The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

ガーデニングは健康に良いという動画や研究の紹介です。

投稿日: 投稿者: root

今日の午後、このブログの6月28日の記事が下書きのまま非公開になっているのに気付きました。この日は旅行中だったので公開ボタンを押すのを忘れて寝てしまったようです。6月28日の日付設定で公開しましたので、申し訳ありませんが、下のほうにある6月28日の記事もご覧ください。

お勧めの動画二本：代数幾何学と特異点についての高校生むけの講演動画および超常現象の科学的説明動画。

さて今日は、簡単な記事です。
ガーデニングをすると健康になるというのは実感としてあるのですが、英国の有名なガーデナーの講演動画がありましたので紹介しておきます。
なんと、MRC LMB　（MRC Laboratory of Molecular Biology）での講演動画です。タイトルは
Therapeutic Horticulture Talk: Why gardening is good for your health
ということで、ミツバチの話や、コロナでのロックダウンのときガーデニングをしている人は元気に過ごせたなどという話がでてきて興味深いです。
https://youtu.be/Ss_hPkZVlKc?si=jDVrJIjNwBXBDOv1

室内園芸でさえ皮膚の表面のバクテリアの多様性を高めて免疫機能によい影響があるという研究もあるようです。

Gardeners Benefit From Microbial Exposure That Boosts the Immune System
https://www.technologynetworks.com/immunology/news/gardeners-benefit-from-microbial-exposure-that-boosts-the-immune-system-387094

ボーアの原子模型の解説動画や、次元解析の日本語解説動画と日本語解説書を紹介します。

投稿日: 投稿者: root

今日は物理の動画と本を紹介します。
まずはいつも紹介している量子力学の発展史の動画です。
How Niels Bohr created the quantum atom
https://youtu.be/xINR4MoqYVc?si=bNS351VIaPfx7f3e

Dr. Jorge S. Diazの動画です。彼の動画はいつも面白く、素人にも追って理解できるちゃんとした数式による解説付きで勉強になります。この動画では、ガイガーカウンターの発明者のガイガーやラザフォードの原子モデルの解説からはじまって、その矛盾からどのようにニールス・ボーアの原子模型が提唱されたかがわかりやすく説明されています。
いままでこういう本格的な動画はなかったのではないでしょうか。まだ見たことのない人は是非こちらの動画リストから視聴してみてください。
https://www.youtube.com/@jkzero/videos
今気付いたのですが、やたらに宣伝がはいりますね。ブラウザのBraveでの視聴をおすすめします。

次は、物理で使う、次元解析のやさしい解説ビデオの紹介です。 物理学者とティータイムの最新の動画です。
単位と次元のはなし【教えて物理学】 #006
https://www.youtube.com/live/FTQJW3F9CMs?si=oLkYiy2vsM58aYbl

実はこの次元解析を使うと、ボーアの原子模型の主な結果を推定することができます。最初の動画で扱われていた原子の構造推定に次元解析を応用する方法については、次の本がやさしく解説しています。この原子構造の次元解析については、九州大学の生物学科の大学院入試問題（昔は物理も選択できました）にでたこともあります。

青野修 著『次元と次元解析』,共立出版,1982.2. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12609414 (参照 2024-07-01)
次元解析のやさしい解説書です。この辺りに、https://dl.ndl.go.jp/pid/12609414/1/36
原子についての次元解析の解説があります。次元解析は知っていて損はしないので是非学んでみてください。

AlphaFold3の解説動画が役立ちそうです。lipidとの相互作用解析の実例入り動画です。

投稿日: 投稿者: root

今日は忙しかったので簡単な記事です。
AlphaFold3の解説動画がでているのをYouTubeがおすすめ動画として教えてくれました。
Review and discussion of AlphaFold3　（Boston Protein Design and Modeling Clubのチャンネル）
https://youtu.be/qjFgthkKxcA?si=TzA6gvaBEsRHr1OA

AlphaFold2の論文解説からはじまって、AlphaFold3がどう違うのかなど詳しく解説してくれています。そしてAF3のハックについての紹介もあるなど盛りだくさんな内容です。

またスライドもダウンロードできるのも助かります。

5月に紹介したこちらの記事も参考にしてください。

AlphaFoldの解説動画―MRC LMBのBiophysical Techniques Course 2024を紹介します。

タンパク質の糖結合部位を高精度で予測する深層学習モデルが公開されました。

投稿日: 投稿者: root

こんなツイートがありました。中国の研究者の方々が発表された、タンパク質の糖鎖結合サイトを高い精度で予測することができる深層学習を使ったアルゴリズムの論文です。


He, X., Zhao, L., Tian, Y. et al. Highly accurate carbohydrate-binding site prediction with DeepGlycanSite. Nat Commun 15, 5163 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-49516-2
でオープンアクセスです。

論文の内容を自前のコンピュータで追試したり、新規のトレーニングをすることもできるそうです。以下のGitHubのサイトから必要なデータをダウンロードできるほか、アルゴリズムを自前で実装する方法も解説されています。残念ながら、オンラインで予測ができるサイトはまだ公開されていないようです。

https://github.com/xichengeva/DeepGlycanSite

お勧めの動画二本：代数幾何学と特異点についての高校生むけの講演動画および超常現象の科学的説明動画。

投稿日: 投稿者: root

今日は二つほどおすすめの動画を紹介します。
伊藤 由佳理「美しい数学入門―特異点の謎に迫る」2021年度冬学期：高校生と大学生のための金曜特別講座

おなじみの東大テレビで最近公開された動画です。大変わかりやすい代数幾何学と特異点についての解説です。
https://youtu.be/Fc0Caf6-GGw?si=nQe9o_xlQJ8Pr9i1

もう一つはThe Royal Institution（英国）の動画です。
超常現象、UFOなどについて研究しているChris Frenchさんの講演動画です。彼はthe Head of the Anomalistic Psychology Research Unit in the Psychology Department at Goldsmiths, University of Londonとのことです。
タイトル：Paranormal activity: science or fiction? – with Chris French
https://youtu.be/i8mjM3PB_Tk?si=8MzWUAq_QBWnTFjQ

本はこちら。多くのthe Royal Institution の講演動画は新刊の本の著者をよんで本の内容紹介を含む著者の仕事の紹介になっています。本のタイトル：The Science of Weird Shit: Why Our Minds Conjure the Paranormal
https://www.amazon.com/Science-Weird-Shit-Conjure-Paranormal/

Peter AtkinsのConcepts in Physical Chemistry最新版（2024年5月刊）が無料公開されました！

投稿日: 投稿者: root

今日は無料公開された物理化学の英語教科書の紹介です。
Peter Atkinsは量子化学や物理化学のすぐれた業績と、多くの教科書の執筆で有名です。彼の教科書Physical Chemistryは、世界中で採用されている教科書で去年第12版が出版されました。彼は今はOxford大学教授を引退していますが、彼の教科書の一つ、Concepts in Physical Chemistryの電子版を無料公開することに踏み切ったのだそうです。
こちらのリンクから電子版をみることができます。アルファベット順に500の物理化学の重要な概念の解説をならべた本ですが、大変役立つリソースになっていると思います。
https://books.rsc.org/books/monograph/2194/Concepts-in-Physical-Chemistry
公開の理由はこちらに書かれています。McMurryのOrganic Chemistryの教科書の無料公開を高く評価していたAtkinsがMcMurryにならって公開を決めたそうです。
https://www.chemistryworld.com/news/physical-chemistry-textbook-now-free-to-download-as-a-gift-to-the-community/4019535.article

以前のマクマリー有機化学の無料公開についての記事もまだ見たことななければご覧ください。

100万人以上の学生が使った教科書 「マクマリー有機化学」の最新版(2023年9月発行の第10版）がなんと完全無料公開されました！

上の記事にあるリンクから、Organic Chemsitryの最新版のダウンロードができます。また、正誤表もこちらからみることができます。
https://openstax.org/errata/?book=Organic%20Chemistry%3A%20A%20Tenth%20Edition

写真は散歩の途中でみつかった四葉のクローバーです。皆様にもこれからよいことが起こりますように。

ABC予想を解決した京大の望月先生の宇宙際タイヒミューラー理論の最近の評判について

投稿日: 投稿者: root

このブログでも何度もとりあげている京都大学数理解析研究所教授の望月新一教授のABC予想の解決についての論文の話です。外国の著名な研究者が間違いを見つけたというコメントを出したのを契機に日本でも怪しいという論調がでてきていました。望月先生は論文を書いて反論されているのですが、それに対する応答はなく、ただあやしいという噂だけが広まっているようです。（望月先生のブログのこちらの記事など：https://plaza.rakuten.co.jp/shinichi0329/）

最近、世界でも望月先生の理論を理解できる人が少ないわけや、疑わしいという話を広めがちな非専門家に対するコメントが発表されました。科学の社会の中での発展の生の姿を知るのに絶好のコメントなので、まだ読んでいない方はご覧ください。本当の科学の発展がどんなふうにおこっているのかが、リアルタイムで見られるのはすばらしいことで、これから科学を進めていこうと思う若い人にもとても役立つと思います。

 

こちらが直リンクです。
https://note.com/reiya_tachihara/n/n7fabafac5fc5?sub_rt=share_b
筆者は京都大学数理解析研究所の博士課程二年の大学院生の方です。望月理論は勉強中とのことですが、大学院博士課程二年（D2）というと研究の最先端をになう数学の専門家です。専門家の意見はとても貴重だと思います。

こちらのXのツイートでは、望月先生の理論の動向を知ることができる貴重な情報が掲載されているので興味のある方にはおすすめします。望月先生の日本語による解説論文や動画などのリンクも紹介されています。
https://nitter.poast.org/math_jin

AlphaFold3を勉強してみたという動画を紹介します。

投稿日: 投稿者: root

タンパク質の立体構造を予測するAlphaFold 3については以前ふれました。以前紹介したように、その論文が雑誌Natureに掲載されましたが、
Abramson, J., Adler, J., Dunger, J. et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3. Nature 630, 493–500 (2024).
https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w
予測の手法の詳細が公開されず、追試できないためそのような非公開のアルゴリズムを使った論文を科学界はうけいれるべきでないという議論も沸騰していました。
今日はこのAlphaFold3の論文を二か月ほど勉強したというYouTuberの物理学者の動画を紹介します。
Deep dive into the AlphaFold 3 algorithm
https://youtu.be/Or3iq4_9-wA?si=tWxlu1mcrl6-NVS7

あるいはもう少し短い動画二本からみるとよいと書いてありました。
How AlphaFold solves protein folding（これはAlphaFold2の論文の解説です）
https://youtu.be/3gSy_yN9YBo?si=6gmd5dxOVQ2aAwYi

What’s changed in AlphaFold 3?
https://youtu.be/CYncNBMPLLk?si=y7X4a-RlOIyD-F2_

彼女は量子コンピュータの専門家でケンブリッジ大学でクリフォードサーキットに関する論文などを書いている人です。タンパク質の立体構造を高精度で予測するのに成功したAIの科学への応用の成功例に興味をもって勉強してみたとのことです。

以前紹介した日本語の解説記事とあわせて勉強するとわかりやすいと思います。

AlphaFold3の日本語解説記事や、PubMed SearcherというPubMedの網羅的検索用GPTの作り方の記事が公開されています！

AlphaFold3が登場しましたね！創薬にもすぐ応用できる革命的進歩のようです。

『学術変革領域研究（A)極限宇宙の物理法則を創る』の市民講演会の動画を紹介します。

投稿日: 投稿者: root

とても面白そうな一般市民向けの物理講演会動画がありました。
これは科研費の一つ、『学術変革領域研究（A)極限宇宙の物理法則を創る』　
http://www2.yukawa.kyoto-u.ac.jp/~extremeuniverse/
のアウトリーチ活動の動画のようです。この領域のYouTubeのチャンネルにはもう少し専門性の高い、場の量子論の解説動画などもありますので、興味がある方は次のリンクをご覧になるとよいと思います。
https://www.youtube.com/@extremeuniverse4346/playlists

動画を以下に埋め込んでおきます。やさしく解説されているよい動画だと思います。

第二回「極限宇宙」市民講演会２「量子情報 -量子の奇妙から情報へ、情報から物理へ-」
https://youtu.be/3siqENC7V_I?si=jsauM5v-Ou4qP6uo

物理学者が生命をどのようにとらえているか：その一例となるホーキングの共同研究者のEllis 教授の最新動画がでていました。

投稿日: 投稿者: root

今日は紺野大地さんの『研究者のための生成AI活用セミナー』というのをZoomで聴講していました。
ChatGPTやGoogleのNotebookML　　https://notebooklm.google/
の使い方など最新の情報が学べてよいセミナーでした。

さて今日は、以前紹介したホーキング博士の共同研究者だったGeorge Ellis名誉教授の新しい動画をみかけたので紹介します。

物理学者が生命をどのようにとらえて研究しているかについて、参考になりそうな動画をみつけました。

新しい動画のタイトルです。
A universe of possibility
How reality emerges from chance
13th May 2024

The fundamental structure of the cosmos is not atoms, particles, or even thoughts or mind; the fundamental structure of the universe is possibility. Join one of the world’s leading cosmologists and Hawking collaborator, George Ellis, as he argues possibilities underlie our whole physical and mental existence.
ということで、確率空間のアイデアで宇宙や生命をとらえるという講演のようです。

George Ellis is a distinguished professor at the University of Cape Town in South Africa. He co-authored ‘The Large Scale Structure of Space-Time’ with physicist Stephen Hawking, and is considered one of the world’s leading theorists in cosmology.
こちらで全編がみられるのでご覧ください。https://iai.tv/video/a-universe-of-possibility?utm_source=YouTube&utm_medium=description

YouTubeには短縮版の動画がアップロードされています。