科学の発展の仕方を学べる動画を紹介します―理論と実験の矛盾を科学はどのように克服して進むのか?

毎日暑い日が続いています。福岡ではアジサイの花が咲き始めて、毎日カエルが庭で大声で鳴いています。
今日は一日いろいろと作業で忙しかったので、面白い動画の簡単な紹介をしておきます。

おなじみのThe Royal Institutionの最新の動画です。
Space oddities – with Harry Cliff
https://youtu.be/PWNMWrTTBfk?si=ea0YmTe9Yx0iSG04

演者のHarry Cliffさんは、英国ケンブリッジ大学の素粒子物理学者で、CERNで研究している人です。今まで何度もこのチャンネルで講演しています。
著書も邦訳されているものがあります。「物質は何からできているのか アップルパイのレシピから素粒子を考えてみた」
https://www.kashiwashobo.co.jp/book/9784760154975

この講演では、理論と観測が一致しない不思議な現象を例にあげながら、どのように科学が進んでいくかをわかりやすく解説してくれています。話は水生の内側の軌道を回る未知の惑星バルカンの話、その存在が一般相対性理論で不要になったことから始まります。また最近話題になっている未知の力の存在を示唆するミューオンの磁気異常をどのように説明するかという話もとても面白いです。英語はわかりやすく日本語字幕も出せますので是非視聴してみてください。聴いて損はしない講演です。

講演は彼の最近出した本のプロモにもなっています。
Space Oddities: The Mysterious Anomalies Challenging Our Understanding Of The Universe
https://geni.us/5hGEtI

LinuxでGPUが使えるように設定する方法のまとめです。

今やGPUを使って科学計算をするのは必須の知識になってしまいました。GPUについては以前も何回かこのブログでとりあげたので末尾にリンクをまとめておきます。

今日は、この話題のGPUを設定して自分のPCのLinuxで使えるようにする方法についてわかりやすく書いてある記事をみつけたので紹介します。
GPUを一台または複数台、深層学習などのために設定する方法が書かれています。CUDA とPyTorchの設定が簡単にできるようになると思います。
「DEEP LEARNING WITH MULTIPLE GPUS」
How to Setup a Multi-GPU Linux Machine for Deep Learning in 2024
Super-fast setup of CUDA and PyTorch in minutes! by Nika
https://towardsdatascience.com/how-to-setup-a-multi-gpu-linux-machine-for-deep-learning-in-2024-df561a2d3328
以下はこのブログでの過去記事へのリンクです。

GPUってなに?と思ったときに参考になる記事や動画があります。

分子動力学シミュレーションソフトOpenMM8をLinuxにインストールしてみました。

FastAIの創業者Jeremy Howardさんによる深層学習の教科書と講義動画、cudaの解説動画などがあります‥

AlphaFold3の日本語解説記事や、PubMed SearcherというPubMedの網羅的検索用GPTの作り方の記事が公開されています!

AlphaFold3の日本語解説記事がでています。日本語で詳しい論文の解説が読めるのでとても助かります。是非読んでみることをお薦めします。

AlphaFold3の中身の日本語解説
2024年5月21日 佐藤 悠輝、古井 海里、大上 雅史(東京工業大学 情報理工学院)
https://zenn.dev/tonets/articles/dd8c3855eadb2b

また今日知ったのですが、
【ChatGPTとAPIを使って網羅的なPubMed検索できるGPT「PubMed Searcher」】
というツールの作成法が公開されています。
EARLの医学ノートhttps://drmagician.exblog.jp/でツールの作り方や最新バージョンが公開されてるので是非ご覧ください。
https://drmagician.exblog.jp/31031028/
最新改訂版はこちらにあります。
https://drmagician.exblog.jp/31183039/

これらの記事はChatGPT plusのユーザーが自分で専用のGPTをこしらえるための手引きです。
PubMedを運営しているNCBIからAPIキーを発行してもらって、それを使って筆者の方が公開して下さっている指示を適宜修正してChatGPTで使える自分専用のGPTを作成するという流れです。記事には大変わかりやすく、GPTの作り方が書いてあるので、GPTを作ったことがない人でも簡単に「自分専用の」PubMed検索用 GPTが作れます。私はGPTはほとんど使っていなかったので、是非この記事にそって自分用のPubMed Searcherを作ってみようと思います。作ってみたらまたこのブログで記事にします。

国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介(第10回)

国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介も第10回となりました。今までに連番で101冊紹介しましたが、連番にする前に紹介した本も多いので興味のあるかたは検索欄に「個人送信資料」といれて探してみてください。では102 冊目から紹介を続けます。

102) 米本昌平 著『バイオエシックス』,講談社,1985.1. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12653483
生命倫理に関する本で、読んで見たかった本です。

103)杉田玄白 原著 ほか『現代文蘭学事始』,岩波書店,1984.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12590512
蘭学事始は有名ですが、現代語訳で読める本がありました。

104) 谷崎精二 訳『エドガア・アラン・ポオ全集』第1,春秋社,1969. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12625485
推理小説の元祖ともいえるポオの全集が全部よめます。科学的推理を学ぶのにも役立つとされる作品も無料で読めます。

105) 夏目鏡子 著 ほか『漱石の思ひ出』,角川書店,1966. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/1347784
夏目漱石の奥さんによる思い出です。私もこの文庫版を読んだことがあります。だいぶ前にNHKでドラマ化されていましたね。

106) 『広瀬正・小説全集』6 (タイムマシンの作り方),河出書房新社,1977.7. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12478959
日本の有名なSF作家の全集が読めるのを知りました。

107) 中川直哉 著『分子の中の電子の流れ : 量子化学を学ぶ準備』,講談社,1985.4. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12704659
量子化学を学ぶ準備と題した本です。パラパラめくってみると面白そうです。

108) マイケル・ファラデー [述] ほか『ろうそく物語』,法政大学出版局,1974. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12698988
ロウソクの科学の翻訳です。よみやすい本だと思います。

109) 『シュレーディンガー選集』1,共立出版,1974. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12621481
波動力学に関する論文が日本語で読めます。1と2の両方が読めます。

110) 湯川秀樹, 坂田昌一, 武谷三男 著 ほか『現代学問論』,勁草書房,1970. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12277405
坂田昌一さんは名古屋大学の素粒子論グループを育成し、ノーベル賞受賞者を輩出した物理学者です。湯川、坂田、武谷による坂田昌一さんを交えた最後の対談や追悼文を収録した一冊です。とても良い本だと思います。

量子力学についてのやさしい動画が公開されています。

量子力学の入門動画や講義の動画をいくつか紹介しておきます。物理学者とティータイムのチャンネルのこの動画は面白そうです。
量子力学って何?【教えて物理学】 #002
https://www.youtube.com/live/Fbe95br13xQ?si=dmDtkjMPB3Yovamh
私はYouTubeの動画検索でよく「量子生物」とか「Quantum biology」などのキーワードを入れて検索します。すると半分以上はスピリチュアルな内容の物理ではないあやしい動画がヒットするものです。このLEOさんと夏生さんの動画ではスピリチュアルな量子力学の話題についても解説されていて、一般の方がみるのにおすすめの動画になっていると思われます。

量子力学をちゃんと学ぶには、前に紹介したことがある東北大学の大関先生の講義、量子力学Bをおすすめします。

新学期です。すぐれた物理の入門講義や講義テキストが公開されています。

大関先生の量子力学Bの講義は、本年の開講ですので今、ちょうど第6回まですすんでいます。
https://www.youtube.com/live/tWnG19RRBaU?si=v2f5e_fvJfM7XR0J

生命の起源についての新しい仮説の動画がありました。

英国ケンブリッジ大学のキャベンディッシュ研究所にあるLeverhulme Centre for Life in the Universeは、生命の起源、宇宙生命などを研究する研究所です。これはLeverhulme子爵(William Lever)という貴族・政治家・企業家の遺産によって設立されたLeverhulme Trustがケンブリッジ大学に寄付して設立された研究所です。この研究所のYouTubeチャンネルで、ハーバード大学の研究者による生命の起源についての講演があったので紹介します(今年の5月1日の講演の動画です。)

生命のホモキラリティー(簡単な解説は東京大学の石井先生のこちらのサイトにありますので参考にしてください。https://www.k-ishiilab.iis.u-tokyo.ac.jp/research/theme1/1-1.html)の起源についての新しい仮説です。身近な例でいえば、アミノ酸にはL体とD体という鏡に映った関係にある異性体があって鏡像異性体と呼ばれています。普通の化学合成ではL体とD体が同量できます。しかし生命は主にL型のアミノ酸を使っています。また糖ではD体が主に使われています。このように鏡像対称性を持つ分子の一方だけが選ばれて使われているのがホモキラリティーです。生命はホモキラリティーを利用することで、成り立っており、生命の起源の解明には、ホモキラリティーの生じた機構の研究も不可欠です。この講演ではホモキラリティーの起源としては、Chiral-induced spin selectivity(CISS effect:シス イフェクト)という20年ほど前に発見された現象の逆の過程で、磁気を帯びた鉱物の表面でホモキラリティーが生じずるというメカニズムを提唱しています。キラリティーがこうして破れた後、増幅していく過程もTCAサイクルにもふれながら説明していて大変興味深い仮説になっています。
Furkan Öztürk | A new spin on the origin of biological homochirality
https://youtu.be/nTg2a81kbVw?si=ZW8ByRd-cCQ3zvQK

糖鎖生物学に革命がもたらされるかもしれない内容のプレプリントがでました。タンパク質に付加されている糖鎖配列を機械学習を用いてアミノ酸配列から予測できる時代への第一歩です!

タンパク質に付加されている糖鎖は、生命の第三の鎖とよばれて、その配列はなんらかの未知のコードで一定に決められている(つまりタンパク質に付加されている糖鎖配列は一定で環境などによってランダムにきまるものではない)という論文は今までにも出ていました。本当に一定なのか、もし一定としたらどのように決まっているのかを解明しようと試みた2報のプレプリントが公開されています。最初の論文がこちら。タイトルからわかるように、糖鎖付加は蛋白質の構造で遺伝的に決まっているという仮説を検討した論文です。
Protein structure, a genetic encoding for glycosylation
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.15.594261v1
そして同じグループからの2報目の論文がこちら。様々なヒトの糖タンパク質(抗体とか新型コロナウイルスのSタンパク質など)についてマルチビューリカレントニューラルネットワークの手法で配列と構造を予測する試みについての論文です。
Decoding glycosylation potential from protein structure across human glycoproteins with a multi-view recurrent neural network
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.15.594334v1
今夜、糖鎖生物関係のXのツイートをみていて見つけました。査読は受けていないプレプリントですが新しい時代の到来を予感させる論文です。


AlphaFold3では長い糖鎖構造の予測はできませんが、プレプリントの著者らの方法では予測ができるようになってきているのがわかります。
機械学習を利用してAlphaFold3と組み合わせて糖タンパク質の立体構造を予測するというアイデアはみな持っていたと思いますが、その第一歩が踏み出されたというプレプリントとツイートです。論文を明日読んでみようと思います。

ダイソン球の候補が多数見つかったそうです―宇宙に存在する高度な文明の産物かもしれません。

Dysonスフィアの候補がみつかったそうです。Gigazineのニュースで知りました。全文はログインしないとよめないようなのでちょっと調べてみた結果も下にペーストしておきます。
https://gigazine.net/news/20240517-alien-dyson-sphere-megastructures/

ダイソンの球殻というのは高度に進歩した文明が、恒星をすっぽり包み込む球殻を建造して、恒星の放射するエネルギーを無駄なく利用しているというシステムのことです。このアイデアは、オラフ・ステープルドンの1937年発表のSF「スターメイカー」に登場したのが最初で、それを理論物理学者のフリーマン・ダイソンが科学的に考察し、建造方法まで提案したのでダイソンスフィアと呼ばれるようになりました。昨日紹介した国立国会図書館個人送信サービスで読めるDysonの「宇宙をかき乱すべきか」という本にもダイソンスフィアのことが詳しくのっていますので是非読んでみてください。

85) 物理学のくりこみ理論の研究で4人目でノーベル賞を逸したフリーマン・ダイソンの自伝が読めます。朝永振一郎の論文のあたえた衝撃についても触れられています。
F.ダイソン 著 ほか『宇宙をかき乱すべきか : ダイソン自伝』,ダイヤモンド社,1982.7. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12284384

Dysonの論文はこちらから読めるようです。
“Search for Artificial Stellar Sources of Infrared Radiation”, Dyson, 1960
https://fermatslibrary.com/s/search-for-artificial-stellar-sources-of-infrared-radiation

Dyson sphereの候補をみつけたという二つの論文が公開されていて、両方ともプレプリントサーバーにアップされていましたが、一つは査読済みの論文として掲載されたそうです。一つ目のプレプリントでは53個の候補がみつかったそうです。
A Data-Driven Search For Mid-Infrared Excesses Among Five Million Main-Sequence FGK Stars
https://arxiv.org/abs/2403.18941

二つ目のプレプリントから査読済み論文になったものでは、7つの候補が見つかったと書かれています。
Project Hephaistos – II. Dyson sphere candidates from Gaia DR3, 2MASS, and WISE
Monthly Notices of the Royal Astronomical Society, Volume 531, Issue 1, June 2024, Pages 695–707, https://doi.org/10.1093/mnras/stae1186
https://doi.org/10.1093/mnras/stae1186
次の動画ではこのニュースのほかに、宇宙から届いている謎の信号についても議論されています。とても面白いのでご覧ください。
Scientists Just Spotted 7 Stars That Show Signs of Hosting Advanced Alien Civilisations
https://youtu.be/CcKtswvs2CM?si=yQ1rZfF154PadS5c

国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介(第9回)物理や数学の入門書、有名な教科書・伝記など。

今日は国立国会図書館の個人送信サービスで読める本の紹介、第9回目です。

91)デヴィッド・ボーム 著 ほか『断片と全体』,工作舎,1985.4. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12224930
92) 広瀬立成 著『EとH,DとB』,共立出版,1981.3. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12593464
詳細検索のタイトルのところに、「物理学 one point」といれると他のこのシリーズの本が20冊以上ヒットします。ちょっとした物理入門シリーズになっていますので検索してみてください。
93)山内恭彦 著『物理数学へのガイド』,サイエンス社,1977.12. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12592226
94)島内剛一 著『数学の基礎』,日本評論社,1971. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12607632
95)清水博, 餌取章男 著『生命に情報をよむ : バイオホロニクスがえがく新しい情報像』,三田出版会,1986.10. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12603267
昔九大の生物学科におられた(私はお目にかかったことがありません)清水博先生の本。
96)E.シャルガフ 著 ほか『ヘラクレイトスの火 : 自然科学者の回想的文明批判』,岩波書店,1980.9. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12222414
シャルガフはDNAの二重らせんの発見に大きな寄与をしたフランスの科学者です。
97)竹内外史 著『無限小解析と物理学』,遊星社,1985.10. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622365
98)森毅 著『存在定理』,共立出版,1977.8. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12608499
数学ワンポイント双書と詳細検索画面のタイトルにいれると、合計23冊のこのシリーズの本がヒットします。ちょっとした入門書群になっています。『存在定理』は、今年の数学セミナー5月号で紹介されていました。
99)R.クーラン, D.ヒルベルト 著 ほか『数理物理学の方法』1,東京図書,1984.6.. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12592268 昔一世を風靡した教科書ですね。全巻個人送信サービスで読めます。
100)C.リード 著 ほか『ヒルベルト : 現代数学の巨峰』,岩波書店,1972. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12224237
ヒルベルトの伝記です。ヒルベルト空間、幾何学基礎論、ヒルベルトの問題などで有名な大数学者です。
101)Charles Darwin [原著] ほか『図説種の起源』,平凡社,1982.1. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12604214
ぱらぱらと眺めてみましたが読みやすそうな本です。

今日は日付が変わったころから風が強く、家が揺れて地震かと思って目が覚めたりしました。今日の午前中もずっと風が強かったですが午後は快晴、抜けるような青空でした。しかし肌寒い一日で、午前中はストーブをつけていました。写真は庭に咲いたシャクヤクとツリガネソウです。芍薬は初めて咲きました。

AlphaFoldの解説動画―MRC LMBのBiophysical Techniques Course 2024を紹介します。

英国のMRC LMBで今年の1月30日から開催された生物物理学的研究手法入門コースがYouTubeで順次公開されています。
以下の再生リストから視聴できますので興味のあるものを探してみてください。
Biophysical Techniques Course 2024
https://www.youtube.com/playlist?list=PLQbPquAyEw4d39XeoMFR1G9UlAr1t7Qoz
昨日公開されたAlphaFoldの解説動画を埋め込んでおきます。原理や使い方、多量体解析、実験例などが解説されています。
AlphaFold: Use and Applications – Sami Chaaban
https://youtu.be/yJKfn6rvHmg?si=OwF1FdMDZ-ua52x-