今日はタンパク質のpdbファイル（タンパク質の立体構造―原子の座標などを記述してあるファイルで、タンパク質のデータベースのPDBファイルのリンクからダウンロードできる）を用いて、類似の立体構造を持っているタンパク質を探す…
The Nomura Institute of Glycosciece Blog
野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
今日はタンパク質のpdbファイル（タンパク質の立体構造―原子の座標などを記述してあるファイルで、タンパク質のデータベースのPDBファイルのリンクからダウンロードできる）を用いて、類似の立体構造を持っているタンパク質を探す…
AlphaFold2というAIによる高精度のタンパク質の立体構造予測プログラムが公開されて一年になります。ヒトやマウス、ショウジョウバエ、線虫その他のモデル生物の予測立体構造が35000余り一斉に公開されて世界に衝撃を与…
昨年のAIを用いたタンパク質立体構造予測プログラムAlphafold2は革命的な成果でした。これに続いてこのブログでもOmegaFoldという新しいプログラムができたそうだというニュースを記事にしていました。OmegaF…
昨日はLシステムの本の紹介をしました。植物の形態をうまく説明できるモデルとして有名なモデルです。MathematicaやPython, Javaなどで動かして試してみることができるのでネット検索してみてください。Math…
植物の形態形成を中心に形態形成の数理モデルを研究しているグループを紹介します。こちらはカナダのカルガリー大学のPrzemyslaw Prusinkiewicz教授のグループのホームページです。 http://algori…
科学の動画サイトはいろいろありますが、このブログでは時々 Royal Institution(英国王立研究所）のYouTube チャンネルの紹介をしています。これは面白いチャンネルです。是非定期的に視聴されることをおすす…
プログラミング言語Rのよい教材が公開されています。 https://comicalcommet.github.io/r-training-2022/ 名古屋大学理学研究科の石川 由希先生が公開してくださっている 「Rを用…
Decision Making Under Uncertainty についての教科書（Algorithms for Decision Making）が無料公開されています。紙の本（マサチューセッツ工科大学出版会発行）は8…
タンパク質の立体構造を原子レベルで明らかにするcryo-EMの動画があります 英国ケンブリッジのMRC LMBのグループリーダーの一人Dr Sjors Scheresが英国王立協会のレーウェンフック講演賞 Leeuwen…
Windows11でlinuxのGUIアプリを動かせるようになったようです! これは朗報ですね。今まではWindows10などのwindows subsystem for linux (WSLと略します）でコマンドライン…