The Nomura Institute of Glycosciece Blog

昨日は英語のAlphaFold2の講演動画などを紹介しました。日本語の総説ですが、東京大学の森脇 由隆先生が書かれたオープンアクセスの総説がおすすめです。
「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」
JSBi Bioinformatics Review　2022 年 3 巻 2 号 p. 47-60
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsbibr/3/2/3_jsbibr.2022.3/_article/-char/ja
この総説誌にはいろいろ参考になる総説が満載です。是非他の総説やバックナンバーもご覧ください。

https://www.jstage.jst.go.jp/browse/jsbibr/list/-char/ja

福岡は毎日快晴です。朝夕は寒い日もあってストーブを燃やすこともあるのですが、日中は暑い日もあって、なんと今日は夏日でした。写真は台風のときに雨宿りしていたカマキリです。寒くなった今はもういなくなってしまいました。卵を産んでいたようなのでまた来年、子供が庭に現れるでしょう。季節の移り変わりを感じます。

英国MRC分子生物学研究所(MRC LMB)で開催されたNext Generation Biophysics Symposium 2022というシンポジュウムの動画がYouTubeのMRC LMBチャンネル
https://www.youtube.com/user/LMBCambridgeで公開されています。
プログラムはこちら。
https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/sites/nextgen/programme/
動画がない講演も少しありますが、11の動画がアップロードされています。どれも面白そうです。興味のあるものをご覧ください。

AlphaFold2の講演もあります。John Jumper, DeepMind, London, UK:
AlphaFold and its implications for understanding biology
alphafold2 の論文https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2
のlead author ,(筆頭著者）による講演です。
https://youtu.be/uejO0Af3eQc

Scientific AmericanのサイトにちょうどOne of the Biggest Problems in Biology Has Finally Been Solved―Google DeepMind CEO Demis Hassabis explains how its AlphaFold AI program predicted the 3-D structure of every known protein
というAlphaFoldのプロジェクトリーダーDemis Hassabisへのインタビュー記事がでていたところです。こちらもご覧ください。
https://www.scientificamerican.com/article/one-of-the-biggest-problems-in-biology-has-finally-been-solved/

このシンポジュウムの最後を飾るのKey Note Lectureは
NGBS2022 Talk 11: Protein design using deep learning – David Baker University of Washington, USAというもので、
https://youtu.be/autrSHqzcH4

物理的モデルに基づくタンパク質構造解析ソフトウエア　suiteのRosetta
https://www.rosettacommons.org/softwareと深層学習を用いて、全く新しい機能蛋白質を任意に設計できる(De Novo Protein Design）という講演です。SARS-Co-V2のレセプター結合部位に対する抗体の設計とか抗癌効果のある抗体の設計の話からはじまります。光合成に関係するタンパク質とか、科学がここまで発展してきたのかという感慨を生み出す講演です。

今日はハロウイーンですね。昨日の韓国での事故で亡くなられた方々と御遺族の皆様に心からお悔やみを申し上げます。また怪我をおわれた方々の一日も早い、御回復をお祈り申し上げます。
今日の動画はRoyal Institutionのハロウイーン動画です。マイケル・ファラディーの超常現象実験の再現動画です。
Michael Faraday’s supernatural experiment
https://youtu.be/lvB9hZf0hRU

ファラデーの生きたビクトリア朝時代、霊との交流会など超常現象がものすごく流行っていました。その中でも有名なのはTable turnです。Table movingともいわれるこの現象は、テーブルを何人かでかこんでテーブル上に各人の手をのせて手を動かさず、そのままじっとまっていると、霊がやってきてテーブルが霊におされて動き出すというものです。やってみると誰も意識的にテーブルを動かしていないのに自然にテーブルがまわりだすそうです。この現象をファラデーは実験的に研究して、論文にしています。今回の動画はファラディーがどのようにこの現象を解明したかをみせてくれます。各人の手が無意識にテーブルを押しているのか、あるいは霊がテーブルをおしているのかをそれぞれの人が区別できる仕掛けをつくってそれを使ってやってみると、テーブルは全く動かなくなりました。動画では実際のtable movingをやっている様子がでてきて面白い動画になっています。ファラデーの論文は以下のものです。有料ですが大学などから無料で読める方はダウンロードしてみてください。

Experimental investigation of table-moving,
Journal of the Franklin Institute,
Volume 56, Issue 5,1853,
Pages 328-333,　ISSN 0016-0032,
https://doi.org/10.1016/S0016-0032(38)92173-8.
(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016003238921738)

「ロウソクの科学」で有名なMichael Faraday は1821年9月3日に世界ではじめての電気で動くモーターを発明しました。発明に要した時間はたったの一日。それが世界を変えました。このFaradayのようなイノベーションをどうしたら実現できるでしょうか。その秘密を解説する動画が公開されていますので紹介します。Royal Institutionの動画です。
https://youtu.be/z1uOsg2-LTA

ハーバード大学の David Rickettsさんによる講演で、様々なイノベーションを企業（Mastercard, Ubisoft, Disney, General Motors, Dell や Ferrariなど） とともに進めている方だそうです。　201年前の9月3日のFaraday’s Diaryの実物を書画カメラで映しながら電気モータ―の発明の様子が語られているのは必見です。これは観るしかないという動画です！
写真はファラデーの日記の1821年9月3日の最初のページです。以前紹介した記事でダウンロードしたファラデーの日記からとりました。過去記事はFaradayなどでこのブログを検索してみてください。

ファラデーのモーターは再現している方が日本におられます。
こちらも必見の記事で参照をお勧めします。
https://umihoshi.com/index.php?QBlog-20191002-1
「うみほしの部屋」というタイトルのブログで以前の記事でも紹介しましたが、
https://umihoshi.com/index.php?FrontPage
霧箱の作り方やファラデーの様々な実験の再現、放射線の測定など参考になる記事満載です。

COVID-19に対するmRNAタイプのワクチンについての動画をNIH videocastでみることができます。

Understanding adaptive immunity and immune memory to SARS-CoV-2 and COVID-19 RNA vaccines, with lessons for vaccines against other pathogensというタイトルの動画です。（携帯でみたとき技術的な問題によって動画が再生できませんというerror code 100000 がでることがあります。NIH videocastのページでも同じエラーがでてみられないかもしれません。iPadやPCではみられましたので申し訳ありませんが端末を変えてみてください。）
https://videocast.nih.gov/Summary.asp?file=32709

mRNAタイプのワクチンは世界中で接種がすすめられましたが、感染予防にはなぜか効果がないことが確認されているようです。本当に接種が意味があるのかどうか、このビデオをじっくり見てみようと思いました。例によって、英語字幕付でみられますし、動画も字幕もダウンロードできます。上のリンクをクリックして開く動画のページの左下にある「+More…」ボタンをおすと、ダウンロードボタンがでますので、開いたVideoCast Downloaderのメニューから動画のビットレート=解像度をSelect bitrateボタンをクリックして選んでダウンロードしてください。bitrateは150k, 440k, 740k, 1040k, 1240k, 1840kから選べます。携帯で見るには低いbitrateを選び、PCやiPadでみるには最高bitrateでみるとよいでしょう。スライドもくっきり見えます。またCaption textのダウンロードボタンもありますので、必要に応じてダウンロードしてください。）。じっくり見てみたいと思います。

まだ空色アサガオは毎日咲き続けています。今朝も百余りの花が楽しめました。絞りの朝顔はほとんど種になって来年用の種を集めてかたずけました。しかし庭の芝生にはいつ落ちたのでしょう、小さな絞りの朝顔が花を咲かせ続けています。今日も一日快晴でした。

昨日は英語を母国語としない人むけの英語論文執筆の教科書を紹介しました。とても良い本だと思いますので是非ダウンロードして読んでみてください。この本の中に、自分の論文をどんな雑誌の投稿すればよいかを教えてくれる（投稿先の雑誌候補をあげてくれる）Janeというサイト(Journal/Author Name Estimator) が紹介してありましたので今日はそのリンクを下に張っておきます。
https://jane.biosemantics.org/
論文のタイトルやアブストラクトを検索窓にペーストして、検索窓の下にあるFind journalsボタンを押すと、投稿先の候補がズラーッとランク付けされて表示されます。これで投稿先のJournal候補が選べます。また下のFind articlesボタンを押すと関連のある論文がこれもランク付けされて一覧表示されます。Find authorsボタンを押すと関連のある論文を書いた著者が一覧されます。著者名の右にはemailアドレス（E-mailボタン）やその著者による関連論文を表示するボタン(Show articlesボタン）がありますので、押すとそれぞれの情報が得られます。Show articlesボタンは関連論文を探すのにとても便利です。Janeにキーワードを含む研究のタイトルやアブストラクトをいれて１）Find articlesボタンを押す、２）Find authorsボタンで表示される各authorについてShow articlesボタンで関連論文を表示する、の二つの方法で、関連論文を効率的に探すことができます。自分の論文のタイトルなどをいれて、一度試してみてください。かなり的確な答えがかえってくるので驚きました。これは使えます。

奈良先端科学技術大学院大学の動画を紹介します。
田口, 善弘 (タグチ, ヨシヒロ) 先生のTwitterで先生の講義の動画がみられることを知りました。Application of tensor decomposition based unsupervised feature extraction to genomic scienceというタイトルです。英語ですが、わかりやすい英語なので私も勉強してみようと思います。田口先生はブルーバックスに「はじめての機械学習」という本を書いておられます。こちらはやさしい入門書でおすすめします。他にもブルーバックスに「生命はデジタルでできている」という本も書かれております。

さて講義の動画ですが、以下のリンクで
https://library.naist.jp/opac/book/102922
上のほうにある2022年10月5日の資料内のMPDASHのボタンをクリックすると「自動再生失敗」というタイトルのポップアップがでて、「自動再生はブロックされました。手動で再生してください。」と表示されます。ポップアップを閉じると下の方に再生ツールバーが出るので、手動再生して視聴してください。

https://library.naist.jp/library/archive_top/st/2022.htmlのページにはいろんな講義がならんでいます。Freeの文字が緑の背景に白抜きでくっきり見える講義は動画が公開されているようです。興味のあるものを見てみるとよいでしょう。