The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

DeepSeekの新しいAIが話題沸騰しています。

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世の中すすんでいきますね。OpenAIのChatGPTに勝るとも劣らないLLMが中国のDeepSeekという企業 からMITライセンスで公開されたそうです。オープンソースで透明性があるAIで、なんと家庭用で使えるモデルまで公開されたそうです。一家に一台　LLMの時代がきたんですね！

量子コンピュータについての市民講演会動画と、Quantum in Picturesの解説講義シリーズの紹介です。

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YouTubeのおすすめ動画でこんなのがあるのを知りました。
「量子コンピュータとは何か？―情報学と最先端の物理学理論が融合した先を見据える」添田 彬仁 – 国立情報学研究所 2024年度 市民講座 第2回
https://youtu.be/crEXqvuOay4?si=Y-jIzx7m_vkFeUcS

つい最近（先月の18日=2024年12月18日）開催された一般市民向けの講演会の動画です。
量子コンピュータについて知るにはよい動画のようです。見てみようと思います。スライドもダウンロードできるリンクがYouTubeのページにのっているのでダウンロードしてみて、面白そうだったら見るのもよいと思います。

量子コンピュータといえば、先日紹介したBob Coecke (Quantinuumという量子コンピュータの会社とUniversity of Oxfordの教授)の動画があります。彼は圏論をもとに量子計算を図で行うという手法を開発した研究者です。記事へのリンクを張っておきます。

英国ケンブリッジにあるNewton Instituteで開催された量子コンピュータについての講演会動画が公開されています。

その前の記事ではThe Royal Institutionでの彼の講演を紹介しました。

図式による量子論―圏論をもとにした量子力学の定式化についてのわかりやすい講演が公開されています。

この講演では彼の量子力学の計算を図で実行するという手法が解説されていましたが、その手法のもっと詳しい解説動画があるので、是非そちらの動画も見てください。ガーナにある大学向けの連続講義動画Quantum in Picturesです。再生リストはこちらです。一時間程度の解説が9回まとまっています。
Quantum in Pictures: A New Way to Understand the Quantum Worldという本の内容を詳しく解説しているので必見です。
https://youtube.com/playlist?list=PLrf_yCwRA6PUCSMHPXUTeZFQk4yXjw_6b&si=Y3rKmNvpPh53Iufo
第一回の動画を埋め込んでおきます。
https://youtu.be/IBciXyV04jw?si=miaswxZWmFfFSBMI

この動画があるチャンネルMathematical and Computational Physics – KNUST　には他に多数の動画があるのでそちらも面白そうです。
https://www.youtube.com/@MCP-KNUST

Pythonパッケージ管理ツール”uv”を使ってみましょう！

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LinuxでPythonをインストールする時pipとかcondaを使っていますが、最近pythonのパッケージ管理ツールとしてuvというのがあるのを次の記事で知りました。

『Rust製のPythonパッケージ管理ツール「uv」を使ってみよう』　門脇諭（かどわきさとる）
https://gihyo.jp/article/2024/03/monthly-python-2403

興味をもったのですが、使い方はまだわかりませんでした。その使い方を解説している動画がToｇoTVにアップロードされたので見てみようと思います。TogoTVの動画の紹介欄を引用します。

『uvは、2024年の2月中旬に発表された新しいPythonのパッケージ管理ツールです。uvは高速な動作、クロスプラットフォーム対応のロックファイル、ツール管理の専用インターフェースを提供することで、快適な開発環境を実現しています。uvを用いることで、依存関係の管理やPythonのバージョン管理が容易になります。プロジェクト全体の管理のみならず、仮想環境やpipの代替としてや、インラインスクリプトの実行やPythonバージョン管理だけを行いたい場合にも有用なツールとなっています。今回はWSL2を用いたLinux環境でuvの説明を行います。なお、WSL2の導入方法については「WSL2(Windows Subsystem for Linux 2) を導入してWindows10(11) にLinux環境を構築する」をご覧ください。 』

動画のYouTube版を埋め込んでおきます。
https://youtu.be/vFd0gUcPOW8?si=e6YRCqkSYf01PI_C

糖鎖生物学のものすごく有用なサイトの紹介です―その1

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私の専門の糖鎖生物学ですが、さまざまな有用なサイトがネットにあふれています。これから時々、そうしたサイトを紹介していこうと思います。今日は第一回目です。

今日は、ノーベル化学賞受賞者のCarolyn Bertozzi さんが創設メンバーの一人になっている製薬会社Palleon Pharmaceuticalsの糖鎖生物学のサイトを紹介します。
https://palleonpharma.com/glycobiology-education-hub/

糖鎖と免疫生物学の動画などがあって大変勉強になるサイトです。たとえばこんな動画があります。
https://www.sitcancer.org/viewdocument/2024-glyco-immunology-webinar-serie

また、糖鎖生物学についての情報源もいろいろ掲載されているので是非訪れてみてください。糖鎖生物学の有名な教科書Essentials of Glycobiology 4th editionのNIHのページへのリンクも載っています。（本を一冊まるごとダウンロードできるリンクはのっていません。私のこちらの記事にダウンロードリンクがあります。）

さらにありがたいのは、ツイッターで糖鎖生物学関係の情報を発信しているアカウントのリストもあることです。
https://x.com/i/lists/1689730584749166775
このリストにアクセスするとPalleonがリストしている糖鎖生物学関係のアカウントの最新のツイートが読めます。どんなアカウントがあるかは、Membersというタブをクリックするとみることができます。皆さんもこの中からよさそうなアカウントを見つけるとよいでしょう。

私はXのアカウントをもっていないので、もっぱらnitterのインスタンスでツイートを見ています。https://xcancel.com/i/lists/1689730584749166775でみることができるのでXにアカウントがない人はこちらのリンクをためしてみてください。Membersというタブを押すと、リストをみることができます。

今井むつみ先生の講義動画と、Blueskyでみつけた英語論文の書き方についてのツイートを紹介します。

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今井むつみ先生の本は、岩波新書の「英語独習法」を紹介したことがあります。大変わかりやすく、英語の勉強の参考になる本でした。
最近書かれた中公新書の「言語の本質ことばはどう生まれ、進化したか」今井むつみ／秋田喜美 著　は、読み始めたもののオノマトペとかいう概念に強烈な違和感をもってしまって挫折しました。この本は多くの賞をとっているのできっと良い本なのでしょうが、私には読み進めない本でした。
https://www.chuko.co.jp/shinsho/2023/05/102756.html
そんな今井むつみ先生の講義動画が公開されています。これを見たあとなら中公新書もわかるかもしれないと思いました。動画はまだみていませんが、今井先生の考えておられる基本的な概念を解説しておられるので、ひまができたら一度見てみたいと思います。

講義「言語習得を可能にするのは何か―記号接地、アブダクション、ブートストラッピング」（今井むつみ）／総研大日本語言語科学特別講義・第145回NINJALコロキウム
https://youtu.be/2AoSAazI43o?si=zQf6YKj9KE7fx0Gx

話は変わりますが、英語の論文の書き方について参考になるツイートを埋め込んでおきます。こちらの記事で紹介したBlueskyのScience Newsのツイートです。

High-quality manuscripts complement scientific value and readability

“Views and suggestions for young scientists and early-career researchers on how to prepare a high-quality manuscript.”

PDF:
www.cell.com/action/showP…

[image or embed]

— Science News (@scinews.bsky.social) 2025年1月15日 23:34

Ten simple rules for structuring papers

PDF:
journals.plos.org/ploscompbiol…

[image or embed]

— Science News (@scinews.bsky.social) 2025年1月15日 22:41


このツイートの右下にあるRead 1 reply on Blueskyをクリックすると関連ツイートが二つほど読めるようになります。どれも論文の構成を考える上で大変役立つアドバイスになっています。是非ご覧ください。

Deep Learning for Molecules & Materialsという本が公開されています。

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自然科学系の人に役立ちそうな深層学習の本があります。Deep learning for molecules & materialsというタイトルの本でこちらのurlから読むことができます。https://dmol.pub/
Pythonを使って学ぶ深層学習の本で、化学や材料科学を学ぶ人向きの教科書です。
ローカルで読みたい人はこちらにやり方が書いてあるので見てください。
https://github.com/whitead/dmol-book
この本は、Pythonを知っていることを前提としています。Pythonを知らない人は、まずこちらの資料などで学ぶとよいと本の最初の方に書いてありました。
http://education.molssi.org/resources.html#programming
この資料のおいてあるサイトは量子化学、分子動力学などの入門資料もあって、とても役立ちそうです。併せてご覧になるとよいと思います。

著者のWhite先生（ロチェスター大学）のプレプリントなどはこちらから読めます。
https://arxiv.org/search/cs?searchtype=author&query=White,+A+D
最近はやりのLLMの科学への応用についてのプレプリントが多いですね。

第二次世界大戦のさなかで忘れ去られてしまった科学者たちについての動画がでました。

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昨日に続いてThe Royal Institutionからの講演動画を紹介します。

The forgotten scientists of WWII – with David Clary
https://youtu.be/cJM26a_d_PQ?si=Ls0G87YC-DjsPMiG

この動画では、量子化学の化学反応論（衝突理論）の研究で著名なSir David Clary FRS（Fellow of the Royal Society）が第二次世界大戦のために世間から忘れ去られてしまった悲劇の科学者（ドイツやヨーロッパからの英国への難民希望が拒否された人々など）について語っています。彼の新著　Lost Scientists Of World War II　（https://geni.us/x8hae）についての動画です。面白そうですね。オッペンハイマーのように難民となっても働き場所を見出して大活躍した科学者ではない悲劇の科学者ということで、The Lost Oppenheimersという副題がついている動画です。教授は、波動力学のシュレーディンガーが属していた英国Oxford大学のMagdalen Collegeの学長を2005から 2020まで務めていた方です。量子化学の専門家ですので、Oxford時代のシュレーディンガーについての有名な本Schrodinger In Oxfordも書いておられます。シュレーディンガーはThe Royal Institutionのこの講堂で1928年に波動力学についての講演（Four Lectures on Wave Mechanicsという本になっています）をしたのだそうです。この本はこちらからダウンロード可能です。https://archive.org/details/fourlecturesonwa00schr/page/n5/mode/2up
Faradayをはじめ綺羅星のごとく輝く研究者がここで講演しているんですね！

英国ケンブリッジにあるNewton Instituteで開催された量子コンピュータについての講演会動画が公開されています。

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このブログで以前とりあげた（末尾のリンクを参照）英国CambridgeにあるNewton Instituteで次の講演会が開催されました。

Quantum Computing: Applications and Challenges　2024年11月12日
プログラムはこちらです。
https://gateway.newton.ac.uk/event/ofbw71/programme

残念ながらパンゲノムについての講演動画は公開されていないのですが、1月8日の記事で紹介したBob Coecke (Quantinuum), (University of Oxfordの教授)の講演や量子暗号についての講演などは見ることができます。Coecke教授の講演ではChatGPTなど現在のLLMではどうして結果がでるのかのメカニズムがあきらかになっていないこと、これに対して現在開発中の量子AIではその動作メカニズムを見て理解できることが強調されています。教授はChatGPTの登場以前から言語モデルの量子コンピュータでの重要性を提唱していた先見の明がある研究者ですので、見る価値がある動画だと思います。
Title: Interpretable Quantum AI, Efficient, and Scalable
Speaker: Professor Bob Coecke (Quantinuum)
https://youtu.be/pEh1Z3zorZo?si=PtnDArG6wU-K5W-w

次のリンクはこのブログの過去記事です。Penroseの講演動画とNewton Instituteについて紹介しています。

アイザック・ニュートン研究所の動画がYouTubeで公開されています。

フカシギおねえさんのYouTube動画を紹介します。

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今日は日本評論社からでている雑誌『数学セミナー』2025年1月号の記事
「コンピュータによる数え上げ」（湊真一　京都大学教授）の記事で教えてもらった動画を紹介します。
12年前の動画だそうですが色あせない面白い動画です。組み合わせ爆発のすごさを印象的におしえてくれる動画です。小学生から見ることができると思います。是非、未見の方は家族そろってご覧ください。

『フカシギの数え方』 おねえさんといっしょ！ みんなで数えてみよう！
https://youtu.be/Q4gTV4r0zRs?si=Uk8v5sU8BgqTY-w2

より詳しくは上の数学セミナーの記事をご覧になることをおすすめします。
また湊先生の講演動画もあります。

オープンハウス2013：基調講演「フカシギの数え方― 組合せ爆発に立ち向かう最先端アルゴリズム技術」湊真一
https://youtu.be/8xqEBQc1nTo?si=RCr5XJwOMT_pezrA

ニホニュウムって聞いたことがありますか？小学生からわかる解説動画が公開されています！小学生がいるご家庭必見の元素についての動画です！

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昔、九大の私の研究室の廊下に「一家に1枚 元素周期表」という周期表のポスターを張っていました。今でもこちらのサイトからダウンロードできるので是非、ダウンロードしてみてください。面白いし、お子さんにも喜ばれることうけあいです。
https://www.mext.go.jp/a_menu/kagaku/week/1413572_00004.htm
この周期表にのっている日本で発見された元素　ニホニュウムについて小学生でもわかる解説動画がYouTubeで公開されています。理研・九州大学の森田 浩介教授が中心になって発見された113番元素ニホニュウムと、昔日本で発見された幻の新元素ニホニュウムについても知ることができる講演会動画です。今日本で合成にチャレンジされている119番元素の話もあります！
元素ってなにかということから解説してくださっているので小学生、中学生、高校生から理解できるよい動画です。すばらしい動画ですので是非みてください。科学者になった気持ちで聞いてくださいという講演会最初の櫻井 博儀RNCセンター長の言葉も印象的です。ただ原子の顕微鏡画像は著作権の関係で削除されていてQRコードでみるようになっているのでこれは残念ですね。(学校での講演や講義などでは著作権法に照らして論文の本や図などは利用できるのですが、不特定多数に対する配信の場合はこうした著作権の制限があるのです。この事実もこの動画で理解できます。こうした法律がある現代の社会の現実を一目で理解できるのでその意味でも教育的によい動画です！)
講演会の概要はこちらの理化学研究所のサイトをみてください。
https://www.riken.jp/pr/news/2025/20250106_1/index.html
YouTube動画はこちらです。リンクは動画の最初から再生したい場合に利用してください。埋め込んだ動画は著作権についての表示がある部分を再生するように埋め込んでありますので参考にしてください。
『科学者に聞いてみよう「ニホニウムってなんだ！？」 ～誕生20周年記念講演会』
https://youtu.be/tyKuIz0FkwM?si=uKd0C4f8fjjobM-e

とても良い動画なのですが、広告がやたらに入りますね。また最近ではログインせずにYouTubeを見ようとすると頻繁に
「ログインして bot ではないことを確認してください　コミュニティの保護に役立ちます。詳細」というメッセージがでてログインしないと動画が再生できなくなりました。どうやらIPv6のプロトコルのインターネット接続でYouTubeにアクセスするときに時々このメッセージがでるようです。Windowsのネットワークアダプターの設定のプロパティを開き、インターネット接続プロトコルバージョン６　TCP/IPv6に入っているチェックを外して、インターネットプロトコルバージョン4　TCP/IPv4のチェックだけ入っているようにすると、このメッセージがでなくなるようです。