GROMACSは。”A free and open-source software suite for high-performance molecular dynamics and output analysis”
と公式サイトにあるとおり、分子動力学Molecular Dynamics(MD)の計算と解析を無料で行うことができるオープンソースのプログラムです。公式サイトはこちらです。
https://www.gromacs.org/
CPUとGPU両方を利用して分子動力学の計算(ニュートン力学の計算が主です）を行うことができます。
Windows, Mac, Linux版があり、これらのOSで動かすことができます。
インストールの仕方やチュートリアル（オンラインでGROMACSを動かすチュートリアルでは、自分のPCにソフトをインストールする必要なしに試せます）もあって大変初心者に親切なソフトです。
https://tutorials.gromacs.org/
動画も完備しています。
https://youtu.be/MWafKFVgFTU?si=0REQ_VR3Uu8F6kgk
ただサイトや動画の説明が英語なので、まずは日本語のチュートリアルで動かしてみるのがよいかもしれません。
LabCodeというサイト
https://labo-code.com/
には以下のようなチュートリアル(Macでインストールする例です）がのってます。
【GROMACS】GROMACSを用いたタンパク質-低分子リガンドのMD simulation【in silico創薬】【前編】
2023-10-01
https://labo-code.com/bioinformatics/gromax-protein-small-molecule-first-part/
【GROMACS】GROMACSを用いたタンパク質-低分子リガンドのMD simulation【in silico創薬】【後編】
2023-10-01
https://labo-code.com/bioinformatics/gromax-protein-small-molecule-second-part/
Macでない人も、多分この解説をよみながら自分のOSで動かせるのではないでしょうか。私も一度やってみようと思っています。
Ubuntuでうまくいったらまた報告します。