野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
YouTubeのおすすめ動画に面白い物理の話がありました。
【初ライブ】おとなのサイエンスカフェ 〜宇宙の謎に迫るすごい実験〜 宇宙のはじまり ブラックホール 素粒子の世界 量子もつれ… ここでしか聞けない新情報がいっぱい！
https://www.youtube.com/live/9NbgiL-B-yY?si=rOqfIwntwEQaoeb9
これは動画の説明によると：
『日テレの宇宙専門ch「ソラテレ 夢宙人放送局」とKEK（高エネルギー加速器研究機構）がコラボ！
「宇宙の秘密」をお酒を片手に楽しく解説する”おとなのサイエンスカフェ”を生配信！』
ということで、KEK（高エネルギー加速器研究機構）機構長の浅井祥仁先生と素粒子原子核研究所の多田将先生のお話がきけます。宇宙の創生の話やヒッグス粒子、多田先生の研究の話やSF談義その他もりだくさんの内容です。
多田先生については以前の記事をご覧ください。
分子動力学法で生体分子の動きを計算するソフトウエアと、計算で得られた分子の立体表示とアニメーション表示のためのソフトウエアについて、ハンズオンワークショップが先月開催されてその動画が公開されています。QwikMDというソフトウエアは、分子動力学の初心者の勉強にも役立つとのことです。NAMDのほうは本格的な分子動力学ソフトウエアみたいです。
NIH Resource for Macromolecular Modelling and Visualization, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinoisというグループが開発しているソフトウエアに関するワークショップです。このグループのホームページ
https://www.ks.uiuc.edu/
には、莫大な情報が集約されているので是非ご覧ください。Software, Outreachなどの項目は特に役立つと思います。
ワークショップのサイトはこちらです。
61st Hands-on Workshop on Computational Biophysics
Auburn University, June 24-28, 2024
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Workshop/Auburn2024/
recordingと書いてある部分をクリックすると動画がみられます。一つサンプルを埋め込んでおきます。
https://youtu.be/lTvpLDHWGFY?si=fxmmMjjDwlNeZMjl
最後に、ワークショップで扱っているソフトウエア(無料）へのリンクをのせておきます。
QwikMD：
https://www.ks.uiuc.edu/Research/qwikmd/
VMD (Visual Molecular Dynamics)；
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
今日はこちらのツイートアカウントを紹介します。
QDくん⚡️AI関連の無料教材紹介
@developer_quant
https://nitter.poast.org/developer_quant
無料で学べる教科書や動画などを次々と紹介してくださっているXのアカウントです。
たとえばこんなポストがあります。
データサイエンスの学習に役立つ情報をポストしています https://t.co/nPXJH961rS
— QDくんAI関連の無料教材紹介 (@developer_quant) July 2, 2024
あと、今こちらの窓の杜のサイトをみると
https://forest.watch.impress.co.jp/category/book/
Amazonのプライム会員限定でKindle unlimitedの3か月無料体験ができるようになっているそうです。
https://forest.watch.impress.co.jp/docs/bookwatch/sale/1603269.html
ためしてみるとよい本が見つかるかもしれません。
Qiitaに掲載された@b-menteさんによる次の記事は超おすすめです。
『エンジニアにも知って欲しいChatGPT基本テクニック』
https://qiita.com/b-mente/items/93ea3d9a4fc33a76b949
ChatGPTは頻繁に新機能が追加され、今まであった機能がなくなったり名前が変わったりするのでついていくのが大変です。
たとえばこのブログで以前紹介したCode InterpreterというPythonの実行環境は、名前が変わってAdvanced Data Analysisと呼ばれており私は混乱しました。この記事はこうした変更点もふまえて、最新のChatGPTの基本テクニックと新機能も学べるので超おすすめです。是非読んでみてください。
プロンプトにMarkdown記法を使うとよいとか、プロンプトに変数をいれることができることなどは知りませんでした。プロンプトテクニック集とか、質問に画像を利用できたりOCRさせてそれについて質問できること、画像の加工もできることなど、いろいろ役立つ手法を学べました。
今日の午後、このブログの6月28日の記事が下書きのまま非公開になっているのに気付きました。この日は旅行中だったので公開ボタンを押すのを忘れて寝てしまったようです。6月28日の日付設定で公開しましたので、申し訳ありませんが、下のほうにある6月28日の記事もご覧ください。
さて今日は、簡単な記事です。
ガーデニングをすると健康になるというのは実感としてあるのですが、英国の有名なガーデナーの講演動画がありましたので紹介しておきます。
なんと、MRC LMB （MRC Laboratory of Molecular Biology）での講演動画です。タイトルは
Therapeutic Horticulture Talk: Why gardening is good for your health
ということで、ミツバチの話や、コロナでのロックダウンのときガーデニングをしている人は元気に過ごせたなどという話がでてきて興味深いです。
https://youtu.be/Ss_hPkZVlKc?si=jDVrJIjNwBXBDOv1
室内園芸でさえ皮膚の表面のバクテリアの多様性を高めて免疫機能によい影響があるという研究もあるようです。
Gardeners Benefit From Microbial Exposure That Boosts the Immune System
https://www.technologynetworks.com/immunology/news/gardeners-benefit-from-microbial-exposure-that-boosts-the-immune-system-387094
今日は物理の動画と本を紹介します。
まずはいつも紹介している量子力学の発展史の動画です。
How Niels Bohr created the quantum atom
https://youtu.be/xINR4MoqYVc?si=bNS351VIaPfx7f3e
Dr. Jorge S. Diazの動画です。彼の動画はいつも面白く、素人にも追って理解できるちゃんとした数式による解説付きで勉強になります。この動画では、ガイガーカウンターの発明者のガイガーやラザフォードの原子モデルの解説からはじまって、その矛盾からどのようにニールス・ボーアの原子模型が提唱されたかがわかりやすく説明されています。
いままでこういう本格的な動画はなかったのではないでしょうか。まだ見たことのない人は是非こちらの動画リストから視聴してみてください。
https://www.youtube.com/@jkzero/videos
今気付いたのですが、やたらに宣伝がはいりますね。ブラウザのBraveでの視聴をおすすめします。
次は、物理で使う、次元解析のやさしい解説ビデオの紹介です。 物理学者とティータイムの最新の動画です。
単位と次元のはなし【教えて物理学】 #006
https://www.youtube.com/live/FTQJW3F9CMs?si=oLkYiy2vsM58aYbl
実はこの次元解析を使うと、ボーアの原子模型の主な結果を推定することができます。最初の動画で扱われていた原子の構造推定に次元解析を応用する方法については、次の本がやさしく解説しています。この原子構造の次元解析については、九州大学の生物学科の大学院入試問題（昔は物理も選択できました）にでたこともあります。
青野修 著『次元と次元解析』,共立出版,1982.2. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12609414 (参照 2024-07-01)
次元解析のやさしい解説書です。この辺りに、https://dl.ndl.go.jp/pid/12609414/1/36
原子についての次元解析の解説があります。次元解析は知っていて損はしないので是非学んでみてください。
今日は忙しかったので簡単な記事です。
AlphaFold3の解説動画がでているのをYouTubeがおすすめ動画として教えてくれました。
Review and discussion of AlphaFold3 （Boston Protein Design and Modeling Clubのチャンネル）
https://youtu.be/qjFgthkKxcA?si=TzA6gvaBEsRHr1OA
AlphaFold2の論文解説からはじまって、AlphaFold3がどう違うのかなど詳しく解説してくれています。そしてAF3のハックについての紹介もあるなど盛りだくさんな内容です。
またスライドもダウンロードできるのも助かります。
5月に紹介したこちらの記事も参考にしてください。
AlphaFoldの解説動画―MRC LMBのBiophysical Techniques Course 2024を紹介します。
こんなツイートがありました。中国の研究者の方々が発表された、タンパク質の糖鎖結合サイトを高い精度で予測することができる深層学習を使ったアルゴリズムの論文です。
Highly accurate carbohydrate-binding site prediction with DeepGlycanSite https://t.co/PM9xJuZ9xK
— Glycobiology.UK (@GlycobiologyUK) June 20, 2024
He, X., Zhao, L., Tian, Y. et al. Highly accurate carbohydrate-binding site prediction with DeepGlycanSite. Nat Commun 15, 5163 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-49516-2
でオープンアクセスです。
論文の内容を自前のコンピュータで追試したり、新規のトレーニングをすることもできるそうです。以下のGitHubのサイトから必要なデータをダウンロードできるほか、アルゴリズムを自前で実装する方法も解説されています。残念ながら、オンラインで予測ができるサイトはまだ公開されていないようです。
今日は二つほどおすすめの動画を紹介します。
伊藤 由佳理「美しい数学入門―特異点の謎に迫る」2021年度冬学期：高校生と大学生のための金曜特別講座
おなじみの東大テレビで最近公開された動画です。大変わかりやすい代数幾何学と特異点についての解説です。
https://youtu.be/Fc0Caf6-GGw?si=nQe9o_xlQJ8Pr9i1
もう一つはThe Royal Institution（英国）の動画です。
超常現象、UFOなどについて研究しているChris Frenchさんの講演動画です。彼はthe Head of the Anomalistic Psychology Research Unit in the Psychology Department at Goldsmiths, University of Londonとのことです。
タイトル：Paranormal activity: science or fiction? – with Chris French
https://youtu.be/i8mjM3PB_Tk?si=8MzWUAq_QBWnTFjQ
本はこちら。多くのthe Royal Institution の講演動画は新刊の本の著者をよんで本の内容紹介を含む著者の仕事の紹介になっています。本のタイトル：The Science of Weird Shit: Why Our Minds Conjure the Paranormal
https://www.amazon.com/Science-Weird-Shit-Conjure-Paranormal/
今日は無料公開された物理化学の英語教科書の紹介です。
Peter Atkinsは量子化学や物理化学のすぐれた業績と、多くの教科書の執筆で有名です。彼の教科書Physical Chemistryは、世界中で採用されている教科書で去年第12版が出版されました。彼は今はOxford大学教授を引退していますが、彼の教科書の一つ、Concepts in Physical Chemistryの電子版を無料公開することに踏み切ったのだそうです。
こちらのリンクから電子版をみることができます。アルファベット順に500の物理化学の重要な概念の解説をならべた本ですが、大変役立つリソースになっていると思います。
https://books.rsc.org/books/monograph/2194/Concepts-in-Physical-Chemistry
公開の理由はこちらに書かれています。McMurryのOrganic Chemistryの教科書の無料公開を高く評価していたAtkinsがMcMurryにならって公開を決めたそうです。
https://www.chemistryworld.com/news/physical-chemistry-textbook-now-free-to-download-as-a-gift-to-the-community/4019535.article
以前のマクマリー有機化学の無料公開についての記事もまだ見たことななければご覧ください。
100万人以上の学生が使った教科書 「マクマリー有機化学」の最新版(2023年9月発行の第10版）がなんと完全無料公開されました！
上の記事にあるリンクから、Organic Chemsitryの最新版のダウンロードができます。また、正誤表もこちらからみることができます。
https://openstax.org/errata/?book=Organic%20Chemistry%3A%20A%20Tenth%20Edition
写真は散歩の途中でみつかった四葉のクローバーです。皆様にもこれからよいことが起こりますように。