野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
AIについての情報収集法の記事が話題になっていたので紹介します。どちらもZennの記事になっています。
AI系情報収集方法の社内アンケート・手軽な情報収集の仕組み【2025年版】
https://zenn.dev/mkj/articles/41e3f0abb0dd0e
これは、からあげさんの記事です。からあげさんについては末尾にあげた以前の記事をご覧ください。
この記事の中に引用されている小川雄太郎さんの記事も合わせて読むとよいでしょう。
AI系の情報収集手法を紹介（ビジネス・開発・研究）【2025年版】
https://zenn.dev/mkj/articles/1357a7ea2970c4
お二人とも東大・松尾研の関係者の方々でAI研究の最先端でどのように情報をあつめておられれるのかは私など別分野の者の情報収集にも参考になります。
120歳まで長生きする方法―最新研究によるまとめと実現への展望を知ることが出来る動画がでました。
NIH video castの最新の動画です。例によって動画と字幕はダウンロードできるのでゆっくり自分の好きな時に視聴することができます。
2025 Demystifying Medicine Series — Can We Live to 120?
人間は120歳まで生きられるか？というテーマでの二人の科学者による講演でした。
生活習慣に留意することで長生きする方法の現在までのまとめと、長寿には遺伝子だけではなくてエピジェネティクスの効果が大きな影響を与えているという最新のマウスによる研究の紹介もあります。
おまけ： 2025 Demystifying Medicine Series — CAR T-Cell Therapy
Chimeric Antigen Receptor (CAR) T cell therapyの解説動画です。
CAR T-cell は、「カー ティー セル」と読みます。癌や自己免疫病の治療に革命をもたらしつつある治療法です。
CAR T-cell研究のリーダー、最先端を走る2人の研究者による講演です。
最近の首相の発言で批難轟々となった治療法について学ぶには最適の動画でしょう。NIHでは専用の建物も建っているようです。
ノーベル賞受賞者を囲むフォーラム「Nobel Week Dialogue」が今年は本日、東京で開催されました。ライブ配信もしていて日本語同時通訳付きの動画が公開されているので、どなたも気軽に楽しめます。
The Future of Life | Nobel Prize Dialogue Tokyo 2025
https://www.youtube.com/live/-g_vKw-4wrs?
催しについての詳細はこちらをご覧ください。
https://www.nobelprize.org/events/nobel-prize-dialogue/tokyo-2025/event-information-jp
プログラムはこちらです。イベントを楽しむための予習に最適なプログラムです！
https://www.nobelprize.org/events/nobel-prize-dialogue/tokyo-2025/programme-jp
各演者についてのリンクも充実しているので是非このプログラムを参考にしながら視聴してみてください。線虫のRNAiでノーベル賞を受賞したFireさんも参加されています。今年のノーベル賞受賞者のAI研究者Hinton先生もオンライン参加されています。リボソームの立体構造を完全解明したアダ・ヨナット – Ada Yonath さんも現地参加されていました！
英語版はこちら。英語はききとりやすいので、こちらのほうが理解しやすいかもしれません。
https://www.youtube.com/live/2_lhR5_8O3k?
今日は科学史の話題です。アリスタルコスという紀元前に生きた古代ギリシャの科学者がいます。地球の大きさや、地球と月、太陽までの距離なども巧妙な方法で求めています。
そのやり方をわかりやすく解説している動画があったので紹介します。
地球と月、そして太陽がそれぞれどのくらい離れているか、大きさはどれほどかなどを古代ギリシャ人が測定した方法が次の動画でわかりやすく解説されています。
The Ancient Mathematician who Measured the Sun
https://youtu.be/shkcVDHOvAI?
動画の中に出てくる本はInternet Archiveで貸出可能なので借りて読むことができます。ダウンロードすることはできませんが、同じ本の古いバージョンはダウンロードできるのでやってみてください。本のタイトルは
Aristarchus of Samos, the ancient Copernicus; a history of Greek astronomy to Aristarchus, together with Aristarchus’s Treatise on the sizes and distances of the sun and moon
ダウンロードできるサイトはこちらです。
https://archive.org/details/aristarchusofsam0000heat/mode/1up
アリスタルコスの現存している著作の翻訳もあります。国立国会図書館デジタルコレクションで読むことができます。
世界の名著９ ギリシャの科学
国立国会図書館デジタルコレクション
https://dl.ndl.go.jp/pid/12406073
この動画のチャンネルにあった次の動画も面白そうです。アルキメデスの失われていた著作『方法』が如何に発見されて解読されたかという有名なお話です。
The $2 Million Lost Book of Archimedes
https://youtu.be/ZXNIgHov0Nk?
明日土曜日のNHK Eテレで面白い番組があるそうです。さっそく録画予約しました！
擬人化ドラマ✕情報解説
＼世界は元素でできている／化学の世界を楽しくわかりやすくお届けする15分間！
身の回りの元素に目を向けると、そこには青春ドラマが！8(土)「骨の中の元素」
15(土)「磁石の中の元素」
⏰夜8:45 二週連続放送！お楽しみに#Eテレ #世界は元素https://t.co/rrbsJIKdV7 pic.twitter.com/Q5JqqMbzn8— NHK Eテレ編集部 (@nhk_Etele) March 5, 2025
バイオ関係のブログで面白いものを紹介します。
SKJ Blog
大学院生・研究者のための創薬データサイエンス技術ブログ
Bioinformatics & Chemoinformatics
こんな記事もあります。以前RDKitについて紹介した記事も合わせて参照してください（リンクはこちら）。
Pythonで化合物を扱うなら必携の「RDKit」！
その超入門記事をブログにて公開しました。第一弾はファイル入出力とMolオブジェクト作成を徹底解説。
ぜひご覧になって、RDKitを使いこなす第一歩を踏み出しましょう。https://t.co/75IUwUhaDK— 塩こうじ＠バイオインフォ/ケモインフォ (@bioinfo_skj) March 5, 2025
サイトが広告でとてもみにくいのでBraveでのアクセスをお薦めします。最近、広告表示がのさばってよい記事を妨害しているサイトが増えています。広告を一回見ないと次にすすめないとかいうサイトは、速攻でアクセスをBraveからのみに変更します。
https://shiokoji11235.com/how_to_use_rdkit_1_read_write
https://shiokoji11235.com/how_to_use_rdkit_2_mol_object
記事は５まであります。
このブログには他にもスライドの作り方や様々なバイオインフォマティクス、ケモインフォマティクスの記事があって役立ちます。
The Royal Institutionの新しい動画が公開されました。近頃よく量子力学は情報理論というようなキャッチフレーズをききますが、なんのことやら詳しい説明は読んだことがありません。
この動画では量子重力の専門家（Oxford大学教授）からの話をきけるのでおすすめです。
講演タイトル『Decoding quantum reality – with Vlatko Vedral』
https://youtu.be/70FhS6NAbuA?
Vedral先生は量子重力や量子情報の研究者だそうです。講演に関連した本はこちらです。
『Decoding Reality: The Universe as Quantum Information』
https://academic.oup.com/book/40594
一か月ほど前に対談（Podcast）がYouTubeで公開されています。
Testing Quantum Gravity & Reality with Prof. Vlatko Vedral | Quantum Foundations Podcast Ep5
https://youtu.be/mqKVmst8Wwo?
先生のブログはこちらです。
https://www.vlatkovedral.com/
いっぱい論文や本を書いておられます。
https://www.vlatkovedral.com/in-print/
今年の10月には新しい本がでるそうで、今回のThe Royal Institutionでの講演にも関係があるようで楽しみです。
去年の夏に紹介した本 佐久間 正樹 著
『取扱注意！高校数学を大学数学で解く「チート解法」』本体価格 1,700円についての動画が公開されました。
【禁断】高校数学の問題を大学数学で”ぶん殴る”チート解法【橋本幸治の理系通信】というタイトルです。
https://youtu.be/cC73qdZrFV8?
この本は去年の7月の記事でとりあげたおすすめの本です。
佐久間 正樹さんはこの本の著者プロフィルによると、東大数学科卒で東大大学院の修士を終えて現在博士課程在学中とのことです。佐久間さんのツイート によると、東京大学の博士課程の大学院生で大学院に入ってからの単著論文が6本もあるそうです。
Twitterで自分の研究の話を全くしてこなかったのでちょっと紹介。
大学院では数学の単著論文を6篇書きました。最新のはこれで、先月JMAAに掲載されました。
誇大広告かもしれませんが、誤解を恐れずに言うと… ま、まぁ一応… 所謂小さな「未解決問題」を解いたものになりますhttps://t.co/mKxGrZ7xrS— 佐久間 (@keisankionwykip) December 17, 2024
去年、雑誌『数学セミナー』（2024年5月号）の記事でこの本が紹介されていて、著者が未来ある若者と紹介されていたのが印象に残っています（西郷甲矢人先生の「心に喜びをもたらす二冊」という記事にとりあげられた一冊がこの本です）。私もこの西郷先生の記事を読んで購入しました。
動画をみて面白そうだったら是非購入することをおすすめします。とても面白い本です。
日本の探査機はやぶさ２が持ち帰った小惑星Ryuguのサンプルをイギリスの研究室で分析したところバクテリアらしき電子顕微鏡写真が撮れたという論文がでて話題になったようです。去年の年末に結構話題になったニュースですが、私は数日前までまったく知りませんでした。原論文はこちらです。
Rapid colonization of a space-returned Ryugu sample by terrestrial microorganisms
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/maps.14288
オープンアクセスの論文なのでどなたでも読めますし、ダウンロードできます。
この論文を読みましたが隕石の中にバクテリアがいたという論文ではなく、地球上のバクテリアに汚染された（私たちはコンタミしたといいます。contaminationの日本風表現です）と思われるので注意しましょうというような趣旨で論文がまとめられていました。
この論文についてのJAXAの声明はこちらです。
Dec 5, 2024
Regarding the journal paper on microbial contamination found on a grain from asteroid Ryugu
https://www.isas.jaxa.jp/en/topics/003899.html
日本語でのJAXAのこちらの解説がとてもわかりやすいので是非お読みください。https://cosmos.isas.jaxa.jp/ja/keeping-out-the-earth-protecting-the-asteroid-ryugu-sample-from-contamination-ja/
面白かったのは、この論文の序文で今までに結構な数の論文がでていて、それらは石質隕石の中にバクテリアを発見したと主張しているのがわかったことでした。どれもバクテリアとそっくりな構造が見つかったという報告で、DNAや有機物を確認したわけではないものばかりでした（ほとんどがオープンアクセスではないので九大図書館で読みました）。JAXA で地球上のバクテリア汚染をチェックするために定期的に培養も試みているそうです。枯草菌とか培養できる微生物は検出できますね。宇宙にバクテリアが満ち満ちているとしたらそろそろ検出できる時代になったので、これからが楽しみです。
タンパク質の設計を機械学習で行う時代になりました。YouTubeにはRosetta《タンパク質の立体構造モデリングと設計のソフトウエア。ノーベル賞を受賞しています。）の開発者たちによる講習会の動画やノートブックへのリンクが公開されています。Rosetta Commonsの再生リストはこちらです。
https://www.youtube.com/@RosettaCommons/playlists
RosettaをPythonで使えるPyRosettaの講習会動画などもあるので役立ちます。
今日紹介する
Protein design with machine learning という講習会の動画の再生リストはこちらです。
https://youtube.com/playlist?list=PLFavr8uo6kSpbIQKodSYA6reiG-RDXnWq&
PyMolの使い方、AlphaFold2やAlphaFold3の使い方の講義もあります。
Notionには講義のスライドやノートブックがアップロードされています。
https://sweltering-waterfall-a22.notion.site/Lectures-Slides-Activity-Notebooks-7226d85bd15244639cfb707bfa161c82
動画の一例として、タンパク質の立体構造を表示するソフトPyMolの使い方とVSCode入門の動画を埋め込んでおきます。
PyMol and VS Code (Mini-session)
https://youtu.be/7fh90mdg2pI?
UbuntuにPyMolをインストールするのは簡単です。以前の記事に書いたのでご覧ください。
今日 NIH videocastのサイトで動画をみようとしたのですが、つながりませんでした。
『アクセスしようとしているサイトを見つけられません
videocast.nih.gov という名前のサーバーに接続できません。』と表示されます。
PubMed も Bookshelf もだめですね。のきなみnih.govドメインははじかれているようです。試しにTorでドイツやオーストリアのIPアドレスでつなぐとつながるので、日本のIPアドレスをはじいているのは明らかですね。TorでドイツのIPアドレスでつなぐと、PubMedはアメリカ政府のサービスだという注記が一番上にでていますが、普通に検索できます。NIH videocastのサイトの動画の視聴やダウンロードまできますし、NCBI BookShelf のサイトも見ることができます。(これを書いていて試したところNCBI BookShelfは今は普通のブラウザでみることができるようです。PubMedやNIH videocastはまだ駄目です‥‥ ）
ということで、NIHのサイトにつながらないときは、Torでつないでみてください。はじかれる国のIPアドレスにあたった場合は、ツールバーの鍵アイコンの左にあるTor Circuitボタンを押して出るプルダウンメニューの一番下、New Tor Circuit for this siteをクリックして経由する国を変えてみてください。（面倒ならtorrcファイルを編集するという方法もあります。exit nodeをはじかれない国に設定するなどすればよいのですが、終わったらもとのtorrcファイルに戻しておくのがセキュリティ上必須です。）
写真は今日午後、近所を散歩しているとき見つけた早春の花です。
