謎のVoynich手稿:ボイニッチ手稿をダウンロードしてみよう (Internet Archiveの使い方1)

今回は、Internet Archiveの使い方の練習です。

ボイニッチ手稿Voynich manuscriptというのをご存知ですか?図のような不思議な文字と絵が満載の古い本です。NHKのBSで幻解!超常ファイルというシリーズがありますが、最近その番組で紹介されていました。何が書いてあるのかいまだに解読されていないという謎の手稿です。解読しようと多くの暗号解読者が挑戦しましたが誰一人として解読に成功していません。何語で書かれているのかもわからないという絵だけがやたらきれいな謎の手稿です。でたらめが書かれているのではなさそうである、という統計解析の結果もでていますが、何の意味もないでっちあげの本で高値で販売するために作ったという説もあるようです。ときどき、解読の突破口というようなニュースもでます。

不思議な植物や入浴中(?)の女性、そして天体のような図が満載の本ですが、未知の言語で書かれている不思議な本です。昔、町の図書館で「ヴォイニッチ写本の謎」(青土社)という本を読みましたが、この本は暗号解読の解説がとてもわかりやすくおすすめです。

さて、本題ですが、Voynich manuscriptを無料でダウンロードしてみましょう。高解像度の各ページのjpegファイルをダウンロードすることもできますし、Yale大学図書館に所蔵されている原本をスキャンした本を一冊まるごとダウンロードすることも可能です。Internet Archiveからダウンロードします。サイトにアクセスして、右上のSIGN INの右のほうにある、SearchのところにVoynich manuscriptといれます。プルダウンでSearch metadataにチェックが入っているのを確認してください。エンターを押すと検索が始まり、Voynich manuscriptのテキストやオーディオファイルその他がリストされます。この中からtextのファイルを左のmedia typeの中からtextsにチェックして選ぶと23個のテキストファイルが表示されます(high resolution jpeg imagesもあります)。一番上のファイルをクリックすると、ダウンロードページが開きます。画像をクリックすると1ページずつ読めますし、ダウンロードするファイルの形式(pdfやepubその他いろいろ)を選んで自分のディバイスにダウンロードして保存することも可能です。以下の画像を参照しながらやってみてください。

答え合わせとして、リンク集に直リンクが載せてありますので、参考にしてください(5月16日追記)

Internet Archiveは私の電子資料の活用法の動画でも紹介しましたが、きわめて有用なサイトです。このような面白い例で使い方に慣れてください。

ConBio2017 ランチョンセミナーの動画が公開されました

ConBio2017 ランチョンセミナーの動画が公開されました(2018.3.15)

分子生物学会・生化学会合同年会のときの私の講演のムービーが公開されましたのでご覧ください。 講演終了後、springer exemplarのサービス終了などがありましたので、その部分をカットした動画になっています。2部にわかれていますので順にご覧いただければ一番ですが、各部のみをみていただいてもよいと思います。

研究生活における電子学術資料の利活用とメリット – 第1部 情報探索とインプットをより効果的に(Part 1)

研究生活における電子学術資料の利活用とメリット – 第2部 論文執筆やポスター発表に役立てよう(Part 2)

この講演のスライドはここにあります。

退官記念食事会をしてもらいました。ランチョンセミナーの内容変更点について

今日は卒業生のOB,OGの方たちに退官記念食事会をしてもらいました。忙しい時期なので福岡在住の方が主ですが、懐かしい顔ぶれがそろってとても楽しいひと時を過ごさせてもらいました。みなさんありがとうございました。みな元気で学生時代とほとんどかわっていないのは、社会人になってそれぞれ自分が活かせる職場にいるからだろうと思います。学生さんたちのおかげで充実した大学生活をおくらせてもらいました。ほんとうにみなさんありがとうございました。また今後の活躍をお祈りします。

昨年末のConBio2017のランチョンセミナーは、200名を越える方々にきいていただけたようで、ありがとうございました。Springer-Natureによるとあの講演の中で紹介していたSpringer Exemplarが廃止になったそうです。それでスライドの該当部分を削除したものをアップロードしてありますのでご利用ください。講演のビデオも近日中にYouTubeにアップロードされます。公開されしだいこのページで連絡します。

 

 

糖鎖化学の教科書の紹介  (2009/10/17)

前回はオハイオ州立大学がうんだ大科学者Paulingさんのことにふれました。先日99才でなくなった阿武 喜美子(あんの きみこ)先生(お茶の水女子大学名誉教授)もオハイオ州立大学に留学されていたのを思い出しました。阿武先生は日本の女性科学者の地位を確固としたものにするのに大きく貢献された有名な糖化学者です。

糖鎖生物学を学ぶとき糖の化学をどんな本で勉強したらいいですかと先生にきいたとき、まず推薦されるのが
「糖化学の基礎」 (阿武 喜美子・ 瀬野 信子 著) というすぐれた教科書です。残念ながら絶版になっているようで古書でしか手に入りませんが、図書館には所蔵しているところが多いので是非、手にとって勉強してみて下さい。

阿武 喜美子先生の業績については「女性科学者のパイオニア達」というシリーズのテレビ番組で詳しく紹介されています。番組をみてから上の教科書を開いてみるとまた理解も格段にすすむのではないでしょうか。

理化学研究所のビデオ配信サービスYouTubeでみられますので、是非ご覧下さい。

 

 

 

 

 

英語で話すコツ(2):

前回はNIHの英語の話し方の講習会を紹介しました。NIH videocastingでは2008年9月にもGiving a GREAT scientific talkと題して講習会を放映しています。これは学会などで口頭発表するときの心得です。video podcastもありますので見ると参考になります。 講演内容の一部を紹介しておきましょう。

1) 聴衆が自分の話を理解するための予備知識をどれだけもっているかをあらかじめ予測して講演内容を準備しなくてはなりません。.knowing your audienceです。エキスパートの前で基礎知識を長々と講義してはいけませんし、逆に、知的好奇心旺盛な非専門家の聴衆に基礎知識の紹介なしで専門語満載の講演をしてもいけません。どちらの場合でもすくなくとも一つ、この講演をきいてよかったという内容がつたわるようにしたいものです。

2) 下調べは大事です。学会にでかけていくとき先方のコンピュータがマックかウインドウズか、自分のパソコンで講演できるのかUSBでデータをわたすのか、あらかじめ調べておきましょう。先方からパソコンの種類などの問い合わせが普通ありますのでそれをちゃんと読んでおくことも大事です。会場であわてないように会場への行きかた、パソコン周りのことをよく調べて準備しておくことです。会場の大きさ、マイクなども講演前に必ずみて準備しましょう。

3) tell a story これはよくききますね。論文でも同じだといわれています。
・どういう点でこの仕事は重要なのか。
・この問題の解決への自分の独自の貢献とは何か。
・この仕事は今後どうなっていくのか。
この三つの質問の答えができるようにして講演内容をねりあげていきましょう。

4) スライドでの発表ですが、話しはじめて最初の90秒から2分までが第一の勝負です。ここで聴衆をつかめるかつかめないかが勝負どころです。

5) 10分とか12分の短い口頭発表では最初に結論の一部をちらっと紹介して繰り返し論点を強調したりするのがよいでしょう。

その他スライドの作り方(どれくらいの大きさの字を使うのがよいかなど)なども教えてくれます。今忙しくて時間がないのでまた後日ふれることにします。

英語で話すコツ(1):

リンク集にあるNIH videocastingで英語の講演を聴くと英語で発表をするためのよい勉強になります。一流の科学者の一流の研究所での公開講演がいながらにして聴けるのは英語で研究成果の発表をしようという私達には見逃せない機会です。このNIHのビデオ放映では生命科学の最新の研究成果の発表(セミナー)だけではなく、以前紹介したように科学論文の書き方や論文の投稿の仕方、データベースの使い方など科学研究のプロフェッショナルを目指す人の助けになるような講習会も放映されています。

今年の6月5日にはImproving Spoken Englishと題してScott Morganさんが講習会を行いました。英語を母国語としない科学者のためにどのように英語を話したらよいかを楽しく解説してくれているので是非ご覧ください。[追記(2010.04.15) 現在このビデオはNIH ONLYのカテゴリーのビデオに変更されているためwebページではビデオが再生されません。ビデオのダウンロードと音声のダウンロードリンクは利用可能なようですのでおためし下さい。] 講師のMorganさんは科学のプレゼンテーションの専門家で俳優としてもテレビで活躍している方です。Speaking about Science: A manual for creating clear presentations(Cambridge University Press)という本も書いておられます。アメリカ人に理解してもらえるように話すにはどのような点に注意すればよいのかについて、7つのコツを教えてくれます (7 Secrets to Improving Spoken English)。

ビデオはVideo Podcastsのリンクからダウンロードしてゆっくり好きなときにみることもできます。一時停止させたりしながら、ゆっくり見ることもできますのでお試しください。最後のほうでスライドを何枚かとばしていますが、一時停止してみればそれらも読めて参考になります。

いろいろ参考になる話がありますが、たとえばアメリカ人には母音はどうでもよいという話がありました。eitherはイーザーでもアイザーでもよい。 tomatoはトメイトウでもトマートーでもどっちに発音しても気にしないのだそうです。ligandという単語の発音をリガンドといったり、ライガンドといったりしてもどちらでもよい。演者が講演の最中にライガンドといったすぐあとにリガンドといっても誰も何とも思わないのだそうです。それよりも子音が大事、声が大きいことが大事、聴衆をみて話すことが大事、文の最後を聞こえないように話す(飲み込む)のはいけない、単語の音節syllableを一つ一つ丁寧に省略せずに発音することが大事なのだそうです。neovascularization(血管新生)とかallele(対立遺伝子)とか、生命科学向けの単語を実際に発音して解説してくれています。最後に勉強のアドバイスとしては、ビデオをみるのもよいのですが、ビデオで英語になれたらラジオ (National Public Radioがおすすめ)を聞くようにすると話す力が上がるのだそうです。

新学期です!

桜の花も満開をすぎた福岡です。緑の葉っぱが桜の花の色にまじってとてもきれいです。道ばたには散った桜の花びらがカーペットのように積もっていてとてもきれいでした。八重桜は満開。九州大学でも先週は入学式が行われ、学部ごとの入学式も終わりました。フレッシュな新入生がおどっています。本当に踊っていました。私達のラボでも新入生を迎えました。

それぞれ希望の大学やすべりどめの大学、そして予備校と新しい場所でのスタートの季節ですね。下宿生活になった人や外国生活をはじめた方もいるかもしれません。どうか健康に気をつけて生活をスタートして下さい。

インターネットの発達した今日では、たとえ希望の大学に入れなくても、勉強を自分ですすめることができるようになってきました。たとえば東京大学の講義をインターネットで聴くこともできます。リンク集にも幾つか紹介してあります。
私たちもいろいろ検索して勉強してみようと思っています。生命科学系の大学院に入った方や意欲的な学部生や一般の方は下のバックナンバー(2009年3月31日の記事)「トップジャーナルに投稿しよう!」にあるNIHの講演なども聴いてみて下さい。字幕つきです。ただ字幕は結構いいかげんです。字幕をタイプしている人が解らないときは適当に言葉を換えて字幕を入れたりしていますので注意して下さい。

トップジャーナルに投稿しよう!:

科学の研究では研究成果は論文にして発表します。論文を投稿するとき、その成果がとても優れたものならハイクラスの雑誌(ジャーナル)、英語ではtop-tier journalと呼ばれる雑誌に投稿したいものです。Top-tier journalの一つである雑誌Scienceの編集者を長年つとめたKatrina L. Kelnerさんによると、
Science, Nature, Cell などのtop tier journal へ投稿するかどうかの判断基準は以下のようなものだそうです。

よいストーリーと説得的なデータを用意して投稿しましょう!

 ・今までの自分の研究で最高のものか?
・大きなインパクトのある研究か?
・他分野の科学者の興味をひくようなものか?
・既存の知識・常識をひっくり返すようなものか?
・長い間未解決だった問題の
(予想できなかったようなものであることも多い)解決や、
広範囲に影響を及ぼすような成果へつながる大きな一歩か?

いかがでしょうか。こういう成果にめぐりあえたら是非、top-tier journalにチャレンジしたいものですね。彼女の英語での講演はPublishing in Journalsと題して2009年3月16日に行われました。論文の書き方についての貴重な講演ですので是非ご覧下さい。(後半は別の方による講演です。論文を投稿するときに添える編集者への手紙であるcover letterの書き方その他についての懇切丁寧な解説があります。) 講演を聴くには上の青字の部分をクリックするとNIH VideoCastingのページにつながります。

科学を楽しく勉強できるサイト (2):

前回は日本語で科学を楽しく学べる優れたサイトを紹介しました。今回は英語の面白いサイトを一つ紹介したいと思います。科学についての動画がアップされているちょっと専門的な雰囲気のサイトです。

JoVEというサイトで
Journal of Visualized Experiments (JoVE) is a peer reviewed, PubMed indexed journal devoted to the publication of biological research in a video format.
という説明があります。目で見る実験の雑誌とでもいうのでしょうか。要するに科学の専門誌で動画をのせるものという位置づけです。掲載にあたっては通常の科学論文と同じでレフリーによる審査があるそうです。

今話題のiPS細胞はどうやって作るのかなど実験のやり方まで詳しく紹介しているビデオサイトです。生物科学の科学論文を補う目的で実験のやり方を解説したサイトで現代の生物科学の実験の様子を詳しくみることができます。大学や研究所の研究室の見学はオープンキャンパスなど以外は結構しきいが高いものですが、一般の方々や高校生や中学生の皆さんもパソコンの前に座ったままで、研究の現場の見学ができるのです。いろいろのぞいてみて、生物科学の実験の様子をご覧下さい。

英語の解説は聞き取りにくいかもしれませんが、映像を眺めるだけでiPS細胞がどのような研究室でつくられているのか、どんな姿をしているのかなどがよくわかります。是非ごらんください。

検索窓でキーワード検索をしたりトップページのビデオのタイトルをぱらぱらみていくと、面白いビデオがいろいろあります。リンク集にもあげてありますのでまた後日、解説していきたいと思います。

(追記:2010年1月29日および2009年9月23日、および2018年4月1日)

上記のサイトですが有料化されてしまいました。ただ2006年の創刊号から2007年分となぜか2008年分がなくて2009年分がPubMed Central にて無料公開されていますので高校生や中学生、一般の方はまずこちらでビデオをご覧下さい。(上で紹介したiPS細胞の作り方も2010年現在無料公開になっています。ほかのビデオで有料のものは「free trial」をクリックして無料おためしの手続きをして見てみるとよいでしょう。1日だけ無料のトライアルです。)

では無料のPubMed Centralでの見方を説明しましょう。まずここをクリックしてください。
2006年の第1号から2017年の130号までのリンクがでてきます。今回は2007年の10号の部分をクリックしてみましょう。2007 年の一番右下、
(10):402-635 と書いてある部分をクリックして下さい。ざーっと論文のリスト(ビデオのリストです)がでてきたでしょう。
上から4番目のビデオを見てみましょう。発生生物学Developmental Biologyと青色の背景に書かれた部分に

Derivation of Human Embryonic Stem Cells by Immunosurgery
Alice E. Chen and Douglas A. Melton
J Vis Exp. 2007; (10): 574. Published online 2007 December 13. doi: 10.3791/574.
PMCID: PMC2557078

とありますね。 上のArticleと書かれた部分をクリックするとビデオへのリンクがあるページがでてきます。
まず 要旨( Abstract)があり、その次がビデオの画面です。クリックすると再生します。そのすぐ下のダウンロード(Download video fileとある部分)をクリックすると自分のパソコンにビデオをダウンロードできます。ビデオの下には方法Protocolの解説が書いてあり、その下はDiscussion(考察)、 Acknowledgments(謝辞)、References(引用文献)と続いているのは普通の論文と同じですね。

このビデオ(論文)はヒトの胚性幹細胞を抗体と、補体という二つのものを使ってどのように作り出すかの実験方法を見せてくれます。
その他のビデオもいろいろ見てみてください。生命科学の実際の実験を見せてもらったのと同じ効果があります。

高校、中学、一般の方で探すのが面倒というかたは以下のリンクで幾つかお試し下さい。慣れたらいろいろ探して下さい。

RNAの取り方の実験例:
RNA Extraction from Neuroprecursor Cells Using the Bio-Rad Total RNA Kit

Jia Sheng Su and Edwin S. Monuki
J Vis Exp. 2007; (9): 405. Published online 2007 October 31. doi: 10.3791/405.
PMCID: PMC2566323

ニワトリの卵を用いた実験の実際
Windowing Chicken Eggs for Developmental Studies
Matthew J. Korn and Karina S. Cramer
J Vis Exp. 2007; (8): 306. Published online 2007 October 1. doi: 10.3791/306.
PMCID: PMC2562489

上のニワトリ卵の実験法を使った発生生物学の実験例:
Placing Growth Factor-Coated Beads on Early Stage Chicken Embryos

Matthew J. Korn and Karina S. Cramer
J Vis Exp. 2007; (8): 307. Published online 2007 October 1. doi: 10.3791/307.
PMCID: PMC2562490

細胞培養とはどんなものかがわかるビデオ。ヒトの神経の幹細胞の培養と植え継ぎ(継代passaging)
Passaging Human Neural Stem Cells
Steven Marchenko and Lisa Flanagan
J Vis Exp. 2007; (7): 263. Published online 2007 August 22. doi: 10.3791/263.
PMCID: PMC2565844

上のビデオの続き。ヒトの神経の幹細胞の数え方:
Counting Human Neural Stem Cells
Steven Marchenko and Lisa Flanagan
J Vis Exp. 2007; (7): 262. Published online 2007 August 22. doi: 10.3791/262.
PMCID: PMC2565849
| Abstract | Full Text | PDF?139K |

DNAマイクロアレイとはどんなものか。見てから勉強をはじめましょう。
Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays
Sinem Beyhan and Fitnat Yildiz
J Vis Exp. 2007; (4): 206. Published online 2007 May 28. doi: 10.3791/206.
PMCID: PMC2556170
| Full Text | PDF?89K |

 

科学を楽しく学べるサイト(1):

最近はインターネットで小学生向けから一般向け、そして専門家向けと、様々な科学を学ぶ人のためのサイトが提供されています。またテレビ番組にも無料で学べる放送大学のように充実した番組が多いですね。さらに外国の番組とかも衛星放送(CS,BS)やハイビジョン番組、あるいはDVDなどで手軽に見られるようになってきていて、すばらしいです。大学の講義も国内外でいろいろ公開されています。今回は科学のテレビ番組を無料放送しているサイエンスチャンネルを紹介いたします。衛星放送のスカパーででも無料で視聴できますが、まずはネットでストリーミング配信しているいろいろな番組をご覧下さい。小学生から研究者まで楽しめる番組がいろいろあります。宣伝ですが私の出演した番組もストリーミングで視聴可能です(注:2018年3月半ばで配信終了したようですリンクをYouTubeに変更しましたがこれも消えてしまいました。サイエンスチャンネルの都合のようですね。)。糖鎖生物学の入り口の話しとしてご覧いただければありがたいです。

https://www.youtube.com/watch?v=7MCMfA7qaqc