野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
マイケル・ファラデーのクリスマスレクチャーは有名ですが、ファラデーがクリスマスレクチャーをしていたThe Royal Institutionでは、毎年クリスマスレクチャーを行うのが恒例となっています。今年のクリスマスレクチャーは3回にわたってすでに実施されており、BBCテレビやiPlayerで放送されるようです。また世界にむけては年末から来年初頭にかけてYouTubeで公開されるそうです。ことしはAIがテーマの以下の講演です。とても面白そうな内容で、一般向けの講演なのでAIについての理解を深めるのによさそうです。
VSCodeは今や小学生が使うほど普及している、ほぼデフォルトスタンダードになっているプログラム用の無料エディターです。いろんなエクステンション（機能拡張）をインストールすると、どんなプログラム言語を書くときにも便利に利用できます。このエディタで小説を書いている人もいます。こちらにはそのノウハウが簡潔にまとまっていますので興味のあるかたはご覧ください。SF作家のSF作家の藤井太洋さんです。
「Visual Studio Code」で執筆するSF作家 藤井太洋氏が作る物書きのための拡張機能
招待講演 VS Codeで小説を書く
https://logmi.jp/tech/articles/325715
藤井さんの招待講演はYouTubeで視聴できます。VS Code Conference Japan 2021のTrack Aの講演動画の冒頭の招待講演です。
https://www.youtube.com/live/AAVTnEa4vEs?si=o7M2kcj9_Wl2HaZr
またこちらにも参考になる講演があります。VS Code Conference Japan 2021のTrack B の講演動画の中にあるので(3番目の講演）ご覧ください。
ドキュメント作成だけではもったいない！VSCode + Markdownで発表スライドや書籍も書いちゃおう！ ロフトくん
https://www.youtube.com/live/J2li3qYgu9U?si=lDAYk8OREDdYFGTr
辻邦生さんは、学習院大学のフランス文学科の教授を長年つとめておられた学者で、有名な文学者です。私も若いときに「安土往還記」（芸術選奨新人賞受賞作）を何度も何度も読み返しました。また谷崎潤一郎賞を受賞した「西行花伝」も愛読しています。「背教者ユリアヌス」は、ローマ帝国の皇帝でキリスト教よりも古代ギリシャの神々を生み出した精神を愛して復活させようとした皇帝の生涯を描く長編歴史小説です。中公文庫版で全三冊の長編で上、中の二冊を買って読んだのですが下はまだ読んでいませんでした。ちょうど先日AmazonのKindle版中央公論社書籍の半額ポイント還元セールで「背教者ユリアヌス」の新版全四冊セットがあるのを見つけました。サンプルをダウンロードして中身を検討したところ、私のもっている古い中公文庫版には載っていない解説や作者の解説文などが4冊それぞれについていることがわかりました。これらを読んでみたいとおもい購入を決めました。買ってよかったと思っています。第四巻の巻末付録にある「(対談）長編小説の主題と技法 北杜夫 辻邦生」をまず読んでみましたが、これが読めただけでもとはとれたと思います。北杜夫さんと辻邦生さんは友人で、二人が小説の書き方、長編小説を書く技法についておしげもなくその秘訣を語っている対談は必読です。小説ってこんなにして書くんだということがよくわかりました。明治期以降の短い小説ではなく、西洋に伝統的に根付いているタイプの長編小説（源氏物語とはまた違ったタイプの長編小説です）は当時まだ日本では書かれていませんでした。この対談のお二人によって、西洋の長編小説に勝るともおとらない長編小説が日本ではじめて作り上げられたということがいえそうです。さらに第三巻の巻末付録「『背教者ユリアヌス』歴史紀行――自作解題風に」には、辻がこの作品を書き上げた経過がことこまかに解説されています。どうやって小説家が作品をつくりあげていくかが、これほど惜しげもなく公開されている文章をはじめて読みました。私たち研究者が論文や本を書くときの参考になることうけあいの素晴らしい文章です。是非こちらも読まれることを薦めます。他にも各巻に載っている、辻の関連したエッセイや、作品を連載しているときの日記(抄）、そして様々な人による解説は読みごたえがあります。
まとめると、この作品は日本の長編小説の一つのスタイルを確立した作品（第14回毎日芸術賞受賞）であり、添えられた解説やエッセイ、対談、日記などは、小説家の作品創造の過程を教えてくれる得難い資料となっています。研究者がこれから創造的な学問・研究を進めていく上での絶好の参考書にもなるよい本だと思います。この年末や冬休み、お正月などに読んでみてはいかがでしょうか。
https://youtu.be/QSobZYfJEDU?si=EcdkM0z0H5tDTAG-
Glycoforum Newsの配信メールで、糖鎖生物学の日本語講義動画や、【Glycoword (糖質科学のことば)、新用語追加のお知らせ】が先日とどきました。ときおり糖鎖科学の最新情報など有用な情報が配信されてくるので登録しておいて損はないサービスです。配信登録は以下のリンクから氏名とそのふりがな、およびメールアドレスを記入するだけで無料で可能ですので是非登録してみてください。
https://www.glycoforum.gr.jp/about/inquriesJ.html
あるいはこちらのトップページからも上のリンクにたどりつけるのでこちらから始めてもよいと思います。
https://www.glycoforum.gr.jp/indexJ.html
以下は配信されてきたメールのGlycowordについての項目の引用です。今年は数多くの新しい用語解説が追加されました。以前記事にしたように私の書いた記事ものっています。是非興味のある項目を選んでご覧ください。
【Glycoword (糖質科学のことば)、新用語追加のお知らせ】
「現代の糖質科学の手引き書」になることを目指して、Glycowordの新用語
を追加いたしました。FCCA（Forum:Carbohydrates Coming of Age）様に全面
監修いただいています。日本語・英語のバイリンガル、CC-BY4.0ライセンス
で公開いたしますので、是非ご活用ください。
Forum: Carbohydrates Coming of Age (FCCA)：http://www.fcca.gr.jp/FCCA-J/index.html
今回追加した用語
【Proteoglycan】
グリコサミノグリカン鎖に共通の糖―タンパク質結合領域を構成する四糖構造の生合成機構
灘中 里美 / 北川 裕之（神戸薬科大学 生化学研究室）
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD01J.html
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD01E.html
ヘパラン硫酸/ヘパリンの生合成機構
灘中 里美 / 北川 裕之（神戸薬科大学 生化学研究室）https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD03J.html
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD03E.html
以下、今年追加した用語一覧
【Glycolipid】
GPIアンカー型タンパク質の構造変化 藤田盛久
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycolipid/GLC06J.html
【Glycopathology】
デルマタン硫酸生合成酵素の欠損による遺伝性疾患：筋拘縮型エーラス・ダンロス症候群 古庄 知己
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycopathology/GD-C02J.html
ケラタン硫酸生合成酵素の欠損による遺伝病 赤間 智也
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycopathology/GD-C04J.html
ムコ多糖症 山田修平
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycopathology/GD-C06J.html
【Glycotechnology】
シングルセル糖鎖・RNAシーケンス法 舘野浩章
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycotechnology/GT-E01J.html
【Lectin】
40アミノ酸から構成されるミニレクチンPhoSL 山崎和彦
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/lectin/LEC01J.html
アトピー性皮膚炎とCタイプレクチン受容体 重松克伸/渋谷彰
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/lectin/LEC02J.html
Mincleの非自己および自己リガンド認識と機能 長江雅倫/山﨑晶
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/lectin/LEC03J.html
【Proteoglycan】
コンドロイチン硫酸/デルマタン硫酸の生合成機構 三上雅久/北川裕之
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD02J.html
ケラタン硫酸生合成およびその硫酸化制御 赤間智也
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD04J.html
ヒアルロン酸合成酵素 板野直樹
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD05J.html
グリコサミノグリカンの分解機構 山田修平
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD06J.html
コンドロイチン硫酸欠損マウス 三上雅久/北川裕之
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD07J.html
デルマタン硫酸欠損マウス 吉沢隆浩
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD08J.html
ヒアルロン酸合成酵素遺伝子のノックアウトマウス 板野直樹
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD11J.html
アグリカン、バーシカン遺伝子変異マウス 渡辺秀人
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD12J.html
モデル生物 線虫 (Caenorhabditis elegans) のグリコサミノグリカン 野村一也
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD13J.html
硫酸化グリコサミノグリカンと多能性幹細胞 平野和己/西原祥子
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD14J.html
神経可塑性におけるコンドロイチン硫酸の役割 宮田真路
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD15J.html
グリコサミノグリカンによるdystrophic endball形成機構 坂元一真
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD16J.html
細胞外スルファターゼSULF1およびSULF2 内村健治
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD17J.html
ヒアルロン酸プロテオグリカンリンクプロテインの役割 大橋俊孝
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD18J.html
【Quality Control, Trafficking and Sorting of Glycoproteins】
UGGTによる糖タンパク質ミスフォールディングの識別 戸谷希一郎
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/qualitycontrol/QS-A05J.html
小胞体におけるN型糖鎖のマンノーストリミング機構を中心とした糖鎖依存分解経路の概要 蜷川暁
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/qualitycontrol/QS-A06J.html
【Saccharide】
緑色植物におけるstarch synthaseの研究状況 藤田直子
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/saccharide/SA-C08J.html
システイン残基が触媒する糖鎖の加水分解 伏信進矢
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/saccharide/SA-B06J.html
【Structural Glycobiology】
X線結晶構造解析の進展 佐藤匡史
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/Structural/STR03J.html
糖鎖の分子動力学シミュレーション 李秀栄
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/Structural/STR04J.html
糖鎖のイオンモビリティースペクトロメトリー 真鍋法義
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/Structural/STR05J.html
この機会に皆さまの周りの方々にも、Glycoforum Newsの配信登録を是非お勧めください。(以下略）
講義動画と書いたの九州大学/熊本大学の教授 佐田亜衣子先生の講義です。リンクはこちらです。https://youtu.be/lnHJ-BUi2SI?si=i9pib-O6ZjTV0XmA
スライドへのリンクもメールで配信されてきていました。https://www.glycoforum.gr.jp/article/26G4J.pdf
今日は忠臣蔵の討ち入りの日ですね。BSでドラマ「忠臣蔵」の一挙放送をやっているのは、業界恒例のイベントです。この時期、忠臣蔵といえば思い出すのは、私の小学校の同級生のことです。私が通っていたのは京都市の山科の小学校で、同級生はなんと赤穂浪士の直系の子孫でした。大石内蔵助が山科に住んでいたことがあるのでその関係で赤穂浪士の子孫がいても不思議ではないのだと思います。山科には大石神社というのもあるので、今日あたりは義士祭をやっていたはずです。担任の先生が家庭訪問で、彼のお家の人から赤穂浪士の使った武器や、血の着いた討ち入り装束などを見せてもらっとおっしゃっていました。こういう遺品は国指定の文化財などに登録されてしまうと、管理とかの負担が大きすぎるので、その存在は伏せられているとのことでした。こういう遺産が他にもいろいろ世の中には存在するのかもしれませんね。子供の頃にこの話を聞いたので、邪馬台国の卑弥呼がもらった親魏倭王の金印とかも、ひょっとしたらどこかで密かに所持している人がいるのかもしれないなどと、想像を掻き立てられます。
赤穂浪士の仇討があったのは、1703年。この年の前後には、ライプニッツの二進法構想(1702)、近松門左衛門の曾根崎心中の初演(1703)、ニュートンの光学の出版(1704)、ニュートンとライプニッツの微分積分法の先取権をめぐる論争(1704)などがおこっています（編集工学研究所刊行の松岡正剛監修の本「情報の歴史21」による）。ニュートンやライプニッツ、スウィフトなどが活躍していた時代なのですね。1705年にはニューコメン機関も登場しています。以前この本を紹介しましたが、日本が江戸時代の時に世界ではどんなことが起こっていたかなどを簡単に知ることができるおすすめの一冊です。赤穂浪士のことも以前の記事で簡単に書いていますので以下に再録しておきます。
深層学習の最新の教科書(英語版） Deep Learning: Foundations and Conceptsが出版されました。Springerから発行された本で、電子ブックは9000円ちょっとで購入できます。
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-45468-4 Springerの電子ブックは著作権コントロールシステムDRMなしなので、自由にダウンロードして読めますし、いったん購入したらKindleとちがって永久に所持することができるので、買うならこちらがおすすめです。またこの本のKindle版はSpringerのpdf版より値段が高くてなんと1万円以上します。
ただしこの本は、以下の著者のサイトで無料でオンライン版を読むことができます。
http://www.bishopbook.com/
本の練習問題の解答も今後このサイトにアップロードされるとのことで、このサイトをチェックしてみてください。
なお著者のChris Bishopは英国ケンブリッジにあるMicrosoft Research AI4Scienceのdirectorでエジンバラ大学名誉教授、英国王立協会会員です。Hugh Bishopは多分Chrisの息子さんではないかと思いますが、これは私の単なる推測です。この本はぱらぱらとオンライン版をみたところ、大変わかりやすい初心者むけの教科書だと思います。皆さんもぜひ、著者のサイトで読んでみてください。
今日は夕方仙台から福岡に戻ってきたので簡単な記事です。東北大学は大きな大学ですね。タクシーでナノテラスを拝みにいきましたが、稼働予定とのことで遠くから拝むことしかできませんでした。しかし山全体が東北大学と宮城教育大で占められており、タクシーで走っても走ってもまだ東北大学の中という体験をしました。
時々紹介している医学界新聞に新しい連載がいろいろ追加されています。
こちらの連載一覧からいろいろ役立つ連載が見つけられると思います。
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series
サイエンスイラストで「伝わる」科学
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series/208
スライド作成のABC
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series/213
などのよい連載を読んでみてください。役立つと思います。また最新記事では、ナイチンゲールの伝記を書いた著者の座談会
“超人”ナイチンゲールの超えっぷり
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/archive/y2023/3545_01
が面白そうです。
以前このブログの次の記事で紹介したことがある、中村祐太さんのYouTube動画チャンネルをまた紹介します。
私はUdemyの中村先生の講義を受講していますので、ときどきお知らせメールが届きます。今日来たメールには二つほど新しい動画が紹介されていますので、皆さんにも紹介しておこうと思います。どちらも無料プランでためしてみることができるサービスの紹介です。サブスクリプションはいまのところ円安で躊躇しますが、無料プランでやってみるのもよいと思います。私は原則サブスクリプションの数を極力絞る方針ですので、めったにサブスクリプションサービスを紹介しません。でも有用なサブスクリプションサービスもあるはずですので、こうしたサービスや、無料の様々なプログラミングのtipsを学べるこのチャンネルは、とても有用なチャンネルだと思います。今日メールで紹介された動画は次の二つです。
GitHub Copilot＆Copilot Chat 使い方入門！VSCodeで始めるAIプログラミング支援
革新的AIコードエディタCursorの使い方入門！OpenAIが800万ドル投資！VSCodeからの乗り換え続出！？
こちらの動画一覧から視聴できますのでご覧ください。https://www.youtube.com/@yuta-nakamura/videos
そのほかいろいろ有用な動画がありますので是非ご覧ください。
最初に紹介した過去記事にあるnitterの不具合は今は解消されています。
twitterはいまだに登録なしでのアクセスは受け付けない仕様で、それを止める気はないようです。それで私はもっぱらnitterのインスタンスを使ってtwitterをみています。やり方は前に書きましたが、もう一度簡単にまとめておきます。
１）こちらのサイトでhttps://status.d420.de/
どのnitterのサービス（インスタンス）が今 動いているかを調べたうえで
２）動いているインスタンスのurlを開いてユーザー名を入れればアクセスできます。しかしこれは面倒くさいので、私は以下のようにしています。上のサイトで動いているインスタンスのトップにあるのはこちらのurlのインスタンスです。
https://nitter.uni-sonia.com/ これは日本で動いているサービスのようです。
３）例としてこのインスタンスを使って、田口善弘先生のtwitterを読んでみましょう。動いているインスタンスのurlを先ほどのサイトからコピーしてきます。https://nitter.uni-sonia.com/でしたね。次にXの田口先生のツイートのurlを調べて、ユーザー名をコピーします。この例ではhttps://twitter.com/Yh_Taguchiがツイッターのurlです。このurlのスラッシュの後が田口先生のユーザー名Yh_Taguchiです。このユーザー名をコピーして、動いているインスタンスのurlの後に貼り付けます。
https://nitter.uni-sonia.com/Yh_Taguchi
これで田口先生のツイートがログインなしで読めるようになります。
今日はNick Laneの新しい動画があるので紹介します。スイスのバーゼル大学後援のNCCR Molecular Systems Engineeringで開催された講演動画です。こちらのホームページにも案内があります。https://www.nccr-mse.ch/en/home/
動画はこちらから視聴できます。
Nick Lane: The electrical origins of life
https://youtu.be/FLaTU-t1CQM?si=8RZp0I8wy0kNN4Vm
このブログでもたびたび彼の講演は取り上げているのでおなじみの方が多いかもしれません。
彼のいろいろな仮説は刺激的で想像力をかきたてる本をいっぱい書いています。日本語に翻訳されている本としては、「生命、エネルギー、進化」（みすず書房）がおすすめです。https://www.msz.co.jp/book/detail/08534/
私個人の感想ですが、みすず書房の本は良い本ばかりなのですが、値段が安いことはまずないのでほとんど買えません。図書館にも高額ゆえかあまりはいっていないので多くの名著が一般に普及しないのは残念なことです。私はAmazonのKindleで英語版を安売りの時に購入しました。今みると2660円のKindle版と850円のKindle版の二種類があるんですね。安いほうを買うのをおすすめします。また彼の最新の著書TRANSFORMER: The Deep Chemistry of Life and Death (English Edition)はKindle版は1000円で売っていますね。これは今回の講演の基礎となった話を書いた本です。この本の読者はその後の発展を含めて講演をよく理解できるのではないでしょうか。おすすめします。
10月にMRC LMBのセミナーでKendrew Lecture 2023 – Cryo-electron tomography or the power of seeing the whole pictureというのがありました。Wolfgang Baumeisterさん（Max Planck Institute of Biochemistry, Germany）によるセミナーです。私はZoomで参加しました。よいセミナーだったのでYouTubeに公開されるのを待っていたのですが、そのセミナーの動画が数日前にアップロードされていました。
ぜひご覧ください。
https://youtu.be/7vrKLnLXebY?si=q3SxTog4I9mJYA2X
またなんと、2023年のthe MRC LMB’s 2023 Cryo-EM Courseの動画がYouTubeに今日アップロードされました。これはCryo電顕の歴史を含めて、サンプルの作り方、最新技術などにふれている充実した動画です。上のKendrew Lectureをみて興味を持った人にピッタリのコースだと思います。これをじっくり見て、次のブレイクスルーをねらいましょう！公開された動画リストはこちらにあります。https://youtube.com/playlist?list=PLQbPquAyEw4e8urWaUGLtjIzgdsq8urif&si=GofczBcpmC09hWZn
この講習会の動画の一つを張り付けておきます。これはCryo電顕の発展を論文でたどる講義です。
Influential publications in the historical development of cryo-EM – Richard Henderson
です。日本の研究者の論文も紹介されています。日本電子の研究者を中心とする研究もCryo電顕の発展に大きく貢献しています。
Fumio Hosokawa, Hidetaka Sawada, Yukihito Kondo, Kunio Takayanagi, Kazutomo Suenaga, Development of Cs and Cc correctors for transmission electron microscopy, Microscopy, Volume 62, Issue 1, February 2013, Pages 23–41, https://doi.org/10.1093/jmicro/dfs134