以前、佐々木閑（しずか）先生の仏教講座を紹介したことがあります。自然科学系出身 (京都大学工学部工業化学科と同文学部哲学科仏教学専攻を卒業されています）の花園大学の先生ですので、私達自然科学を学ぶものに理解しやすいバックグラウンドで仏教の話をされます。YouTubeチャネルに一連の公開講義がいっぱい公開されているので興味のあるものから見ると面白いと思います。https://www.youtube.com/channel/UChq_H8QwhyHlL_JR83vgpGw/videos
今日紹介する動画は化学同人から出版されている『仏教は宇宙をどう見たか』という本の出版記念トークです。
倶舎論（「くしゃろん」と読むそうです）という仏教の教義の体系がどんなものか、自然科学とどんな関係にあるのかなど興味深い話が聴けると思います。https://youtu.be/ygj7853dtXw
5月21日の記事でMathematicaの入門動画と機械学習の無料本を紹介しました。入門動画は3回目がアップロードされたようです。今回はListの扱い方です。
https://youtu.be/yxmJzooCpuM
Mathematicaに限らず、リストは行列や表形式のデータなどをプログラミング言語で扱う時に必須のアイテムです。リストをマスターすれば、プログラミングはずいぶん楽になりますし、Mathematicaのリストは扱いやすいのでこれさえマスターすれば、学習や研究に役立つ極めて強力なツールを手に入れることになります。是非リストをマスターしてください。
またMathematicaのウエビナーが開催されるそうですので、お知らせしておきます。簡単な登録で無料で参加できますので利用して学ぶとよいと思います。リンクと内容をあげておきます。
https://www.bigmarker.com/series/mathematica-2022-JP/series_details
6月21日（火）11:00–12:00
初めてMathematicaを使う方へ
Wolfram Cloudのアカウントの作成方法，クラウド上でもすぐに試せる面白い例題
6月22日（水）11:00–12:00
Mathematica 基礎編
数式・数値処理の基礎から，グラフ描画，簡単なアニメーション作成
6月28日（火）11:00–12:00
Mathematica 応用編
常・偏微分方程式の求解から，データ解析，簡単な機械学習
6月29日（水）11:00–12:00
Wolfram 言語による機械学習
すぐに実行可能な教師あり・なし機械学習，ニューラルネットワークのカスタマイズ，訓練法など
教育系YouTuberで有名なYobinoriというのをご存知ですか。
予備校のノリで学ぶ「大学の数学・物理」というサイトです。
https://yobinori.jp/
大変わかりやすく数学、物理を中心としたトピックスを解説しているサイトです。動画一覧のリンクも紹介しますので興味がある方はご覧になるとよいでしょう。
https://yobinori.jp/video.html
大学レベルと高校レベルの動画が満載です。
おすすめの参考書や書籍の紹介というのもよさそうです。
https://yobinori.jp/review.html
ヨビノリたくみという、twitterもあります。
https://twitter.com/Yobinori
YouTubeのチャンネルはこちらです。
https://www.youtube.com/c/yobinori
最近話題になった私達の銀河中心にあるブラックホールの観測についての必見の動画を紹介しておきます。こんな学術対談もあるのを初めて知りました。
昨日は糖鎖生物学へのバイオインフォマティクスの応用Glycobioinformaticsについて書かれた、創価大学の細田 正恵 先生と木下 聖子 先生が書かれた日本語の総説を紹介しました。日本の研究については先生がたの総説を手掛かりに、GlyCosmos Portal https://glycosmos.org/ などからいろいろたどっていくことができますので、後日紹介します。
今日はこの季節、例年恒例行事となっている、NIH videocastのGlycobiology関係のシンポジュウムの紹介です。今年の4月26日から２日にわたって行われた講演会で、NCBI, EMBL-EBI, UniProt, PDB, CAZy, Gene Ontology などのデータベースを使っているが、糖鎖生物学が専門でない人向けに行われたGlycobioinformaticsについてのおすすめの講演会です。是非ご覧ください。どちらのビデオも+Moreと書かれている部分をクリックするとダウンロードリンクが出てきますのでダウンロード可能です。超高画質でダウンロードできますので、ダウンロードしてゆっくりご覧になるのをお勧めします。Caption textもダウンロードできますので、字幕付きでダウンロードした動画をみることもできます。
Glyco-Informatics at the Interface of Disease and Data – Day 1
https://videocast.nih.gov/watch=45185
詳しいプログラムこちらにあります。
https://mregs.nih.gov/nigms/a5lb-d131
Glyco-Informatics at the Interface of Disease and Data (Day 2)
https://videocast.nih.gov/watch=45187
今日は新型コロナウイルスの動画を紹介します。
https://videocast.nih.gov/Summary.asp?file=32427
NIH Videocastの動画でYouTube版はまだ公開されていません。ウイルス研究で有名な河岡 義裕 先生(東大特任教授でウイスコンシン大学Madison校教授）が新型コロナウイルスの動物モデルについて講演された動画です。ccボタンを押すと字幕が表示されますし、字幕をダウンロードできますので、是非ご覧ください。
講演はどんな実験動物に感染するのかという話からはじまります。マーモセットやマウスは武漢株に感染せず、なんとハムスターとネコに感染することがわかったのだそうです。ネコはヒトから感染しますし、他の同居ネコにも感染させます。ネコは感染しても全く無症状だそうです。ハムスターは肺の症状が人間とそっくりだそうで役立つ動物モデルだそうです。講演内容の要旨は以下のとおりです。
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), which is responsible for COVID-19, continues to spread around the world and has caused millions of deaths to date. In an effort to develop therapeutics and preventive measures, we are performing numerous research projects with this virus and its variants. In this presentation, I will discuss our findings regarding animal models and their value as tools for evaluating countermeasures against SARS-CoV-2.
以下のリンクにある新型コロナウイルスについての講演シリーズの最新版で、5月26日現地時間の講演の動画です。https://www.niaid.nih.gov/research/covid-19-sig-lecture-series
私が別の仕事で共同研究している先生はハムスターを使って新型コロナウイルスの研究をされていますが、これがとても良い実験動物だということが納得できました。
今日は簡単な記事です。講演会のビデオファイルをiPadに移動してiPadで通勤途中によく観ていました。こういう場合は、ビデオのファイル形式を変更する必要がでてきますし、ビデオのサイズも減らすほうがいい場合も多いです。動画の型式変換をGoogleなどで検索すると、有料ソフトの紹介がトップにでてくることが多くて辟易します。次に紹介するフリーソフトは結構有名なソフトで、世界中で使われているようです。XmediaRecordという名前のWindowsで動くソフトです。mp4、wmv、mov、avi、vobなどなどを相互に変換できます。
https://www.xmedia-recode.de/en/index.php
のdownloadタブからダウンロードして使ってください。プロテクトのかかっていないDVDをmp4やmp3、vobやwavファイルにも変換できます。
実験で撮影したムービーの型式変更などにも必須のソフトです。メニューの日本語化もできます。オプションメニューの設定から言語を選んで、日本語を選ぶだけです。
今日の福岡はとてもいい天気でした。日曜日なのでベニス(ベネチア）の風景のライブカメラ映像を楽しみたいと思います。
https://youtu.be/HpZAez2oYsA
ものすごい高解像度の配信もありますので帯域が許す方は超高解像度で楽しめます。
このYouTubeチャンネル
https://www.youtube.com/c/ILoveYouVenice
にはほかにもいろんなライブカメラがあって、
Live Webcam around the World – Cámaras en vivo – Rolling Cam World
では世界各地の今のライブカメラ映像が次々に切り替わって面白いです。
https://youtu.be/8KGXSjtS5pk
ページの下には各ライブカメラ単独のリンクアドレスものっていて、たとえば東京とかもみられます。
今日はこのブログでもたびたび触れているMathematicaについてです。私が九大に就職したころは生物数学演習の科目ではMathematicaが教えられていました。そのころから比べるとこの製品も格段の進歩をとげています。簡単な入門はYouTubeのWolfram Japanのチャンネル（再生リストはこちら。https://www.youtube.com/c/WolframJapan/playlists
にMathematica First Stepという日本語の動画がありますのでこれで入門するのがいいと思います。第一回目はこんな動画です。
https://youtu.be/R35pBPWenYU
また、機械学習の入門本も無料公開されているので、英語ですが機械学習についてざっと理解するには、この本を学ぶのもよいかもしれません。ちょっとみただけですが、なかなかよさそうです。
https://www.wolfram.com/language/introduction-machine-learning/
今日は忙しかったので簡単な記事で失礼します。Juliaというプログラム言語は今人気急上昇中のようです。このJuliaに否定的な意見がでているようです。https://yuri.is/not-julia/
Juliaのコアやパッケージがエラーだらけであるので使い物にならない。もうJuliaを使うのをやめたというような内容です。RとかPythonとかに較べると新しいプログラム言語ですので、これからの改善が望まれるわけですが、筆者によるとちゃんと改善する体制には今はなっていないとのことです。これから反論も出てくると思いますので注目したいと思います。
では世界中で十分使い込まれているpythonやRがいいのでは、ということになりますね。Pythonといえば、さっきYouTubeでJuliaに否定的な動画をみていたら右のほうにPython入門動画がでてきました。これは面白そうですので紹介しておきます。
こちらが再生リストです。https://www.youtube.com/c/kinocode/playlists
紀貫之の子孫という方の動画でどれもずいぶんわかりやすそうです。
MRC LMB (英国ケンブリッジ）ではThe 2022 Introduction to Biophysical Techniques lecture seriesというのをやっています。こちらにタイトル一覧があります。下の一覧表のWebinar の部分をクリックすると、該当する講義の動画がみられますので試してみてください。https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/research/scientific-training/biophysics-lectures/
| Talk | Date | Technique | Speaker | Download Talks |
| 1 | Tuesday 18/01/2022 | Introduction to Light Microscopy | Nick Barry | Webinar |
| 2 | Thursday 20/01/2022 | Image Analysis Tools | Jérôme Boulanger | Webinar |
| 3 | Thursday 27/01/2022 | Fluorescent Labeling and Light Sheet Microscopy | Ben Sutcliffe | Webinar |
| 4 | Thursday 03/02/2022 | Super-resolution Microscopy | Jonathan Howe | Webinar |
| 5 | Tuesday 08/02/2022 | Fluorescence Spectroscopy and Microscale Thermophoresis (MST) | Stephen McLaughlin | Webinar |
| 6 | Thursday 10/02/2022 | Single Molecule Spectroscopy | Chris Johnson | Webinar |
| 7 | Tuesday 15/02/2022 | Biomolecular Thermodynamics and Calorimetry (ITC) | Chris Johnson | Webinar |
| 8 | Thursday 17/02/2022 | Biosensor Technologies (Biacore, SPR, SwitchSense, Octet) | Stephen McLaughlin | Webinar |
| 9 | Tuesday 22/02/2022 | Introduction to Biomolecular NMR | Trevor Rutherford | Webinar |
| 10 | Thursday 24/02/2022 | Advanced NMR applications | Jane Wagstaff | Webinar |
| 11 | Thursday 03/03/2022 | Protein Crystallization | Fabrice Gorrec | Webinar |
| 12 | Tuesday 08/03/2022 | Structural biology 2.0: Crystallography at the LMB in the era of cryo-EM and AlphaFold | Dom Bellini | Webinar |
| 13 | Thursday 10/03/2022 | Light Scattering Techniques | Chris Johnson | Webinar |
| 14 | Tuesday 15/03/2022 | Analytical Ultracentrifugation (AUC) | Stephen McLaughlin | Webinar |
| 15 | Thursday 17/03/2022 | Curve Fitting, Errors andAnalysis of Binding Data | Chris Johnson & Stephen McLaughlin | Webinar |
| 16 | Tuesday 22/03/2022 | Introduction to Flow Cytometry | Fan Zhang | Webinar |
| 17 | Thursday 24/03/2022 | Instrument and Sample Optimisation for Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) | Pier Andrée Penttilä | Webinar |
| 18 | Tuesday 29/03/2022 | Bioinformatics | Tim Stevens | Webinar |
| 19 | Thursday 31/03/2022 | Biological Mass Spectrometry | Holger Kramer | Webinar |
| 20 | Thursday 07/04/2022 | Quantitative Proteomics and Omics Data Analysis | Holger Kramer | Webinar |
| 21 | Tuesday 12/04/2022 | Alphafold2 at the LMB – Use and Applications | Clinton Lau | Webinar |
去年の録画も公開されていますが、最後のAlphafold2の解説(結果の見方や応用を詳しく解説してくれています）が目新しいですね。写真は自宅で咲いたバラです。ことしはカエルが花の中に入らず、庭でやかましく鳴いています。そろそろ梅雨ですね。