The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

ひさびさにMRC LMBのYouTubeチャンネルにシンポジュウムの動画が公開されています！

投稿日: 投稿者: root

生化学会参加3日目でした。ポスター発表は昨日で終わりでマリンメッセにはいかなかったのですが、やはり何かイベントがあるようで人でごった返していました。今日はNEWSのの公演が昼と夕方の二回あったんだそうです。今回の生化学会大会のシンポジュウムはどれも面白く、今回はひさびさの対面の学会参加でしたがなつかしい皆さんと話せたのもよかったです。おそらく生化学会のチャンネル
https://vimeo.com/channels/jbsoc
でいくつかの特別講演の動画が公開されるのではないでしょうか。また公開されたらこのブログでもとりあげます。

さて、さっき家にもどってMRC LMBのYouTubeチャンネルをチェックしてみたら、9月末に私もオンラインで視聴したシンポジュウムの動画がいくつか公開されていました。多分順次全部公開されるのだと思います。このシンポジュウムはThe Next Generation Biophysics Symposiumという名前のシンポジュウムで毎年開催されるシンポジュウムです。今日公開されていたのは以下の動画です。以下の再生リストから動画を見ることができます。
https://youtube.com/playlist?list=PLQbPquAyEw4cumylimfyyRfK6gAWE6JUY&si=X9kbQ_nV_t45aipC

公開された動画のタイトルを並べておきますので参考にしてください。
NGBS2023: Engineering living hydrogels – Lorna Dougan
MRC Laboratory of Molecular Biology

NGBS2023: Virus traps and other molecular machines of the future – Hendrik Dietz
MRC Laboratory of Molecular Biology

NGBS2023: Integrated analysis of N-glycoproteomic and global proteomic of glioblastoma – Sonja Hess
MRC Laboratory of Molecular Biology

NGBS2023: Dynamic imaging of organelle dynamics with optical super resolution – Clemens Kaminski
MRC Laboratory of Molecular Biology

NGBS2023: Using single-molecule optical tweezers to study transmembrane proteins – Kasia Tych
MRC Laboratory of Molecular Biology

NGBS2023: Mapping microscopic viscosity and nucleic acid conformation – Marina Kuimova
MRC Laboratory of Molecular Biology

NGBS2023: Modulating the conformation and function of disease-relevant RNA – Amanda Hargrove
MRC Laboratory of Molecular Biology

NGBS2023: Technological advances in MS-based proteomics for precision medicine – Matthias Mann
MRC Laboratory of Molecular Biology

末尾にこのリストの中から”Integrated analysis of N-glycoproteomic and global proteomic of glioblastoma” という脳腫瘍でのN型糖鎖を持つタンパク質の網羅的解析についての動画をはりつけておきます。
https://youtu.be/yTJ84rw97JY?si=jB-Rjy60Psy7AA4x

日本生化学会大会二日目の参加でした。マリンメッセは別世界のようでした。

投稿日: 投稿者: root

日本生化学会大会の二日目の参加です。ポスター会場に行く経路にはものすごい人だかり。帰宅して調べるとNEWSのライブがあったようです。マリンメッセはこういうイベントがよく開催されるようです。生化学会の参加章をぶら下げている私たちとは別世界の方たちでした。写真の手前が私たちが歩く、ポスター会場への道。ガードレールの向う側がNEWSのライブに集まった人たちです。

今日はそのポスター会場で、ノーベル賞をもらわれた大隅先生をみかけました。午後5時からのシンポジュウムで話されるのでその前のひと時をポスター会場ですごされていたようです。私は糖鎖のシンポジュウムのほうをみにいったのでお話はきけませんでしたが、YouTubeにも大隅先生の動画が結構公開されているのでご覧になるといいと思います。先生はポスドクの時は免疫学でノーベル賞を受賞したエーデルマン先生のところで研究されていました。エーデルマンはその後、レクチンの研究をして、その次はカルシュウム依存性細胞接着分子の研究で京大の竹市先生と競争していた時もあります。その後、Neural Darwinismとかを提唱して脳とコンピュータの研究に進んで本もいろいろ書いているのは、このブログでも紹介したことがあります。

大隅先生の動画のリンクをいくつか貼り付けておきます。
https://youtu.be/z74WgkwyNdA?si=KywCtytjy_ejAORs

https://youtu.be/8IGJ802yYPI?si=KRmAGKiGiYuiM_lL

生化学会年会に参加しています。「生命科学英語論文執筆支援プラットフォームの開発」と題するポスターをみつけました。

投稿日: 投稿者: root

今日から福岡市の福岡国際会議場・マリンメッセ福岡ではじまった、第96回日本生化学会大会に参加しています。
ポスター会場で順にポスターをみていたら、「生命科学英語論文執筆支援プラットフォームの開発」というものをみつけました。広島大学の河本健先生を中心にした発表です。ポスターには先生のつくられたサイトのurlがあったので早速アクセスしてみました。

https://home.hiroshima-u.ac.jp/tkawamo/ClinicCorpusV2-1.html
日本語解説はこちら。
https://home.hiroshima-u.ac.jp/tkawamo/ClinicCorpusV2-J.html

先生のブログも参考になりそうです。
https://e-ronbun.net/

先生の書かれた次の本もよさそうです。九大が契約しているMaruzen eBook Libraryで読むことができます。
ライフサイエンストップジャーナル300編の型で書く英語論文 ―言語学的Move分析が明かしたすぐに使える定型表現とストーリー展開のつくり方―
河本, 健／石井, 達也（著）羊土社
https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758108522/

先生のブログでの臨床医学論文執筆支援プラットフォームと上記の本の紹介はこちらにあります。
https://e-ronbun.net/english-paper-platform/

対面の学会参加は福岡で開催された分子生物学会以来です。 九大で助教で活躍している卒業生とも会えて、よい一日でした。
写真はポスター会場へ行く途中からみえる博多港の風景です。秋晴れで空が澄みわたっていました。

分子動力学法のよい教科書が出版されたので紹介します。

投稿日: 投稿者: root

「分子動力学法と原子間ポテンシャル」 渡邉孝信 (著)　森北出版　という本を買いました。https://www.morikita.co.jp/books/mid/092251

出版社のサイトによると
「はじめて分子動力学法を学ぶ読者に向けて、初歩的な知識から実践的な計算手法まで解説します。
とくに、分子動力学シミュレーションで重要となる「原子間ポテンシャル」について、さまざまな種類を網羅的に取り上げます。どういった対象に利用できるのか、どういったパラメータがあるのかなど、それぞれの特徴を理解できます。
さらに、汎用性が高いことで注目されている「ReaxFF」や、機械学習ポテンシャルの1種である「ガウス近似ポテンシャル（Gaussian approximation potential）」についても詳しく解説しています。一歩進んだシミュレーションを行うための手がかりを得ることができます。（後略）」という本だそうです。

読み始めていますが、分子動力学法の発展史に続いてMD法でつかわれる運動方程式の解法のわかりやすい説明が書かれています。ベレ法と速度ベレ法、結果の可視化のためのVMD  (Visual Molecular Dynamicsというプログラム）の使い方の説明が続きます。C言語でのプログラム（上の森北出版のサイトからダウンロードできます。また本文に詳しいプログラムの説明が書いてあるのもありがたい配慮です）を実際動かしてアルゴン液滴のMD解析を実際に体験しながら学ぶというスタイルで、最初から手を動かして学べるので大変よい入門になっていると思います。第二章は運動方程式の数値解法から始まる分子動力学法の方法論の解説です。この辺りを読んでいるところですが、大変よくわかる教科書だと思います。研究室配属された学生がまず読むべき本を目指すという著者の意図は大変上手に実現されていると思います。フリーのMD解析ソフトのLAMMPSのチュートリアルもついていますし、原子間ポテンシャルの選択法とかもよくわかると思います。購入をおすすめできる本だと思います。写真は散歩中に撮影したコスモスです。近くにはカラスウリが風に揺れていました。

 

英語の量子コンピュータの入門書を紹介します。

投稿日: 投稿者: root

こんな量子コンピュータの入門書が無料公開されているので紹介しておきます。三角法だけが予備知識で量子コンピューターが学べるとか。
以下のツイートをご覧ください。ツイートが見られなくなることも考えられるのでサイトのurlも以下に張っておきます。
http://www.thomaswong.net/

このブログで以前紹介した次の本も参考にしてください。

Quantum Computing for the Quantum Curious
https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/67917
またIBMの現役の量子コンピュータの研究者がすすめる量子コンピューターと量子物理のおすすめ本というのも参考になりますので動画をご覧ください。

IBMの現役量子コンピュータ研究者がすすめる、量子物理学のおすすめ本

IBMのOlivia Lanesさんのおすすめ本のYouTube動画が追加されています。
Quantum Computing Book Recommendations
https://youtu.be/xpSevVullcQ?si=oBcO-kixZjP3GTr-

Quantum Book Recommendations Part 2!
https://youtu.be/rbcNQB7VMtI?si=5Dc71wnf6zJ638Q0

この動画の最後に紹介されているSakurai のModern Quantum Mechanicsは最新版の翻訳が吉岡書店からでています。
動画によるとこの教科書は、物理の学部上級生や大学院生むけの教科書で、使った人のだれも嫌いだという人がいない珍しい素晴らしい教科書なのだそうです。

以下の記事もご覧ください。

ChatGPTのWolframプラグインと、Mathematicaのchat notebookの紹介動画がでていました。

Open Syllabusというサイトがあるのを初めて知りました。

投稿日: 投稿者: root

このOpen Syllabusというサイトでは無料で、全世界の教育機関.でシラバスに指定されている本を検索できます。著者名や、タイトルや分野名をいれるとどんな本が世界中でどのくらいシラバスに指定されているかの順位がわかります。エクスプローラーというページにはよく引用されている本のトップ一覧がでていてこんな本があるのがわかります。
https://explorer.opensyllabus.org/
第一位はElements of Styleですね。マルクスの共産党宣言、プラトンの国家、フランケンシュタイン、カンタベリー物語、アリストテレスのｎなども上位に入っています。

The Elements of Style
William Strunk
Multiple Editions

A Writer’s Reference
Diana Hacker
St. Martin’s / Bedford Books

A Manual for Writers of Term Papers, Theses, and Dissertations
Kate L. Turabian
University of Chicago Press

The Communist Manifesto
Karl Marx
Multiple Editions

The Republic
Plato
Multiple Editions

Calculus
James Stewart
Brooks / Cole

Frankenstein
Mary Wollstonecraft Shelley
Multiple Editions

The Canterbury Tales
Geoffrey Chaucer
Multiple Editions

Nicomachean Ethics
Aristotle
Multiple Editions

Human Anatomy and Physiology
Elaine Nicpon Marieb
Multiple Editions

Doing Your Research Project: A Guide for First-Time Researchers in Education and Social Science
Judith Bell
Open University Press

Imagined Communities: Reflections on the Origin and Spread of Nationalism
Benedict R. O.’G. Anderson
Verso Books

たとえばAuthorで検索したければ、Authorの検索窓で、https://explorer.opensyllabus.org/results-list/authors?size=50
PlatoとかSoseki Natsumeとかいれたりしてどんな結果がでるかみてみると面白いです。Scott GilbertといれるとDevelopmental Biologyの教科書がトップででてきます。
Titlesの検索では、
https://explorer.opensyllabus.org/results-list/titles?size=50
Python ProgrammingとかR programmingなどと入力すると世界中で使われているこれらの言語の教科書の順位がわかります。
サイトにアクセスしていろいろ試してみてください。ただこのリストで注意したいのは、シラバスにのっているものが集められているので新しい教科書や本は順位がものすごく下か、あるいはまったくのっていないことです。たとえばStephen Wolfram (Mathematicaの開発者でセルオートマトンの有名な研究者)で検索すると、2018年の本までしかのっていません。

同仁化学のフォーラム・イン・ドージンで相分離生物学の講演を聞きました。宇宙の起源と進化についての斬新な一般向け講演会もPerimeter Institute for Theoretical Physicsで昨日あったそうです。

投稿日: 投稿者: root

今日は同仁化学が開催している第33回フォーラム・イン・ドージンをZoomで聴講しました。今年のテーマは
「相分離メガネで見る非膜オルガネラのダイナミクス～ザ・相分離生物学ビッグバン～」
で、相分離生物学の基礎から最新の研究までを鳥瞰できるシンポジュウムでした。私も昔こちらで「線虫の RNAi で糖鎖の機能を探る」という講演をさせていただいたことがあります。生物学はあのころからまた飛躍的に進歩しているとしみじみ思いました。
このフォーラムは講演要旨集も充実していて参考文献も豊富にあがっているので勉強になります。毎年開催されますので参加されたことがない方は、来年是非参加されるとよいと思います。こちらに案内がでるはずです。https://www.dojindo.co.jp/event/

今日紹介するビデオは、宇宙の起源と進化についての一般向け公開講演会の動画です。Perimeter Institute for Theoretical Physicsで 2023/10/26 にライブ配信されたものです。詳しくはこちらのサイトに講演会の説明があります。
https://insidetheperimeter.ca/secrets-of-the-universe-hiding-in-plain-sight-neil-turok-public-lecture/
演者はNeil Turokという有名な宇宙論研究者で、エジンバラ大学教授の彼はホーキング博士の共同研究者でもあった人です。最近ではインフレーション宇宙論にかわる理論(ビッグバンの時から、時間を逆行するミラー宇宙を取り入れた新理論だそうです）を研究しているとのことで、宇宙の起源と進化について斬新な話がきけそうです。
動画はこちらです。
https://www.youtube.com/live/entgQiCqEUI?si=d56DqtIHMwPv5VWM

以下には去年の記事でPerimeter Institute for Theoretical Physicsの動画を紹介したものをペーストしておきます。いろいろ面白い動画や資料を掲載しているサイトです。

2022/4/09
Perimeter Institute for Theoretical Physicsでは様々な講演、デモ実験などの動画を公開しています。昨日紹介したパルサーの発見の講演はその一例です。この研究所の提供している資料についてはこちらの一覧をごらんください。https://perimeterinstitute.ca/perimeter-resources
YouTubeのチャンネルでもいろんな動画がみられます。カナダにある研究所なので、英語、フランス語の動画があります。こちらにはPublic Lecturesがあつめられていて、公開講演がみられます。理論物理学だけではなく、新型コロナウイルスの話や形態形成の話もありますので視聴してみてください。次の動画はワープドライブとエイリアンと題する講演です。
https://youtu.be/fzweIEvN8sc

糖鎖生物学のプロトコル集と教科書、そして生物物理学の現状を鳥瞰できる本を紹介します。

投稿日: 投稿者: root

今日は糖鎖生物学のプロトコル集と教科書、そして生物物理学の現状を鳥瞰できる本などを紹介します。

NCBIのBookshelfでオンライン無料公開されている次の本がおすすめです。
Glycoscience Protocols (GlycoPODv2) [Internet]
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK593839/
このプロトコル本は、最新の糖鎖研究の技術が集大成されているオンラインで読める本になっています。
糖鎖関連の酵素の活性測定法、N-グリカンやO-グリカン、グリコサミノグリカンなどの解析法、糖脂質の研究法、糖鎖の分離解析法、レクチンに関するプロトコルや糖鎖合成法などなど、糖鎖研究で必要になる主要なプロトコルが網羅されている本で、糖鎖研究をこれから始める人、現在行っている人に必須のプロトコル集です。是非、この本がNCBIのライブラリのサイトで読めることを覚えておいてください。きっと役立つと思います。書誌情報も書いておきます。
Nishihara S, Angata K, Aoki-Kinoshita KF, Hirabayashi J, editors.
Glycoscience Protocols (GlycoPODv2) [Internet].
Saitama (JP): Japan Consortium for Glycobiology and Glycotechnology; 2021–. PMID: 37590565.

Bookshelfにはリンク集にもあげてある糖鎖生物学の最新版の教科書もはいっているのでまだ見ていないかたは是非アクセスしてみてください。
Varki A, Cummings RD, Esko JD, et al., editors. Essentials of Glycobiology [Internet]. 4th edition. Cold Spring Harbor (NY): Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2022. Available from:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK579918/
doi: 10.1101/9781621824213

他にも生物物理学の現況を概観できるこんな本もあってオンラインで読めますし、pdf のダウンロードもできます。
Physics of Life (2022)
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK588363/
書誌情報も貼り付けておきます。
National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine; Division on Earth and Life Studies; Division on Engineering and Physical Sciences; Board on Life Sciences; Board on Physics and Astronomy; Committee on Biological Physics/
Physics of Living Systems: A Decadal Survey. Physics of Life. Washington (DC): National Academies Press (US); 2022 Mar 23. doi: 10.17226/26403

ChatGPTが論文の査読対策や、英文作成に役立つという最新のツイートを紹介します。

投稿日: 投稿者: root

今日は毎週水曜日の計算生命科学の講義を聞く日だったので、簡単な記事とします。
ChatGPTが論文の査読対策や、英文作成に役立つという最新のツイートの紹介です。

ChatGPTが論文の査読に役立つかどうかの研究が行われて肯定的な結果になったようです。
こちらのツイートで概要がわかります。（以下のXのリンクで表示されるツイートをみるときには、貴重な情報が隠れて見えないので「さらに表示」というボタンを押してツイートの全体をみるようにしてください。）


このアカウントはAIDBというサイトのツイッターアカウントだそうです。この記事の内容については本家のAIDBというサイトで詳しく日本語で解説されていますので読んでみてください。このサイトはブックマークしておくとよいサイトの一つですね。

「Natureなどの論文約4,800本でGPT-4による査読能力が検証され、「LLMは査読にも有用」と結論」というタイトルの記事です。
https://aiboom.net/archives/57449

こちらのツイートもご覧ください。


この話題とは別の英語の論文作成の話ですが、柳瀬陽介先生のツイートも引用しておきます。

セントジェルジ博士 (Albert Szent-Györgyi) の名著　「狂ったサル」が個人送信資料で無料で読めるようになっています！

投稿日: 投稿者: root

国立国会図書館の個人送信資料をみていたら、セントジェルジ博士 (Albert Szent-Györgyi) の名著　「狂ったサル」の初版と、新版が新たに入っているのに気付きました。
ビタミンCの発見でノーベル賞を受賞した博士は、TCAサイクルの発見の礎を築いたことや、アクチン・ミオシンによる筋収縮機構の発見でも有名です。また量子生物学のパイオニアでもあります。政治的にも大きな影響を与えた人で、アメリカに移住した後には、ベトナム反戦活動に大きな影響をあたえたことでも有名です。

セント・ジェルジ博士のこの本は、イスラエルやウクライナでの戦争だらけになってしまったこの世界の、今後を考えるのに必読の本ではないかと思います。
この本での、ベトナム戦争で戦争をおしすすめようとするアメリカの政治家と右派に対する鋭い批判や、中国問題についての博士の意見は傾聴に値します。1987年の新版の訳書には、訳者の国弘正雄さんによるベトナム戦争終結後、ちょうど10年の日に書かれた「あとがき」がついていて、いったんベトナム戦争を人道にもとるものだったと反省していたアメリカの世論が、しだいに　「なぜアメリカは負けたのか、どうしたら勝てたのか」という世論へと変化していく様子が書かれてます。今こそ読み直すべき本ですが、ちょうど個人送信資料で無料で読めるようになっていたのはラッキーでした。

この本の末尾には、セントジェルジ博士の来日時にNHKテレビで同時通訳付き(国弘さんが通訳でした）で放送された博士の講演会「私の歩んだ道―戦争と科学」の講演全文の翻訳が掲載されています。私も高校生の時この放送をノートをとりながら見ていたのを鮮明に覚えています。博士は講演の名手で、ハンガリーでの大学での講演会には一般人のみならず、多くの上流階級の女性もつめかけていたそうです。博士のゲシュタポとの戦い、ハンガリーの大統領になってくれと依頼された話なども満載の講演で、是非一度読んでみることをお勧めします。科学者で発見をするにはどうしたらよいかというようなアドバイスもありますのでご覧ください。

この本は、Crazy Apeという本と、What Next？という二冊の本を合わせて国弘正雄さんが翻訳されたものです。国弘さんはもう亡くなりましたが、国際商科大学教授で英語教育に多大の貢献を多くの英語を学ぶための本も出版されています。同時通訳者としても有名でした。外務省の顧問もつとめられており、護憲派としても有名で国会議員にもなった人です。Szent Györgyi博士が来日された時の同時通訳者をつとめられたことから、博士と親交のあった方でもあります。また日米関係・日米貿易摩擦を考えるための本の翻訳などでも有名で、多くが国立国会図書館の個人送信資料で読めます。
「摩擦を乗り切る　日本のビジネス　アメリカのビジネス」(世界的に有名な文化人類学者エドワード T. ホールと奥さんのミルドレッドとの共著）という本は三冊からなる本ですが今読んでも役立ちそうです。https://dl.ndl.go.jp/pid/12103589

最後に、セントジェルジの本で個人送信資料でよめる本のリストを以下にあげておきます。
狂ったサル : 人類は自滅の危機に立っている 新版
A.セント=ジェルジ 著[他] サイマル出版会, 1985.6
https://dl.ndl.go.jp/pid/12128153

狂ったサル
アルバート・セント=ジェルジ 著[他] サイマル出版会, 1972
https://dl.ndl.go.jp/pid/12125958

科学・倫理・政治 : 動乱に生きた一科学者の省察
A.セントージェルジ 著[他] 岩波書店, 1966
https://dl.ndl.go.jp/pid/1381746

分子生物学入門 : 電子レベルからみた生物学 (広川化学シリーズ ; 6)
A.Szent-Györgyi 著[他] 広川書店, 1964
https://dl.ndl.go.jp/pid/2428890

生体とエネルギー
セント・ジェルジ 著[他] みすず書房, 1958
https://dl.ndl.go.jp/pid/1377188

生命の本質 : 筋肉に関する研究
セント・ジェルジ 著[他] 白水社, 1952
https://dl.ndl.go.jp/pid/1371660