キンランの花が咲いていました!ヨーグルトと血液型の関係

キンランの花をみつけました。

近所を散歩していると、公園の斜面にキンラン(金蘭)が咲いていました。絶滅危惧II類 (VU)(環境省レッドリスト) に指定されている植物で、黄色い小さな花をつけていました。この斜面は金蘭の自生地として立ち入り禁止になっていて、さらにその中の特定の場所は四角にロープが張ってあって保護されています。今年はその四角の中に2株が花をつけており、写真の花はもう一つの四角エリアの外に咲いていました。きれいですね。毎年4-5月に咲くとのことです。キンランは、地中の、菌根菌(菌類です。fungi)と共生するそうで、株を掘り出して家にもちかえっても長く生かすことはできないし、繁殖させることももちろん不可能だそうです。生育条件がよくわからないので、この花の種子だけを保存しても、花を再生することはできないことになります。

町がたてたキンランの自生地の看板には、天皇陛下御歌が書いてありました。
 「語りつつあしたの苑(その)を歩み行けば林の中にきんらんの咲く」(平成30年1月12日「歌会始の儀」)

共生といえば、人間も腸内細菌と深くかかわりあい、相互作用しながら生きていますが、この花も地中の菌類の生命活動とともに繁殖しているわけです。生物が相互作用しながら生きていることを教えてくれる花ですね。

余談ですが、人間の腸内細菌といえば、ヨーグルトの乳酸菌もいろいろありますね。もともとは人間の腸由来の乳酸菌を使っているので、ヨーグルトを食べる人の腸細胞表面の糖鎖配列の違い、たとえば血液型の違い(ABO式血液型は糖鎖配列の違いの一例です)によって定着しやすい乳酸菌とそうでないものがあるそうです。つまりヨーグルトの乳酸菌をもっていた人の腸細胞表面の糖鎖配列と同じ糖鎖をもっている人の腸には、より乳酸菌が定着しやすいはずだというわけです。市販のヨーグルトをたべてみて、自分にあうと思う製品は、ひょっとしたらその人の血液型にあった乳酸菌を使ったヨーグルトなのかもしれません。

ファラデーの日記をダウンロードしてみよう。Internet Archiveの使い方2 J-STAGEとの組み合わせ。

マイケル・ファラデーはイギリスの生んだ偉大な科学者です。彼の実験ノートについては以前ふれましたが、Internet Archiveからその実験ノート(Faraday Diary)のvol.1-vol. 5までをダウンロードすることができます(全7巻なのですが残りはまだアップロードされていません)。(2019/08/25 追記;以下のリンクからFaradayの多くの著作がダウンロード可能になっています。ここにアクセスして、Scientific Books Collectionのページを見てください。Faradayの主な著作―「ロウソクの科学」「力と物質」、あるいは書簡集Experimental Researches in Electricityその他の著作、そしてFaraday Diaryの一冊本がダウンロードできます。表示された画面の上部にあるInfoボタンの左側の下矢印のボタンをクリックするとpdf, ePub, Kindle、Plain textなどでのダウンロードボタン(ポップアップ)が現れます。好きな形態を選んでクリックしてダウンロードしてくださいこれでFaradayの実験ノートは全部ダウンロードできるようになりました。全文検索可能ですし、なんと3272ページの本ですが是非ダウンロードしてご覧ください。)
Experimental Researches in Electricityや、有名なロウソクの科学、その他いろいなFaradayの本がありますので検索してみてください。ファラデーはモーターも発明していますが、動いている様子は以下のYouTubeの動画にあります。この動画はアインシュタインのE=mc2をテーマにした優れたドラマ仕立ての作品です。日本語吹き替え版も探せばありますが、やさしい英語ですので英語でみるほうが画質もいいのでおすすめです。この中にはアインシュタイン、ファラデー、ラボアジエ、エミリー・デュ・シャトレ、リーゼ・マイトナーなどが登場します。若いファラデーの物語のほか、老いたファラデーをマックスウェルが訪れて、ファラデーに電磁場の真空中の速度が光速と等しいと告げて、ファラデーの予言(光は電磁波である)どおりだったと告げる感動の場面も描かれています。(2019年8月25日追記:YouTube動画のリンク切れを修正しました。NOVAの動画はサイトで見られなくなり、以前のせていた英語版の高画質版も消えたようなので、新しい英語版と日本語版にリンクを修正しました。日本語版のほうは画質が悪いようにみえますが皆さんはどうでしょうか?)
https://www.youtube.com/watch?v=mvW93cxd2o8

上の日本語の動画はテレビで視聴すると解像度が悪いのがわかります。上の英語のほうがよさそうです。字幕を英語にしてご覧になると聞き取りの練習にもなると思います。

ファラデーは電気分解のファラデー定数でわかるように電流と化学を結びつけたほか、電気と磁気、重力の関係を探る実験も繰り返していました。場の概念は現代物理学の基礎ですが、彼は電気力線の概念を提唱して物理学に場の概念を持ち込んだ偉大な科学者です。このへんのところは、ファラデーの電磁気学研究における力・力能・粒子」夏目賢一著という論文をご覧ください。

また町の図書館で借りて読んだ本ですが、物理学を変えた二人の男―ファラデー,マクスウェル,場の発見(岩波書店)も良い本でした。下はガモフの「重力の話」(伏見康治 訳)ではじめて読んで感激したファラデーの言葉です。重力と電気の関係を探る一連の実験の締めくくりの言葉です。

2717 Here end my trials for the present. The results are negative.They do not shake my strong feeling of the existence of a relation between gravity and electricity, though they give no proof that such  a relation exists. Royal Institution, July 19, 1850. (Experimental Researches in Electricity, Dover版、第二巻、168ページより)

ファラデーの日記ですが、関連した論文をJ-STAGEからダウンロードできるので紹介しておきます。1932年の応用物理に「フアラデーの日記」(矢島 祐利)という記事がのっています。ファラデーの日記が出版されるごとに解説を加えたものでファラデーの日記(2)、ファラデーの日記(3)とつづき、(6-完)まで記事があります。どれもJ-STAGEからダウンロードできますのでご覧ください。最近の日記の解説では「実験の天才ファラデーの日記」(木原 壯林)が同じくJ-STAGEからダウンロードできます。この記事に書いてあるペーパーバックス版のファラデーの日記は、私も出版されたときすぐ購入して全巻持っています。J-STAGEについてはこちらをご覧ください。

謎のVoynich手稿:ボイニッチ手稿をダウンロードしてみよう (Internet Archiveの使い方1)

今回は、Internet Archiveの使い方の練習です。

ボイニッチ手稿Voynich manuscriptというのをご存知ですか?図のような不思議な文字と絵が満載の古い本です。NHKのBSで幻解!超常ファイルというシリーズがありますが、最近その番組で紹介されていました。何が書いてあるのかいまだに解読されていないという謎の手稿です。解読しようと多くの暗号解読者が挑戦しましたが誰一人として解読に成功していません。何語で書かれているのかもわからないという絵だけがやたらきれいな謎の手稿です。でたらめが書かれているのではなさそうである、という統計解析の結果もでていますが、何の意味もないでっちあげの本で高値で販売するために作ったという説もあるようです。ときどき、解読の突破口というようなニュースもでます。

不思議な植物や入浴中(?)の女性、そして天体のような図が満載の本ですが、未知の言語で書かれている不思議な本です。昔、町の図書館で「ヴォイニッチ写本の謎」(青土社)という本を読みましたが、この本は暗号解読の解説がとてもわかりやすくおすすめです。

さて、本題ですが、Voynich manuscriptを無料でダウンロードしてみましょう。高解像度の各ページのjpegファイルをダウンロードすることもできますし、Yale大学図書館に所蔵されている原本をスキャンした本を一冊まるごとダウンロードすることも可能です。Internet Archiveからダウンロードします。サイトにアクセスして、右上のSIGN INの右のほうにある、SearchのところにVoynich manuscriptといれます。プルダウンでSearch metadataにチェックが入っているのを確認してください。エンターを押すと検索が始まり、Voynich manuscriptのテキストやオーディオファイルその他がリストされます。この中からtextのファイルを左のmedia typeの中からtextsにチェックして選ぶと23個のテキストファイルが表示されます(high resolution jpeg imagesもあります)。一番上のファイルをクリックすると、ダウンロードページが開きます。画像をクリックすると1ページずつ読めますし、ダウンロードするファイルの形式(pdfやepubその他いろいろ)を選んで自分のディバイスにダウンロードして保存することも可能です。以下の画像を参照しながらやってみてください。

答え合わせとして、リンク集に直リンクが載せてありますので、参考にしてください(5月16日追記)

Internet Archiveは私の電子資料の活用法の動画でも紹介しましたが、きわめて有用なサイトです。このような面白い例で使い方に慣れてください。

春真っ盛りです。「Mr.トルネード~気象学で世界を救った男~」

本日づけで九州大学の野村研究室のホームページの更新を停止しました。このページが今後のホームページになります。
外を散歩しているとまだアザミが満開で美しいです。タンポポは種になってとんでいます。今年は桜もとても美しく、また自宅のリンゴの木に沢山花がさきました。八重桜をバックの写真をご覧ください。

NHKのBS1でブレイブという番組シリーズの再放送をしていました。
「Mr.トルネード~気象学で世界を救った男~」

という番組でした。面白かったです。以前、図書館から『Mr.トルネード 藤田哲也 世界の空を救った男』佐々木健一著という伝記を借りてきて読みました。藤田哲也は、アメリカにわたり気象学者として世界的業績(気象学のノーベル賞といわれるフランス国立航空宇宙アカデミー賞・金メダルも受賞)をあげました。シカゴ大学教授でノーベル賞をとった自発的対称性の破れで有名な南部陽一郎先生のお友達でもあります。竜巻の規模を表す藤田スケールの導入は有名ですが、最大の業績は飛行機の墜落原因となるダウンバーストの発見と検出方法の確立です。ドップラーレーダーをつかったダウンバーストの存在の証明、そしてドップラーレーダーによるダウンバーストに起因する墜落防止システムの確立によって、それまで頻発していた謎の墜落が皆無となり、世界の空の旅が格段に安全になったのは藤田先生の業績です。世界の空を救った男といわれるゆえんです。

北九州生まれで明治専門学校(現在の九州工業大学)卒業。そのまま同校の物理の助教授となり、長崎や広島の原爆の被害調査にも現地入りしていた人です。彼は気象の研究のため地元福岡県の背振山気象観測所で雷雲を観測、つよい下降気流が雷雲から発生することを発見して英文の論文を書きました。それが彼の気象学デビューです。ある日、背振山の気象庁観測所で気象観察していたとき、アメリカ軍に占領された隣のレーダーサイトのゴミ箱に、アメリカの気象学雑誌がゴミで出されており、読んでみると自分の発見した下降気流の存在をアメリカで巨大プロジェクトでみつけたという論文でした。自分の論文と同じ結果だったので、さっそくアメリカの気象学者に手紙をだしました。なんとそれがアメリカの気象学界の大御所で、返事がきたのです!自分のところに助手としてこないか?という手紙でした。博士号がないんですと返事すると、ではとったらおいでなさい。まっているから…。ということでした。東大で博士号を取得してシカゴ大学へと旅立ったのが始まりでした。

福岡の西のはずれにある背振山から福岡市と三郡山をみつめていた藤田先生のことが思い起こされます。西日本シティ銀行のふるさと歴史シリーズ「北九州に強くなろう」藤田哲也というホームページに面白いエピソードとともに藤田先生のことが紹介されているので是非ご覧ください。

福岡は春爛漫です

新学期もはじまりました。お知らせしておりましたように、九州大学の野村研のホームページの内容をこのサイトに4月はじめにすべて移動させました。移動にあたってリンク切れなどをチェックして内容を最新にしましたので、今後は九州大学のホームページではなく、こちらをご覧ください。移動にともなって九州大学の野村研究室のホームページの更新を停止します(しばらくは九大の野村研究室のホームページはのこしておいてくださるとのことです。)今後とも、どうぞこのホームページをよろしくお願いいたします。

さて、今年はことのほか桜が美しく、3月の末に私達のお世話になっていた九州大学のコラボステーションⅡ周辺の桜を写真にとりに行きました。九大の馬出 病院地区の桜は今年もきれいに咲いていました。桜が散るとアザミがきれいに咲く季節です。今はアザミと八重桜が福岡とその周辺で満開です(下のギャラリーをご覧ください。3月末の馬出病院地区の桜、今日撮影したアザミと八重桜の写真をのせています。卒業生の方々には馬出の桜は特に懐かしいと思います)。

「科学を学ぶ人のために」の、話題としては、今日は最近見つけた数学の教科書を紹介しておきます。学習院大学の田崎晴明先生が公開されている無料の教科書で、「数学:物理を学び楽しむために」というタイトルの、とてもわかりやすい教科書です。是非ダウンロードして読んでみてください。WolframAlphaについても触れられていておすすめです。

 

ConBio2017 ランチョンセミナーの動画が公開されました

ConBio2017 ランチョンセミナーの動画が公開されました(2018.3.15)

分子生物学会・生化学会合同年会のときの私の講演のムービーが公開されましたのでご覧ください。 講演終了後、springer exemplarのサービス終了などがありましたので、その部分をカットした動画になっています。2部にわかれていますので順にご覧いただければ一番ですが、各部のみをみていただいてもよいと思います。

研究生活における電子学術資料の利活用とメリット – 第1部 情報探索とインプットをより効果的に(Part 1)

研究生活における電子学術資料の利活用とメリット – 第2部 論文執筆やポスター発表に役立てよう(Part 2)

この講演のスライドはここにあります。

退官記念食事会をしてもらいました。ランチョンセミナーの内容変更点について

今日は卒業生のOB,OGの方たちに退官記念食事会をしてもらいました。忙しい時期なので福岡在住の方が主ですが、懐かしい顔ぶれがそろってとても楽しいひと時を過ごさせてもらいました。みなさんありがとうございました。みな元気で学生時代とほとんどかわっていないのは、社会人になってそれぞれ自分が活かせる職場にいるからだろうと思います。学生さんたちのおかげで充実した大学生活をおくらせてもらいました。ほんとうにみなさんありがとうございました。また今後の活躍をお祈りします。

昨年末のConBio2017のランチョンセミナーは、200名を越える方々にきいていただけたようで、ありがとうございました。Springer-Natureによるとあの講演の中で紹介していたSpringer Exemplarが廃止になったそうです。それでスライドの該当部分を削除したものをアップロードしてありますのでご利用ください。講演のビデオも近日中にYouTubeにアップロードされます。公開されしだいこのページで連絡します。

 

 

ホームページを引越します!

YouTubeからお越しの方へ。
九州大学のThe Nomura Labのホームページは、野村の退官にともない2018年4月1日をもって閉鎖される予定です。閉鎖までは九州大学のページ(上のリンク)をご覧いただくと動画で紹介した内容がそのままみられます。九大のホームページの内容は、4月1日以降は、すべてここに移動させますので、4月からはこちらのホームページをよろしくお願いいたします。

 

岡田節人先生が1月17日朝にご逝去されました。(2017.01/19)

岡田節人先生が1月17日朝にご逝去されました。先生には3年ちょっと前、ハリソン賞のメダルの交付セレモニーで岡田研究室メンバーが集まったときお目にかかったのが最後となりました。元旦のブログに書いた氷川丸でWaddingtonのもとに留学された先生は、先取の気風のある彼から多くを学ばれたとのだと思います。Waddingtonは発生学研究にラジオアイソトープをとりいれたり、影響力の大きい発生の教科書を書いてepigenetic landscapeの概念を提唱したりという、いち早く最新のテクノロジーやアイデアをとりこむタイプの研究者だったと思います。後には力学系の理論にも興味をもち、R. Thomのカタストロフィーの理論を応援したりもしています。
岡田先生は細胞接着と分化転換をラボの二つの柱にされており、私が入学したときには竹市先生たちが細胞接着の物理モデルを提唱していたCurtisの本をセミナーで勉強しておられたと聞きました。van der Waals ?London forceとか、岡田先生がつぶやきながら講義されていたのも覚えています。電子スピン共鳴をやっている先輩もおられました。細胞接着のほうは竹市雅俊先生のグループのカドヘリンの発見に結実しましたが、そのブレイクスルーも岡田先生が出張で仕入れてこられたモノクローナル抗体という最新の実験手法をとりいれよう、という提案が実行されたことから生まれたのでした。(第一回の福岡で開催された分子生物学会でモノクローナル抗体の発表を岡田研究室がしたのを覚えています。)また細胞接着分子を欠失したマウスをつくろうという遠大な計画のもとに、F9細胞で細胞接着分子の研究をおこなったのもブレイクスルーのもとだったと思います。とにかく先進先取の先生でかつ、メンターとして後進にいつもやさしい気遣いと応援を(ラボのメンバーであるか否かはかかわりなく)してくださる先生でした。

写真は私が修士二年とのときに先生に同行してフランスのLe Douarinのラボに滞在したときのもの、そして九州大学に特別講義に来て頂いたときのものです。当時、講義室はぼろぼろでマイクも無く、教卓が講義中に壊れて先生と近くの学生が手で崩壊をくいとめたというのも思い出です(その後、教室にマイクが備わり、教卓も補修されました)。教室が満員になった特別講義で、学外からも多くの先生がたが聴講にこられていました。写真を撮るときに、3人でうつったら真ん中の人が早死にするとかいうし…などといわれて、学生と一緒に写真におさまられた先生です。そのさりげない気遣いに先生のメンターとしての風格を感じたものでした。

江口吾朗先生が決定的な実験を行われた分化転換transdifferentiationの業績をはじめとして、神経性網膜の分化転換などの研究も展開されました。こうした業績をまとめたTransdifferentiationというモノグラフや「発生における分化」という本にはこうした分化転換の御仕事がまとめられています(私の撮った写真もどちらにも載っています)。いったん分化した細胞が分化転換して配偶子などになるという現象(クラゲなどでみつかった現象)も一般向け解説書で紹介され研究者の卵に多くのインスピレーションを与えました。

分化転換という言葉は、しばらく主要な発生の教科書から消えてしまいましたが、発生で重要な役割を果たしている例がしだいに蓄積し、MyoDなどの転写因子を培養細胞に導入して筋肉をこしらえるというような分化転換の実験が注目され、分化転換という言葉が教科書や論文に頻繁にみられるようになった後、iPS細胞が誕生しました。
岡田先生のことはまた、折にふれてお伝えしていこうと思います。

寒波が到来するようですが、どうぞ皆様、お体を大切になさってください。
先生のご冥福をおいのりいたします。


2017.01.01 元旦

本年もどうぞよろしくお願いいたします。
左の 写真は氷川。本年の元旦はこの有名な船の写真にしました。昔、たくさんの研究者がこの船にのって外国留学しました。私が学生だったころ、発生生物学会が横浜で開催された時(第25回大会)は、懇親会がこの船で開催されました。先生がたが
「この船でいきましたなぁ」と、感慨深げに語っておられたのを覚えています。今は、多くの留学生を迎える我が国です…。
お休みに読める無料本がありますので紹介しておきます。The Gene Ontology Handbookです。
Open Accessの本ですのでどなたでも無料でダウンロードできます。
GO termをよくつかう私達ですがとても勉強になる本だと思いますので是非ご覧ください。
もう一つ、統計解析に私たちがよく使っているRについてのニュースです。
Multi-threaded math libraries を含んでいて計算がスピードアップされている他、信頼性をあげ、かつ互換性をたもっているというMicrosoft R Openというものがでています。
Microsoft R Openというもので、RStudio も使えるそうです。一度お試しください。

では本年もどうぞよろしくお願いいたします。皆様にとって今年が素晴らしい一年でありますように。