The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

Rosetta commonsの機械学習によるタンパク質設計の動画などは役立ちそうです。

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タンパク質の設計を機械学習で行う時代になりました。YouTubeにはRosetta《タンパク質の立体構造モデリングと設計のソフトウエア。ノーベル賞を受賞しています。）の開発者たちによる講習会の動画やノートブックへのリンクが公開されています。Rosetta Commonsの再生リストはこちらです。
https://www.youtube.com/@RosettaCommons/playlists
RosettaをPythonで使えるPyRosettaの講習会動画などもあるので役立ちます。
今日紹介する
Protein design with machine learning という講習会の動画の再生リストはこちらです。
https://youtube.com/playlist?list=PLFavr8uo6kSpbIQKodSYA6reiG-RDXnWq&
PyMolの使い方、AlphaFold2やAlphaFold3の使い方の講義もあります。
Notionには講義のスライドやノートブックがアップロードされています。
https://sweltering-waterfall-a22.notion.site/Lectures-Slides-Activity-Notebooks-7226d85bd15244639cfb707bfa161c82
動画の一例として、タンパク質の立体構造を表示するソフトPyMolの使い方とVSCode入門の動画を埋め込んでおきます。
PyMol and VS Code (Mini-session)
https://youtu.be/7fh90mdg2pI?

UbuntuにPyMolをインストールするのは簡単です。以前の記事に書いたのでご覧ください。

PymolをUbuntu にインストールして使おう！

米国NIHのサイトnih.govドメインがつながりませんね。とりあえずの対策は以下のとおりです。

投稿日: 投稿者: root

今日　NIH videocastのサイトで動画をみようとしたのですが、つながりませんでした。

『アクセスしようとしているサイトを見つけられません

videocast.nih.gov という名前のサーバーに接続できません。』と表示されます。

PubMed も  Bookshelf  もだめですね。のきなみnih.govドメインははじかれているようです。試しにTorでドイツやオーストリアのIPアドレスでつなぐとつながるので、日本のIPアドレスをはじいているのは明らかですね。TorでドイツのIPアドレスでつなぐと、PubMedはアメリカ政府のサービスだという注記が一番上にでていますが、普通に検索できます。NIH videocastのサイトの動画の視聴やダウンロードまできますし、NCBI BookShelf　のサイトも見ることができます。(これを書いていて試したところNCBI BookShelfは今は普通のブラウザでみることができるようです。PubMedやNIH videocastはまだ駄目です‥‥　）

ということで、NIHのサイトにつながらないときは、Torでつないでみてください。はじかれる国のIPアドレスにあたった場合は、ツールバーの鍵アイコンの左にあるTor Circuitボタンを押して出るプルダウンメニューの一番下、New Tor Circuit for this siteをクリックして経由する国を変えてみてください。（面倒ならtorrcファイルを編集するという方法もあります。exit nodeをはじかれない国に設定するなどすればよいのですが、終わったらもとのtorrcファイルに戻しておくのがセキュリティ上必須です。）

写真は今日午後、近所を散歩しているとき見つけた早春の花です。

 

LLMの使い方―OpenAIの共同創設者Karpathyさんによる一般向けの動画は一見の価値があります。

投稿日: 投稿者: root

Open AIの創設者の一人でAI教育にも力を入れているAndrej Karpathyさんの新しい動画がでました。一般向けの動画で、ChatGPTを中心にその使い方、動作原理などをものすごくわかりやすく教えてくれます。英語はわかりやすいのでおすすめの動画です。


一つ前の動画も評判の動画でちょっと前に紹介しました。

ChatGPTなどのLLMの仕組みを本格的に解説する一般向け講義と、Yale大学の物理一年生用の入門講義を紹介します。

 

原子炉の入門書と実験マニュアル、ゲノム編集の教科書やゲノム編集の哲学の本、その他いろいろな分野のオープンアクセス本の紹介です。

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今日は、時々紹介しているオープンアクセス本の記事です。
京大は原子炉をもっています。その原子炉の入門書と実験書がオープンアクセスで公開されていました！
これからますます重要性をます原子炉についての基礎知識を学べるよい本だと思います。

Introduction to Nuclear Reactor Experiments
https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/94953

Reactor Laboratory Experiments at Kyoto University Critical Assembly
https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/149699

こちらは確率モデルをコンピュータで扱うPythonパッケージの本です。こちらのサイトに詳しい説明がありダウンロードも可能です。
https://qplex.org/book/
QPLEX: A Computational Modeling and Analysis Methodology for Stochastic Systems by Antonius B. Dieker and Steven T. Hackman, published by Springer in 2024. The book is open access. Click on the picture below to download it.
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-74870-7

Solved Problems in Nonlinear Oscillations
A sourcebook for scientists and engineers　非線形振動の有名な教科書にのっている問題の解答書です。
https://directory.doabooks.org/handle/20.500.12854/151428

こちらはゲノム編集について市民が学んでおくべき本　2冊です。
Introduction to CRISPR-Cas9 Techniques
Strategies for the Laboratory and the Classroom
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-73734-3

The Risks and Ethics of Human Gene Editing
A Philosophical Guide to the Arguments
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-658-46979-5

Expert Consensus in Science 　専門家のコンセンサスが科学にどのような影響をあたえるか、社会との関係も考えてみたいところです。そういうときの参考書によさそうな本です。
https://link.springer.com/book/10.1007/978-981-97-9222-1

Learning Analytics Methods and Tutorials
A Practical Guide Using R
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-54464-4
Rでデータ解析をする時のデータのクリーニングの仕方などから学べる教科書でよさそうです。

最後に、以上のようなオープンアクセス本の探し方はこちらの記事などを参考にしてください。

英語のオープンアクセス本で高校生から読める原子の話（みんなの原子物理学）みたいな本がでています。

国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介（第23回）

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国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介（第23回）
今日は深夜からヨーロッパで開催される糖鎖生物学のセミナーをZoomでみるので、国立国会図書館デジタルコレクションで読める本のリストを追加しておきます。(番号は通算何冊目の紹介化を示しています）

103) 杉田玄白 原著 ほか『現代文蘭学事始』,岩波書店,1984.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12590512
は以前に紹介した杉田玄白の有名な本「蘭学事始」の現代語訳です。先日、「開運なんでも鑑定団」に解体新書全四冊の図録がでていて面白かったので、解体新書と杉田玄白の書いた本をまず紹介します。
244) キュルムス 著 ほか『解體新書 4巻序圖1巻』,須原屋市兵衛,安永3 [1774]. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/2609149 (参照 2025-02-27)

245) 杉田玄白 著 ほか『形影夜話 : 自分の影との対話』,医歯薬出版,1974. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12643902 (参照 2025-02-27)　自分の影法師との対話という形式の玄白の独白です。

246) スティーブ・J.ハイムズ 著 ほか『フォン・ノイマンとウィーナー : 2人の天才の生涯』,工学社,1985.9. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12224147 (参照 2025-02-27)　これは量子力学の基礎を築いた二人の伝記です。ヒルベルト空間や確率過程の理論を量子力学に繋げた二人の天才についてのよい本です。
次にあげる都筑先生の本は、意外に専門性が高く書かれていると思います。全部まだ読んでいませんが面白そうです。

247) 都筑卓司 著『理論物理学入門』第1 (物理のなかで数はどういう役割をしているか),総合図書,1966. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/1373771 (参照 2025-02-27)

248) 都筑卓司 著『理論物理学入門』第2 (時間と空間の物理),総合図書,1966. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/1373772 (参照 2025-02-27)

249) 都筑卓司 著『量子論入門 : ミクロの世界の法則』,総合図書,1967. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/1382469 (参照 2025-02-27)

250) 都筑卓司 著『統計力学入門 : 自然科学になぜ統計が必要か』,総合図書,1968. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/2429875 (参照 2025-02-27)

251) 都筑卓司 著『「場」とはなにか : 自然界の「力」の統一像を求めて』,講談社,1978.8. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12621934 (参照 2025-02-27)

252) 都筑卓司 [著]『日本人の科学観 : ベンツと大八車』,講談社,1984.4. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12106274 (参照 2025-02-27)　よど号ハイジャック事件とドイツのハイジャック事件の比較からはじまって移民受け入れの是非などもふくめて興味深い内容です。

253) A.K.ギリジン 著 ほか『ちがった定数の世界で : 物理の《新ガリヴァー旅行記》』,総合図書,1969. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12609062 (参照 2025-02-27)

X(旧twitter)をログインせずに読む方法―nitter.netが復活しています！

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nitter.netが復活しています！また他のnitter のインスタンスも使えるものが増えているようです。今日Nitter instance healthのサイトに久しぶりにいって知りました。
Nitter instance healthのサイトをご覧ください。
https://status.d420.de/

今日現在動いているのは以下のインスタンスです。英国王立協会のアカウントにアクセスしてみました。

https://nitter.space/royalsociety
https://lightbrd.com/royalsociety
https://nitter.privacydev.net/royalsociety　このインスタンスでは、アカウントがフォローしているアカウントも見ることができます。followingのリンクをクリックしてみてください。429 Too Many Requestsのエラーになることが多いので常用はきびしそうです。どうしてもフォローしているアカウントを見たいときは、TorなどでIPアドレスを変えて再度アクセスすることも必要かと思われます。

https://nitter.net/royalsociety
https://xcancel.com/royalsociety
https://nitter.poast.org/royalsociety　このインスタンスはブラウザチェックで古いブラウザをはじくようになりました。⇒古いブラウザも受け付けるように設定が戻されたようです‥‥（25/02/28）。

AI時代の論文の読み方についての素晴らしい日本語の講演を紹介します。

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国立情報学研究所 (NII) の助教をしておられる佐藤竜馬先生の公開された動画が素晴らしいのでお知らせします。
『深層ニューラルネットワークの高速化（ML Systems）技術評論社』、『グラフニューラルネットワーク (機械学習プロフェッショナルシリーズ)講談社 』などの本も書いておられる先生です。

先生の講演は有料のものを以前聴講したことがあり、大変役立つ内容でした。今回はその後の発展をとりこんで、さらに有用な内容が、無料公開されています。是非参考にしてみてください。現代の情報収集法の最先端が学べます。


 【かんたん！手軽！】AIを活用した新しい論文の読み方【現役研究者が解説】
https://youtu.be/NiukyOjC00w?

講演の内容についてはこちらをご覧ください。
https://compass.readable.jp/2025/02/25/jsmp-yomikata/#Readable-3
佐藤先生のブログもよい記事がいろいろあります。
https://joisino.hatenablog.com/

エピジェネティクスのよい動画(英語）がまたでています。

投稿日: 投稿者: root

Epigenetics: A Code upon a Code? – Professor Anne Ferguson-Smith
Darwin College Lecture Series
ケンブリッジ大学で開催された講演会（ダーウインカレッジの動画です）の動画です。動画の埋め込みは禁止されているのでリンクだけ貼り付けておきます。
https://youtu.be/CSCwxFcWSH4?
この一般向けの講演会は毎年一つのトピックスにしぼって、様々な角度からそのトピックに切り込んでいくというものです。今年と去年以前のトピックスは以下のサイトでみることができます。
https://www.darwin.cam.ac.uk/lecture-series/
今年のテーマはCodeだそうです。コンピュータのコード、宇宙のコード、音楽のコード、ゲノムのコードなどいろんな話を聴くことができます。
https://youtube.com/playlist?list=PLVl7_Eir93tQSwhjjOcL4R6Bz6sOtO-HX&si=tI4_WhsZFEG4TlDk

今回紹介するのはゲノムのコードをコードするエピジェネティクスの講演会です。一般向けのエピジェネティクスの話をこの分野の世界的権威の一人が講演しています。以前紹介した日本の動画や、無料の英語の教科書なども参考にして、エピジェネティクスについて学んでみてください。

エピジェネティクスについての高校生向き講座と、不死を達成する方法についての動画がでています！

エピジェネティクスについてわかりやすく、かつ本格的に解説してある入門書（教科書）を紹介します。

NIHの動画も以前紹介しました。

https://videocast.nih.gov/watch=55457

エッシャーの作品をオンラインギャラリーで鑑賞しましょう！　「ゲーデル・エッシャー・バッハ」という本の紹介講義もMITで公開されています。

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大学生の頃、教養の美術の講義の定期試験にエッシャーの絵が取り上げられて、批評を求められました。美術の先生は私達理科系の学生向けにエッシャーの作品を選んでくださったようでした。私が初めてエッシャーの絵をみたのはこの試験問題がはじめてでした。その後、「ゲーデル・エッシャー・バッハ」という本の日本語訳がでて、たいそう評判になっており私も評判につられて購入しました。ゲーデルは数学者、数理論理学者ですし、エッシャーは美術家、バッハは音楽家です。この三者の共通点をとりあげて展開されるこの本はピュリッツァー賞を受賞したほどのベストセラーでした。
ということで今夜は、エッシャーのオンラインギャラリーと、MITのOpen Course Wareでゲーデル・エッシャー・バッハの本をとりあげた（高校生以上向けの）講義を紹介します。まずエッシャーのオンラインギャラリーはこちらです。
Selected Works by M.C. Escher

This gallery contains much of the work produced by M.C. Escher during his lifetime.
Browse one of our collections or search by keyword.
https://mcescher.com/gallery/

私の昔オランダで買ったマウスパッドは上の二枚をプリントしてあるものでした。
次のリンクからみることができる絵も有名ですね。
https://mcescher.com/gallery/impossible-constructions/#iLightbox[gallery_image_1]/5

MITの講義のページはこちらです。Douglas Hofstadter’s Pulitzer Prize winning book Gödel, Escher, Bach.を読んでいく講義です。
Gödel, Escher, Bach: A Mental Space Odyssey
https://mitocw.ups.edu.ec/high-school/humanities-and-social-sciences/godel-escher-bach/index.htm
なにぶん古い講義(12年前くらい）なので資料のネットリンクは切れているものもあります。講義動画もリンク切れですが、YouTubeにあるのでそちらを見るとよいでしょう。
講義動画はこちらのプレイリストから視聴できます。
https://youtube.com/playlist?list=PLdcw5wvaQEomvQjXjBo3L7cEqZ8xNECyA&si=WmRykZLONYT0YLw0
一回目の動画を埋め込んでおきます。
https://youtu.be/lWZ2Bz0tS-s

おすすめのテレビ番組：映画「ライトスタッフ」　& 「地磁気と生命40億年の物語」

投稿日: 投稿者: root

今日はテレビ番組の紹介です。来週24日月曜日の午後にNHK　BSでThe Right Stuff (映画 ライトスタッフ）が放送されます。完全版ということで3時間15分の映画です。
https://www.nhk.jp/p/ts/QPN1RW1PYW/episode/te/P17W77YQ4W/

放送日時:NHK BS 2月24日(月)午後1:00～午後4:15
内容時間:3時間15分　ライトスタッフ(原題:THE RIGHT STUFF)

音速の壁を初めてうち破った米国のテストパイロット　チャック・イエーガー（彼は第二次世界大戦のヨーロッパ戦線での撃墜王でもあります）が記憶に残る映画です。イエーガーに続いて宇宙に挑んだ7人のテストパイロットたち、米国の宇宙開発、ソ連に人工衛星で先を越され」、有人宇宙飛行でも先を越されます(ガガーリン）が、めげずに宇宙へ挑む姿が描かれています。この映画はDVD で家族で何度も何度もみました。長いですが長いと感じさせないよい映画です。公開された当時、九大の発生に配属されていた学生さんが映画館で観てとてもよい映画だと喜んでいました。彼はちょうど福岡空港で飛行機の操縦をならっていたので特に親近感があったのでしょう。失敗にめげずにチャレンジする人々を描いているこの映画を是非、ご覧ください。

もう一つはNHKのフロンティアという番組です。

『地磁気と生命 40億年の物語』

番組放送予定のページはこちらです。
https://www.nhk.jp/p/frontiers/ts/PM34JL2L14/episode/te/PM924WRRQ5/

このエピソードの放送予定: ＮＨＫ BS 2月25日(火) 午後9:00〜午後10:00