The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

YouTube動画チャンネル　「物理学者とティータイム」や科研費の学習物理領域の動画が面白いので紹介します。

投稿日: 投稿者: root

以前、シン仮面ライダーの映画のことを記事にしました。

「シン・ウルトラマン、シン・仮面ライダーの裏話。物理学者はゼットン？」という動画が面白かったです。

この記事の動画が掲載されているチャンネル　「物理学者とティータイム」に新しい動画がいろいろアップされています。
たとえば、学習物理学という科学研究費の領域がはしっていますが、そのわかりやすい紹介などは次の動画をご覧ください。
AIは物理学者を代替するか？ 【質問回】
https://youtu.be/L6YXcw4P7Fg?si=5_rkPOB-Bvh3zyAi

学習物理という科研費の領域の紹介はこちらにあります。
https://mlphys.scphys.kyoto-u.ac.jp/about/

またこの学習物理のつくっているYouTube動画も充実しています。こちらをご覧ください。
https://mlphys.scphys.kyoto-u.ac.jp/outreach/#sec_youtube

肩の凝らない解説や、本格的講義もありますので興味のある方はのぞいてみるとよいでしょう。

最初に紹介した「物理学者とティータイム」のチャンネルにはもっとやさしい動画もありますのでご覧ください。
物理学者とティータイムって？【チャンネル紹介】
https://youtu.be/CPKCRNo_IvI?si=ouDYh0BJ4XSd3Quo

フランスでポスドクをしているLEOさんと奥さんのカップルチャンネルになるのかも。

LEOさんは疫学トークというYouTubeチャンネルもつくっておられるようです。
たとえばこんな動画があります。
https://youtu.be/zuWD-JoAkNY?si=VynlkFjRHnz_vruh

Rをつかった実演などもあってよさそうな動画チャンネルです。

慶応義塾大学の材料科学向け機械学習入門動画の第２回目が講義資料とともに本日公開されました。

投稿日: 投稿者: root

ここ数日、OpenAIのアルトマンさんの電撃解雇とその後についてのニュースがとびかっていますね。解雇した側もまさか9割以上の従業員からアルトマンさんを復職させなければ退職するという声明をだされるとは予想していなかったのではないでしょうか。これからどのように展開するのか注目したいと思います。

さて先日慶応義塾大学のKEIO TECHNO-MALL 2023 のプレイベントとして開催された材料科学向けの機械学習の入門コース(Day 1 初級編）を紹介しました。

材料科学向けの機械学習の入門動画が慶応大学から公開されていました。おすすめの講義です。

この機械学習の入門コースのDay 2　中級編は11月7日に開催されましたが、その動画が本日アップロードされたので紹介します。
https://youtu.be/zXHtctfNiY0?si=nKuLOG2K5hH1ZFmL

動画のタイトルに Pre-KEIO TECHNO-MALL 2023 (第3回) とあるのはPre-KEIO TECHNO-MALL 2023 という一連のプレイベントの第２回が「慶應理工の研究者が語るロボティクスの現状と将来」だったからです。機械学習の入門コースはプレイベントの第１回と第３回がそれぞれDay 1 とDay 2の講義になります。
大変ありがたいことに、こちらの　GitHubのレポジトリに講義資料、サンプルプログラムが掲載されています。

「すぐできるマテリアルズ・インフォマティクス－材料×機械学習の融合－　」
https://github.com/hatanaka-lab/Getting_started_with_MI/tree/main

材料科学に応用するつもりで機械学習を学びたい人には、最適の講義ではないでしょうか。他の分野の方も、この解説がぴったり合うかもしれないので是非ざっと動画や講義資料を見てみてください。

ベストセラーになっている二冊の講談社現代新書の著者 小林武彦先生の生物の死と老化に関する動画を紹介します。

投稿日: 投稿者: root

小林 武彦先生は「生物はなぜ死ぬのか (講談社現代新書)」がベストセラーになっているので読んだ方も多いかもしれません。
私も買いました。https://bookclub.kodansha.co.jp/product?item=0000351419
また今年になって、続編の「なぜヒトだけが老いるのか (講談社現代新書)」もでて、こちらもベストセラーになっているようです。
https://bookclub.kodansha.co.jp/product?item=0000379419
今回紹介する動画は、この二冊をふまえた講演になっています。YouTubeのおすすめ動画ででてきたので知りました。
「生物はなぜ老い、そして死ぬのか」小林 武彦（東京大学 定量生命科学研究所教授）2023年度 軽井沢土曜懇話会 第２回
https://youtu.be/ujN8LTepZ9g?si=AdIXwYpdICblO5cH

このYouTubeの動画はスライドがちゃんと映っていなくていらいらします。一枚のスライドの全体が見えるのがほんの一瞬で、あとは先生のしゃべっている姿とスライドの切れ端しかうつっていない画面が延々と続きます。スライドがどこかにアップロードされていないかとネットでさがしてみるとありました。こちらのページにこの講演の資料へのリンクがありますので、そこからダウンロードできます。
https://www.nii.ac.jp/event/karuizawa/2023/#2
大変良い内容の講演なので、手元でこのスライドのpdfを開きながら、動画をみるとよいでしょう。

あるいはこちらの動画がわかりやすいかもしれません。
IQB Public Lecture 第3回「老化研究最前線」 – 東京大学定量生命科学研究所 小林武彦教授
https://youtu.be/4UiCN_8N1UM?si=eF7iY07Whk38X6pQ

現役の学生さんが書いたQiitaのよい記事があったので紹介します。

投稿日: 投稿者: root

大学で働くときの一番のメリットは、学生さんと一緒に学び、研究するのでいつも新鮮な知識や考え方、柔軟性のある生き方に接することができるということだと思います。また若い人は柔軟な思考ができるので、私たちが考え方を教えるとそれをあっとゆうまに自分のものにしてしまいます。九州大学時代はほんとうに楽しい研究生活をおくれたと学生さん達にいつも感謝しています。さて今日は、若い学生さんの書かれた学び方についての記事を紹介します。以下のツイートをまずご覧ください。

https://nitter.net/A7_data/status/1725776854592721286#m

このツイートにリンクのあるQiitaの次の二つの記事が役立ちます。

「中学英語レベルの純日本人理系大学生が、1ヶ月ちょいでAI駆使して卒論7割終わらせながらTOEIC 900超えた話」
https://qiita.com/mohki7/items/76b4cdda669bce548511
TOEIC 900超えの勉強法の他に、卒論の部分には　ChatGPTなどの活用例が書かれています。

こちらは現代の現役の大学生がどんなふうにデータサイエンスを学んでいるかがわかる、とても良い記事だと思います。
「優良データサイエンス関連教材をたっくさんまとめてみた【僕の学習記録】」
https://qiita.com/mohki7/items/c3f26916d79a0e3269cc

東大TVと東京大学オープンコースウエアOCWの紹介です。動画や講義資料がみられます。

投稿日: 投稿者: root

今日は福岡に初雪が降りました。夜中は冷たい雨の音が大きく、ぐんぐん冷え込みました。朝起きると遠くの山の木々に雪がうっすら積もっている様子でした。平年よりも30日も早い初雪。11月中の初雪は2013年以来10年ぶりだそうです。

さて今日は日本語で気楽にきける講義を紹介します。東京大学の公開している講義です。
東大TVというサイトがあります。
https://tv.he.u-tokyo.ac.jp/
こちらのサイトにある動画の一部はYouTubeでも見ることができます。こんな動画はいかがでしょうか。
「古代ギリシア哲学を学ぶ意義―高校生と大学生のための金曜特別講座」納富 信留
https://tv.he.u-tokyo.ac.jp/lecture_5966/
この動画は現代科学の源流にあって科学の発展にも大きな影響を与えたギリシャ哲学についてのよい入門講義だと思います。
YouTubeではこちらになります。
https://youtu.be/WJq903MLH2E?si=-SWIa_WMj8pcjgXg

東大TV / UTokyo TVのチャンネルの動画リストはこちらです。
https://www.youtube.com/@UTokyoTV/videos

また東京大学のオープンコースウエア(OCW)のサイトもあります。
「東京大学の正規講義の講義資料・映像を無償で公開しています」 というサイトです。https://ocw.u-tokyo.ac.jp/
こんな講義もあります。
「物質のはじまりとはたらき ―フェムト、ナノ、エクサの世界 (学術俯瞰講義) 」
https://ocw.u-tokyo.ac.jp/course_11402/
講義資料と動画をみることができます。おすすめです。
いろんな講義がありますので、検索してみてください。検索キーワードを入れて検索が終わると、講義を探すという部分に絞り込みできるボタンがあります。これを押して映像がある講義を表示するようにチェックを入れると、動画のある講義のみが検索結果から選ばれて表示されるので便利です。力学というキーワードで検索するとこんな風に結果が帰ってきます。https://ocw.u-tokyo.ac.jp/lecture-search/?q=%E5%8A%9B%E5%AD%A6&site_mode=ocw
絞り込みで、講義映像が公開されているものだけを表示するようにチェックを入れるとこうなります。
https://ocw.u-tokyo.ac.jp/lecture-search/?q=%E5%8A%9B%E5%AD%A6&site_mode=ocw&fq%5Bcontent_codes%5D%5B0%5D=video
中には古い講義もありますがこの講義などは役立ちそうです。
電子基礎物理学I 　https://ocw.u-tokyo.ac.jp/course_11272/

「インシリコ創薬の基礎と応用」という講義をききました。

投稿日: 投稿者: root

夕方は恒例の計算生命科学の基礎10の講義を聴講しました。Zoomで講義を聞いている最中、外は雷。霰が激しく降っていました。
今日の講義は「インシリコ創薬の基礎と応用」という題で、講師は広川 貴次先生（筑波大学 医学医療系 教授）でした。広川先生の講義はこの分野を学んでみようという意欲をかきたてる名講義でした。毎年講義されているとのことで、昨年の講義はこちらで公開されています。
https://www.r-ccs.riken.jp/about/careers/e-learning/intro-com-life-sci-2022/life-science9-7/
昨年の講義との主な違いについて以下にメモしておきます。YouTubeで公開されている去年の講義と同じスライドが多かったので、興味のある方は動画をご覧ください。

ざっと昨年の講義を拝見しましたが、今年は昨年の講義に加えて基礎的な部分では化合物生成AIの話とその理解に必要な線形表記の解説が加わっていてSMILES、WLN、ROSDAL、SLN(SYBYL)、InChIなどが代表的な線形表記法だというのがわかりました。化合物生成AIは化合物を線形表記法でAIが扱えるように１次元表記することでコンピュータによる分子設計が可能になるわけです。講義ではSMILESを代表的な線形表記法としてとりあげてそのわかりやすい解説がありました。
またAlphaFold2がStructure-Based Drug Design (SBDD）にどのくらい使えるのかというお話もあって参考になりました。
以下の論文があるとのことでしたが、その引用文献を検索するとさらに最新の情報も得られるとのことでした。
Scardino V, Di Filippo JI, Cavasotto CN. How good are AlphaFold models for docking-based vi
screening? iScience. 2022 Dec 30;26(1):105920.
こちらから読めます。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9852548/
またドッキング法については（参考）グローバルドッキングの最新事情：拡散モデル理論に基づくドッキング法
というタイトルのスライドで、以下の文献の簡単な紹介がありました。
DiffDock: Diffusion Steps, Twists, and Turns for　Molecular Docking
Gabriele Corso, Hannes Stärk, Bowen Jing, Regina Barzilay & Tommi Jaakkola
CSAIL, Massachusetts Institute of Technology
arXiv:2210.01776v1 [q-bio.BM] 4 Oct 2022
これもこちらから読めます。https://arxiv.org/abs/2210.01776

脱線ですが、SMILESで思い出しました。中学校の英語の時間に、先生が英語で一番長い単語はなにか知っていますか？と皆にきいたあと、教えてくれた正解がsmilesでした。s とs の間が一マイルもある単語です。

YouTubeを見る時に役立つChrome/Brave機能拡張―Language ReactorとLanguage Learning with YouTubeなどの紹介です。

投稿日: 投稿者: root

YouTubeとNetflixをつかって英語の動画をみるとき、字幕を表示して英語字幕の単語にマウスをあてると日本語訳がポップアップするなど便利なChromeやBraveブラウザの機能拡張を以前紹介しました。Language Reactorという機能拡張です。https://www.languagereactor.com/
これとは別に、Language Learning with Netflix & YouTube-AFL　という機能拡張もあります。
https://appforlanguage.com/
こちらは、字幕が表示されているとき、任意の単語上にカーソルをあわせると動画の再生がとまって同時に日本語訳がポップアップしたりします。また右側には字幕が次々と表示されて、マウスで選択するとその字幕をテキストファイルその他の型式で保存することもできます。これもログインしないと十分使えない機能なども満載の機能拡張なので、Language Reactorがいまいちと思う方は試してみるのがよいと思います。Language Learning with Youtubeという機能拡張もあって、こちらはLanguage Learning with Netflix & YouTube-AFLのYouTube専用版のようです。今これはみつけたところなので、試してみてまた明日にでも紹介します。今回の記事では機能拡張の作成会社のサイトへのリンクを紹介しました。インストールするときには、機能拡張の名前を使って、Chrome Storeから探してみてください。
https://chromewebstore.google.com/

 

日本でみられる印象派の作品をあつめたオンラインギャラリーを紹介します。

投稿日: 投稿者: root

画像はモネの睡蓮です。これは東京の八王子にある東京富士美術館の所蔵作品です。
https://www.fujibi.or.jp/our-collection/profile-of-works.html?work_id=426
昨日11月14日は、クロード・モネの誕生日でした。
国立国会図書館の　Japan Searchのツイート　https://nitter.net/jpsearch_goで知りました。


Japan Searchのサイトではいろいろなギャラリーがつくられています。
https://jpsearch.go.jp/gallery
そのなかの一つ、 「日本で出会える印象派」
https://jpsearch.go.jp/gallery/ndl-9gNEArlx6QY
には、日本の美術館が所蔵している印象派の美術作品がいろいろ掲載されていて役立ちます。
お近くの美術館に出向いてみるきっかけになるギャラリーですね。

ファラデーの実験室からファラデーの残した実験装置で、ファラデーの４つの発見を紹介する動画が公開されました！必見です。

投稿日: 投稿者: root

マイケル・ファラデーは近代科学の開拓者として有名な実験科学者です。電磁気学や化学への偉大な貢献についてはこのブログでも何回か紹介しています。今日、いつも私が紹介しているYouTubeのRoyal Institution(王立研究所）のチャンネルで、王立研究所にあるファラデーの実験室(保存されています！）から、ファラデーの４つの発見を紹介する動画が公開されました。
ファラデーファンには見逃せない動画です。
Discoveries from Faraday’s Laboratory – with David Ricketts
https://youtu.be/q3NBRECJ8cg?si=GF0D5rzrL-8ASPOK

1) ファラデーによるモーターの発明(一日で発明したそうです）はこの辺から解説されています。
https://youtu.be/q3NBRECJ8cg?si=GSwgU4qyby4LOo9E&t=1008
ちなみに、上のリンクの最後の数字は動画の一番初め（０秒）から希望する再生位置までの経過秒数です。1008秒経過したところから、クリックすると再生されるようにリンクを指定してあるわけです。クリックして再生が開始される位置を、好きなところからに指定することができます。

2) 電磁誘導の発見についてはこのあたりにファラデーが使った装置の実物をみせながら解説されています。
https://youtu.be/q3NBRECJ8cg?si=dzZuZOnUY7C0nDgc&t=1537
実際のファラデーの行った実験の再現はこのあたりから。
https://youtu.be/q3NBRECJ8cg?si=v86-FvtTYRzMjzEO&t=1923

3)ファラデーケイジについてはこのあたりから。ファラデーのつくったファラデーケイジは大きさが20フィート四方の大きなものだったとのことを初めて知りました。
https://youtu.be/q3NBRECJ8cg?si=6AlLj-T4PhBQbzos&t=2247
4)反磁性diamagnetismもファラデーの発見なんですね。
このあたりから解説があります。
https://youtu.be/q3NBRECJ8cg?si=6_QryfGvWODtqyxU&t=2583
反磁性のデモ実験で、ブドウの実が示す反磁性を見ることもできます。常磁性paramagnetismもファラデーの作った言葉で、そのデモ実験も見られます。

また私も昔見学したことがある、Faraday Museumの紹介もされていて、ロンドンにいったら是非見学してみてください。昔よりずいぶん展示も改良されているようです。https://www.rigb.org/visit/faraday-museum
いろんな写真もこちらのサイトでみられます。
https://www.rigb.org/explore-science/explore/person/michael-faraday-1791-1867

Kindle unlimitedで読めていた本が続々と読めなくなってしまっていました。

投稿日: 投稿者: root

福岡は急に寒くなってきました。とうとうストーブを使い始め、電気ヒーターも取り出してきて使い始めました。
さて、このブログでたびたび紹介してきたAmazonのKindle unlimitedについてです。私はここ二か月ほど有料で利用していましたが、そろそろKindle unlimitedの契約をやめるつもりです。今まで読むことができた岩波書店の岩波新書をはじめとするほとんどの本が今月にはいって読めなくなりました。また先月末で講談社のブルーバックスも読めなくなった（これは講談社のブルーバックスのツイートで予告されていました）ので、月980円を払うサブスクリプションはコストパフォーマンスなしと判断しました。

岩波書店の本は、有名なノーベル賞物理学者のファインマン先生の書いた「ご冗談でしょうファインマンさん」とか、今井むつみ先生の「英語独習法」、糖鎖生物学の笠井献一先生の「科学者の卵たちに贈る言葉」などなどいろんな本が読めたのでこのブログでも心からおすすめしました（この三冊は私は紙の本をもっています）。岩波少年文庫もいろいろなタイトルが入っていて、チャペックの童話「長い長いお医者さんの話」など子供のころに読んだ懐かしい本が読めました。こうした岩波書店の本が大量に入っていたのも無料お試し期間をすぎて有料契約した理由でした。ブルーバックスも魅力的な本が多く、今まで手に取ったことのない本も今回読めたので、手当たり次第に読んでいい本がいろいろみつかりました。Kindle unlimitedにはいっていて本当によかったです。しかし今やブルーバックスも岩波書店の本もKindle unlimitedからは消えたので、こうした魅力的な本がまた読めるようになったら、有料契約しようと思います。

以前このブログで紹介した　「アルプスの少女ハイジ」(角川文庫、原作の完訳です）はまだKindle unlimitedで読めますし、今調べたところ「赤毛のアン」のシリーズ全10冊（講談社）は全部Kindle unlimitedで読めます。以前はKindleのアプリで、まもなく読めなくなるタイトルが表示されていたのですが、今は通知がこなっているように思います。これらの本も読めなくなるかもしれないので、早めに読んでおくのがよいのでしょうね。