The Nomura Institute of Glycosciece Blog

タンパク質の立体構造予測に革命をもたらしたAlphaFold2のバージョンアップ版、AlphaFold3が公開されました。

Announcing AlphaFold 3: our state-of-the-art AI model for predicting the structure and interactions of all life’s molecules. 🧬

Here’s how we built it with @IsomorphicLabs and what it means for biology. 🧵 https://t.co/K7uxMxdNr8 pic.twitter.com/MJfJ6NCEFW

— Google DeepMind (@GoogleDeepMind) May 8, 2024

AlphaFoldサーバーのよくある質問のコーナーによると（https://golgi.sandbox.google.com/faq）
蛋白質だけでなく、DNAやRNA（およびそれらのメチル化やformyl化その他の修飾を受けたものもOKです）、様々なリガンド（ATP, ADP, AMP, GTP, GDP, FAD, NADP, NADPH, NDP, heme, heme C, myristic acid, oleic acid, palmitic acid, citric acid, chlorophylls A and B, bacteriochlorophylls A and B）、イオン、様々な翻訳後修飾（リン酸化やアセチル化、メチル化、マロニル化、グリカン付加その他）を複数含む構造さえも予測できるそうです。複合体の立体構造予測性能も格段にアップした模様です。

Gigazineのこちらの記事が日本語で読みやすいと思います。
『Google DeepMindがすべての生命分子の構造と相互作用をきわめて正確に予測できるAIモデル「AlphaFold 3」を発表』https://gigazine.net/news/20240509-google-deepmind-alphafold-3/

Natureに昨日公開されたアクセプトされた論文原稿はこちらのリンクから読めます。
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07487-w

Google Deep Mindのブログがわかりやすく紹介してくれています。テイラーメイドの創薬も可能になると思われる、革命的な進歩だと思われます。https://blog.google/technology/ai/google-deepmind-isomorphic-alphafold-3-ai-model/#alphafold-server

無料で使えるAlphaFold3 serverのデモの動画も用意されています。サーバーを使うには、所属機関名とGoogle アカウントが必要です。
AlphaFold Server Demo – Google DeepMind

私もちょっとログインしてみましたが使い方は簡単そうでした。上の動画などをみてから使ってみようと思います。

国立国会図書館デジタルコレクションでオンラインで読める本の紹介の最終回です。今後も、適宜面白そうな本に気づいたら紹介していくことにします。

今日は分野に限らず、面白そうな本を紹介します。
まず日本のSF小説です。システムダイナミクスの研究者の小玉陽一さんがペンネームで書かれたSF小説だったと思います。
私は最初の二冊を読んだことがあります。新鮮な切り口のよい作品でした。
72) クライン・ユーベルシュタイン 著『緑の石』,ダイヤモンド社,1977.8. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12498917
73) クライン・ユーベルシュタイン 著『青い紐』,ダイヤモンド社,1978.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12498987
74) クライン・ユーベルシュタイン 著『白い影 : SF』,日刊工業新聞社,1979.10. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12499086

有名な『知的生産の技術』という本（岩波新書、残念ながらコレクションに入っていませんが、詳細検索でタイトル検索窓に、「知的生産」といれて検索すると、関連書籍が多数ヒットします）に登場するレオナルド・ダビンチの手帳、梅棹 忠夫さんがレオナルドの手帳について初めて」知ったという、ダビンチの一生を描いた小説『神々の復活』は前に紹介しました。
今回のデジタルコレクションの収録作品にこの小説の新訳版が入っているかもと期待したのですが、ありませんでした。しかし古い岩波文庫版(全4冊）はあるので読むことができます。
74) メレジュコーフスキイ 作 ほか『神々の復活 : レオナルド・ダ・ヴィンチ』一,岩波書店,昭和30 7刷. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/1692629
この作品は、三部作の第２作で、第一作と第三作は個人送信サービスで読むことができます。

75) ドミートリイ・セルゲーエヴィチ・メレシコーフスキイ 著 ほか『背教者ユリアヌス : 神々の死』,河出書房新社,1986.9.
国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12576130
76) ドミートリイ・セルゲーエヴィチ・メレシコーフキスイ 著 ほか『ピョートル大帝 : 反キリスト』上,河出書房新社,1987.4..
国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12576134
77) ドミートリイ・セルゲーエヴィチ・メレシコーフキスイ 著 ほか『ピョートル大帝 : 反キリスト』下,河出書房新社,1987.4..
国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12576133

微分方程式の応用や超関数の入門など多彩な話題を扱っている面白い本が読めるのを知りました。これは数学セミナーで連載されていたときに読んだ覚えがあります。フェルメールの偽作者のエピソードや感染症の流行の解析、核戦争などの軍事解析その他とても面白い本ですので是非読まれることをお薦めします。

78) 佐藤総夫 著『自然の数理と社会の数理 : 微分方程式で解析する』1,日本評論社,1984.11. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622856
79) 佐藤総夫 著『自然の数理と社会の数理 : 微分方程式で解析する』2,日本評論社,1987.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622858

今日は国立国会図書館のデジタルコレクションの紹介は数冊にします。

67) ジャック・モノー 著 ほか『偶然と必然 : 現代生物学の思想的な問いかけ』,みすず書房,1972. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12602998
The Elements of Styleは、英語論文を書こうとする人の必読文献として推薦されることが多い短い本です。インターネット検索で、この本をダウンロードするのを九大時代の講義で検索の練習課題にしていたこともあります。この本の害悪を説く英語学者もいますが、1972年版の第二版のThe Elements of Styleの日本語訳(原著者からの助言を得ながらの翻訳版）は読んでおいても損はないと思います。

68) ウィリアム・ストランク, Jr. 原著 ほか『英語文章読本』,荒竹出版,1979.4. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12581397

デジタルコレクションの詳細検索で、タイトルに事典を含むものを検索していたら次の英文法の本がヒットしました。参考書になりそうです。
69) 安井稔 編『例解現代英文法事典』,大修館書店,1987.5. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12580872

岡潔の著作も数点追加されています。
70) 岡潔 著『神々の花園』,講談社,1969. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12408618
71) 岡潔 著『心といのち』,大和出版,1984.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12411403

国立国会図書館デジタルコレクションの個人送信資料で無料でよめる本の紹介―第4回です。

文学の本はいろいろあるかなと検索していると、なんとプルーストの有名な本(長い文学作品としてギネスに登録されているはずです）が全集版で読めるのを知りました。
プルーストの『失われた時を求めて』が全集の第一巻から第10巻までを占めるボリュームで翻訳されています。無料で読めるのでiPadなどで寝ながら読めますね。
42) 『プルースト全集』10,筑摩書房,1989.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12578454 (参照 2024-05-05)

昨日の物理の本の続きを以下に並べます。
43) ワイル 著 ほか『空間・時間・物質』,東海大学出版会,1973. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12592485
44) 物理学史研究刊行会 編『放射能』,東海大学出版会,1970. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12594399
45) アルベルト・アインシュタイン 著 ほか『自伝ノート』,東京図書,1978.9. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12284771
46) ヘルマン・ヴァイル 著 ほか『シンメトリー』,紀伊国屋書店,1970. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12676142

私が大学院に入る前に、岡田節人先生は発生生物学の形態形成を説明できるという、カタストロフィー理論の研究会(英国開催）に京大数学教室の山口昌哉先生たちとともに参加されていたようです。カタストロフィー理論の解説書は個人送信資料でも多数読めますが(カタストロフィーという検索語で探してみてください）、なかでも理論の提唱者でありフィールズ賞受賞者であるルネ・トムの本が今や無料で読めるようになっているのを知りました。
46) R.トム 著 ほか『構造安定性と形態形成』,岩波書店,1980.4. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12604316
岡田先生はイスラエルに行くときには、テルアビブ空港乱射事件を京大出身者がひきおこしたので謝りにいくとおっしゃっていましたが、その乱射で殺害された方には有名な科学者カチャルスキーも含まれていました。有名な彼の教科書もデジタルコレクションで読めます。
47) A.カチャルスキー, ピーター・F.カラン [著] ほか『生物物理学における非平衡の熱力学』,みすず書房,1975. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12592368
生物物理的な観点から生命をみるという本で以下のものもおすすめです。
48) H.ハーケン 著 ほか『協同現象の数理 : 物理、生物、化学的系における自律形成』,東海大学出版会,1980.4. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12628816
49) M.アイゲン, R.ヴィンクラー 著 ほか『自然と遊戯 : 偶然を支配する自然法則』,東京化学同人,1981.10. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12589563

今でははやらないのですが京大の今西錦司さんの生物についての本や、今西進化論の本もデジタルコレクションにあります。
50) 『今西錦司全集』第1巻,講談社,1974. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12407787
この全集第一巻には有名な『生物の世界』が収録されています。Kindleとかで有料で読まなくても無料でよめるのはありがたいです。デジタルコレクションの詳細検索で、著者名を今西錦司で検索すると多数の今西の進化についての本もヒットします。また柴谷篤弘さんも今西進化論について書いておられます。
51) 柴谷篤弘 著『今西進化論批判試論』,朝日出版社,1981.7. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12604211
52) 今西錦司, 柴谷篤弘 対談 ほか『進化論も進化する : 今西進化論と分子生物学』,リブロポート,1984.7. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12604300
正統派の進化論で世界的に有名な木村の本を最後にあげておかなくてはなりません。
53) 木村資生 著 ほか『分子進化の中立説』,紀伊国屋書店,1986.10. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12605187

夜が遅くなったので続きは明日書きます。

国立国会図書館デジタルコレクションの個人送信資料で無料でよめる本の紹介―第１回とします。
今日は推理小説とSF小説をいくつか紹介しましょう。
中学生のとき数学の先生がシャーロック・ホームズを授業でものすごく推薦しておられました。数学を学ぶのに役立つとのことでした。個人送信資料で探してみると東京図書からでているシャーロックホームズ全集（全21巻）が読みやすそうです。脚注つきのもので物語の背景も理解しやすいようです。東京図書からは他にもシャーロックホームズの解説書がでていて、出版者名東京図書で検索するといろいろ読める本があるので面白そうです。以下のリンクはすべて、本日2024/5/02に取得したものです。

１）コナン・ドイル 著 ほか『シャーロック・ホームズ全集』第1巻,東京図書,1982.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12584714
ホームズものは論理の飛躍があるのではと思う人も多いと思います。ホームズのパロディのようなこちらの本はどうでしょう。遺伝研の桂 勲先生が、九大に来て実施された科学研究入門の特別講義で推薦されていた本です
２）ロバート・L.フィッシュ 著 ほか『シュロック・ホームズの回想』,早川書房,1979.5. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12585038

イギリスの天文学者、物理学者のフレッド・ホイルの暗黒星雲というSFはこのブログで紹介したことがあります。今回、彼と彼の息子の共作のSFが大量に読めるようになっています。

３）フレッド・ホイル, ジョン・エリオット 著 ほか『アンドロメダのA』,早川書房,1981.2. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12585831

４）フレッド・ホイル, ジョン・エリオット 著 ほか『アンドロメダ突破』,早川書房,1981.3. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12585841
この二作は連作です。面白いSFで、宇宙からのメッセージで何が可能かというテーマのSFです。カール・セーガンのSF　コンタクトを凌ぐ作品です。（コンタクトは、読めないようですが、セーガンの『コスモス』とか『核の冬』は読めます！

ベルヌの月世界旅行（注釈つき）の本も東京図書からでています。
５）ジュール・ヴェルヌ 著 ほか『月世界旅行 : 詳注』1,東京図書,1981.11. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12578911
東京図書はいろいろな科学書もだしていますが、「不思議の国のアリス」の注釈つきの本とか、「ルイス・キャロルの生涯」なども読めますので興味のあるかたは探してみてください。

未来からの通信がやってくるSFで面白いのはこちらです。ケネディ暗殺が失敗した世界。
６）グレゴリイ・ベンフォード 著 ほか『タイムスケープ』,早川書房,1982.11. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12583664

リンクはあげませんが、ベンフォードの以下の作品も読めます。著者名検索で「グレゴリイ・ベンフォード」と入れて探します。
『夜の大海の中で』 (ハヤカワ文庫. SF)　『星々の海をこえて』 (ハヤカワ文庫. SF)　『アレフの彼方』 (ハヤカワ文庫. SF)

他にも、有名なリングワールドなども読めますよ。
７）ラリイ・ニーヴン 著 ほか『リングワールド』,早川書房,1978.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12587112
８）ラリイ・ニーヴン 著 ほか『リングワールドふたたび』,早川書房,1981.7. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12587138
書名の検索窓に「海外SFノヴェルズ 」と入れて探します。ファウンデーションものとか、ゲイトウエイとかもヒットします。アシモフのファウンデーションものは、2、3、4が読めるようです。アシモフの他のSFも大量に読めますので探してみるとよいと思います。

明日は、科学読み物の紹介をします。

国立国会図書館の個人送信資料が大幅拡大しています。今までの館内限定資料だったものの多くが個人送信資料になっています。私の学生時代、院生時代に高くて買えなかった本などが多数、個人送信資料で読めるようになっていて、ものすごいオンライン図書館がでたものだと感動しました。いままでKindleで有料でしか読めなかった本もたくさん見つかりますし、Kindleでは読めない本も多数読めるようになっています。私の本棚にある本の多くも読めるようになっているし、古本で購入を考えていた本もほとんど個人送信資料に入りました。蔵書整理で売り払ったり捨てた本もみつかりました。これは凄い！

たとえば数学では、ブルバキの「数学原論」が読めますし、堀淳一さんの「物理数学１、２」も読めるようになっています。
物理学教程物理では、ランダウの「」、武谷三男の「量子力学の形成と論理 1 (原子模型の形成)」、「量子力学の形成と論理 2 (量子力学への道)」、「量子力学の形成と論理 3 (量子力学の成立とその論理)」の三部作、「湯川秀樹自選集全4巻」、京大の量子化学の授業で昔推薦教科書だった「ダヴィドフの量子力学１、２、３」の三冊、ボゴリューボフ の「場の量子論の数学的方法」、「アインシュタイン日本講演録」などなどいろんな本が読めます。それぞれの本の出版社で詳細検索するともっといろんな本がヒットしますので試してみてください。
化学では、米沢貞次郎先生の「三訂量子化学入門上下」、藤永茂先生の「分子軌道法」もとうとう読めるようになりました。
生物では、柴谷篤弘さんの本が多数読めるようになっています。柴谷さんは九大にもこられてお話したこともありますし、学会で質問したことも何度もあります。日本の分子発生学の草分けの先生で山名清隆先生とRNAの分子発生学をはじめた方でもあります。モノーのベストセラーである「偶然と必然」も読めるようになっています。

その他、ハヤカワ文庫だのサンリオSF文庫、中公新書、カッパブックス、岩波新書などなどいろんな本がよめるようになっていて、詳細検索で探すと一生では読み切れないほどの本がみつあかるので試してみてください。連休中は折々、個人送信資料のおすすめ本をリンクと一緒に紹介することにします。

「国立国会図書館デジタルコレクション」収録の図書、雑誌等約26万点を新たに図書館向け／個人向けの送信対象資料としましたhttps://t.co/XOPFymvGsJ

— 国立国会図書館　NDL (@NDLJP) April 30, 2024

https://www.ndl.go.jp/jp/news/fy2024/240430_01.html