The Nomura Institute of Glycosciece Blog

線虫　　C. elegansのデータベースWormbaseが一新されました。 前のWormbase(今はlegacy siteにあります）とはデザインが全く違うので、慣れないとめちゃめちゃ使いにくいです。そこでごく簡単な使い方入門のpdfをこしらえました。ここにありますので、ダウンロードしてお使い下さい。

卒業式が終わり、あっという間に新学期がはじまりました。GPIアンカー合成の意義を明らかにした博士論文で学位を取得した村田大輔君は、大阪大学医学部の金井好克先生の研究室に就職しました。ミネソタ大学の中藤先生のところでポスドクをしていた出嶋克史君は、今年から米国のカリフォルニア大学サンディエゴ分校で学術振興会のJSPS postdoctoral fellowとして活躍を始めました。線虫の研究をしているChisholmさんの研究室ですが、近くには糖鎖生物学の大家のJeff Eskoさんもおられるようです。私達も新しい卒論生を迎えて新年度早々から実験に励んでいます。

桜の花は散りましたが私達のいるコラボステーションIIがある馬出地区のキャンパスでは八重桜や写真のような緑の桜の花がきれいに咲いています。大学病院にこられる患者さんや家族の方々も見物しておられます。新学期ですので、新入生や進級した学生のみなさんに参考になるような話をまとめておこうと思います。

英語を使う能力は今後、在学中、卒業後を通じて絶対役立ちますから、時間をみて向上させておいてください。今はYouTubeなどで英語のプレゼンを聞くのも簡単ですし、無料の英語講座などもYouTubeなどにありますからいろいろ視聴してみると、リスニングも上手になると思います。
大学院入試でTOEICが英語の試験の代わりになっているところが激増しています。就職活動のとき企業にだすエントリーシートにもTOEICの得点を書き込む欄があるところが増えているようです。TOEICテストは練習しだいで結構点数が上がるようですから、皆さんの大学などで提供されているTOEIC練習用の無料プログラム（以下はリンク切れです。2018年４月追記：九州大学ならここにあります技術英語や医学英語の勉強コースも同じ所にあります。試してみて下さい。）や授業をせいぜい利用して、一年生から勉強をはじめて卒業前には750点以上はとれるようにするとよいようです。

コンピュータは今や必須の勉学アイテムですから、絶対自分のパソコンをもって勉強に役立ててください。
九大ではこのアドレスからたどれるソフトウエアのライセンスプログラムもありますので、Microsoft Officeなどは学生個人のコンピュータに無料でインストール可能です（制限など詳細は大学のホームページをご覧なさい）。九大のようなライセンスプログラムをもっていない大学も多いので、九大はとても恵まれていると思います。）Windowsも下位バージョン（Home editonとかです）がインストールしてあるコンピュータさえあれば、九大のライセンスで無料でバージョンアップして最上位バージョンにグレードアップすることができます。
Windows7 EnterpriseエディションではVirtual PCがはじめからついてきますし、XPモードもあります。Virtual PCやVirtualboxというソフトを使えばWindowsのパソコンでLinux（下を参照）を動かすのも簡単です。

プログラムをやってみようかなと思っている人もいると思います。私の時はFortranとかBasicの時代でしたが、今はいろいろプログラム言語があります。私は統計解析によく使われるRから勉強しておくとすぐ役立つのでおすすめだと思います。全く無料ですし、以前紹介したように大量の無料の解説サイト、ビデオ、わかりやすい書籍などがあふれています。統計解析を使ってなれながら、理論面を授業で学ぶとよいと思います。PerlとかRubyとかいうプログラム言語も生物科学ではよく使われています。Rの次におすすめです。

また無料のOS（オペレーティングシステム）であるLinux（りなっくす）をコンピュータにインストールして使うのもやってみると良いと思います。最近ではubuntuなどインストールしやすいLinuxがありますので、、インストールして使ってみるとよいでしょう。(Virtualboxをインストールして仮想マシーンを作成し、仮想マシーンにubuntuのisoイメージをつかってubuntuをインストールするのが簡単でしょう。詳しくはいつか時間があるときに書きます） LinuxはUNIXをモデルに開発されたオペレーティングシステムですので、コマンドも昔からずっと同じで一回学んだコマンドが何十年も使えるというメリットも大きいと思います。バージョンアップも無料ですし、世界中で使われていて、バイオインフォマティクスなど生物学の分野でもLinuxでしか動かない有用なプログラムが多いため、Linuxでプログラムを動かせる能力が研究に不可欠になりつつあるのが現状です。

また物理や数学の好きな人、逆に数式の苦手な人は、数式処理言語のMathematicaの学生版を買って（大学のライセンスを使える人は大学のライセンスを利用して無料で）大学の数学や物理の授業に並行して遊んでみると良いでしょう。Rとならんでこのソフトも将来の仕事で大いに役立つものですので、おすすめです。

今は就職活動の真っ最中の時期ですね。エントリーシートを書いて、何回も面接にいって内定がでた人もいるかもしれませんが、まだまだ活動は続く人がほとんどでしょう。今年卒業して公務員になった私達のところの四年生も内定は秋にずれこんでいました。卒業生には獣医さんをめざしてセンター試験を突破して再入学した人もいます。各卒論生の成果はおいおいデータベースや論文として公開していく予定です。第一弾として遺伝子相互作用の解析システムVisantの使い方をマスターして使い方の手引きもつくった21世紀プログラムの卒業生の「Visant使用のてびき」を近々このサイトにアップロードする予定です。

皆さん、健康に留意してがんばって能力を向上させていってください。

科学の方法について議論するなら、統計学をぬきに議論することは不可能です。科学の哲学的側面に興味がある人は是非、科学哲学を学ぶ時に統計学をおろそかにせずに勉強してもらいたいと思っています。今回は、統計学をてっとりばやく勉強する方法を紹介しましょう。

実験してデータが得られて、値に差があるときその差が本当に意味のあるものなのか（有意差があるのか）、あるいは単なる偶然によって差があるように見えているだけなのかが心配になります。実験のデータ数がまだ少ないのではないか、一体どれくらいのサンプル数を用意したら有意差があるといえるのだろう、など悩みがちなものです。統計学の本は今までは平均、標準偏差とかを紹介した後、二項分布、正規分布などがでてきて中心極限定理とかまでたどりついて息切れというパターンで、実際に使う解析法にたどりつけず統計学が使えないで困っている人が多かったのです。またExcelでも統計解析がある程度できますが、もう少しだけ進んだ統計解析をするのに必要なコンピューターソフトウエアを買いに行くと、3500円かと思ってパッケージをよくみると35000円だったり、十万円を超える値段がついていたりとあきれるような状況でした。安くてよい統計解析のソフトはないものでしょうか。

生物統計学に関するベストセラー「生物学を学ぶ人のための統計のはなし―きみにも出せる有意差」を書いておられる生物科学部門の粕谷英一先生は、統計解析のソフトウエアとしてＲ（無料のオープンソースのソフトウエアで世界中で最もよく使われている統計ソフトウエアです。Windows版もMac版もあります）をすすめてくださいました。一元配置分散分析とかt検定、多重比較、一般化線型モデルとかでも、ちょっと勉強すれば誰でもすぐ皆使えるようになります。私達も昔はExcelで統計解析をしていましたが、最近の論文での統計解析はすべてRを使っています。

Ｒのインストールの仕方、使い方、そしてＲを使った統計学の解説は入門レベルから高度な内容まで、インターネットに充実した解説がありますし、本もいっぱいでています。まずはグラフィカルインターフェイスでRを使いやすくするR commanderを使って勉強をはじめるのがお勧めです。R commanderというのはＲの補助パッケージで、これを組み込めばデータのグラフなどは一瞬に書くことができて分析も簡単ですので是非R commanderを使うところからＲの入門をしてみてください。

私達の研究室で入門用に薦めている本は、
「R」Commanderハンドブック　（舟尾 暢男著）です。有名なFisherのアイリスの花の統計解析にはじまってタイタニック号の乗客の生死の解析（１等、２等、３等船客の間、大人と子供、男女などで生死に差があったのかなど）など興味深い例をR commanderで次々に解析しているうちにRと統計に入門することができます。映画タイタニックを観ながら勉強するのもよいかもしれません。

今年に入って、九州大学の伊都キャンパスでの特別講義として、三中信宏先生がＲを使った統計解析の入門講義（データ解析概論）をなさいました。なんとその全てが九州大学生物体系学研究室によってYouTubeに公開されています。(三中先生のページの真ん中あたり、統計高座中継にリンクがあります。）

このYouTube講義から勉強を始めればなお簡単に統計学が使えるようになると思います。ExcelからRへのデータ移行は簡単ですのでExcelと併せて使うこともできます。またExcelの中からRを使うRExcelというパッケージもありますので、これをインストールしてもよいでしょう。これをインストールすると自動的にRとR commanderがインストールされて便利です。

昔とちがって、高度な計算がパソコンで簡単にできますので、昔は個人ではほぼ不可能だったデータ解析が手軽にできます。試してみて下さい。