国立国会図書館の個人送信資料が大幅拡大しています。大量の科学啓蒙書、専門書、新書本、文庫本、稀覯本などが読めるようになり目を見張る充実度です!

国立国会図書館の個人送信資料が大幅拡大しています。今までの館内限定資料だったものの多くが個人送信資料になっています。私の学生時代、院生時代に高くて買えなかった本などが多数、個人送信資料で読めるようになっていて、ものすごいオンライン図書館がでたものだと感動しました。いままでKindleで有料でしか読めなかった本もたくさん見つかりますし、Kindleでは読めない本も多数読めるようになっています。私の本棚にある本の多くも読めるようになっているし、古本で購入を考えていた本もほとんど個人送信資料に入りました。蔵書整理で売り払ったり捨てた本もみつかりました。これは凄い!

たとえば数学では、ブルバキの「数学原論」が読めますし、堀淳一さんの「物理数学1、2」も読めるようになっています。
物理学教程物理では、ランダウの「」、武谷三男の「量子力学の形成と論理 1 (原子模型の形成)」、「量子力学の形成と論理 2 (量子力学への道)」、「量子力学の形成と論理 3 (量子力学の成立とその論理)」の三部作、「湯川秀樹自選集全4巻」、京大の量子化学の授業で昔推薦教科書だった「ダヴィドフの量子力学1、2、3」の三冊、ボゴリューボフ の「場の量子論の数学的方法」、「アインシュタイン日本講演録」などなどいろんな本が読めます。それぞれの本の出版社で詳細検索するともっといろんな本がヒットしますので試してみてください。
化学では、米沢貞次郎先生の「三訂量子化学入門上下」、藤永茂先生の「分子軌道法」もとうとう読めるようになりました。
生物では、柴谷篤弘さんの本が多数読めるようになっています。柴谷さんは九大にもこられてお話したこともありますし、学会で質問したことも何度もあります。日本の分子発生学の草分けの先生で山名清隆先生とRNAの分子発生学をはじめた方でもあります。モノーのベストセラーである「偶然と必然」も読めるようになっています。

その他、ハヤカワ文庫だのサンリオSF文庫、中公新書、カッパブックス、岩波新書などなどいろんな本がよめるようになっていて、詳細検索で探すと一生では読み切れないほどの本がみつあかるので試してみてください。連休中は折々、個人送信資料のおすすめ本をリンクと一緒に紹介することにします。

 


https://www.ndl.go.jp/jp/news/fy2024/240430_01.html

 

癌をAIを使った研究で治療する研究の動画(NIH videocast)を紹介します。

今日は癌の実験研究とAIによる研究を融合させている新進気鋭の癌研究者の動画を紹介します。
先週の土曜日(米国では4月26日金曜日)に NIHで行われた講演会の録画で、
CCR Grand Rounds “Learning the Molecular Logic of Cancer” というタイトルの動画です。ガンの分子病理メカニズムを臨床研究のデータをAIと組み合わせて研究している、ハーバード大学医学部のEliezer Van Allen(M.D.)教授による講演です。
機械学習を癌研究に真面目に応用する例として、癌に興味のある方は是非ご覧になることをお薦めします。生命科学分野でのAIの活用例としても勉強になる講演ですので、AIに興味を持つ人ならどなたでも見る値打ちのある講演です。例によって高画質で動画をダウンロードできますので、ダウンロードしてじっくり見るとよいでしょう。字幕もダウンロードできます。

https://videocast.nih.gov/watch=54684

もう少し古典的な癌の数理生物学的研究の動画は以前紹介しました。

癌の数理生物学的研究の一般向け最新動画がでています。数学やデータサイエンスは癌治療に役立つでしょうか?

キンランの花が咲いています。Excelの便利技の動画も紹介します。

近所に散歩に行くと、毎年この時期に咲く金蘭の花が咲いていました。散歩に来ているおじさんが、上のほうがもっと咲いているよと教えてくれたので階段を上ると、5-6株のキンランが満開で咲いていました。この花は時間によって開きかたが変化するのでこれまでは、あまり開いていない花の写真しかとれませんでしたが今年はランらしく開いている様子も観察できました。(ギャラリーを貼り付けておきます。写真をクリックすると拡大します。)

八重桜やつつじも4月中旬にはきれいに咲いていましたが、今は八重桜は散って、つつじも満開を過ぎようとしています。カエルの声がやかましいこのごろです。サクランボは赤くなってきて鳥が食べに来るのでネットを張りました。

今日はエクセルで遺伝子リストをまとめていたのですが、便利なtipsのビデオがあったので貼り付けておきます。エクセルでは104万行あまりの行数のファイルが扱えるようですが、その各行のセルに関数などをマウスのドラッグで張り付けるのはちょっと大変です。以下の動画の方法でやれば、簡単です。

Rでのデータ解析の初めから終わりまですべてのやり方を書いた本がでて、Web版はなんと無料公開されています。

こんな本が公開されています。

Telling Stories with Data With Applications in R and Python
Rohan Alexander  (CRC Press, July 27, 2023) 著者はトロント大学の教授(assistant professor)でその他さまざな機関を兼任している先生です。またRStudio Certified Tidyverse Trainerです。

紙の本はこちらなどで買えます。結構高いです。
https://www.routledge.com/Telling-Stories-with-Data-With-Applications-in-R/Alexander/p/book/9781032134772

オンライン版は紙の本のままのバージョンと、改訂されたバージョン両方が無料公開されています。
https://tellingstorieswithdata.com/
この本は、すでに与えられているデータの解析法を書いているだけではなくて、まずどうやってデータを集めるかから始まって、Rでどう解析するか(RStudioの使い方やTidyverseなど様々なパッケージの使い方も詳しく書かれています)、そして研究解析全体をどのように再現性可能な状態で記録してすすめていくかが詳しく解説されています。また結果がでたらそれよい論文にしあげるための、論文の書き方の手引きも豊富な参考文献とともに書かれていてすごいです。Quartoの使い方もステップバイステップで書かれていておすすめです。

こんな本が無料で公開されているのはすばらしいですね。是非一度サイトで読んでみてください。

バイオインフォマティクスを学ぶためのリンク集や動画が役に立ちます。

以前紹介したTommy TangさんがGitHubでいろいろなバイオインフォマティクスの学び方を紹介しておられます。(以前の記事は、末尾にリンクをいれておきます)

https://github.com/crazyhottommy

次のページは学びのためのリンク集です。

https://github.com/crazyhottommy/getting-started-with-genomics-tools-and-resources
リンク切れのものもありますが、私も知らなかったいろんな役立つサイトが集められています。是非、ながめてみてください。

この動画があるチャンネルには他にもバイオインフォマティクスのよい動画がそろっているようです。動画リストを一度ながめてみてください。
https://www.youtube.com/@TunisRUserGroup

バイオインフォマティクスへの入門のみちしるべの動画や日本の 統合TVのChatGPT関連の動画が役立ちます。

ノートアプリはどんなのを使っていますか?

ノートアプリはどんなものを使っておられますか?私たちの研究室ではOneNoteを使っていました。メンバーが実験の進捗状況を生データをふくめて書きこんでいくというスタイルで使っていました。今でも私はOneNoteを使っていますが、今日Evernoteなどを使っていた人がObsidianというノートアプリに移行しているという記事を見かけたので、Obsidianに興味をもちました。こちらの記事です。
『さようなら、全てのエヴァーノート やったこと 』
https://honeshabri.hatenablog.com/entry/Evernote_to_Obsidian

Obsidianの入門記事は、Qiitaの次の記事がよいと思います。
最新の記事ですし、内容も科学系の人の使い方の例へのリンクも書いてあって、一度使ってみようかなと思わせるよい記事です。
『ゼロイチObsidian|ゼロからはじめるObsidian案内』
https://qiita.com/hann-solo/items/22bcaa81b695ddb47238

遺伝学の黒歴史についての動画が、Royal Institutionから公開されました。

遺伝学の黒歴史についての講演動画が英国Royal InstitutionのYouTubeチャネルで公開されました。優生学や第三帝国での遺伝学、喫煙に関する論争その他の話題がとりあげられているようです。
アダム ラザフォードという有名なサイエンスライターのベストセラー作家によるJBS ホールデン記念講演です。この人の本には’Creation’ ‘A Brief History of Everyone Who Ever Lived(日本語訳あり)’, ‘The Book of Humans’、 ‘How to Argue with a Racist(日本語訳あり)’ 、近著の’Control: The Dark History and Troubling Present of Eugenics’ はこちらから購入可能(Kindle版は964円と安い)です。 https://geni.us/OrlwiUF

明日いっぱいで終了しますが、講談社の科学書、現代新書、ブルーバックスなどのKindle本が50%ポイント還元セール中です。

今日は遺伝子リストと格闘中なので簡単な記事です。

例年、この時期、講談社がKindle本の50%ポイント還元セールをやっています。今回は新刊もポイントが値段の半分つくので、実質半額セールでブルーバックスとか講談社現代新書、講談社学術文庫、KS物理専門書などなどが購入できます。明日の夜中までの期間限定なので気になる本がある人はチェックしてみるとよいでしょう。私も立ち読みしていて買いたかった本を購入しました。
ツイートではこちらなどが盛んに物性物理や科学一般、そしてKindleのセール情報も発信しておられて参考になります。

リンクをたどると、写真集の中にうもれていろんな本があるのがわかります。

瓜生真也さんが作られたR言語入門のスライド、「Rユーザのための機械学習チュートリアル」でのスライドやコードなどが公開されています。

瓜生真也さんが、Rの入門スライドや、Rをつかった機械学習の入門スライド(とコード)を公開してくださっています。nitterからならこちらから、瓜生さんのツイートにアクセスできます。以下の紹介もこのnitterで知りました。https://nitter.esmailelbob.xyz/u_ribo

1) 【R言語入門 (R-4.3.3 2024年4月版) / introduction to r】というスライドです。
https://speakerdeck.com/s_uryu/introduction-to-r
『統計解析とグラフィックスのための言語・環境である「R言語」の概要、インストール方法、初歩的な使い方を広く・浅く解説した資料です。
2024年4月時点でのRの最新バージョンR-4.3.3を対象としています。』とのことです。

2)【Rの機械学習フレームワークの紹介〜tidymodelsを中心に〜 / machine_learning_with_r 2024】これは瓜生さんによると、
『2024年3月9日に開催された[日本統計学会第18回春季集会](https://jss2024spring.ywstat.jp/)(成城大学)における企画セッション AM-B「Rユーザのための機械学習チュートリアル」で用いたスライド資料です。』とのことです。スライドとRのソースコードは、瓜生さんのgithubからダウンロードできます。
https://github.com/uribo/240309_jss18tutorial

Rのソースコードを含んだGitHubリポジトリ:
第一部「Rの機械学習フレームワークの紹介〜tidymodelsを中心に〜」
第二部「地理空間データの機械学習への適用」

MRC LMB のGreener Labのソフトウエアやツイートが役立ちます。

MRC LMBのJoe Greenerさんのラボは、生体分子simulationに関するすぐれたソフトウエアや情報を提供しています。
Progresというソフトウエアはよさそうなので、
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/greener/software/
インストールして使ってみようと思っています。

彼のツイートは役立つので是非見てみるとよいと思います。
https://nitter.esmailelbob.xyz/jgreener64

たとえば、彼の推薦している分子動力学の入門ビデオが評判です。


動画のリンクはこちらです。
The Beauty of Life Through The Lens of Physics
https://youtu.be/ncC-GMzF9RY?si=4-w0xwCyZrPvBUG8

https://piped.video/watch?v=ncC-GMzF9RY