The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

生物数学の動画と、エジプト考古学の動画をみました。

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ここ数日、ChatGPTにたすけてもらいながら、遺伝子のエンリッチメント解析のツールであるg:ProfilerのR用パッケージgprofiler2の解析を行ってその結果をエクセルファイルの出力するRのスクリプトを作っていました。今やChatGPTは十分実用に耐えるRスクリプトがつくれますね。もちろんスクリプトが動かないときもあって、そんなときはこちらが調べてエラーの原因を一緒に考えるということをやっています。ものすごく優秀な学生と一緒に仕事をしている感じで、昔の学生さんとのラボでのディスカッションを思い出します。今日はちゃんと動く　よいRのスクリプトができたのでエンリッチメント解析もはかどりそうです。

さて、今日は二つほど動画を紹介しておきます。一つはエジプトのギザのピラミッドの下に巨大な人工物がみつかったというニュースについての解説です。著者のグループは今回の発表の前に同じ方法をつかっての発見を報ずる論文をだしていたそうでその論文の解説からはじまります。こうしたニュースを批判的にみるために大変有益な動画だと思います。

『考古学者が本音で語る！ピラミッド地下に“巨大構造物”は実在するのか？』
https://youtu.be/XS69ATQeVRQ?

後はまじめな生物数学の動画サイトの紹介です。
National Institute for Theory and Mathematics in Biology (NITMB) という研究所が公開している研究所で行われたセミナーの動画サイトです。
https://www.nitmb.org/nitmb-seminar-series-recordings

例えばこんな動画があります。埋め込みリンクが無いので上のリンクで開くページからご覧ください。
Krishna Shrinivas
Recorded on 05/02/2025
Title: Rational design of fuzzy biomolecular ensembles

他にもいろいろ面白そうな動画がありますので一度訪れてみてください。

RStudioのおすすめの日本語入門記事や入門書を紹介します。

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先日　RStudioにR commanderとEZRをインストールしてみよう！という記事を書きました。

RStudioにR commanderとEZRをインストールしてみよう！

RStudioの使い方の簡単な紹介は前に書いたのですが、使い方を詳しく解説しているサイトがあるので紹介しておきます。
https://tomoecon.github.io/R_for_graduate_thesis/RStudio.html

以前紹介したこちらの記事にあるリンクの中にページです。

2022/1/18
統計解析にRとRStudioを使うための入門資料は、近頃ものすごく充実してきていますね。立命館大学の森　知晴先生による「卒業論文のためのR入門」というサイトはとてもよさそうです。先生のYouTubeチャンネル「tomo_econの行動経済学・統計学チャンネル」の動画もリンクされているので先生のチャンネルとともに参考にされるとよいでしょう。

また、本では次の本がおすすめです。今日九大図書館でざっと読んでみましたが、RStudioを使って統計解析をする初心者(卒論生、研究者をふくめて）向けに かゆいところに手が届く内容で、とても優れた本だと思いました。データのクリーニングやライブラリの使い方、自作関数まで教えてくれる内容です！
この本で学んで、R commanderやEZRを使えば、ほぼすべての統計解析ができるようになります。

『超入門！　すべての医療従事者のためのRStudioではじめる医療統計
－サンプルデータでらくらくマスター－　第2版』
こちらの出版元のサイトで試し読みや目次を確認できるので是非ご覧ください。
https://www.kinpodo-pub.co.jp/book/2005-4/

脳のリンパ管システムの発見者による最新の動画（2025年4月30日）がNIH videocastで公開されました！

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NIH videocastで脳でのリンパ管の役割についての動画がでていました。脳にはリンパはないというのが通説でしたが、それは覆されていて演者は髄膜のリンパ管をヒトとマウスで発見したワシントン大学医学部のJonathan Kipnis教授です。講演ではリンパ管の全身での役割の解説からはじまって、脳におけるリンパ管システム《髄膜のリンパ管とglymphatic systemと呼ばれているリンパ管の働きをするシステム）の重要な役割の解説と最新の研究成果が披露されています。脳での老廃物の排出システムとこれらのシステムの老化や病気との関連についても解説されていて必見の動画です。
NIH videocastのページからは動画を見るだけでなく、ダウンロードも字幕のダウンロードも自由にできますので、YouTubeの動画(埋め込んでおきます）ではなくNIHのサイトからご覧ください。

Navigating Uncharted (Neuroimmune) Waters
https://videocast.nih.gov/watch=55014

動画の要約はこちら。
https://oir.nih.gov/wals/2024-2025-wals-season/navigating-uncharted-neuroimmune-waters

YouTubeの動画はこちらです。
https://youtu.be/YWFOhhw-jxA?

現代の顕微鏡ってどんなのがあるのか？という疑問に答える動画がでています。

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今日は 英国のThe Royal Institutionで開催されている講演会動画で面白いものがあったので紹介します。
位相差顕微鏡だのレーザー共焦点顕微鏡だのを使っていましたが、その後も顕微鏡の発展は続いていて徴候解像度の顕微鏡などがいろいろでています。今回の動画は、聴覚にかかわる耳の中にある細胞を研究している研究者による、顕微鏡の発展史と最新の顕微鏡による研究の一般むけ解説です。まだみたことがないような最新の顕微鏡もでてきますので、是非ご覧ください。

How microscopes have changed our lives – with Anwen Bullen
https://youtu.be/jSLTqSg55eo?

RStudioにR commanderとEZRをインストールしてみよう！

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先日紹介していたg:ProfilerというWeb siteでうごいているソフトはRやPythonでも動くのでいちいちサイトにいってエンリッチメント解析や遺伝子のID変換をするより、自分のパソコンにインストールして使うほうが便利な場合も多いはずです。今日はRStudioにRのパッケージ版のgprofiler2というのをインストールしたのでやり方を紹介しておきます。ついでに以前書いた記事のRStudioにR commander（Rによる統計解析をコマンドラインではなくGUIでメニューを操作して可能にするプラグインです）とその”R commanderのプラグイン”であるEZR（これを入れるとたいていの統計解析がメニューを選んで可能になるR commanderの拡張強化版）をインストールする方法の改訂版も載せておきます。

インストールの流れは以下のとおりです。
1) まずRをインストールする。
2) 次にRStudioをインストールする。
3) RStudioを起動し、右下のパネル(pane)のPackagesタブからinstallタブを選んで開き、真ん中にあるPackegesの検索窓にrcmdrといれてポップアップしてくるPackage名のリストからRcmdrを選んでinstall ボタンをおして、Rcmdr (R Commander)をインストールする。

ここまでの操作は次の過去記事通りにすすめてください。今朝、やってみましたがＲのバージョンがＲ4.5.0になっていたり、RStudioのバージョンが上がっている以外はほとんど同じようにインストールできます。

夏休みおすすめソフト（３）RstudioにR commanderとそのプラグインEZRを入れてみよう―EZRインストールのトラブルシューティング

4)  次に3)で使った右下のpaneのPackagesタブから再びinstallタブを選んで開き、Packagesと書いてある検索窓にタブにrcmdrといれてポップアップしてくるPackage名のリストからRCmdrのプラグインであるRcmdrPlugin.EZRを探して選んでインストールする。(この部分について上の過去記事にちゃんと書いてなかったので上の記事はちゃんと書き加えた改訂版になっています。）
5) Rcmdrを起動して、ツールと書いてある部分をクリックして開くメニューから、Rcmdr プラグインのロードを選び、EZRをR　commanderにインストールする（ロードボタンが白抜きで選べない場合はロードすべきRcmdrのプラグインがまだ何もインストールされていない場合です。4)の作業でRcmdrPlugin.EZRがちゃんとインストールしてあれば選べます）。

以上で日本語でグラフィカルユーザーインターフェイスでほとんどの統計解析ができる環境が完成します。

６) 最後に今回の目的のg;ProfilerのR packageであるgprofiler2をインストールします。さきほどの３）と同様に、installタブから開くPackages検索窓にgprofilerなどどいれてgprofiler2を探して選んでインストールします。これで終わりです。
こちらのリンクにgprofiler2のパッケージの使い方の説明が詳しく書かれています。
g:Profilerの使い方の詳細な解説にもなっているのでWeb版を使う人にも大いに役立つ内容です。

Gene list functional enrichment analysis and namespace conversion with gprofiler2
https://cran.r-project.org/web/packages/gprofiler2/vignettes/gprofiler2.html

Oxford大学で反応拡散方程式の生命科学への応用についての講義が公開され始めました。

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生物のパターン形成について話すときには、Turingの反応拡散方程式reaction-diffusion equationの話が欠かせません。このブログでも何度かとりあげたことがあります。YouTubeのおすすめで、Oxford大学の数理生物学の教授　Ruth Baker さんによる生命におけるパターン形成と反応拡散方程式に関する学部3年生向けの講義(連続３回）が始まってその第１回が公開されているのを知りました。

反応拡散方程式が記述するモデルをどのように扱って検討するのか、また実際のパターン形成をどれくらいちゃんと予測できるのかなど具体的な解析方法が学べるようです。本格的な数理生物学の入門に最適の講義だと思います。

Mathematical Biology: Pattern formation in biology, lecture 1 – Oxford Mathematics 3rd Yr Lecture
https://youtu.be/ta3pGHqPKkg?

別の方の講義もあります。
https://youtu.be/-cdVUcwIR5Q?

Turingの反応拡散方程式といえば近藤滋さんですよね。近藤さんの動画もあります。埋め込んでおきます。この動画から上の動画、そして最初に紹介したOxford大学の講義という順番に見るとよいかもしれません。
https://youtu.be/XRLzr9lOd9w?

遺伝子のエンリッチメント解析やID変換ができるサイト―g:Profilerがとても役立ちます。

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福岡は春爛漫です。家のサクランボの木もたくさん実をつけて二度ほど収穫できました。さくらんぼうは綺麗ですね。できるだけ近所の子供たちにもあげるようにしていてさくらんぼうは綺麗だったなぁと思い出になってくれたらと思っています。

今日は遺伝子発現データのエンリッチメント解析をやっていました。以前はMetascapeの紹介もしたのですが、今日は線虫用のエンリッチメント解析サイトWormCatと結構昔から開発が続いているg:Profilerを使っていました。g:Profilerのサイトはこちらです。https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost
開いたページはエンリッチメント解析用のg:GOStのページです。プルダウンから種を選んで左にあるQueryと書いてある下の箱のなかに遺伝子名のリストをペーストします。改行でくぎられたリストでも空白で区切られたリストでもOKです。二つの遺伝子発現リスト（変異体と野性株に対する薬剤投与後の遺伝子発現リストなど）を比較してエンリッチメントされているGOタームに差があるかどうかなどを、Run queryボタンを押した後で出力される図やダウンロードできるボタンにある結果のまとめのGMTファイルで検討することができます。二つ以上のリストを入力するときには右にあるOptionsにある一番目の遺伝子リストの前にFASTA型式のコメント（”>Wild_type_gene_list”のように”>”ではじまって空白をいれないようにしたコメント）を入れておくとよいと思います。二番目の遺伝子リストの前にも同様にFASTA型式で>Mutant_type_gene_listなどとコメントを入れておきます。あとはRun queryボタンを押すだけです。GO　termのあいまいさがあるときは画面に選択肢のリストがでてきますのでよく読んでどうするかを指示します。その後Rerun Queryボタンを押して解析を続ければOKです。

g:Profilerの使い方については動画や参考pdfがあります。

https://togotv.dbcls.jp/en/20200127.html
これは、「g:Profiler を使ってエンリッチメント解析と ID 変換を行う」という題の動画です。YouTubeの動画を埋め込んでおきます。
https://youtu.be/J8OFUApev3s?

g:Profilerは遺伝子のID変換もできるんです。
使い方のスライドpdfはこちらです。こちらはOptionsの設定やカットオフ値の設定など具体的に書かれていて役立ちます。
https://tess.elixir-europe.org/materials/introduction-to-g-profiler
View materialとあるオレンジ色のボタンからpdfをみることができます。

AI時代のPythonの学び方についての動画が公開されました。

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次の動画は、Pythonの学び方が変わってしまって、初心者にも簡単に学べるようになったという動画です。Pythonを学習するのは今が絶好の時期だそうです。AIを使ってPythonプログラムを作るコツを惜しげもなく公開されているよい動画です。

『生成AIと学ぶPythonデータ分析再入門』アクセンチュア株式会社　赤石 雅典氏（2025年4月24日webセミナー）

 

私は最近、ChatGPTでPythonのプログラムを書いてもらっています。この講演を聴きましたが、現在はPythonを学ぶのに最適な時代になっているんですね。Pythonを学ぼうと思っている方、使っている方にも参考になる動画だと思います。YouTubeで公開されました。
https://youtu.be/gNQQl0Z8o9o?
講師の先生はPythonやChatGPTについての教科書をたくさん書いている有名な方です。

NHKの番組、スイッチインタビュー「角野隼斗×山下真由子」をみました！

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Eテレのスイッチインタビューをみました。よい番組でした。
世界的に有名な数学者山下真由子さんの数学をはじめた動機やいままでたどった経歴などがよくわかって感動しました。
再放送5月5日(月) 午後2:30〜午後3:00があるのでまだ見ていない方は是非ごらんください。
NHK plusでも見ることができます。
NHKのサイトからの引用です。番組内容がよくわかります。
https://www.nhk.jp/p/switch-int/ts/K7Y4X59JG7/episode/te/JZRKY21213/

『スイッチインタビュー
「角野隼斗×山下真由子」EP1　初回放送日：2025年5月2日

ショパンコンクールのセミファイナリストにして、東大卒のピアニスト・角野隼斗。クラシック音楽の魅力を伝える人気ＹｏｕＴｕｂｅｒ「かてぃん」としても知られる。そんな角野が対談を望んだのは・・・東大時代の同級生、数学者・山下真由子。学部３年から大学院に飛び級、２３歳の若さで京大助教に就任した異才だ。これまであまり取材を受けて来なかった山下が、元同級生の胸を借りて研究・数学への思いを語り尽くす。』

番組の中で黒板を使って山下さんの研究の話をされている場面の完全版とあわせて見ると、はじめて内容がよくわかると思いますので以下のツイートにある完全版も是非みてください。

英国の天才的数学解説家の講演動画と面白い彼のサイトを紹介します。

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2月に紹介したエピジェネティクスの動画は英国ケンブリッジ大学のDarwin collegeのCoｄe2025という一般向け講演シリーズの一つでした。同じシリーズの動画が今日、YouTubeのおすすめ動画にでてきたので紹介します。これは数学を一般の方にわかりやすく説明する天才、Tom Crawfordさんの動画です。Cambridge 大学で流体力学の研究で博士号をとった人で、Oxford大学の生涯教育部門で公共啓発リーダーとして科学を一般の人と共有する仕事を進めています。また学部教育の数学も教えているそうです。

人気のYouTuberでもあり22万人を超えるチャンネル登録数のチャンネルをもち、BBCやRoyal Institution での放送や講演、TED talkやクイズ番組に出演するなどしているほか、自身のホームページで数学の魅力をつたえる活動に従事しています。

Crawfordさんのホームページにアップロードされている動画を埋め込んでおきます。
Darwin College Cambridge Lecture Series – Dr Tom Crawford
https://youtu.be/XQXXWxKfjh0?

Darwin collegeの公式チャンネルにも同じ動画が演者の紹介の部分も含めてアップロードされています。こちらは例によって埋め込み禁止ですので、リンクをクリックしてご覧ください。

https://youtu.be/MSeiPcbAziU?
このCrawfordさんのサイトですが、これは面白いサイトです。
https://tomrocksmaths.com/
いろんな数学に関する情報があつまっていて、みていると時間がたつのを忘れてしまいそうです。おすすめのサイトですので是非一度ご覧ください。