辻邦生 の「背教者ユリアヌス」を読んでいます。

辻邦生さんは、学習院大学のフランス文学科の教授を長年つとめておられた学者で、有名な文学者です。私も若いときに「安土往還記」(芸術選奨新人賞受賞作)を何度も何度も読み返しました。また谷崎潤一郎賞を受賞した「西行花伝」も愛読しています。「背教者ユリアヌス」は、ローマ帝国の皇帝でキリスト教よりも古代ギリシャの神々を生み出した精神を愛して復活させようとした皇帝の生涯を描く長編歴史小説です。中公文庫版で全三冊の長編で上、中の二冊を買って読んだのですが下はまだ読んでいませんでした。ちょうど先日AmazonのKindle版中央公論社書籍の半額ポイント還元セールで「背教者ユリアヌス」の新版全四冊セットがあるのを見つけました。サンプルをダウンロードして中身を検討したところ、私のもっている古い中公文庫版には載っていない解説や作者の解説文などが4冊それぞれについていることがわかりました。これらを読んでみたいとおもい購入を決めました。買ってよかったと思っています。第四巻の巻末付録にある「(対談)長編小説の主題と技法 北杜夫 辻邦生」をまず読んでみましたが、これが読めただけでもとはとれたと思います。北杜夫さんと辻邦生さんは友人で、二人が小説の書き方、長編小説を書く技法についておしげもなくその秘訣を語っている対談は必読です。小説ってこんなにして書くんだということがよくわかりました。明治期以降の短い小説ではなく、西洋に伝統的に根付いているタイプの長編小説(源氏物語とはまた違ったタイプの長編小説です)は当時まだ日本では書かれていませんでした。この対談のお二人によって、西洋の長編小説に勝るともおとらない長編小説が日本ではじめて作り上げられたということがいえそうです。さらに第三巻の巻末付録「『背教者ユリアヌス』歴史紀行――自作解題風に」には、辻がこの作品を書き上げた経過がことこまかに解説されています。どうやって小説家が作品をつくりあげていくかが、これほど惜しげもなく公開されている文章をはじめて読みました。私たち研究者が論文や本を書くときの参考になることうけあいの素晴らしい文章です。是非こちらも読まれることを薦めます。他にも各巻に載っている、辻の関連したエッセイや、作品を連載しているときの日記(抄)、そして様々な人による解説は読みごたえがあります。

まとめると、この作品は日本の長編小説の一つのスタイルを確立した作品(第14回毎日芸術賞受賞)であり、添えられた解説やエッセイ、対談、日記などは、小説家の作品創造の過程を教えてくれる得難い資料となっています。研究者がこれから創造的な学問・研究を進めていく上での絶好の参考書にもなるよい本だと思います。この年末や冬休み、お正月などに読んでみてはいかがでしょうか。
https://youtu.be/QSobZYfJEDU?si=EcdkM0z0H5tDTAG-

 

Glycoforum Newsのメール配信登録(無料)のおすすめ。

Glycoforum Newsの配信メールで、糖鎖生物学の日本語講義動画や、【Glycoword (糖質科学のことば)、新用語追加のお知らせ】が先日とどきました。ときおり糖鎖科学の最新情報など有用な情報が配信されてくるので登録しておいて損はないサービスです。配信登録は以下のリンクから氏名とそのふりがな、およびメールアドレスを記入するだけで無料で可能ですので是非登録してみてください。
https://www.glycoforum.gr.jp/about/inquriesJ.html

あるいはこちらのトップページからも上のリンクにたどりつけるのでこちらから始めてもよいと思います。

https://www.glycoforum.gr.jp/indexJ.html

以下は配信されてきたメールのGlycowordについての項目の引用です。今年は数多くの新しい用語解説が追加されました。以前記事にしたように私の書いた記事ものっています。是非興味のある項目を選んでご覧ください。


【Glycoword (糖質科学のことば)、新用語追加のお知らせ】
「現代の糖質科学の手引き書」になることを目指して、Glycowordの新用語
を追加いたしました。FCCA(Forum:Carbohydrates Coming of Age)様に全面
監修いただいています。日本語・英語のバイリンガル、CC-BY4.0ライセンス
で公開いたしますので、是非ご活用ください。
Forum: Carbohydrates Coming of Age (FCCA):http://www.fcca.gr.jp/FCCA-J/index.html

今回追加した用語

【Proteoglycan】
グリコサミノグリカン鎖に共通の糖―タンパク質結合領域を構成する四糖構造の生合成機構
灘中 里美 / 北川 裕之(神戸薬科大学 生化学研究室)
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD01J.html
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD01E.html

ヘパラン硫酸/ヘパリンの生合成機構
灘中 里美 / 北川 裕之(神戸薬科大学 生化学研究室)https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD03J.html
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD03E.html

以下、今年追加した用語一覧

【Glycolipid】
GPIアンカー型タンパク質の構造変化 藤田盛久
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycolipid/GLC06J.html

【Glycopathology】
デルマタン硫酸生合成酵素の欠損による遺伝性疾患:筋拘縮型エーラス・ダンロス症候群 古庄 知己
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycopathology/GD-C02J.html

ケラタン硫酸生合成酵素の欠損による遺伝病 赤間 智也
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycopathology/GD-C04J.html

ムコ多糖症 山田修平
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycopathology/GD-C06J.html

【Glycotechnology】
シングルセル糖鎖・RNAシーケンス法 舘野浩章
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycotechnology/GT-E01J.html

【Lectin】
40アミノ酸から構成されるミニレクチンPhoSL 山崎和彦
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/lectin/LEC01J.html

アトピー性皮膚炎とCタイプレクチン受容体 重松克伸/渋谷彰
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/lectin/LEC02J.html

Mincleの非自己および自己リガンド認識と機能 長江雅倫/山﨑晶
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/lectin/LEC03J.html

【Proteoglycan】
コンドロイチン硫酸/デルマタン硫酸の生合成機構 三上雅久/北川裕之
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD02J.html

ケラタン硫酸生合成およびその硫酸化制御 赤間智也
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD04J.html

ヒアルロン酸合成酵素 板野直樹
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD05J.html

グリコサミノグリカンの分解機構 山田修平
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD06J.html

コンドロイチン硫酸欠損マウス 三上雅久/北川裕之
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD07J.html

デルマタン硫酸欠損マウス 吉沢隆浩
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD08J.html

ヒアルロン酸合成酵素遺伝子のノックアウトマウス 板野直樹
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD11J.html

アグリカン、バーシカン遺伝子変異マウス 渡辺秀人
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD12J.html

モデル生物 線虫 (Caenorhabditis elegans) のグリコサミノグリカン 野村一也
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD13J.html

硫酸化グリコサミノグリカンと多能性幹細胞 平野和己/西原祥子
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD14J.html

神経可塑性におけるコンドロイチン硫酸の役割 宮田真路
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD15J.html

グリコサミノグリカンによるdystrophic endball形成機構 坂元一真
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD16J.html

細胞外スルファターゼSULF1およびSULF2 内村健治
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD17J.html

ヒアルロン酸プロテオグリカンリンクプロテインの役割 大橋俊孝
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD18J.html

【Quality Control, Trafficking and Sorting of Glycoproteins】
UGGTによる糖タンパク質ミスフォールディングの識別 戸谷希一郎
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/qualitycontrol/QS-A05J.html

小胞体におけるN型糖鎖のマンノーストリミング機構を中心とした糖鎖依存分解経路の概要 蜷川暁
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/qualitycontrol/QS-A06J.html

【Saccharide】
緑色植物におけるstarch synthaseの研究状況 藤田直子
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/saccharide/SA-C08J.html

システイン残基が触媒する糖鎖の加水分解 伏信進矢
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/saccharide/SA-B06J.html

【Structural Glycobiology】
X線結晶構造解析の進展 佐藤匡史
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/Structural/STR03J.html

糖鎖の分子動力学シミュレーション 李秀栄
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/Structural/STR04J.html

糖鎖のイオンモビリティースペクトロメトリー 真鍋法義
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/Structural/STR05J.html

この機会に皆さまの周りの方々にも、Glycoforum Newsの配信登録を是非お勧めください。(以下略)


講義動画と書いたの九州大学/熊本大学の教授  佐田亜衣子先生の講義です。リンクはこちらです。https://youtu.be/lnHJ-BUi2SI?si=i9pib-O6ZjTV0XmA
スライドへのリンクもメールで配信されてきていました。https://www.glycoforum.gr.jp/article/26G4J.pdf

12月14日は赤穂浪士の討ち入りの日です。

今日は忠臣蔵の討ち入りの日ですね。BSでドラマ「忠臣蔵」の一挙放送をやっているのは、業界恒例のイベントです。この時期、忠臣蔵といえば思い出すのは、私の小学校の同級生のことです。私が通っていたのは京都市の山科の小学校で、同級生はなんと赤穂浪士の直系の子孫でした。大石内蔵助が山科に住んでいたことがあるのでその関係で赤穂浪士の子孫がいても不思議ではないのだと思います。山科には大石神社というのもあるので、今日あたりは義士祭をやっていたはずです。担任の先生が家庭訪問で、彼のお家の人から赤穂浪士の使った武器や、血の着いた討ち入り装束などを見せてもらっとおっしゃっていました。こういう遺品は国指定の文化財などに登録されてしまうと、管理とかの負担が大きすぎるので、その存在は伏せられているとのことでした。こういう遺産が他にもいろいろ世の中には存在するのかもしれませんね。子供の頃にこの話を聞いたので、邪馬台国の卑弥呼がもらった親魏倭王の金印とかも、ひょっとしたらどこかで密かに所持している人がいるのかもしれないなどと、想像を掻き立てられます。

赤穂浪士の仇討があったのは、1703年。この年の前後には、ライプニッツの二進法構想(1702)、近松門左衛門の曾根崎心中の初演(1703)、ニュートンの光学の出版(1704)、ニュートンとライプニッツの微分積分法の先取権をめぐる論争(1704)などがおこっています(編集工学研究所刊行の松岡正剛監修の本「情報の歴史21」による)。ニュートンやライプニッツ、スウィフトなどが活躍していた時代なのですね。1705年にはニューコメン機関も登場しています。以前この本を紹介しましたが、日本が江戸時代の時に世界ではどんなことが起こっていたかなどを簡単に知ることができるおすすめの一冊です。赤穂浪士のことも以前の記事で簡単に書いていますので以下に再録しておきます。

歴史年表 「情報の歴史21」(pdf版)を買いました。

 

最新の深層学習の教科書Deep Learning: Foundations and Conceptsがでました。オンラインで無料で読めます!

深層学習の最新の教科書(英語版) Deep Learning: Foundations and Conceptsが出版されました。Springerから発行された本で、電子ブックは9000円ちょっとで購入できます。
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-45468-4  Springerの電子ブックは著作権コントロールシステムDRMなしなので、自由にダウンロードして読めますし、いったん購入したらKindleとちがって永久に所持することができるので、買うならこちらがおすすめです。またこの本のKindle版はSpringerのpdf版より値段が高くてなんと1万円以上します。
ただしこの本は、以下の著者のサイトで無料でオンライン版を読むことができます。
http://www.bishopbook.com/
本の練習問題の解答も今後このサイトにアップロードされるとのことで、このサイトをチェックしてみてください。
なお著者のChris Bishopは英国ケンブリッジにあるMicrosoft Research AI4Scienceのdirectorでエジンバラ大学名誉教授、英国王立協会会員です。Hugh Bishopは多分Chrisの息子さんではないかと思いますが、これは私の単なる推測です。この本はぱらぱらとオンライン版をみたところ、大変わかりやすい初心者むけの教科書だと思います。皆さんもぜひ、著者のサイトで読んでみてください。

医学界新聞の新連載やナイチンゲールについての記事を紹介します。

今日は夕方仙台から福岡に戻ってきたので簡単な記事です。東北大学は大きな大学ですね。タクシーでナノテラスを拝みにいきましたが、稼働予定とのことで遠くから拝むことしかできませんでした。しかし山全体が東北大学と宮城教育大で占められており、タクシーで走っても走ってもまだ東北大学の中という体験をしました。

時々紹介している医学界新聞に新しい連載がいろいろ追加されています。
こちらの連載一覧からいろいろ役立つ連載が見つけられると思います。
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series

サイエンスイラストで「伝わる」科学
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series/208

スライド作成のABC
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series/213

などのよい連載を読んでみてください。役立つと思います。また最新記事では、ナイチンゲールの伝記を書いた著者の座談会
“超人”ナイチンゲールの超えっぷり
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/archive/y2023/3545_01
が面白そうです。

中村祐太さんのYouTube動画チャンネルをまた紹介します。nitterの使い方も簡単にまとめなおしました。

以前このブログの次の記事で紹介したことがある、中村祐太さんのYouTube動画チャンネルをまた紹介します。

ChatGPT Plusの新機能Code interpreterを使ってみましょう!

私はUdemyの中村先生の講義を受講していますので、ときどきお知らせメールが届きます。今日来たメールには二つほど新しい動画が紹介されていますので、皆さんにも紹介しておこうと思います。どちらも無料プランでためしてみることができるサービスの紹介です。サブスクリプションはいまのところ円安で躊躇しますが、無料プランでやってみるのもよいと思います。私は原則サブスクリプションの数を極力絞る方針ですので、めったにサブスクリプションサービスを紹介しません。でも有用なサブスクリプションサービスもあるはずですので、こうしたサービスや、無料の様々なプログラミングのtipsを学べるこのチャンネルは、とても有用なチャンネルだと思います。今日メールで紹介された動画は次の二つです。

GitHub Copilot&Copilot Chat 使い方入門!VSCodeで始めるAIプログラミング支援

革新的AIコードエディタCursorの使い方入門!OpenAIが800万ドル投資!VSCodeからの乗り換え続出!?

こちらの動画一覧から視聴できますのでご覧ください。https://www.youtube.com/@yuta-nakamura/videos
そのほかいろいろ有用な動画がありますので是非ご覧ください。

最初に紹介した過去記事にあるnitterの不具合は今は解消されています。
twitterはいまだに登録なしでのアクセスは受け付けない仕様で、それを止める気はないようです。それで私はもっぱらnitterのインスタンスを使ってtwitterをみています。やり方は前に書きましたが、もう一度簡単にまとめておきます。
1)こちらのサイトでhttps://status.d420.de/
どのnitterのサービス(インスタンス)が今 動いているかを調べたうえで

2)動いているインスタンスのurlを開いてユーザー名を入れればアクセスできます。しかしこれは面倒くさいので、私は以下のようにしています。上のサイトで動いているインスタンスのトップにあるのはこちらのurlのインスタンスです。
https://nitter.uni-sonia.com/ これは日本で動いているサービスのようです。

3)例としてこのインスタンスを使って、田口善弘先生のtwitterを読んでみましょう。動いているインスタンスのurlを先ほどのサイトからコピーしてきます。https://nitter.uni-sonia.com/でしたね。次にXの田口先生のツイートのurlを調べて、ユーザー名をコピーします。この例ではhttps://twitter.com/Yh_Taguchiがツイッターのurlです。このurlのスラッシュの後が田口先生のユーザー名Yh_Taguchiです。このユーザー名をコピーして、動いているインスタンスのurlの後に貼り付けます。
https://nitter.uni-sonia.com/Yh_Taguchi
これで田口先生のツイートがログインなしで読めるようになります。

Nick Laneの新しい動画の紹介です。

今日はNick Laneの新しい動画があるので紹介します。スイスのバーゼル大学後援のNCCR Molecular Systems Engineeringで開催された講演動画です。こちらのホームページにも案内があります。https://www.nccr-mse.ch/en/home/
動画はこちらから視聴できます。
Nick Lane: The electrical origins of life
https://youtu.be/FLaTU-t1CQM?si=8RZp0I8wy0kNN4Vm

このブログでもたびたび彼の講演は取り上げているのでおなじみの方が多いかもしれません。

細胞と遺伝子の起源についての大胆な仮説―Nick Laneの最新講演動画をご覧ください。

彼のいろいろな仮説は刺激的で想像力をかきたてる本をいっぱい書いています。日本語に翻訳されている本としては、「生命、エネルギー、進化」(みすず書房)がおすすめです。https://www.msz.co.jp/book/detail/08534/

私個人の感想ですが、みすず書房の本は良い本ばかりなのですが、値段が安いことはまずないのでほとんど買えません。図書館にも高額ゆえかあまりはいっていないので多くの名著が一般に普及しないのは残念なことです。私はAmazonのKindleで英語版を安売りの時に購入しました。今みると2660円のKindle版と850円のKindle版の二種類があるんですね。安いほうを買うのをおすすめします。また彼の最新の著書TRANSFORMER: The Deep Chemistry of Life and Death (English Edition)はKindle版は1000円で売っていますね。これは今回の講演の基礎となった話を書いた本です。この本の読者はその後の発展を含めて講演をよく理解できるのではないでしょうか。おすすめします。

Cryo電顕の歴史と実験法、そして最新の成果がわかるセミナーと講習会動画がでています。

10月にMRC LMBのセミナーでKendrew Lecture 2023 – Cryo-electron tomography or the power of seeing the whole pictureというのがありました。Wolfgang Baumeisterさん(Max Planck Institute of Biochemistry, Germany)によるセミナーです。私はZoomで参加しました。よいセミナーだったのでYouTubeに公開されるのを待っていたのですが、そのセミナーの動画が数日前にアップロードされていました。
ぜひご覧ください。
https://youtu.be/7vrKLnLXebY?si=q3SxTog4I9mJYA2X

またなんと、2023年のthe MRC LMB’s 2023 Cryo-EM Courseの動画がYouTubeに今日アップロードされました。これはCryo電顕の歴史を含めて、サンプルの作り方、最新技術などにふれている充実した動画です。上のKendrew Lectureをみて興味を持った人にピッタリのコースだと思います。これをじっくり見て、次のブレイクスルーをねらいましょう!公開された動画リストはこちらにあります。https://youtube.com/playlist?list=PLQbPquAyEw4e8urWaUGLtjIzgdsq8urif&si=GofczBcpmC09hWZn

この講習会の動画の一つを張り付けておきます。これはCryo電顕の発展を論文でたどる講義です。
Influential publications in the historical development of cryo-EM – Richard Henderson
です。日本の研究者の論文も紹介されています。日本電子の研究者を中心とする研究もCryo電顕の発展に大きく貢献しています。
Fumio Hosokawa, Hidetaka Sawada, Yukihito Kondo, Kunio Takayanagi, Kazutomo Suenaga, Development of Cs and Cc correctors for transmission electron microscopy, Microscopy, Volume 62, Issue 1, February 2013, Pages 23–41, https://doi.org/10.1093/jmicro/dfs134

日本生化学会の2023大会プレナリーレクチャー、奨励賞受賞講演動画が公開されました!

今年の福岡で開催された日本生化学会2023大会のプレナリーレクチャー、奨励賞受賞講演動画が日本生化学会ホームページで一般公開されました!どれもとてもよい講演なので是非全部視聴されることをお勧めします。日本生化学会は2017年からこのような公開を行っており、一般の方や生化学会の会員で大会に参加できなかった会員、そして参加した会員にも役立つすばらしい情報公開をつづけています。お金がなくて学会に参加できない人、あとであの講演を聞きたかったと思う人などなど、皆が大喜びする方針です。是非みなさんも視聴してみてください。
以下は会員あてに今日とどいたメールからの引用(アンダーライン部分)です。(生化学会のVimeoの動画は残念ながらブログにうめこめないので、以下のリンクからご覧ください。)

https://vimeo.com/channels/jbsoc

今回の公開 プレナリー5題
■伊藤 隆司 氏(九州大学)
「遺伝子重複による進化への構成的アプローチ」
■赤池 孝章 氏(東北大学)
「超硫黄分子の発見と生理機能の解明」
■望月 敦史 氏(京都大学)
「生命システムの振る舞いをネットワークの形だけから決定する」
■神田 大輔 氏(九州大学)
「蛋白質分子が立体構造を素早く形成できる謎に残基ベースの平衡定数と
速度定数の相関関係で答える」
■三浦 岳 氏(九州大学)
「頭蓋骨と植物細胞壁:生物の形を数理モデルで理解する」

~~奨励賞受賞講演3題~~
■加藤 一希 氏 東京医科歯科大学(テニュアトラック准教授)
「抗ウイルス免疫応答における自己・非自己の認識メカニズムの解明」
■岩崎 信太郎 氏 国立研究開発法人理化学研究所開拓研究本部(主任研究員)
「翻訳の網羅的理解」
■杉浦 歩 氏 順天堂大学(講師)
「ミトコンドリアを中心としたオルガネラ間相互作用の解析」

伊藤先生は大学の会議などで大変お世話になりました。望月先生は前に書いたように九大の大学院生時代に、私のラボのセミナーに参加しておられました。今回の講演後に少し話せてよかったです。とてもよい教科書「理論生物学概論(共立出版)」も書いておられます。おすすめの本です。
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/book/b10003326.html
神田先生は九大医学部キャンパスに私たちがいたとき大変お世話になりました。三浦先生はメールでやり取りをさせていただいたことがあります。枕にあたるお話で講演にひきこまれたのですが、公開された動画ではどうやらその部分は編集されているようです。奨励賞の先生がたのお話は別のセッションにいっていて聞けなかったのでこの動画で聞かせてもらえるのはありがたいです。

数学や物理を解説する優れたオンラインコンテンツを表彰するコンテスト―Summer of Math Expositionというのがあります。

Summer of Math Expositionというコンペが開催されています。今年で3回めだそうで、オンラインでアクセスできるすぐれた数学コンテンツの開発を促進するためのコンテストです。こちらのサイトから、様々な切り口で紹介される、数学や物理学の動画やオンライン解説を楽しめます。
https://some.3b1b.co/
今年のノミネートされた動画リストはこちらです。https://youtube.com/playlist?list=PLnQX-jgAF5pQS2GUFCsatSyZkSH7e8UM8&si=8uupKA6WU6gpmdLM
25の今年2023年のwinnerの紹介動画はこちらです。
https://youtu.be/6a1fLEToyvU?si=TiFDQhXb5MXFJkL-

動画以外のオンラインコンテンツのリストはこちらです。
https://some.3b1b.co/non-videos

動画の例です。変分法の解説と導入実験は見事です。
Minimal Surfaces & the Calculus of Variations
https://youtu.be/8SABptOYUVk?si=H13dah6D7i18zTdR

圏論の解説もあります。
The Mathematician’s Weapon | An Introduction to Category Theory, Abstraction and Algebra
https://youtu.be/FQYOpD7tv30?si=5yu6Lma26VkvsWYT

気に入った動画やコンテンツを見つけたら、その作成者の他の動画などをチャンネルで探すのも役立ちそうですね。