英語論文執筆に参考になる資料がまとめられているサイトの紹介

「論文執筆/プレゼン資料作成時の参考資料」
というQiitaの記事には、英語論文作成に役立つ良質な資料がまとめられています。
https://qiita.com/k-kawakami213/items/5e7e1ffccbe708e6ac50
例えばマンチェスター大学のAcademic Phrasebankとか、https://www.phrasebank.manchester.ac.uk/
私が以前推薦したMerriam Websterのオンライン版英英辞典とかhttps://www.merriam-webster.com/
日本語の論文執筆指南書や文法チェッカーなど多彩な資料が紹介されています。いろいろ掲載されているリンクをクリックしてみてください。役立つサイトです。

DeepMindのAI学習用教材の紹介です。

AlphaFold2やAlphaGOで有名なDeepMindではいろいろなAI学習用教材を用意しているそうです。たとえばこちらには、
https://github.com/deepmind/educational
深層学習Deep LearningのためのPython、NumPy講座や、教師あり学習入門、教師なし学習入門、タンパク質の立体構造予測原理の入門講座などすべてGoogle Colabで体験しながら学べる教材各種が用意してあります。
Introduction to Python and NumPy for Deep Learning
Introduction to Supervised Learning 1 – Regression
Introduction to Unsupervised Learning
Protein Folding
また大学レベルの講義も公開されていて、
https://www.deepmind.com/learning-resourcesにいろいろ講義が集められています。
一例をあげれば、
https://www.deepmind.com/learning-resources/reinforcement-learning-lecture-series-2021は強化学習入門講義ですが、スライドをダウンロードして講義を聴くことができます。スライドには役に立つ強化学習の教科書のダウンロードリンクも載っています。http://incompleteideas.net/book/RLbook2020trimmed.pdf

Breakthrough Prizesに相分離生物学やAlphaFols 2そして量子情報理論の開拓者が選ばれました!

Breakthrough Prizesの発表がありました。

この賞は2012 にロシア生まれの富豪 Yuri Milnerさんが創設して、現在はMeta (旧称 Facebook)を作った、Mark Zuckerbergその他のインターネットの富豪の夫妻が加わって賞を授与しているものだそうです。Yuri Milnerさんの最近の本はこちらからダウンロードできます。https://breakthroughprize.org/Manifesto

今年の受賞者ですが、生物学分野ではまず、
Clifford P. Brangwynneさん( Princeton University, Howard Hughes Medical Institute  and the Marine Biological Laboratory)とAnthony A. Hymanさん(Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics)の相分離生物学の開拓者の二人が選ばれました。膜につつまれていない細胞内小器官を発見し、相分離生物学を開拓した業績です。これは以前のブログの以下の記事をご覧ください。線虫C. elegansのP顆粒という生殖細胞形成の指令役の細胞内小器官が実は膜でつつまれていないものであることを発見した二人です。そしてこの細胞内小器官が液相内での相分離で形成されることを明らかにし、液相内での相分離が、実は核内の転写因子複合体や核小体、アミロイド体、カハール体その他さまざまな小器官形成でも働いているということを明らかにする契機となった、まさにブレイクスルーの発見でした。
https://glycostationx.org/2022/05/09/%e7%9b%b8%e5%88%86%e9%9b%a2%e7%94%9f%e7%89%a9%e5%ad%a6%e3%81%ae%e8%a7%a3%e8%aa%ac%e3%83%93%e3%83%87%e3%82%aa%e3%82%92%e7%b4%b9%e4%bb%8b%e3%81%97%e3%81%be%e3%81%99/

For discovering a fundamental mechanism of cellular organization mediated by phase separation of proteins and RNA into membraneless liquid droplets.
またこのブログでもよく紹介しているAlphaFold 2の開発者2人も受賞しました。

Demis Hassabis(DeepMind)さんとJohn Jumper(DeepMind)のお二人です。
二人はタンパク質の立体構造を予測する人工知能を利用したAlphaFold2を開発、公開してアミノ酸配列がわかれば立体構造が正確に短時間で予測できるようにすることに成功しました。これは構造生物学に革命的進展をもたらしました。
For developing a deep learning AI method that rapidly and accurately predicts the three-dimensional structure of proteins from their amino acid sequence.

日本人の柳沢 正史さん(筑波大学)とEmmanuel Mignotさん(Stanford University School of Medicine)は、睡眠に関する病気であるナルコレプシー(過眠症)の原因である脳細胞とその細胞の産生する物質orexin.の発見に対してやはりBreakthrough Prizeを受賞されています。
For discovering that narcolepsy is caused by the loss of a small population of brain cells that make a wake-promoting substance, paving the way for the development of new treatments for sleep disorders.
柳沢先生については以下の先生のweb siteをご覧ください。
https://wpi-iiis.tsukuba.ac.jp/japanese/research/member/detail/masashiyanagisawa/

2023 Breakthrough Prize in Fundamental Physics (基礎物理学)では以下の四名の方が授賞されています。量子コンピュータの開拓者、量子コンピュータのアルゴリズムの開拓者の方々のようです。

Charles H. Bennettさん(IBM Thomas J. Watson Research Center)
Gilles Brassardさん(Universite de Montreal)
David Deutschさん(Oxford University)
Peter W. Shorさん(MIT)
For foundational work in the field of quantum information.

Deutschさんは量子計算の開拓者で日本語に翻訳された本もいくつかあります。「世界の究極理論は存在するか」(朝日新聞社)は有名です。

2023 Breakthrough Prize in Mathematics 数学では

Daniel A. Spielmanさん(Yale University)が受賞されています。
For breakthrough contributions to theoretical computer science and mathematics, including to spectral graph theory, the Kadison-Singer problem, numerical linear algebra, optimization, and coding theory.

スクラッチというプログラミング学習用ツールがあるのを初めて知りました

今日は小学生とZoomで話す機会がありました。ゲームを作ったのでみせたいというので画面共有で、作ったゲームをみせてもらいました。「ゲーム作りで楽しく学ぶ Pythonのきほん」(森 巧尚 著、マイナビ出版)を  だいぶ前からやっていたのでPythonのプログラムかと思いましたが、スクラッチ(Scratch)という小学校のプログラミングで習うソフトでゲームを作ったのだそうです。Zoomの合間にネット検索してみると、ScratchはMIT(マサチューセッツ工科大学=アメリカの有名大学です)のメディアラボが作った無料の教育用のプログラミングツール(8歳から16歳向けだそうです)で、世界中でプログラミング学習に使われているのだそうです。オンラインでも使えますし、自分のPCやマック、携帯などにダウンロードして使うこともできます。こちらをご覧ください。
https://scratch.mit.edu/
日本の小中学校のプログラミング教育でも採用されているとのことで、NHKでも番組があります。
https://www.nhk.or.jp/school/sougou/programming/origin/playworld.html
とても使いやすい開発環境付きのプログラミング言語なので、これでプログラミングを学んでおけば、現在使われているPythonなどのプログラミング言語を学ぶのに大いに役立つと思われます。現在はノーコードのプログラミング言語(以前紹介したOrangeは有名です)も増えていますので、ひょっとしたら将来は、このスクラッチの大人版のようなものを使って、ノーコードでプログラムを書くのが普通になるのかもしれません。スクラッチはそういう時代を先取りしているような気がしています。次の動画はOrangeの紹介です。https://youtu.be/HXjnDIgGDuI

下にはPythonの入門書について以前書いた記事を再録しておきます。下で紹介した本はとっても面白い本だそうです。Python入門にはお勧めの本です。

2022/2/9
小学校からプログラミングの考え方を学ぶようになってきましたね。小学生でPythonとか学んでおけば、たとえPythonがJuliaに替わっても、あるいはMathematicaがもっと普及しても対応できるでしょう。実際につかえるプログラミング言語をさっさと小学校の適当な時期に学ぶのが一番いいと思います。たとえばこんな本はどうでしょう。 「
ゲーム作りで楽しく学ぶ Pythonのきほん」(森 巧尚 著、マイナビ出版)という本です。 ちゃんとしたゲームがつくれるので、ABCとタッチタイピングを学びながらプログラムを打ち込んでいけば、小学生でもPythonが学べます。小学1年生でもお母さんやお父さん、あるいは家族と一緒に学べばなんとか読める本です。ゲーム世代には最適の本で、評判の本です。

英語ですが無料の動画サイトや量子生物学についてのサイトや動画を紹介します。

YouTubeで量子生物学の番組を探していたら、以下の動画の右に表示されるおすすめに
https://youtu.be/wN1vLuNPsfk

AcademicLessonというチャネルのQuantum Mechanics Full Courseというのが表示されていたので見てみました。これはなんと一つの動画が11時間42分余りの動画です。
https://youtu.be/hyctIDPRSqY

ほかの動画リストもみてみると、https://www.youtube.com/c/AcademicLesson/videos
量子力学のadvanced レベルの講義や、線形代数、量子力学のための線形代数、解析学や代数学、グラフ理論、Rを使って学ぶ深層学習Deep Learning with R、LaTex入門コース、Data science with Python course for beginners、近代物理学入門、Git入門などなどいろんな面白そうなコースが満載でした。すべて無料ですので手軽に学べて役立ちそうです。

最初の量子生物学のビデオは、the Quantum Biology Tech Lab (QuBiT) at UCLA on Quantum BiologyというCalifornia NanoSystems Institute at UCLA(カリフォルニア大学ロサンジェルス分校)
https://cnsi.ucla.edu/about-us/what-is-cnsi/
が去年創設した量子生物学の推進を目指した研究所の所長Clarice Aielloさん(an assistant professor of electrical and computer engineering)による今年三月に行われたzoom 会議の記録です。この研究施設については次のNatureの記事も参考になります。https://www.nature.com/articles/d41586-020-02463-6
彼女のサイトもご覧ください。https://samueli.ucla.edu/people/clarice-aiello/
また、こんなサイトも参考になりそうです。世界の量子生物学センターのリストです。
https://www.theguyfoundation.org/quantum-biology-centres/
このリストがのっている The Guy Foundation Family Trust website (私設の財団のようです)のサイトには他にも量子生物学についての情報(有用なテキストのリストとか、動画、論文の一覧など)がいろいろのっています。
https://www.theguyfoundation.org/useful-reading/

植物の血液型についての論文をみつけました

私が糖鎖生物学の研究をはじめたのは、両生類であるアフリカツメガエルの卵母細胞や受精卵、初期卵割胚の細胞表面にB型血液型物質が存在しており、B型血液型物質が初期胚の細胞接着に働いていることを発見したのがきっかけです。それでABO 式血液型物質には特に興味をもっています。今日は植物にもABO式血液型物質が存在するのかというお話です。以前、糖鎖生物学の入門書籍で植物にもABO式血液型があるという話を読んだことがあります。たしかカエデは紅葉する前後で血液型物質の種類が変わると言う話だったと思います。多くの糖鎖生物学の入門書は、退職の時に学生さんにあげたり図書館に寄贈したりしたので、どの本で読んだのか思い出せません。血液型物質の研究で有名な山川民夫先生に、懇親会で植物がABO型の血液型物質をもっているって本当ですかと質問したことがあるのですが、そんな話はきいたことがないというお答えでした。Google検索では、「植物の血液型」で検索するといくつもweb pageがヒットして植物にも血液型があると書いてありますが、文献があげてないので真偽不明です。さっきおもいついて、国立国会図書館のデジタルコレクションの全文検索で、「植物の血液型」というキーワードで検索すると論文がヒットしました。もちろん植物が血液をもっているわけではないので、ABO(ABH)式血液型物質(の糖鎖構造)が存在するかを血液凝集活性阻止実験や吸収実験で確認している論文です。

「植物の血液型学的研究-4-抗H,抗A,抗B凝集素を阻止する高等植物の種子と果実について / 山本茂 ; 森岡ハツ 」科学警察研究所報告. 30(2)(118号) 86-93
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1781133/8
「植物の血液型学的研究-5-ABO式血液型様活性を有する野菜,果物,香辛料の血清学的性状 / 山本//茂」 科学警察研究所報告. 34(4)(136号) 191-196
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/3390226/3

カエデなどにH型物質(これがO型物質のことです。)やA型物質、B型物質が存在すると書かれています。いろんな植物、種、果物、野菜などでの検索も行われています。
論文が見つかって安心しました。ABH式血液型物質については、これからいろいろ解説していく予定です。

学習院大学の田崎晴明先生の物理数学や統計力学・熱力学の教科書と動画について

学習院大学の田崎晴明(たざき はるあき)先生の物理数学の教科書
「数学:物理を学び楽しむために 」が9月2日に改訂されています。https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/mathbook/
目次をご覧になるとわかりますが、微分、積分、常微分方程式、線形代数、偏微分や場の量の微分と積分など。基本的な物理数学がわかりやすく解説されています。
また統計力学IとII(培風館、新物理学シリーズ)

https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/statbook/index.html
への修正のweb pageが9月10日更新されているほか、
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/statbook/errata.html
統計力学Iの一部さしかえ用のpdfもアップロードされています。
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/statbook/files/RevP77.pdf
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/statbook/files/RemP77.pdf

田崎先生は他に熱力学の教科書も書いておられますが
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/td/、これもきめこまやかな出版後のfollow upがされています。

また量子力学についても第二量子化の解説その他、有益な記事を公開されています。
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/qmbj/
動画とかもいろいろ公開されているので先生のホームページ
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/indexJ.htmlでご覧ください。勉強になります。https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/mgr/2021_qm1/とか
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/mgr/2020_qm3/とかが面白そうです。

https://youtu.be/v-auy9yseJ0

量子コンピュータの基礎についての講義ノートがでています

「デモクリトスと量子計算」(森弘之訳、Scott Aaronson著)という本がでています。https://www.morikita.co.jp/books/mid/087201
訳者の森先生は東京都立大学の教授でブルーバックスの「二つの粒子で世界がわかる」https://bookclub.kodansha.co.jp/product?item=0000322626
を書かれた先生です。この本「デモクリトスと量子計算」の著者Scott Aaronsonさんは、現在テキサス大学(Austin)のコンピューター科学部の教授で、量子情報センターの所長をしておられる先生です。以前はMIT(マサチューセッツ工科大学)のElectrical Engineering and Computer Scienceで9年ほど教えておられたそうです。量子コンピュータに何ができて何が限界かを研究しておられる専門家だそうです。

https://www.scottaaronson.com/
上のホームページにリンクが載っていますが、最近、先生の学部向け講義のノートが公開されました。最近公開されたのはIntroduction to Quantum Information Science II (undergraduate, 2022)という講義の講義ノートのpdfで、以前公開されていた講義Introduction to Quantum Information Science (undergraduate, 2016)の講義ノートの続きになっています。まず2016年の講義ノートから勉強してくださいとのことです。
https://scottaaronson.blog/?p=6685
2016年の講義ノートのほう(2018年発行)を読み始めてみると、大変わかりやすい講義ノートのようです。Church-Turing Thesisとは何か、という解説から始まっていますが、わかった気にさせてくれる説明でした。二重スリットの実験の話が次に続いていて、読みやすい講義ノードです。興味のあるかたは一度ダウンロードして読んでみてください。
写真は今朝いっぱい咲いたソライロアサガオの花です。西洋アサガオのなかまですので、夏の終わりから元気がでる花だそうです。

今日は美しい中秋の名月(満月)が見られました!

今日は中秋の名月です。ここ数年 福岡では、中秋の名月は雲に隠れてちらっとしかみえなかったり、雨だったりしたのですが、今日は快晴で丸い美しい満月を堪能できました。(15夜の月は必ずしも毎年満月とはかぎらないのです)
東の山から高く上った月の左下には、木星がでていました。

今日は数学関係の本を二冊紹介して寝ることにします。
一冊目は、今日AmazonのKindle unlimitedで偶然見つけた本です。「世にも美しき数学者たちの日常」(二宮敦人著、幻冬舎2019年)という本で、日本の数学者の方々(黒川信重、加藤文元、千葉逸人、高瀬正仁など著名な数学者や数学教室講師、芸人などへのインタビューが集められている本です。
https://www.gentosha.co.jp/book/b13642.html
最初に九州大学におられた高瀬正仁先生(九大名誉教授)のインタビューを読みました。先生とは残念ながらお話したことがないのですが、岡潔やガウス、リーマンなど数学史に名を刻んでいる数学者の原著の解説本や数学史の本、岡潔の伝記など様々な興味深い本を書かれている先生です。現代数学は間違った方向にいってしまっていて、しょうむない問題を設定してそれを高度な数学を構築して解いているというような現代数学批判の発言が収録されています。鶴亀算の解き方を例にとって、亀がぱっと二本足で立ったとしたらというアイデアで問題を解くのが岡潔やオイラー、リーマンの情緒の数学、鶴亀算から連立方程式を考案して、一般化して様々な問題が解けるようにするのがカルタンなどが創始した現代数学だという話をされています。高瀬先生がなぜ数学史や偉大な数学者の原典解説本を著されているかがよくわかりました。他の先生がたへのインタビューもとても面白そうでこれから読んでみようと思います。

もう一冊は、「ガロアの夢―群論と微分方程式」(久賀道郎 著 日本評論社)という本です。東京大学教養学部のゼミナールで行われた講義の記録という本で、名著という評判の高い本です。これは購入しなくても国立国会図書館の個人送信資料で読めます。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1383206
こちらでパラパラ眺めてみて読めそうだったら読んでみてください。私は昔 紙の本を購入して読み出しましたが、挫折中です。

サイト 科学図書館の再紹介です

今日は以前紹介したことがあるサイト 科学図書館
http://www.cam.hi-ho.ne.jp/munehiro/science/scilib.html#top
にある本をいくつか再紹介しておきます。是非サイトを訪れてダウンロードして読んでみてください。私は、パスツールの「自然発生説の検討」を高校の時によんで感動しました。このサイトには国立国会図書館の個人送信資料でよめる本もはいっていますが、その場合でもTexでくみなおされたpdfは、個人送信資料のみにくいスキャン画像を凌駕しています。

『数学史散策」(増補版)村田全
『科 学の価値』ポアンカレ・田辺元訳
『科学者と詩人』ポアンカレ
ハーヴェイ 『動物の心臓ならびに血液の運動に関する解剖学的研究』
ルグロ 『科学の詩人――ファーブルの生涯』
ダーウィン 「人 及び動物 の表情について」〔改訂版〕
パストゥール 「自 然発生説の検討/自然発生について」
アーレニウス 「史的に見たる科学的宇宙観の変遷」〔改訂版〕寺田寅彦訳
オストワルド 「エネ ルギー」 全面改訂版。
『量 子力学史」(改訂版) 天 野清の主著。
「熱輻射論と量子論の起源(改訂版)」天野清
「光 と生命」(N・ボーア著)
「物理学序説〔改訂版〕」寺田寅彦 (物理学の哲学的考察を目指しながら、惜しくも 未完に終わった論考。附録として「自然現象の予報」をつけた)

以前の記事はこちらです。
https://glycostationx.org/2018/06/06/%e7%84%a1%e6%96%99%e3%81%ae%e7%84%a1%e6%96%99%e3%81%ae%e7%a7%91%e5%ad%a6%e3%81%ae%e6%9c%ac%e3%82%92%e3%83%80%e3%82%a6%e3%83%b3%e3%83%ad%e3%83%bc%e3%83%89%e3%81%97%e3%81%a6%e8%aa%ad%e3%82%81%e3%82%8b/