The Nomura Institute of Glycosciece Blog – ページ 50 – 野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

AIの発展をふまえた決断の科学の参考書や動画の紹介です。

投稿日: 2024年11月24日投稿者: root

今日の午後は、筑波大学で行われた研究会「2024年ノーベル物理学賞、ノーベル化学賞、AIで自然科学はどう変わったのか、どう変わるのか」にオンライン参加していました。樺島祥介さん、森脇由隆さん、今井翔太さん、橋本幸士さんという豪華メンバーによる学術講演でとても面白かったです。理解できないことも多かったのですが、今のAI for Scienceの現況と未来の展望について学ぶことが多い講演でした。

YouTubeのおすすめ動画でこんな動画をみつけました。AIが急激に発展している現代人にとって重要な決断の科学に興味をかきたててくれる動画ではないでしょうか。
Stanford AA228/CS238 Decision Making Under Uncertainty I Policy Gradient Estimation & Optimization
スタンフォード大学の大学院レベルの講義なので、私には全部を理解するのは難しすぎる動画ですがスライドや教科書も公開されていて興味のある方にはよい講義ではないでしょうか。（埋め込み禁止の動画なのでYouTubeへのリンクだけはっておきます）
https://youtu.be/PgPNfPhG4Wc?si=px1LG93Xki1f5nNG

教科書はこちらからダウンロードできます。Juliaのコードもダウンロードできるようです。
https://algorithmsbook.com/
三冊あります。どれもMIT　Pressから出ている本で紙の本を買うこともできます。

Algorithms for Optimization
Algorithms for Decision Making (これは以前紹介したことがあります。その記事へのリンクが末尾にあります。）
Algorithms for Validation

Juliaでのnotebookはこちら。
Decision Making Under Uncertainty with POMDPs.jl
https://github.com/JuliaAcademy/Decision-Making-Under-Uncertainty

Algorithms for Decision Makingという教科書が無料公開されています。

NHK地上波の番組「歴史探偵　宮沢賢治と銀河鉄道の夜」は面白い番組です。

投稿日: 2024年11月23日投稿者: root

歴史探偵　「宮沢賢治と銀河鉄道の夜」」の録画を今夜みました。賢治が天文学についての深い知識をもっていたこと、そして妹トシの死に大きく影響されて「銀河鉄道の夜」を書いたことなどがよくわかりました。永訣の朝の誌のローマ字書きの原稿用紙も放送されていて、はじめてみて感動しました。宮沢賢治について知るにはとてもよい番組ではないでしょうか。

番組紹介はこちらにあります。
https://www.nhk.jp/p/rekishi-tantei/ts/VR22V15XWL/episode/te/6V677ZLWZ4/
再放送はNHK 地上波Gで11月26日(火) 午後11:50〜午前0:35 だそうです。ご覧になることをおすすめします。

NHK plusでも今放送しているので、そちらで見ることもできます。11月27日水曜日午後10時44分までの配信です。

永訣の朝は、たとえばこちらで読めます。

宮澤賢治の詩の世界というサイトです。

このサイトの永訣の朝のページを二つほど紹介します（もっといろいろな版本も読めます）。
https://ihatov.cc/haru_1/047_p.htm　ローマ字書きの原稿部分そのままの形で読めるページです。

刊行された形の詩はこちらから読めます。https://ihatov.cc/haru_1/047_d.htm

こちらのサイトも参考になります。
「永訣の朝」(宮沢賢治)の全文と現代語訳・意味を紹介! 詩の背景も解説
https://news.mynavi.jp/article/20230531-2692576/

生命科学におけるAIに関する（ノーベル賞受賞者を含む）対談、座談会の動画が公開されました。

投稿日: 2024年11月22日投稿者: root

Google DeepMindが英国のRoyal Societyと共同でAI for Science Forumという講演会を11月18日に開催しました。
The AI for Science Forum: A new era of discovery
https://blog.google/technology/ai/ai-science-forum-2024/
主に生命科学や創薬へのAIの応用について扱っている対談を以下のYouTubeの再生リストでみることができます。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLqYmG7hTraZBwZQwCxzIlsyFxC3WKH_Ii
生命科学に興味のあるものには、細胞周期の有名な研究者Paul Nurseさんや、CRISPR/Cas9のDoudnaさんなど全員ノーベル賞受賞者による座談会や、対談の動画などに興味をひかれます。時間があるときにみてみたい対談です。

AI for Science with Sir Paul Nurse, Demis Hassabis, Jennifer Doudna, and John Jumper
https://youtu.be/nQKmVhLIGcs?si=jqSgO5zxypCM3IWk　全員ノーベル賞受賞者による座談会です。

Lessons from CRISPR with Jennifer Doudna | AI for Science Forum
https://youtu.be/SqKV1o-Jdso?si=6Djdd8163nsXwLzG

AI にプロンプトを作ってもらう方法

投稿日: 2024年11月21日投稿者: root

以前、英語の論文の校閲をChatGPTにやってもらうためのプロンプトを、ChatGPTに作ってもらうやりかたについて次の記事を書きました。

ChatGPTに論文の英文校閲をしてもらうための”良い”プロンプト（prompt）の作り方

私の場合はこの記事で紹介したプロンプトで十分役に立つと思っています。今日はAIにどのようにプロンプトをつくってもらうのがよいかを学べる素晴らしいブログ記事を紹介します。

京大の柳瀬陽介先生がさまざまなプロンプトを作っておられますが、そのプロンプト自体とプロンプトの作り方は英語学習だけでなく広く一般に役立つと思います。

こちらの柳瀬先生のブログ
『英語教育の哲学的探究3』
https://yanase-yosuke.blogspot.com/

をご覧ください。
今日公開された次の記事には英語で人生相談もできるプロンプトとその作り方も公開されていて、これも大変役立ちます。皆さんも柳瀬先生の方法を学んで、自分用に　すばらしいプロンプトをつくってみませんか。

『2024/11/21
Caring Conversation with an AI Counselor: 英語でお悩み相談をするChatGPTプロンプト』
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2024/11/caring-conversation-chatgpt.html

ネットワークセキュリィティ―についてのわかりやすい動画が公開されています。おすすめです！

投稿日: 2024年11月20日2024年11月20日投稿者: root

2024年度市民講座第1回「ネットワークのセキュリティ ―悪者はどうやってあなたのパソコンを見つけ出す？」というタイトルで、
国立情報学研究所の2024年度市民講座第1回のライブ配信がありました。
（以下のリンクでみられなくなっていたら、しばらく待てばアーカイブ動画が公開されるとのことです）
https://www.youtube.com/live/mMaF7tE8D3E?si=aC8qGeUNUFmGb-cR

ネットワークセキュリィティのとてもわかりやすい話で勉強になりました。
悪意を持ったユーザーが脆弱性をもったパソコンを探し出す方法（ネットワークスキャン）などの解説がとてもわかりやすかったです。
インターネットプロトコルのIPv4を使っているネットワークの全コンピュータのスキャンは数時間でできるんですね。気を付けなくてはと思いました。悪い人は、こうして見つけたあなたのコンピュータに脆弱性を利用してはいりこみ、たとえばボットをしこんでDDoS攻撃させたりするわけです。IPv6をつかうとこのような数時間のスキャンはできないようで、安全性が増しますがこれを突き崩そうとする悪者も工夫をかさねてくるので、用心することが肝心だというのがわかりました。

この市民講座の今後のスケジュールが以下のサイトにあります。
量子コンピュータなどの話もあるようで楽しみですね。
https://event.nii.ac.jp/event/11652

AlphaFold3 vs Boltz-1

投稿日: 2024年11月19日投稿者: root

AlphaFold3 のオフラインで使用できるような実装は、いろいろめんどうなことがあるようです。
次の森脇先生の記事に詳しく書かれています。
「AlphaFold3 (ver. 3.0.0) インストール」
https://qiita.com/Ag_smith/items/3bb110fe576292bbf0ea

たとえば、『AlphaFold3のモデルパラメータは、Google DeepMind社に利用申請して認可された人のみが利用可能という規約になっています。この仕様のため、AlphaFold2のときのように何も準備なしに構造予測を利用するということはできないことになっています。』などと書かれていて、全然オープンソースではありません。

先日、MITライセンスで使用できるオープンソースのBoltz-1が公開されました。
Our model and code are released under MIT License, and can be freely used for both academic and commercial purposes.

これは今後のオープンソース科学のお手本になるかもしれません。

Thrilled to announce Boltz-1, the first open-source and commercially available model to achieve AlphaFold3-level accuracy on biomolecular structure prediction! An exciting collaboration with @jeremyWohlwend, @pas_saro and an amazing team at MIT and Genesis Therapeutics. A thread! pic.twitter.com/vhBTwGNKsU

— Gabriele Corso (@GabriCorso) November 17, 2024

Boltz-1:
Democratizing Biomolecular Interaction Modeling
https://github.com/jwohlwend/boltz
Boltz-1 is an open-source model which predicts the 3D structure of proteins, rna, dna and small molecules; it handles modified residues, covalent ligands and glycans, as well as condition the generation on pocket residues.
グリカンなども扱えるようで、なかなかよさそうなソフトですね！

To read more about Boltz-1 check out:
– Our short blog-post https://t.co/p1wlzXhvRE
– Our technical report: https://t.co/px0spnTA0S
– Our model and code: https://t.co/HgWZSpyIAy
I’ll share a separate thread with more details about the process and some interesting findings!

— Gabriele Corso (@GabriCorso) November 17, 2024

高校レベルから大学レベルへつながる物理学講義と量子化学・分子動力学が簡単に試せるアプリの紹介です。

投稿日: 2024年11月18日投稿者: root

【受験生必見！みんなと物理】第5回: 電磁気の分野を攻めろ！【Education Open Style】
https://www.youtube.com/live/HML4RzqtuCw?si=EkxzBPPAjHIoWvT7

大関先生の高校生レベルの物理の講義の最新版が配信されました。電磁気学です。

山本典史先生が、量子化学や分子動力学の計算を簡単に試せるアプリを公開されました。分子量に制限がありますが、いろいろな分子で計算して遊ぶと、量子化学や分子動力学に親しみが増して理解が深まると思います。是非ためしてみてください。

分子のシミュレーション（ケモインフォ・量子化学・分子動力学）をお手軽に体験できるアプリをつくったよ。https://t.co/AfYRh19NWW pic.twitter.com/PJh8lbZJXB

— 山本典史 | Nori Yamamoto (@yamnor) November 17, 2024

英語のオープンアクセス本で高校生から読める原子の話（みんなの原子物理学）みたいな本がでています。

投稿日: 2024年11月17日2024年11月17日投稿者: root

このブログでは時々オープンアクセス本を紹介しています。今日はSpringer Natureから最近公開された
Atomic Physics for Everyone　（Will　Raven著）
An Introduction to Atomic Physics, Quantum Mechanics, and Precision Spectroscopy with No College-Level Prerequisitesという本を見つけたので紹介します。これは大学レベルの知識がない人にも読める原子物理学の入門書です。最初のパートは原子について調べるための手法、分光学的手法を扱っていて、第二部では量子力学を含めた原子の理論を解説しています。図も豊富でとても読みやすそうな本です。

一度以下のリンクから、ダウンロードしてみてはいかがでしょうか。

https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/147829
ダウンロードの直リンクはこちらです。

https://library.oapen.org/bitstream/20.500.12657/94650/1/978-3-031-69507-0.pdf

Springer Natureのオープンアクセス本の探し方は次の通りです。
１）こちらのサイトにアクセスします。
https://www.springernature.com/gp/open-science/journals-books/books

2) 開いたページのDownload any of our OA books freetと書いてあるリンクをクリックすると
Springer Natureが公開しているオープンアクセス本（OA books)のリストをみることができます。
時々見てみると面白い本が見つかると思います。

The secrets of Einstein’s unknown equation　Q&A動画も公開されました。

投稿日: 2024年11月16日2024年11月16日投稿者: root

分子進化の中立説で有名な木村資生（きむらもとお）さんの生誕100年を記念する講演会が、今日午後　遺伝研でおこなわれていたので本日Zoom で視聴しました。
「遺伝研公開講演会2024 【木村資生博士生誕100周年記念講演会】
https://www.nig.ac.jp/kouenkai/motoo100/
オンサイトでは高校生がたくさん来ていたようで、オンラインでの参加者も800名以上いたようです。内容は中立説の解説とその後の発展、現在の研究紹介などでした。木村先生のラボでの様子や亡くなったときの様子などの話をはじめて聞きました。亡くなる前にALSを患っておられたのは知りませんでした。九大生物学科にもセミナーにこられたことがあります。参加した人によると、なんか　とげのあるセミナーだったようで、今日の話をきいてなるほどと思いました。そのうち、聴き逃し配信があるそうでまたゆっくりみてみたいと思いました。木村先生の本は国立国会図書館のデジタルコレクションで読めます。これは私が連続で書いている、デジタルコレクションで読める本の紹介記事の第四回目でとりあげました。

国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介（第4回）―物理関係や生命科学に使えそうな数学、進化論関係の本も読めます。

53) 木村資生著ほか『分子進化の中立説』,紀伊国屋書店,1986.10. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12605187

さて今日の本題はこちらの動画です。
去年のいまごろ公開された　Sean Carrollさんによる、一般相対性理論に関する解説動画です。講演は、アインシュタインの一般相対性理論の数式をみせながら、この数式はpoemともいえるという話から始まっています。

なるほど西洋でいえば詩ですが、俳句というほうが、もっと真実に近いかもしれませんね。
The secrets of Einstein’s unknown equation – with Sean Carroll
https://youtu.be/BRudidBcfXk?si=l3suSlhjVouhvrCD

この講演の最後の質疑応答の時間の動画も一般向けに今日公開されました。
Q&A: The secrets of Einstein’s unknown equation – with Sean Carroll
https://youtu.be/sO5adbV_mu8?si=uOOCM5NLe2HqBVLz

以前は動画公開と一緒に質疑応答の動画も公開されていたのですが、有料メンバーにだけ限定公開されるように改悪されて、一般に無料公開されるのは一年後という感じになっているようです。

Carrollさんの講演はわかりやすいので、是非ご覧ください。

iPadにWolfram Playerをインストールしてみました。

投稿日: 2024年11月15日投稿者: root

先日の記事で、Introduction to Calculusというやさしい微積分入門の本を紹介しました。iPadでも読めると書いたので、試しに自分のiPadにインストールして読んでみました。やり方は簡単です。

１）App StoreのアイコンをタップしてWolfram Playerを見つけてインストールします。Wolfram Playerは赤い渦巻きのアイコンのアプリでビジネスのカテゴリにあるようです。

２）インストールが終わったらアプリを開きます。左上の三本線のアイコンをタップすると、On This Deviceというメニューが開き、その下の方にImport Filesというメニューがあります。先日紹介した本をダウンロードしてあるならその場所（このiPad内をタップするとiPad内のフォルダがみえるので、ダウンロードしたWolfram notebookを探してWolfram Playerに取り込みます。これでIntroduction to Calculusのノートブックが読めるようになります。

３）まだ本をダウンロードしていないなら、適当なブラウザで先日紹介したサイトにいってnotebookをだうんろーどしましょう。zipファイルでダウンロードすることになった場合は、iPadのアプリのファイル（青いフォルダのアイコンのやつ）を開いてzipファイルを探し出し、zipファイルのアイコンをタップしてください。タップするとzipファイルが解凍されて新しいフォルダができます。そのなかにnotebookファイルがずらっと並んでいますので、最初のファイルを２）の要領で探してWolfram playerに取り込んで読みます。

簡単にてもとでWolframのコードを動かしながら微積分入門の本など、好きなnotebookを読むことができます。一度試してみるとよいと思います。寝転がって読めるのは楽です。

先日の私の記事はこちらから読めます。

Wolfram Playerで読める無料の微積分入門書(英語版で初学者向き）が公開されました。