創薬で最初に考慮すべき結合は何でしょうか？薬が目的とするタンパク質と結合するかどうかを検討するときに考慮すべき結合の種類にはどんなものがあるでしょうか。答えは水素結合です。
2017年にでたこの論文では、タンパク質とリガンドの相互作用が登録されているPDBデータベースの一万組以上のデータを分析してどのような結合相互作用がどれくらいの割合でみられるかを検討しています。
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2017/MD/C7MD00381A
この論文では全部で７つの相互作用をリストしているのですが、以下のブログの筆者は、論文で疎水性相互作用(疎水結合）とひとくくりにされているタンパク質・リガンド相互作用を再検討して、以下の6種類の相互作用が重要だと結論づけています。
PDBのデータからわかった6種の相互作用の割合は以下のとおりだそうです。
Hydrogen Bonds – 79%
pi-pi Interactions – 8%
sigma-sigma interactions – 6%
cation-pi interactions – 2%
sigma hole bonds – 0.3%
pi-hole bonds -0.1%
以下のブログの記事を参考にしてください。https://mcconnellsmedchem.com/2023/03/18/the-six-molecular-interactions/