AlphaFold3 のオフラインで使用できるような実装は、いろいろめんどうなことがあるようです。 次の森脇先生の記事に詳しく書かれています。 「AlphaFold3 (ver. 3.0.0) インストール」 https…
The Nomura Institute of Glycosciece Blog
野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
AlphaFold3 のオフラインで使用できるような実装は、いろいろめんどうなことがあるようです。 次の森脇先生の記事に詳しく書かれています。 「AlphaFold3 (ver. 3.0.0) インストール」 https…
国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介（第19回） ひさしぶりにリストに追加します。 194)砂川重信 著『物理入門』上 (力学・電磁気・熱),岩波書店,1981.4. 国立国会図書館デジタルコレクション h…
今までタンパク質のアミノ酸配列を決定する方法としては Edman 分解や質量分析法を使うのが定番でした。DNAの塩基配列の決定法に革命をおこしたナノポアシークエンス法が、ついにタンパク質のアミノ酸配列の決定に実用的に使え…
自分が研究しているタンパク質の立体構造をAlphaFoldで推定します。推定結果がでたら次にやってみたいことは、その立体構造と似たタンパク質がないか調べることではないでしょうか。PSI-BLASTなどの相同性検索でアミノ…
先日は、GlycoRNAの糖鎖構造が決定されてRNAの修飾された塩基3-(3-amino-3-carboxypropyl) uridine (acp 3 U)にN型糖鎖が結合していることをあきらかにした論文がでたことを紹…
RNAが糖鎖修飾をうけているというGlycoRNAについてはこのブログでも何度もとりあげています。最近ではglycoRNAがアーティファクトである可能性をにおわすプレプリントがでたことを紹介しました。 さきほどツイートを…
創薬のための機械学習入門 創薬に機械学習が活用されています。日本語でのよい入門講義としては、 京都大学大学院医学研究科 鎌田 真由美 准教授による次の講義の動画がおすすめです。 計算生命科学の基礎10 ｜ 創薬のための機…
昨日は、Essentials of Glycobiologyという有名な糖鎖生物学の教科書が、無料でダウンロードできることを紹介しました。オンラインでも読めるのですが、オンライン版も是非利用してください。 https:/…
オンラインで読める糖鎖生物学の標準的教科書Essentials of Glycobiology 4th editionが無料でダウンロードできるようになっています。 出版社であるCold Spring Harbor Pr…
こんなツイートがありました。中国の研究者の方々が発表された、タンパク質の糖鎖結合サイトを高い精度で予測することができる深層学習を使ったアルゴリズムの論文です。 Highly accurate carbohydrate-b…