医学界新聞の新連載やナイチンゲールについての記事を紹介します。

今日は夕方仙台から福岡に戻ってきたので簡単な記事です。東北大学は大きな大学ですね。タクシーでナノテラスを拝みにいきましたが、稼働予定とのことで遠くから拝むことしかできませんでした。しかし山全体が東北大学と宮城教育大で占められており、タクシーで走っても走ってもまだ東北大学の中という体験をしました。

時々紹介している医学界新聞に新しい連載がいろいろ追加されています。
こちらの連載一覧からいろいろ役立つ連載が見つけられると思います。
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series

サイエンスイラストで「伝わる」科学
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series/208

スライド作成のABC
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series/213

などのよい連載を読んでみてください。役立つと思います。また最新記事では、ナイチンゲールの伝記を書いた著者の座談会
“超人”ナイチンゲールの超えっぷり
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/archive/y2023/3545_01
が面白そうです。

中村祐太さんのYouTube動画チャンネルをまた紹介します。nitterの使い方も簡単にまとめなおしました。

以前このブログの次の記事で紹介したことがある、中村祐太さんのYouTube動画チャンネルをまた紹介します。

ChatGPT Plusの新機能Code interpreterを使ってみましょう!

私はUdemyの中村先生の講義を受講していますので、ときどきお知らせメールが届きます。今日来たメールには二つほど新しい動画が紹介されていますので、皆さんにも紹介しておこうと思います。どちらも無料プランでためしてみることができるサービスの紹介です。サブスクリプションはいまのところ円安で躊躇しますが、無料プランでやってみるのもよいと思います。私は原則サブスクリプションの数を極力絞る方針ですので、めったにサブスクリプションサービスを紹介しません。でも有用なサブスクリプションサービスもあるはずですので、こうしたサービスや、無料の様々なプログラミングのtipsを学べるこのチャンネルは、とても有用なチャンネルだと思います。今日メールで紹介された動画は次の二つです。

GitHub Copilot&Copilot Chat 使い方入門!VSCodeで始めるAIプログラミング支援

革新的AIコードエディタCursorの使い方入門!OpenAIが800万ドル投資!VSCodeからの乗り換え続出!?

こちらの動画一覧から視聴できますのでご覧ください。https://www.youtube.com/@yuta-nakamura/videos
そのほかいろいろ有用な動画がありますので是非ご覧ください。

最初に紹介した過去記事にあるnitterの不具合は今は解消されています。
twitterはいまだに登録なしでのアクセスは受け付けない仕様で、それを止める気はないようです。それで私はもっぱらnitterのインスタンスを使ってtwitterをみています。やり方は前に書きましたが、もう一度簡単にまとめておきます。
1)こちらのサイトでhttps://status.d420.de/
どのnitterのサービス(インスタンス)が今 動いているかを調べたうえで

2)動いているインスタンスのurlを開いてユーザー名を入れればアクセスできます。しかしこれは面倒くさいので、私は以下のようにしています。上のサイトで動いているインスタンスのトップにあるのはこちらのurlのインスタンスです。
https://nitter.uni-sonia.com/ これは日本で動いているサービスのようです。

3)例としてこのインスタンスを使って、田口善弘先生のtwitterを読んでみましょう。動いているインスタンスのurlを先ほどのサイトからコピーしてきます。https://nitter.uni-sonia.com/でしたね。次にXの田口先生のツイートのurlを調べて、ユーザー名をコピーします。この例ではhttps://twitter.com/Yh_Taguchiがツイッターのurlです。このurlのスラッシュの後が田口先生のユーザー名Yh_Taguchiです。このユーザー名をコピーして、動いているインスタンスのurlの後に貼り付けます。
https://nitter.uni-sonia.com/Yh_Taguchi
これで田口先生のツイートがログインなしで読めるようになります。

Nick Laneの新しい動画の紹介です。

今日はNick Laneの新しい動画があるので紹介します。スイスのバーゼル大学後援のNCCR Molecular Systems Engineeringで開催された講演動画です。こちらのホームページにも案内があります。https://www.nccr-mse.ch/en/home/
動画はこちらから視聴できます。
Nick Lane: The electrical origins of life
https://youtu.be/FLaTU-t1CQM?si=8RZp0I8wy0kNN4Vm

このブログでもたびたび彼の講演は取り上げているのでおなじみの方が多いかもしれません。

細胞と遺伝子の起源についての大胆な仮説―Nick Laneの最新講演動画をご覧ください。

彼のいろいろな仮説は刺激的で想像力をかきたてる本をいっぱい書いています。日本語に翻訳されている本としては、「生命、エネルギー、進化」(みすず書房)がおすすめです。https://www.msz.co.jp/book/detail/08534/

私個人の感想ですが、みすず書房の本は良い本ばかりなのですが、値段が安いことはまずないのでほとんど買えません。図書館にも高額ゆえかあまりはいっていないので多くの名著が一般に普及しないのは残念なことです。私はAmazonのKindleで英語版を安売りの時に購入しました。今みると2660円のKindle版と850円のKindle版の二種類があるんですね。安いほうを買うのをおすすめします。また彼の最新の著書TRANSFORMER: The Deep Chemistry of Life and Death (English Edition)はKindle版は1000円で売っていますね。これは今回の講演の基礎となった話を書いた本です。この本の読者はその後の発展を含めて講演をよく理解できるのではないでしょうか。おすすめします。

Cryo電顕の歴史と実験法、そして最新の成果がわかるセミナーと講習会動画がでています。

10月にMRC LMBのセミナーでKendrew Lecture 2023 – Cryo-electron tomography or the power of seeing the whole pictureというのがありました。Wolfgang Baumeisterさん(Max Planck Institute of Biochemistry, Germany)によるセミナーです。私はZoomで参加しました。よいセミナーだったのでYouTubeに公開されるのを待っていたのですが、そのセミナーの動画が数日前にアップロードされていました。
ぜひご覧ください。
https://youtu.be/7vrKLnLXebY?si=q3SxTog4I9mJYA2X

またなんと、2023年のthe MRC LMB’s 2023 Cryo-EM Courseの動画がYouTubeに今日アップロードされました。これはCryo電顕の歴史を含めて、サンプルの作り方、最新技術などにふれている充実した動画です。上のKendrew Lectureをみて興味を持った人にピッタリのコースだと思います。これをじっくり見て、次のブレイクスルーをねらいましょう!公開された動画リストはこちらにあります。https://youtube.com/playlist?list=PLQbPquAyEw4e8urWaUGLtjIzgdsq8urif&si=GofczBcpmC09hWZn

この講習会の動画の一つを張り付けておきます。これはCryo電顕の発展を論文でたどる講義です。
Influential publications in the historical development of cryo-EM – Richard Henderson
です。日本の研究者の論文も紹介されています。日本電子の研究者を中心とする研究もCryo電顕の発展に大きく貢献しています。
Fumio Hosokawa, Hidetaka Sawada, Yukihito Kondo, Kunio Takayanagi, Kazutomo Suenaga, Development of Cs and Cc correctors for transmission electron microscopy, Microscopy, Volume 62, Issue 1, February 2013, Pages 23–41, https://doi.org/10.1093/jmicro/dfs134

日本生化学会の2023大会プレナリーレクチャー、奨励賞受賞講演動画が公開されました!

今年の福岡で開催された日本生化学会2023大会のプレナリーレクチャー、奨励賞受賞講演動画が日本生化学会ホームページで一般公開されました!どれもとてもよい講演なので是非全部視聴されることをお勧めします。日本生化学会は2017年からこのような公開を行っており、一般の方や生化学会の会員で大会に参加できなかった会員、そして参加した会員にも役立つすばらしい情報公開をつづけています。お金がなくて学会に参加できない人、あとであの講演を聞きたかったと思う人などなど、皆が大喜びする方針です。是非みなさんも視聴してみてください。
以下は会員あてに今日とどいたメールからの引用(アンダーライン部分)です。(生化学会のVimeoの動画は残念ながらブログにうめこめないので、以下のリンクからご覧ください。)

https://vimeo.com/channels/jbsoc

今回の公開 プレナリー5題
■伊藤 隆司 氏(九州大学)
「遺伝子重複による進化への構成的アプローチ」
■赤池 孝章 氏(東北大学)
「超硫黄分子の発見と生理機能の解明」
■望月 敦史 氏(京都大学)
「生命システムの振る舞いをネットワークの形だけから決定する」
■神田 大輔 氏(九州大学)
「蛋白質分子が立体構造を素早く形成できる謎に残基ベースの平衡定数と
速度定数の相関関係で答える」
■三浦 岳 氏(九州大学)
「頭蓋骨と植物細胞壁:生物の形を数理モデルで理解する」

~~奨励賞受賞講演3題~~
■加藤 一希 氏 東京医科歯科大学(テニュアトラック准教授)
「抗ウイルス免疫応答における自己・非自己の認識メカニズムの解明」
■岩崎 信太郎 氏 国立研究開発法人理化学研究所開拓研究本部(主任研究員)
「翻訳の網羅的理解」
■杉浦 歩 氏 順天堂大学(講師)
「ミトコンドリアを中心としたオルガネラ間相互作用の解析」

伊藤先生は大学の会議などで大変お世話になりました。望月先生は前に書いたように九大の大学院生時代に、私のラボのセミナーに参加しておられました。今回の講演後に少し話せてよかったです。とてもよい教科書「理論生物学概論(共立出版)」も書いておられます。おすすめの本です。
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/book/b10003326.html
神田先生は九大医学部キャンパスに私たちがいたとき大変お世話になりました。三浦先生はメールでやり取りをさせていただいたことがあります。枕にあたるお話で講演にひきこまれたのですが、公開された動画ではどうやらその部分は編集されているようです。奨励賞の先生がたのお話は別のセッションにいっていて聞けなかったのでこの動画で聞かせてもらえるのはありがたいです。

数学や物理を解説する優れたオンラインコンテンツを表彰するコンテスト―Summer of Math Expositionというのがあります。

Summer of Math Expositionというコンペが開催されています。今年で3回めだそうで、オンラインでアクセスできるすぐれた数学コンテンツの開発を促進するためのコンテストです。こちらのサイトから、様々な切り口で紹介される、数学や物理学の動画やオンライン解説を楽しめます。
https://some.3b1b.co/
今年のノミネートされた動画リストはこちらです。https://youtube.com/playlist?list=PLnQX-jgAF5pQS2GUFCsatSyZkSH7e8UM8&si=8uupKA6WU6gpmdLM
25の今年2023年のwinnerの紹介動画はこちらです。
https://youtu.be/6a1fLEToyvU?si=TiFDQhXb5MXFJkL-

動画以外のオンラインコンテンツのリストはこちらです。
https://some.3b1b.co/non-videos

動画の例です。変分法の解説と導入実験は見事です。
Minimal Surfaces & the Calculus of Variations
https://youtu.be/8SABptOYUVk?si=H13dah6D7i18zTdR

圏論の解説もあります。
The Mathematician’s Weapon | An Introduction to Category Theory, Abstraction and Algebra
https://youtu.be/FQYOpD7tv30?si=5yu6Lma26VkvsWYT

気に入った動画やコンテンツを見つけたら、その作成者の他の動画などをチャンネルで探すのも役立ちそうですね。

柳瀬先生の論文「AIを活用して英語論文を作成する日本語話者にとっての課題とその対策 」が読めるようになっています。

柳瀬陽介先生の「情報の科学と技術」73 巻 (2023) 6 号の論文が公開されていました。

「AIを活用して英語論文を作成する日本語話者にとっての課題とその対策 (柳瀬 陽介)」
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jkg/73/6/73_219/_article/-char/ja/

先生の以前の記事を参照してください。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/06/ai-736-pp-219-224.html
柳瀬先生のこの記事にも書かれていますが、この号にはいろいろ役立つ論文がのっているので興味のあるものを読んでみるとよいでしょう。
https://www.jstage.jst.go.jp/browse/jkg/73/6/_contents/-char/ja
たとえばこちらの論文「「科学における言語の障壁」(天野達也)」は、英語の論文執筆が英語を母国語としていない科学者には障壁になっていることを論じています。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jkg/73/6/73_200/_article/-char/ja
天野先生の言語の障壁についての論文やツイートも参考にしてください。

岩波書店からでている本「インフルエンザウイルスを発見した日本人―知られざる医学者山内保とは誰か。黄金期のパスツール研究所に連なる病原体の狩人たちの探究のドラマ」が面白いです。

今日は
「インフルエンザウイルスを発見した日本人―知られざる医学者山内保とは誰か。黄金期のパスツール研究所に連なる病原体の狩人たちの探究のドラマ」山内 一也 著 岩波科学ライブラリー321を読んでみたので紹介します。

https://www.iwanami.co.jp/book/b629840.html
これはとても面白い本でした。インフルエンザを引き起こすのがHibワクチンの標的である肺炎を引き起こすバクテリアである「インフルエンザ菌」ではなくて、濾過性病原体=ウイルスであることを世界ではじめて発見したのは日本人の山内保という医学者だということをこの本で初めて知りました。著者の山内先生は有名なウイルス学者ですが、山内先生のところに古くからの友人の有名な外国のウイルス学者からメールがとどいたのだそうです。インフルエンザウイルスを発見したのは山内保という日本人だということがわかって本にそのことを書くので写真を送ってほしい、きっとあなたの親戚だろうから‥‥という内容のメールだったそうです。山内一也先生は親戚ではなかったのですが、これをきっかけに山内保という知られざる医学者の事績を調べたことからこの本が生まれました。山内保という方はパスツール研究所に留学して、食細胞による細胞性免疫の発見やプロビオティクスで有名なメチニコフ(1908年にノーベル賞受賞しています)のラボで研鑽をつんで素晴らしい業績をあげています。第一次大戦では戦場での戦傷と感染症の調査のためパスツール研究所から派遣されて、戦場での従軍研究もおこなっていたそうです。いかに信頼されている日本人研究者であっかがわかるエピソードです。山内が日本に帰国後、どのようにしてインフルエンザがウイルスによる感染症であることを発見したかについては、是非この本を読んでみることをおすすめします。この本は単に山内のことだけを書いているのではなくて、パスツールやコッホ、ラントシュタイナーの業績や、長野泰一のインターフェロンの発見などについてもとりあげていて大変勉強になります。ラントシュタイナーは糖鎖生物学ではABO式血液型の発見で有名ですが、医学者としてほかにどのような業績があったのかが詳しく書かれていて初めて知ることが満載の本でした。よい本ですので是非、一度手に取って読んでみることをお勧めします。

Kindleでいろんな本の安売りをやっています。また新刊のR Bioinformatics Cookbookという本は安売りはしていませんがおすすめ本です。

Kindleなどの電子本は、紙の本より安く買えることがしばしばあります。今はAmazonの月替わりセールのラインアップに、いろいろ統計関係の日本語の教科書がはいっているのでなかなか魅力的です。今日はそうした値引き本の紹介と、10月に出版されたばかりの、Rを使ったバイオインフォマティクスの実践レシピ本の紹介をします。

Amazonの12月の月替わりセールのタイトルには、統計関係の本が、多数入っています。以下がおすすめです。

データ分析のための数理モデル入門 本質をとらえた分析のために Kindle版
江崎貴裕 (著) 形式: Kindle版

データ分析に必須の知識・考え方 認知バイアス入門 分析の全工程に発生するバイアス その背景・対処法まで完全網羅 Kindle版
山田典一 (著) 形式: Kindle版

データ分析に必須の知識・考え方 統計学入門 仮説検定から統計モデリングまで重要トピックを完全網羅 Kindle版
阿部真人 (著) 形式: Kindle版

分析者のためのデータ解釈学入門 データの本質をとらえる技術 Kindle版
江崎貴裕 (著) 形式: Kindle版

本質を捉えたデータ分析のための分析モデル入門 統計モデル、深層学習、強化学習等 用途・特徴から原理まで一気通貫! Kindle版
杉山聡 (著) 形式: Kindle版

数理モデル思考で紐解くRULE DESIGN -組織と人の行動を科学する- Kindle版
江崎貴裕 (著) 形式: Kindle版

どれも紙の本の半額以下の値段で購入できます。

また今は中公新書とか中公文庫などのポイント半額還元セールもやっているようです。半額還元にはなっていないタイトルも多いですが、お目当ての本が半額還元になっていたら購入を検討されてはどうでしょうか。私は昔、中公文庫で辻 邦生の「背教者ユリアヌス」(上中下の三分冊)の下だけ買い漏らしていました。今は四分冊になっているので、Kindle本を買うとしたら二冊買わなくてはならないので思案中です。

最後にこれは割引になっている本ではないのですが、R Bioinformatics Cookbookという本がでていてちょっと高額ですがよい本のようなので紹介します。
R Bioinformatics Cookbook – Second Edition By Dan MacLean
これはKindleのサンプルをダウンロードして今見ているのですが、大変実践的な Rでバイオインフォマティクスの研究をすすめるための実用本です。RとRStudioを使ってバイオインフォマティクスを研究するためのレシピとそのレシピの細かい解説がのっています。斬新なのは、再現可能な実験をすすめるための詳細な配慮がなされていることです。RからPythonを使う方法(reticulateやanaconda, conda)やCなどをコンパイルする方法(rtoolsなど)も載っていますし、パッケージの作り方、複数のBioconductorのバージョンの共存のさせ方、RStudioのプロジェクトの再現可能性に注意した初期設定法や、プロジェクトのバージョン管理、WindowsやMac、Linuxなど違うOSを使っている共同研究者と共同作業をすすめるための細かい配慮の仕方(the here packageの使い方)などもちゃんと書かれていて大変勉強になります。 ChatGPTについても触れてあるようです。実際に研究に活用して、多数のBioconductorのパッケージも作成している著者ならではの、超実践的な教科書・マニュアルだと思います。こちらのGitHubのページも購入検討の参考になると思います。https://github.com/PacktPublishing/R-Bioinformatics-Cookbook
本自体は、出版社の以下のサイトでfree trialを選んで読むことができそうです。(やっていないので多分できると思います。
https://www.packtpub.com/product/r-bioinformatics-cookbook-second-edition/9781837634279
またオライリーのサイトでO’Reilly learning platform with a 10-day free trialを試して読むこともできそうです。
https://www.oreilly.com/library/view/r-bioinformatics-cookbook/9781837634279/

ネットでみつけた無料の教科書などを少し紹介します。

今日は忙しかったので、ネットでみつけた無料の教科書などを少し紹介します。

ゲームで有名なセガの社内勉強会用資料が公開されています。大変基礎的なところから丁寧に説明されているのでおすすめします。

物理の教科書としては、東京大学の白石直人先生の講義ページにあるテキストが役立つと思います。
https://sites.google.com/site/naotoshiraishiphys/home-jp/lecture
力学、物理数学、電磁気学の2023年版のテキストがダウンロードできます。

またRについては今私も時々参考にさせてもらっている以下のリンクをおすすめします。

わたしたちのR https://www.jaysong.net/RBook/
Practical R Package Development (Japanese)  https://bookdown.org/yutannihilation/practical-r-package-development-ja/ 
こちらは未着手となっている部分もありますが、とても役立つ解説だと思います。