寺田寅彦随筆集より―「ジャーナリズム雑感」を紹介します。

寺田寅彦は夏目漱石の弟子だった自然科学者です。随筆集はとても有名で今も読まれていますし、漱石の作品の中にある光圧の実験や首くくりの力学などは寅彦からの情報によるのだそうです。寅彦は優秀な物理学者で、X線回折の実験は英国のブラッグら(ラウエと書いていたのは間違いでした。すみません。5/17日追記)の実験に先んじており、彼の論文のほうがノーベル賞をとったブラッグの発見より時間的には先にでていたが、日本から遠く離れたヨーロッパには論文が届くのが遅れたのだそうです。ノーベル賞を授賞してもおかしくない科学者で、金平糖の形のできかたとか、今日の複雑系物理学のさきがけの実験もやっていた人物です。科学図書館には彼の未完の名著「物理学序説」がおいてあります。http://www.cam.hi-ho.ne.jp/munehiro/science/scilib.html#terada
私が中学生か高校生の時によんだ次の随筆は今も印象にのこっているので紹介しておきます。ジャーナリズム雑感という随筆です。青空文庫に公開されているので読んでみてください。https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/files/2492_10275.html
トップページはこちらです。https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/card2492.html

新聞報道は、定型に従った報道が多く、殺人事件があったらその定型に従って報道します。「事実の類型化」と寅彦は呼んでいます。これをやるので、一つ一つの事件の差異とか個性というものは顧みられず、結局報道する側も、受け取る側も思考停止して、事件の奥に潜む真実は顧みられないそうです。今でもテレビのニュースをみていると、昭和9年(1934年)の随筆に書いてあるのとそっくりの、事実の類型化という、型(かた)にそった報道があふれているのは残念なことです。今の報道でも、犯人が語る言葉としてよくでてくる、「誰でもよかった」とかいう言葉の報道はその典型かと思われます。犯罪の報道の定型にあわせて事件を報道されても、今後の犯罪抑制には、有害な効果のほうが多いのではと感じています。昔は、三原山で心中した二人が最後に語り会った会話を、そばで記者が速記したように報道する新聞もあったのだそうです。よく似たことは今でも報道にあるようで、メディアリテラシーをつけるにはうってつけの随筆だと思い、紹介することにしました。

R Markdownとは?

R Markdownというのを聞いたことがありますか?これで論文を書いて、できた原稿をWordの原稿やpdfあるいはPower Point ファイルなどに自由に変換することもできます。本を書くことも出来るそうです。

データ解析をRで行った後、できたグラフを論文やレポートに貼り付けて仕事を完成させるのは普通に行われている作業です。しかしこの貼り付けると言う作業があるため、できた論文原稿やレポートにのっているグラフや表が、どんなRのプログラムやスクリプトで作られたかがわからなくなることがあります。よくあるこうしたトラブルを避けるには、レポートや論文原稿の内部に、Rでどんな解析をしたかをプログラムやスクリプトごと書き込んでおけばよいわけです。Rマークダウンは、Rのプログラムと普通の文書を同時にレポートにうめこんでおき、必要なときにpdfやdocxファイル、パワーポイントファイルなどなどを一発で生成できる道具です。RStudioからR Markdownが使えるので、だれでも簡単に再現性のあるデータ解析結果のレポートをつくることができます。これを使えば、一番最初に書いたような、このグラフを作ったR のプログラムを探す必要がなくなりますので、完璧に再現性のあるレポートを作ることができます。本としては、おすすめは
「再現可能性のすゝめ―RStudioによるデータ解析とレポート作成― (高橋 康介著)」共立出版です。
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320112438

この本の第一章が特に再現可能性の必要性についてわかりやすく書かれており、なぜRマークダウンが必要かがよくのみこめます。この本を買う前に、次のスライドやリンクで概要をつかめるのでまずこれらのリンクをたどってみてください。
R Markdown 入門 (Tokyo.R #91) https://rpubs.com/ktgrstsh/755893
R ユーザー以外も知るべき R Markdown 入門/Introduction-to-R-markdown-for-Everyone https://speakerdeck.com/ktgrstsh/introduction-to-r-markdown-for-everyone?slide=3

TokyoR98 RMarkdown入門 Visual modeではじめよう (niszet, @​niszet0)
https://nitter.net/tech_slideshare/status/1522109628125179904
このスライド末尾のほうにいろんな入門サイトのリンクがありますので大変参考になります。

「いかにして問題をとくか」(丸善出版)について―ポリアの本を紹介します

「いかにして問題をとくか」(丸善出版)という有名な本がリニューアル出版されたそうです。https://www.maruzen-publishing.co.jp/contents/howtosolveit/index.html
スタンフォード大学教授だった有名な数学者のポリア(George Pólya)によって65年ほど前に書かれて世界各国でベストセラーを続けている本です。以前NHKで紹介されて有名IT企業も採用している問題解決に役立つ本ということで、ビジネスマンの間で大ブームになった本ですね。私も読みました。論理の本などを読むのは止めて、こちらを読むべき本です。問題の解き方について学べる良い本だと思います。原書はこちらで読めます。https://archive.org/details/princeton-science-library-g.-polya-how-to-solve-it.-a-new-aspect-of-mathematical/page/n13/mode/1up
あるいはこちら。
https://archive.org/details/howtosolveitnewa00pl/page/n9/mode/2up
また、プログラマーのためにこの本を紹介しているこちらのサイトも面白そうです。
http://www.softpanorama.org/Bookshelf/Classic/polya_htsi.shtml

芳沢光雄先生がこの本をよむための手引きにもなる良い本を書いておられます。こちらから先に読むとよいかもしれません。「いかにして問題をとくか・実践活用編」(丸善出版)https://www.maruzen-publishing.co.jp/item/?book_no=294094

他に、ポリアの本で英語で読めるものも紹介しておきます。
Mathematical Methods in Science by George Pólya Edited by Leon Bowden
https://archive.org/details/MATHMETODSSCIENCE
Induction And Analogy In Mathematics; Volume I of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya

https://archive.org/details/Induction_And_Analogy_In_Mathematics_1_/page/n9/mode/2up
Patterns of Plausible Inference; Volume II of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya

https://archive.org/details/Patterns_Of_Plausible_Inference_2_/page/n11/mode/2up

糖鎖生物学の教科書Essentials of Glycobiologyの最新版(第4版)がオンラインで公開されました。

糖鎖生物学の教科書Essentials of Glycobiologyの最新版(第4版)がオンラインで公開されました。
Essentials of Glycobiology [Internet]. 4th edition.
Varki A, Cummings RD, Esko JD, et al., editors.
Cold Spring Harbor (NY): Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2022.
これは糖鎖生物学の標準的な教科書ですので是非オンラインで読んでみてください。Cold Spring Harbor Laboratory Pressから書籍としても販売中です。ブラウザでよむので、Life Science Dictionaryを使って辞書を引きながら読むことができます。オンライン版のリンクです。また
こちらは印刷に適したオンライン版の一例です。上の行にあるリンクで好きなページを表示して、ページの右上にあるViewsのところにあるPrint Viewをクリックすると表示されます。

今回の最新版では、表紙が新型コロナウイルスSARS-CoV-2のスパイクタンパク質がウイルスの膜に埋め込まれた状態を示す絵になっています。
左の図はスパイクタンパク質のアミノ酸鎖をシアンで示しており、それに糖鎖がついている様子を様々な形と色の単糖の表記で表しています。右はその糖鎖が空間的に揺れ動いている様子を1マイクロ秒にわたって重ねた結果を示しており、分子動力学によるsimulationの結果のフレームを重ね合わせたものです。濃い青色が糖鎖が動き回っている空間的範囲を示しています。糖鎖がグリカンシールドというシールドを作っている様子がわかります。そしてそのシールドから、にょきっと上に抜け出ている (スパイク蛋白のてっぺんの部分の)シアン色で示しtのタンパク質骨格部分が、ACE2に結合する部分でいわゆる、レセプター結合ドメイン(RBD)です。ウイルスの抗体やリンパ球からの攻撃回避手段としてのグリカンシールドを目で見えるようにした表紙ですね。

相分離生物学の解説ビデオを紹介します

昨年秋に開催された日本生化学会の年会(オンライン開催でした)に参加しました。大会シンポジュウムの特別講演にはノーベル賞を授賞したPhillip A. Sharp先生の Biochemistry and cell biology of multivalent condensates in regulation of gene expressionと題する講演
https://vimeo.com/channels/jbsoc/648376880と、

水島昇先生の「細胞内分解:特に小器官の分解について」の二つの講演が行われました。https://vimeo.com/648376788

今回は最初のSharp先生の講演で出てきた細胞内の液滴(lipid droplet, biomolecular condensate, coacervate)について紹介します。この液滴という概念は線虫シーエレガンスのP-granule(P顆粒)の研究から生まれたものです。P顆粒は膜に覆われていない細胞内小器官で、発生の初期(1細胞期)に多数のP顆粒が細胞の後側へと移動し、分裂につれてP細胞(将来の生殖細胞を生み出す細胞)だけに集まっていきます。P-granuleはタンパク質やRNAを含む顆粒で、この顆粒の局在している細胞が将来生殖細胞へと分化することが知られていました。タンパク質やmRNA などを含む顆粒で含まれるmRNAが生殖細胞の形成に働くとされています。このP顆粒を蛍光タンパク質タグをつけて光るようにして観察したところ、P顆粒は相互に融合したり分裂したりする液滴であることがわかったのでした。P顆粒は液体―液体間の相分離で液体中に形成されるあらたな液相(液滴)であることがわかったのです。この顆粒がliquid droplet(液滴)であり、液体中に相分離して現れる膜をもたない顆粒であることが報告されたのが2009年でした。このように液体中に別の成分が濃縮された液滴ができるのですが、核小体(仁)も同様に相分離した液滴であることがこの発見に続いて明らかにされました。さらにカハール小体とかG顆粒とか従来知られていた多くの細胞内の顆粒が、相分離してできたliquid dropletであることがわかって、世界中を興奮の渦で包んだのでした。さらにSharp先生の講演で紹介されているように、スーパーエンハンサーも転写因子やmediator, RNA ポリメラーゼなどが集まったlipid dropletである証拠が沢山あります。タンパク質の立体構造を研究していた多くの人が、特定の構造をとらない天然変性領域とよんでいた謎のタンパク質内のアミノ酸配列の部分が、実はこの液滴形成に働いていることもわかったのです。詳しいliquid dropletの総説はここにあります。大学などで読める方は読んでみるといいと思います。日本語の解説書として一番のおすすめは「相分離生物学」白木 賢太郎  著(東京化学同人)です。入門書としては最高の出来の本だと思います。講演としては英語ですが相分離生物学の創設者による解説ビデオがiBiologyから公開されています。NIH videocastの講演も紹介しておきます。

この続き

もう一つ続き

NIH videocastにも講演がありますのでご覧ください。

Rによる統計解析の最新情報が得られるブログを紹介します。

今日はRを用いた統計学などについての大変役立つサイトを紹介します。神戸大学の中澤港先生のサイトです。公衆衛生学/国際保健学 | 人類生態学 | 人口学 の先生でブログでは、人口学や新型コロナウイルスの統計解析などのほか、Rでの統計解析についての役立つ情報も随時発信してくださっています。Rによる統計解析の教科書もpdfでサイトにおいておられますので探してみてください。いろいろありますが、RとEZRの入門については今年の講義資料などが大変参考になります。https://minato.sip21c.org/ebhc/ebhc-text.pdf
余談になりますが、先生が以前の記事で触れておられた
主成分分析の理屈の理解に役立つKindle本 「多変量解析の基礎 II 主成分分析(改訂版): 理論とRによる演習 Kindle版」古橋武 (著) は250円のKindle本です。
AmazonのKindle unlimitedを契約すると無料で読むことができます。今までKindle unlimitedを契約したことがない人は、二か月間無料のお試しが5/9日までなら契約できるそうです。該当する方は試してみると、この本にかぎらず、いろんな分野の本やコミック、雑誌などを無料で読むことができます。私は去年お試しをして有料契約しなかったので、99円で二か月無料というオファーがきています。

機械学習の定番教科書PRML―大学院生や優秀な学部生むけ―の紹介です。

機械学習に関する本を時々紹介しています。PRMLと略される本をご存知ですか?生命科学系のラボでも卒論生や大学院生が輪読しているという話をよくききます。Pattern Recognition and Machine Learningという本で、定評のある機械学習の教科書だそうです。英語版のpdfは無料で公開されています。https://www.microsoft.com/en-us/research/uploads/prod/2006/01/Bishop-Pattern-Recognition-and-Machine-Learning-2006.pdf
日本語訳は上下二冊にわかれて出版されています。本に書かれているアルゴリズムをJupyter Notebook(こちらhttps://github.com/ctgk/PRML)やGoogle Colaboratoryで動かして学ぶこともできるそうです。サンミンさんのこちらのnoteに詳しく紹介されているのでご覧ください。https://note.com/sangmin/n/n8ccacd35b9b1

この本の程度は、機械学習の初心者むけではないと思います。pdfをパラパラながめてみると、これなら読めるかどうかわかると思いますのでまずpdfを眺めてみてください。

写真は先日紹介したキンラン(金蘭)です。前の写真の時より昨日はもっと咲いている株の数が増えていました。毎年かわいい花をつけますが、絶滅危惧種になっているそうです。花を庭でそだてようと持ち帰っても、花と共生している地中の生物がないので育たないということで、花をつんだり持ち帰ったりしないようにしましょう。

講談社のKindle本のセールを5月5日までやっているそうです

連休は皆さんいかがお過ごしですか。福岡はほぼ毎日晴天が続き、花が咲き乱れ新緑が花に映えてとてもきれいです。写真は家のサクランボです。もう少ししたら完熟になると思います。つやつやしてとても綺麗です。鳥対策に今年はネットをかけています。(枝の間に紐を張って鳥の羽が引っ掛かって入りにくいようにするのも、簡単な鳥による食害対策にはおすすめです。)まだまだ連休は続きますが、連休中にKindle本を読むのはいかがでしょうか。ちょうど講談社のKindle本がAmazonで50%ポイント還元セールというのをやっています(5月5日までです)。これはたとえば1万円の定価のKindle本だったら、1万円で買うと5000円分Amazonのポイントがつくというセールです。AmazonのポイントはAmazonでいろんなものの購入に使えますので、実質半額セールということになります。講談社のKindleタイトル全部が対象というわけではないのですが、多くの本が対象になっているのでこのリンクからみていくと、買いたい本が見つかると思います。講談社現代新書、学術文庫、ブルーバックス、理工系の本などいろんなタイトルが実質半額になっているのでご覧ください。有名な教科書「深層学習(岡谷 貴之著)」は旧版のみセール対象になっているので、「深層学習 改訂第2版 (機械学習プロフェッショナルシリーズ) 」と間違えて買わないようにしましょう。Kindle ストアでは 他のセールもやっています。電子書籍のセール情報はこちらにもでているので参考にしてください。

五月になりました!キンランが今年も咲きました。

キンラン1

今日は面白いブログを一つ紹介します。
とね日記」というブログです。https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw
「理数系ネタ、パソコン、フランス語の話が中心。量子テレポーテーションや超弦理論の理解を目指して勉強を続けています!」という紹介がトップに書かれています。このブログは物理、数学、フランス語などの話題が満載のブログで面白いのでいつも見ています。先日更新されたこの記事は力作で、物理学者のファインマン先生のことが本当に様々な角度から紹介されていて読みごたえがあります。スペースシャトルの事故調査の話やファインマンさんの日本訪問の話、ファインマンさんが小さい時に勉強した数学の本などもダウンロードリンク付で紹介されているという驚きの内容です。皆さんも是非いろんな記事を読んでみてください。

毎年近所で咲いている金蘭が今年も咲きました。

今は春爛漫で家の前でもつつじが満開です。今日は天気がよかったので、つつじを眺めながら庭で昼食を食べていると蝶々が舞い、お隣のモッコウバラの茂みにキジバトがせっせと小枝を運んで巣をこしらえていました。のどかな春の一日でした。写真はモッコウバラと、家で羽化した蝶々が羽根をかわかしている様子です。

ルクレチウスの本のこと

にわかに春めいて来て、あちこちに花が咲きだしています。
以前にルクレチウスについては記事を書きました。今日はルクレチウス(ルクレティウス)についての本の紹介です。岩波書店から2020年に刊行された『ルクレティウス 『事物の本性について』――愉しや、嵐の海に』 (書物誕生 あたらしい古典入門) 、岩波書店、 2020/8/5、小池 澄夫・瀬口 昌久 (著)という本です。出版されてすぐ買って読みました。とてもよい本で、ルクレティウスの本が、無神論の本なのになぜ消されずに残ったかという謎や、魂の原子についての議論など、これからルクレティウスを読んでみようという人、そして読んだことのある人が次に読む本としてはベストの本だと思います。日本西洋古典学会の新刊書コーナーに著者による自著の紹介がでています。その紹介によると、ルクレティウスの「事物の本性について」の日本語訳は、なんと仁科記念賞を授賞した東京大学の物理学者 岩田義一先生による翻訳が最も優れているのだそうです。岩田先生は東京大学の講師時代、ノーベル賞を授賞した南部陽一郎さんを指導していたそうです。物性研究という雑誌にのった南部先生の回想をご覧になるとわかります。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/soken/112/6/112_KJ00004715042/_pdf

岩田先生は助手のころは物理学教室の小平邦彦先生(数学者でフィールズ賞受賞した先生)の助手、そして東大を兼担されていた湯川秀樹先生の助手もつとめていたとのことです。岩田はルクレティウスの翻訳のためにギリシャ語・ラテン語を学んだとあります。翻訳は世界古典文学全集〈第21巻〉ウェルギリウス,ルクレティウス(筑摩書房)で読めます(中古品しかありません。図書館でみることができると思います)。下のリンクは、岩波の本の著者のお一人、瀬口 昌久先生(名古屋工業大学教授)のルクレチウスについて書かれた日本語の論文です。参考になるかと思います。
http://id.nii.ac.jp/1476/00001524
http://id.nii.ac.jp/1476/00001515