Reactomeはヒトの生体中での代謝や遺伝子パスウエイ、酵素反応や分子反応などの知識を網羅しているデータベースです。
https://reactome.org/
ずいぶん前から存在して地道にアップデートされているデータベースで、とても信頼できるデータベースとされています。今私は、線虫C. elegansの遺伝子リストをこのデータベースにいれて、入力した遺伝子をヒトのオーソログ遺伝子に対応させてどんな遺伝子がエンリッチされているかをみています。線虫でのパスウエイもみることができますし、線虫遺伝子のオーソログ遺伝子がどんなパスウエイにマップされているかを知ることができて大変便利で役立つと感じています。使い方は別の記事にまとめますが、簡単な紹介はToGO TVにあるのでまず動画をみて使ってみてください。綺麗な図もいっぱい載っているので、パスウエイデータや生化学反応、遺伝子相互作用、低分子リガンドとタンパク質との相互作用などを目で見て知ることができます。
動画はこちらです。
Reactome を使ってパスウェイ情報を検索する〜基本操作編〜
https://togotv.dbcls.jp/20230625.html
Reactome を使ってパスウェイ情報を検索する〜解析データのマッピング〜
https://togotv.dbcls.jp/20231110.html
ReactomeにはCytoscapeから使えるプラグインもあります。
https://apps.cytoscape.org/apps/reactomefiplugin
試してみた結果は後日まとめて記事にします。