及していたところ、ヘビを滋賀県の山中に捨てたと聞いて、急きょ役場に連絡、警官を数十人派遣してヘビが本当に死んでいるか、ヘビの袋がみつかるかなど捜索を開始しました。車に轢かれて死んでいるラッセルクサリヘビが一匹みつかり、袋に入ったまま死んでいるヘビも多数確認したそうです。ただ口の開いた袋も発見されたので、凍死せずに脱走したヘビも多数いる可能性がでてきました。すでに生きているクサリヘビも一匹捕獲されていたので、生きた毒ヘビがもっと多数逃げて生存している可能性が高くなりました。急遽、あちこちに警告の立て看板をたてたり、山に入らないようになどとアナウンスしたりして、地元は大騒ぎになりました。ちょうど夏休みが始まるところでしたが、夏休み中も山中に立ち入ることは禁止となりました。それから一年半あまり、ヘビ狩りと山中への立ち入り禁止がつづいて地元は大迷惑をこうむりました。ちょうど当時私の義弟が、滋賀県の近くの高校に通っていたのでそういう話を詳しく聞きました。

また最初にでてきた、ラッセルクサリヘビに詳しい深田先生ですが、先生の授業をきいたことがあります。「ちょうどヘビの赤ちゃんが生まれたんですよ。かわいいでしょう」、とおっしゃって授業中に小箱にいれたヘビの赤ちゃんを回してみせてくれるとうような授業でした。テレビのインタビューのとき、おもわず「ヘビちゃん」とおっしゃっていたほど、ヘビがお好きな先生でした。先生の部屋にはニシキヘビが飼育されており、ニシキヘビを首にまいた深田先生の写真が飾ってありました。時々、ニシキヘビがいなくなったと、卒論生が探しまわっていたこともあったと聞いています。

ブルーバックス「新しいゲノムの教科書 DNAから探る最新・生命科学入門」の紹介。

今日から神戸大学で開催される「計算生命科学の基礎10」の聴講をはじめました。
このシリーズ講義はこのブログでも何度もアーカイブの動画などを紹介していましたが、今回は自分で聴講することにしました。この「計算生命科学の基礎」の講義は今年で10年目を迎えるそうで、その間にゲノム解析、Cryo電顕技術、AlphaFoldやChatGPTで代表されるAIと機械学習の研究の大発展があったわけです。
まさに今、人類はルネサンス以来の科学の大発展を目撃していることになりますね。
今日は中井 謙太 先生(東京大学医科学研究所 教授)による入門的講義「ゲノムインフォマティクスの基礎」をZoomで視聴しました。

私が九大で担当していた「分子発生生物学」で紹介していた内容: ヒストンコード、RNA-seq、ChIP-seqやATAC-seq、Hi-Cなどがどのように現在発展して、使われているかがよくわかって、古い知識のブラッシュアップができてよかったです。また最新の生成AI とtransformerによる遺伝子発現の推定(Enformer: https://www.nature.com/articles/s41592-021-01252-x)やスプライシング部位の推定などがかなり実用的レベルまですすんでいることも知れてよかったです。
なお、今のべたDeep Mindの開発しているenformerについての日本語の解説は、田口 善弘 先生のこちらの記事がよいと思います。
https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/5cc86cf1839eeb9be1fb

今回の中井先生の授業で教えてくださった基本的な内容については、中井先生が今年だされたブルーバックス「新しいゲノムの教科書 DNAから探る最新・生命科学入門」
https://bookclub.kodansha.co.jp/product?item=0000373371にあるので、興味のある方は読んでみるとよいと思います。授業のスライドの多くはこの本からとったものを使っておられて、授業理解のための教科書として先生も紹介されておりました。 すくなくとも私の授業を聞いたことがある卒業生の方なら、ほぼ完全に理解できるよい教科書だと思います。おすすめの一冊です。

分子動力学のソフトであるGROMACS というのをご存知ですか?

GROMACSは。”A free and open-source software suite for high-performance molecular dynamics and output analysis”
と公式サイトにあるとおり、分子動力学Molecular Dynamics(MD)の計算と解析を無料で行うことができるオープンソースのプログラムです。公式サイトはこちらです。
https://www.gromacs.org/
CPUとGPU両方を利用して分子動力学の計算(ニュートン力学の計算が主です)を行うことができます。
Windows, Mac, Linux版があり、これらのOSで動かすことができます。
インストールの仕方やチュートリアル(オンラインでGROMACSを動かすチュートリアルでは、自分のPCにソフトをインストールする必要なしに試せます)もあって大変初心者に親切なソフトです。
https://tutorials.gromacs.org/

動画も完備しています。
https://youtu.be/MWafKFVgFTU?si=0REQ_VR3Uu8F6kgk

ただサイトや動画の説明が英語なので、まずは日本語のチュートリアルで動かしてみるのがよいかもしれません。

LabCodeというサイト
https://labo-code.com/

には以下のようなチュートリアル(Macでインストールする例です)がのってます。
【GROMACS】GROMACSを用いたタンパク質-低分子リガンドのMD simulation【in silico創薬】【前編】
2023-10-01
https://labo-code.com/bioinformatics/gromax-protein-small-molecule-first-part/
【GROMACS】GROMACSを用いたタンパク質-低分子リガンドのMD simulation【in silico創薬】【後編】
2023-10-01
https://labo-code.com/bioinformatics/gromax-protein-small-molecule-second-part/

Macでない人も、多分この解説をよみながら自分のOSで動かせるのではないでしょうか。私も一度やってみようと思っています。
Ubuntuでうまくいったらまた報告します。

英語を駆使するためのChatGPT用プロンプトや、英語学習の指針と方法についての柳瀬陽介先生の最新記事の紹介です。

ChatGPTの登場で、ついに英語を母国語としない人が、英語を駆使して英語圏の人と対等以上に情報発信、情報交換ができる時代がきました。
このブログでも、その目的に役立つChatGPT用のプロンプトを随時紹介しています。なかでも英語教育の専門家の京大の柳瀬陽介先生のnitter
https://nitter.net/yosukeyanase
やブログ
https://yanase-yosuke.blogspot.com/
はいつも拝見して大いに参考にさせてもらっております。プロンプトの実例以外に、英語を道具として使うためのヒントが満載のブログやツイートですので、みなさんも是非常時フォローして、ご覧になることをすすめます。

最近のツイートはこんな感じです。

 

このtwitterのツイートにあるように以下のページには
「AI活用の決定要因としての教育観と学習観―英語学習者が「語彙学習では間違うことが必要」と自覚するまで―」スライドと解説動画の公開
という記事があり、解説動画やスライドダウンロードリンクなどがあってとても役立ちます。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/10/ai.html
動画の一例を貼り付けておきます。
https://youtu.be/TWBzYC9TVY8?feature=shared

また
「言語教育設計学1」(2023年度後期)のシラバス
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/10/22023.html
という記事には、先生の授業にかかわる資料のリンクがたくさん記載されているのでこれも英語を道具として使う我々には大変ためになる記事です。是非ご覧ください。

文部科学省の「生成AIの利用に関するオンライン研修会」の動画が公開されています。

文部科学省のYouTubeチャンネル
https://www.youtube.com/@mextchannel/videos
で、先月行われたChatGPTなど生成AIについてのオンライン研修会の動画が公開されました。
「生成AIの利用に関するオンライン研修会」の第一回から第三回までの動画です。第二回の講演は日本語、英語のプロンプトが紹介されていて、生徒が使うように作られたものがあって参考になります。プロンプト集もダウンロードできます(YouTubeの動画の下にある、「もっと見る」の部分を展開すると、スライドやプロンプト集のダウンロードリンクが表示されます)

第1回9月1日「生成AIの基礎と教育における活用可能性」東京大学 大学院工学系研究科 准教授 吉田塁
https://youtu.be/cjcUjYe8R3Q?feature=shared

第2回9月5日「ChatGPTの導入の手立てと教育活動・教務で活用できるプロンプト紹介」関東第一高等学校 情報科 講師
スクールエージェント株式会社 代表取締役 田中 善将
https://youtu.be/xCyy9MP4hA4?feature=shared

第3回9月8日「生成AIを活用する上での基本的な考え方 情報活用能力の育成」
信州大学教育学部 准教授 佐藤 和紀
https://youtu.be/N5de1wRK9R0?feature=shared

タンパク質などの立体構造を表示する無料ソフトccp4mgの紹介です。

講談社のブルーバックスの本をKindle unlimitedでいろいろ借りて読んでいます。以前紹介した「分子レベルで見た薬の働き」、「分子レベルで見た体の働き」という平山令明先生の本では、本文でとりあげられているタンパク質分子の立体構造をみるのに CCP4MGというソフトを使っているのを知りました。このソフトはWindows版、Mac版、Linux版が無料でダウンロードできます。
https://www.ccp4.ac.uk/MG/index.htmlのタブからダウンロードやチュートリアル、ギャラリーや機能詳説などのページにとべるので是非読んでみてください。ダウンロードはこちらからできます。
https://www.ccp4.ac.uk/ccp4-legacy/MG/download/

最新版は、2019年11月20日公開のversion 2.10.11です。上のリンクからインストーラーをダウンロードして実行するだけで分子の立体構造の表示ソフトであるccp4mgが簡単にインストールできます。これはPymolとちがって、無料配布されている優れた立体構造表示ソフトです。FileメニューからOpenを選んでpdbファイルを開くと立体構造表示ができるようになります。使い方は英語ですがこちらにあります。
https://www.ccp4.ac.uk/MG/ccp4mg_help/tutorial/index.html

日本語の解説としては、このソフトやPymolその他の構造生物学のソフトの利用についても詳しい、次の大阪大学のサイトがわかりやすいと思います。是非ご覧ください。
http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/index.php

日本の数学 和算の生んだ天才数学者 関孝和の全集が出版されました。

ものすごい本がでています。
関孝和全集 岩波書店 です。江戸時代の数学者である関孝和の書いた本をあつめた全集です。関孝和の自筆の原稿は一切残っていないのも驚きですが、さまざまな写本が存在しており、今回は編者らがその写本を厳密にテキスト校正してつくられた画期的な全集だそうです。今まで関孝和の書いた本とされていたものも、関の書いたものではないのではという可能性がこの作業で浮かび上がってきたそうです。この全集がどうしてできたのか、どのような内容なのか、この本をよむための予備知識としてどんな本をよめばいいのかなどを次の鼎談で編者たちが述べていますので是非ご覧ください。
https://tanemaki.iwanami.co.jp/posts/7438
https://tanemaki.iwanami.co.jp/posts/7439
日本数学史のみならず、中国の数学ではなんと2000年前に線形代数の行列の計算にあたることを連立一次方程式を解くために行っていたのだという話(『九章算術』という本にのっているそうです)には驚きました。ただ中国や朝鮮の数学では、解法を一般化して理論にしたり、命題を証明したりするという伝統はついに成立しなかったそうです。
この本は値段の面からいってもものすごい本です。
https://www.iwanami.co.jp/book/b632037.html

和算については上の鼎談に参考書を含めて詳しく書かれてるので読んでみてください。また科学図書館
http://www.cam.hi-ho.ne.jp/munehiro/science/scilib.html
にも和算についての本や論文がまとまって掲載されているので参考になります。
上のリンクの中にある「数学の部屋」をご覧ください。

らんまんの丈之助のモデルはやはり坪内逍遥でしたね!ケンブリッジ大学の図書館にも彼のシェークスピア全集は所蔵されていました。

今日のらんまんでは、堀井 丈之助が久々に登場してシェークスピア全集を完成させたと届けにきていましたね。彼のモデルが坪内逍遥ではないかと思っていましたが、そうだというのが確定しましたね。
坪内逍遥のシェークスピア全集は、私が最初に英国に留学した時、ケンブリッジ大学図書館に収蔵ざれて全集を手に取って読んだのを思い出します。ケンブリッジ大学図書館には、多数の日本語書籍が開架図書室に収蔵されていてその量に驚きました。中には小学生の子供の読めるものもあって貸出してもらって家で子供と一緒に読んでいたこともあります。漱石全集とか小泉八雲の作品集などもそろっていて、日本の文学、哲学関係の本が潤沢にあるので、よい図書館だと思いました。この図書館にはアルキメデスの方法という有名な稀覯本(一部)なども所蔵されています。開架書庫にはいるときには、タイマーのつまみを回しておいて、タイマー(電気を使わない、ねじ式のタイマー)が回っている間だけ蛍光灯が点灯するようになっていました。10分とかたつと自動で照明がきれるので、電燈の消し忘れも気にせずに閲覧できるという、かしこいシステムを導入しているのは参考になりました。
さて、今日のらんまんでは、野宮さんが登場、波多野さんはドラマではすでに学士院会員となっており、二人はそれぞれイチョウとソテツの精子の世界初の発見で第二回恩賜賞を受賞することになります。以前のこちらの記事に書きました。

朝ドラ「らんまん」にでてくる画工 野宮さんのモデルは平瀬作五郎ではないでしょうか?

最初のケンブリッジでの所属先は動物学教室で、地下にラボがありました。私は進化生物学で有名な長谷川真理子先生と入れ替わりで動物学教室に留学したのを最近知りました。動物学教室の近くには旧キャベンディッシュ研究所跡があって、ここでワトソン・クリックが研究していたのだと思って歩いていたのを思い出します。動物学教室の博物館にはDarwinの採集してきた標本とかも展示されていました。感激して一人でみていたのも思い出します。博物館にいたのは私一人でした。

ケンブリッジに着いてすぐでしたが、研究の必要からセルソーターを借りる必要があって、その手続きでJim Watsonさんに電話したこともあります。電話口で彼は、私はあのDNAの構造を発見したWatsonではないと、最初にことわってくれたのが印象的でした。同姓同名でケンブリッジ大学にいるのでよく間違われるので、いつもことわるんだとおっしゃっていました。私の大家さんはPortugal Placeに住んでおられて隣にはCrickが住んでいたそうです。当時はそのCrickの家の軒先に二重らせんのオブジェがぶらさげてありました。これは当時Klugのラボに留学されておられた京大の中世古先生に教えていただいて、子供たちと一緒に前で写真をとったのを覚えています。用時でTim Huntさんを訪ねたこともあります。訪れた時はちょうどWoods Holeの学生実習で、増井 禎夫の発見したあのMPFにサイクリンとcdc2が含まれているということがわかった直後だったので、興奮してそのニュースを教えてくれました。ノーベル賞につながった発見のエピソードを本人から直後に詳しく聞けたのはいい思い出です。研究室ではアフリカツメガエルを飼育するのに西洋の普通の家にある細長いバスタブをつかっているのを見せてくれました。Huntさんは後にノーベル賞受賞後、英国のサッチャーの科学政策を激しく批判しておられましたが、研究者に予算がこないのでバスタブをつかってカエルを飼育していたということです。昔は京大でもビーカーを買う予算がないので、ワンカップ大関の空瓶をつかっていたというのは有名な話です。

増井さんについては、生命誌研究館のこちらの記事がわかりやすいです。
http://brh.co.jp/s_library/interview/25/

ChatGPT用のプロンプト集の紹介です。

今日は夕方からはじまるMRC LMBのシンポジュウムに参加中です。それでChatGPTのプロンプトの例がいっぱいあつめてあるサイトを紹介して本日の記事にしておきます。

NEXT GENERATION BIOPHYSICS SYMPOSIUM 2023
Wednesday 27th September 2023
Meeting Hosted by the MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge
プログラムはこちら。面白そうです。
https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/sites/nextgen/programme/

今日紹介するプロンプト集は、
Awesome ChatGPT Prompts PDFというタイトルのサイトです。pdfをダウンロードできます。
https://www.theinsaneapp.com/2023/08/awesome-chatgpt-prompts-pdf.html

英文校閲のプロンプトや、発想支援のプロンプト、数学用のプロンプト、音楽作曲用のプロンプト、その他多種多彩なプロンプトがありますのでとても参考になります。たとえばこんなプロンプトです。
To act as an English Translator and Improver
To act as a Spoken English Teacher and Improver
To act as a Plagiarism Checker
To act as a Composer
To act as a Classical Music Composer
To act as a Tech Writer
To act as a Debate Coach
こちらのGitHubページがもとになっているようです。https://github.com/f/awesome-chatgpt-prompts

最初に紹介したAwesome ChhatGPT Prompts PDFのページには他にも、データサイエンス用プロンプト集 https://www.theinsaneapp.com/2023/07/chatgpt-prompts-for-data-science.html
プログラム開発者用のプロンプト集 https://www.theinsaneapp.com/2023/07/chatgpt-prompts-for-developers.html
などへのリンクも貼られていますので参考になります。