リンク集

最近追加した項目は赤く表示していますので参考にしてください。トップにもまとめておきます。
英単語の発音を調べるサイトがあります。
YouGlishというサイトで、発音のわからない単語を検索窓にいれてenterを押すと、その単語が発音されているYouTubeのビデオが再生されます。再生画面の下にはその単語が含まれている文が表示されているので確認も容易です。
Glyfinder タンパク質の立体構造を登録しているPDBにはさまざまな糖や糖鎖の情報も存在します。しかし今までは糖鎖や糖の表記は統一されておらず、誤った構造や糖鎖がいっぱい存在していました。最近それらを訂正する作業が終了し、このツールでは、PDBに存在する糖や糖鎖(硫酸化やリン酸化された糖も探せます)を検索することができます。
GlycoPedia
糖鎖生物学の様々な情報がまとめられているサイト。最新の注目論文の紹介や糖鎖表記法の解説なども参考になります。

・プリンストン大学のサイト:Digital Einstein Papersにはアインシュタインの書いた論文、手紙、旅行日記などが無料で公開されています。アインシュタインの特殊相対性理論の論文とかも英語とドイツ語で読むことができます!

Today in Science History:これは科学版「今日は何の日?」のサイトです。そのほかに科学者の有名な言葉(引用文)なども科学者別に集められていて楽しいサイトです。
Semantic ScholarはGoogle Scholarのように学術情報を検索できるサイトです。マイクロソフトの創設者の一人であるPaul AllenさんがAIを利用してコンピュータや生命医科学の論文や本などの情報を集約したものです。

無料でダウンロードできるオープンアクセス本が集められているサイトです。DOAB (Direcory of Open Access Books)といって最新の本を含む物理、化学、数学、生命科学、医学などの本があつまっています。是非ときどきご覧ください。
高精度の文献検索ができる生命科学系の論文検索サイト にTextpressoがあります(このサイトは2018年末には廃止される予定で、最近改良されてTextpresso Centralになっています。
・世界にすばやく自分の論文原稿を読んでもらうためのプレプリントサーバーです。バイオアーカイブbioRxivはCold Spring Harbor Laboratoryが

維持しているプレプリントサーバーで、投稿すると内容をチェックした上で(非科学的な内容ではないか、テロに用いられるような危険な知識を
提供するものではないか、剽窃した内容でないかなどのチェックです。査読してくれるわけではありません)翌日には公開されます。利用は無料です。
物理や経済科学の哲学のプレプリントサーバーもあります。詳しくはここを参照してください。
・糖鎖生物学の最新の講義です。Johns Hopkins大学医学部での2018年度の講義。 Hart先生なども講義されていてビデオが順次アップロードされていますので聴講してみてください。
・科学技術振興機構JSTのバイオサイエンスデータベースセンターのポータルサイトです。
 ・ライフサイエンス新着論文レビュー
 ・ライフサイエンス領域統合レビュー  など参考になるリンクをみて、ブックマークしてください。役立つと思います。
・The Voynich Manuscriptなどもここにあります。reviewが面白いです。

 

糖鎖生物学に関するサイト

九大野村研と産総研で作成した線虫糖鎖遺伝子データベース(C. elegans GlycoGene Databaseです。医学生物学の研究者や学生、医師が ヒトの病気に関わる糖鎖遺伝子がモデル生物 線虫C. elegansでどのように働いているかを簡単に知ることができるように設計しました。ヒトの病気の研究者にはデータが多すぎて調べにくいWormBaseをみるより、こちらをみるほうがまとまっていて簡単に糖鎖遺伝子の全貌がわかるようになっています。もちろん遺伝子の塩基配列やアミノ酸配列、WormBaseやヒト遺伝子データベースへのリンク、遺伝子阻害の表現型、文献などを 網羅しているので是非ご利用ください。右のリンクにあるトップページのGene List(遺伝子リスト)タブをクリックすると 遺伝子リストのページにとびます。  Expression(発現)タブをクリックすると線虫の細胞名のリストがでますので、すきな細胞名を押すと その細胞で発現している糖鎖遺伝子の一覧が表示されます。またPhenotype(表現型)タブを押すと、 線虫で見られる表現型のリスト(致死とか小さくなるとかいろいろ)がでますので、その表現型名をクリックすると、その表現型が 遺伝子機能阻害で知られている糖鎖遺伝子の一覧がみられます。
Glyfinderタンパク質の立体構造を登録しているPDB(Protein Data Bank)にはさまざまな糖や糖鎖の情報も存在します。しかし今までは糖鎖や糖の表記は統一されておらず、誤った構造や糖鎖がいっぱい存在していました。最近それらを訂正する作業が終了し、このツールでは、訂正済みのPDBに存在する糖や糖鎖(硫酸化やリン酸化された糖も探せます)の情報を検索することができます。

GWAS(Genome Wide Association) Cataog はヒトの遺伝子とヒトの様々な病気や表現型との関連を調べるのに最適のサイトです。
コンドロイチン合成酵素CHSY1など好きな遺伝子名をいれて検索してみてください。CGGDBにも情報を追加する作業を行っています(2016.02.04)

OMIM( Online Mendelian Inheritance in Man)はヒトの病気に関わる遺伝子についての情報を検索できるサイトです。
こちらもCGGDBにリンクを追加作業中です(2016.02.04)。
CAZy database 糖鎖を合成する糖転移酵素や分解酵素など糖に関する様々な酵素が網羅されているデータベースです。ヒトだけでなくバクテリアからC. elegansやショウジョウバエ、ゼブラフィッシュやカエルや植物、マウスなど、さまざまな生物別に糖関連の酵素が網羅されています。
GlycoPedia 糖鎖生物学の様々な情報がまとめられているサイト。最新の注目論文の紹介や糖鎖表記法の解説なども参考になります。
GlycoWord 糖鎖生物学の言葉を調べるのに最適のサイト
Glycoforum 糖鎖生物学情報満載のサイト
Trends in Glycoscience and Glycotechnology すぐれた糖鎖生物学解説誌
Essentials of Glycobiology 4th edition 糖鎖生物学最新教科書(2022年CSHL Press刊)が誰でもonlineでみられます。
糖鎖生物学の最新の講義です。Johns Hopkins大学医学部での2018年度の講義。Hart先生なども講義されていてビデオが順次アップロードされていますので聴講してみてください(追記:2024/08/15: 元のサイトはリンク切れなのでWayback machineでビデオなどをみてください。
https://web.archive.org/web/20211127090106/https://lidpeg.jhmi.edu/cores/introduction.shtml
九大のみ: 糖鎖科学のすべてがわかる本Comprehensive Glycoscience 全4巻がonlineで読めます。
各章のダウンロードも可能です。
九大のみ: 微生物学・細菌学の百科事典Encyclopedia of Microbiology (第3版Schaechter編)が利用できます。
糖鎖統合データベース 産総研
糖鎖データベース 検索窓口
糖脂質のホームページ sphingomap

 線虫と研究に関するサイト

WormBase 線虫といえばここ。
WormBook 線虫C. elegansについての教科書サイト。基本的知識から最先端の研究法について詳しく紹介されている
得難いサイトです。
線虫 の体の構造について詳しく調べられるサイトWormAtlas 生き物の複雑巧妙な構造が感動的に理解できます。
線虫文献検索 線虫の文献探しはこちらから
WormAtlasの語彙集 vitelline膜とegg shellってどうちがうの?とか調べられます。
線虫遺伝子のネットワーク調
線虫の遺伝子変異株・ノックアウト株や野性株などの入手・検索ができるCGCのサイトです
線虫ノックアウトプロジェクト ナショナルバイオリソースプロジェクト「線虫日本世界一線虫遺伝子KOプロジェクト
線虫の配偶子形成についての優れた解説本 
Germ cell development in C. elegans(Springer)の編者Schedlさんが公開しているこの本のページがあります。Schedl LabのGerm Cell Bookのページ:各章がダウンロード可能です。
日本線虫研究者のweb page 参考になる情報とリンクがあります。
Uniprot タンパク質のことを調べたいときはここから!
プロテオミクスサーバー:プロテオミクスについてりたいならこここから。
バイオインフォマティクスのツールへのリンクを集めたポータルサイト(上のプロテオミクスツールも含む)です
マススペクトロスコピー(質量分析解析初等的解説、プロテオーム解析のソフトなどプロテオームサイトの一つです。
科学技術振興機構JSTのバイオサイエンスデータベースセンターのポータルサイトです。
ライフサイエンス新着論文レビュー
ライフサイエンス領域統合レビュー
など参考になるリンクをみて、ブックマークしてください。役立つと思います。
ライフサイエンスの英語論文の書き方についてはこののブログも興味深いです。
http://bioenglish.hatenablog.com/
統合TV | 生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル:バイオインフォマティクスの動画配信
PubmedやBLASTの使い方、次世代シークエンサーの使い方、Perl, Python、あるいはLinuxの使い方など
参考になる動画満載のサイト
日本発生命科学データベース ポータルサイト
日本発生命科学データベースポータルサイトの語句検索 (蛋白質核酸酵素んだり検索したりもできます)
NCBI (National Center for Biotechnology Information)のデータベースポータルサイトのEntrezです。
Pubmedの文献検索や教科書の全文検索、遺伝子配列から立体構造などいろんな検索ができます。
生命科学系の文献検索といえばこれが基本でしょう。PubMedデータベースで文献検索をしてみましょう。
上記PubMedを含む、より拡張されたPubMedより500万件以上多いアブストラクトをふくむ文献データベース
EUROPE PUBMED CENTRALです!
高精度の文献検索ができる生命科学系の論文検索サイト にTextpressoがあります(このサイトは2018年末には廃止される予定で、最近改良されてTextpresso Centralになっています。
バイオアーカイブbioRxivはCold Spring Harbor Laboratoryが
維持しているプレプリントサーバーです。最新のアクセプト前の論文を読むことができるので、大学でも論文セミナーの材料にとりいれているところも増えています。
 化学物質の構造を中心に据えた無料データベースです 化学式をいれたら立体構造がみられたりします。
無料でダウンロードできるオープンアクセス本があつめらているサイトです。DOAB (Direcory of Open Access Books)といって最新の本を含む物理、化学、数学、生命科学、医学などの本があつまっています。是非ときどきご覧ください
Journal of visualized experiments 生命系実験をビデオで ビデオでiPS細胞の作り方とかもおしえてくれる。
有料になっているのがおしいが無料版も多いのでぜひ参照してください。生命科学の実験・研究がどのように行われているかが
高校生や一般の方にもよくわかると思います。九州大学の契約している一部の有料ビデオは以下でみられます。
上のJoVEのビデオでバイオ関係の基礎教育ビデオが九大関係者は無料でみられます。ピペットの使い方など
一般的な実験方法、DNA組換えなど基礎的な生物実験の方法、モデル生物である線虫やショウジョウバエなどの紹介など必見のビデオです。
YouTubeも生命科学の勉強には必須のツールです。
iBioSeminars あるいはiBiologyのサイトは優れたバイオ関係の講演のビデオがみられる優良サイトです。
下のほうでも紹介していますがここにもリンクをおいておきます。字幕付きビデオやスクリプト、資料のダウンロードもできます。
生命科学の日本語による用語解説ですばらしいのは 脳科学辞典です。信頼できる執筆者によるすぐれた生命科学の用語解説が
無料で利用できます。左にある「最近完成した項目」からみるとよいです。
Biotechniqueという有名無料雑誌登録がいります。アメリカにいたときによく読んでいました。
登録はweb pageで無料で可能ですのでどうぞ。
日経バイオテクオンライン 無料でみられる見出しだけでも参考になると思います。
九大のみ:文献を調べたり 引用文献やインパクトファクターを調べたりするのに役立つデータベースWeb of Scienceです。
論文の引用回数を知りたい時にも重宝します。ある論文を引用している論文というのは、
その論文に書いてあることを発展させたものが多いわけです。ある実験方法が改良された物がないのかを調べるときには
その実験方法を引用している論文をみてみるのも一法です。
九大のみ:理科年表使いましょう 便利な理科年表が九大では無料で使えます!
超有名科学誌 Scientific Americanのサイトです。日経サイエンスのScientific Americanの翻訳記事内容
素早むにはここと、下の九大リンクへ。
九大のみ:超有名科学誌 Scientific Americanが無料めます。日経サイエンスのScientific Americanの翻訳記事内容
素早むにはここへ。日経
サイエンスのもと記事Scientific Americanの全文はここから
九大のみ:電子書籍が九大図書館のリンクから無料で読めます。Maruzen eBook Libraryでは
「分子生物学講義中継」とか、「バイオ実験の原理」、あるいは 「いかにして問題をとくか(実践活用編)」など多数の本(統計学やiPad活用法などの本もあります)が読めますので一度訪れてみてください。就活に役立つ本やExcelなどの活用法の本、ピケティの資本論の本など文系の本もたくさんあります。
九大のみ:九大図書館はSpringerと契約しているので、Springerが発行している多くの電子書籍が読めて、
一冊まるごとのダウンロードもできます。
バイオ系のMethods and Protocolというシリーズでは2014年発行の
Confocal Microscopyとか Multiple Sequence Alignment Methods あるいは Arabidopsis Protocols、 Plant Cold Acclimation、
Ras Signalingなどの本もダウンロードできます。
九大での契約が更新されたための2015年版もダウンロードできなるようになりました(2016.1.20更新)
他にRを用いた統計学のシリーズ本もだいたいダウンロードできますので、リンクからたどって探してみてください。
Biostatistics with R、R through Excel それに Excel 2010 for Biological and Life Sciences Statisticsなどという本もあります。
リンクをクリックしてBrowse by disciplineから分野(Life Sciencesなど)を選び、Bookをクリックして
Include Preview Only Contentのチェックをはずしてやると、無料で読める本だけが残ります。
いろんな分野の本がほんとうに多数ありますので研究や勉強に役立ちます。

 勉強に役立つサイト

次世代シークエンサーNGSの解析法やバイオインフォマティクスの研究に必要なlinux、Python, Perl、Rなどの使い方を
学べる講習会のビデオと教材
はこちらをごらんなさい。
生命科学でしばしば活用されるプログラミング言語であるPythonやRuby、Javaなどを学んだり、
webサイトの構築の方法などを学ぶのに最適な無料学習サイトです。
SciencePortal (―科学技術 全て伝えます―)  科学を学ぶ人のためのポータルサイトです。
ニュースやデータベースなどもりだくさんの充実したリンクを活用して下さい。
Virtual Training Suite :インターネットでの情報収集のチュートリアルです。法律、 文学、数学、医学、哲学など
様々な学問分野の情報収集のノウハウを教えてくれます。
サイエンスチャンネル いろんな番組無料配信しています。
いろんな教科書無料めるNIHのサイト。ストライアーの生化学、 ギルバートの発生生物学、
Molecular biology of the cell, そしてC. elegans IIや糖鎖生物学の最新版の教科書など、英語で検索も可能です
九大のみ:生化学の百科事典Encyclopedia of Biological Chemistry (2004) が読めます。
九大のみ:癌についての百科事典 Encyclopedia of Cancer 2nd edition (2002) も読めます。
九大のみ: 微生物学・細菌学の百科事典Encyclopedia of Microbiology (第3版Schaechter編)が利用できます。
オンライン学術用語集です。複糸期はふくいときではなく 「ふくしき」とみますが、
太糸期
は 「ふといとき」 とむなどがわかります。(リンク切れ)
最新解剖学用語集です。
遺伝学用語語彙集 英語発音付きtalking glossary at Nationa Human Genome Research Institute
日経サイエンスのページ

成果発信のためのサイト

WebLSD  ライフサイエンス辞書: 論文書きに必須。ライフサイエンス辞書と共起表現(コンコーダンス)は貴重なツールです。
オンラインでも使えます
Firefoxのアドオンとしてインストールしておけばオフラインでポップアップ辞書としてもも使えます。
有料ですがほかにEPWING ライフサイエンス辞書 EJやKindleライフサイエンス辞書EJなどもあります。広島大学ライティングセンターの河本健先生のライフサイエンス辞書のコーパス活用法のページです。新鮮な解析方法を学べます。
Weblioは、複数の辞書や用語集の縦断検索ができるオンライン辞書検索サービスです。
特に生命科学の学生や研究者が生命倫理やそれに関わる法律や特許などなじみの無い専門用語が入っている文書を
読むときに圧倒的に役立ちます。
以前紹介していたmouseover dictionaryが最新のFirefoxでは使えなくなっています。そのかわりに
Weblioを検索してくれるFirefoxアドオン(Webliopane)があり、便利です。ただ検索語をWeblioのサイトに探しに行くので、
機密保持などの必要な方はセキュリティに気をつけて使うようにしましょう。
ライフサイエンスの英語論文の書き方についてはこののブログも興味深いです。
http://bioenglish.hatenablog.com/
論文の文献欄作りと文献整理ソフト QRef が無料の文献整理、文献欄作成用ソフトとしてMac, Windows, Linuxで利用できます。
他の文献整理ソフトもありますが、プライバシーが気になる方にはQrefはおすすめです。 値段のとても高いEndonoteやRefWorksなど不要です。
ただ九大在籍中の人はRefWorksが無料で使えますがこれも2018年3月で利用できなくなります。
RefWorksを使っている人は早めののデータ移行をおすすめします。
論文の書き方 引用文献のすべて 論文や本での引用文献をつけるときの注意点を網羅しています。
Citing Medicineという本です。
論文を書くときの剽窃、盗作についての注意 他人の英文を組み合わせたら盗作になることがあります!
PLAGIARISM(剽窃)についての詳しい解説です。Proofreaders’ Markの使い方:論文の英文の校正記号―印刷するまえに校正担当者から送られてくる原稿の校閲記号はまるで暗号のようです。
ネットにはその使い方が例をあげて載っていますので参考にしましょう。こちらにもリストがあります。
世界にすばやく自分の論文原稿を読んでもらうためのプレプリントサーバーです。バイオアーカイブbioRxivはCold Spring Harbor Laboratoryが
維持しているプレプリントサーバーで、投稿すると内容をチェックした上で(非科学的な内容ではないか、テロに用いられるような危険な知識を
提供するものではないか、剽窃した内容でないかなどのチェックです。査読してくれるわけではありません)翌日には公開されます。利用は無料です。
物理や経済科学の哲学のプレプリントサーバーもあります。詳しくは本ブログのこの記事を参照してください。
VOA Learning Englishのサイト Science関係のニュースの聞き取りにどうぞ。
英語の勉強にNIHの生命科学の講演を!英語で講演する生命科学者のための見本です。
NIHで行われる最新のものを含む講演会を発信しています。毎年ゲノム解析の講習会とかもあります。
高画質のビデオをダウンロードしてゆっくり見ることもできますし、講演のスクリプトもダウンロードできますので、
英語発表の練習にも最適です。
RISCって何の略だったっけ、という時使う略語解明サイト 略語が何の意味かがすぐわかります
RISCなど生命科学の略語を調べられるサイト アリー。 生命科学の略語をmedlineでの使用順に表示
外国の人でnaomiって男の名前、女の名前?名前の判別サイト
英語の発音を確かめてみるサイト YouGlish。読んでほしい単語を検索窓に入れてSay it!ボタンを押すと、
その単語を含むYouTubeビデオが再生され画面下には該当する英文が表示される。
Nextボタンで別のビデオに切り替えられるのも便利。

授業など補助教材

in utero electroporation法―
子宮内電気穿孔法(簡便な遺伝子導入法)のやり方解説ビデオ
ES細胞 Meltonラボのビデオ
ニワトリのキメラりの基礎のビデオ2 実際編
iPS細胞のビデオ
ゼブラフィッシュのダイナミックな初期発生のビデオ(Science 339(5994), 967-71 (2010)の
supp material movie S1です)
アフリカツメガエルの発生のムービー(卵割や原腸貫入の様子など)と発生運命地図(初期胚の割球をクリックすると
将来何になるかがわかります。逆に脳はどの割球からできてくるかなどもわかります)などのあるサイト
生命誌研究館のweb page 日本の貴重な生命研究のweb site.
岡田善雄さんの細胞融合
GFP のカラフルな変異体
GFPのweb page
カエルのGFP使用例 トランスジェニックカエルがいっぱいあります
ニワトリ、ウズラのキメラで有名なLeDouarin先生の講演ビデオです part1ですが、
part2もすぐ探せますね。
ibioseminarsというサイトを探すと生命科学のすばらしい講演がビデオでみられ資料もおいてあります。
同じムービーがたいてい YouTubeにもあります。動画(字幕付き)で
糖鎖生物学を紹介している優れたBertozzi先生の講演
もあります。
字幕付きの生命科学関係の動画サイトです。上の講演もあります。字幕なしの動画サイトもあります。
浅島 誠先生東大での講義です。ビデオとスライドがあります。
浅島 誠先生退官最終講義 ビデオとスライドがあります。
細胞膜楠見研究室のweb page 細胞膜の新モデルの開拓者のページです。
細胞膜とraft, selectinなどの概念のわかりやすい動画at Harvard Univです。
両生類写真地図地図から分布せる
細胞生物学参考になりそうなムービー
アメリカの医学系サイト 名前、モノクローナル抗体命名法などもあります

科学の古典と歴史

プリンストン大学のサイト:Digital Einstein PapersにはEinsteinの論文、手紙、旅日記などが無料で公開されています。English translation supplementの方が英訳です。
アリストテレスからメンデル、モルガンから現代までの遺伝学古典
メンデルやダーウイン、モルガンの本が読めます 
ダーウインのて:ふるえるサイト! ノートや書簡などのpdfその他がダウンロード可能
ダーウインの種の起源、ビーグル号航海記、その他のすべてがみられるサイト
遺伝学,メンデルについてのサイト メンデルの論文の英訳がよめます。日本語訳も本屋にありますね。
ダーウインとならぶ進化論提唱者 ウオーレスの業績紹介
進化と統計学有名人 Fisherのデジタル著作集 ページの下のほうのDigitised Worksをクリックすると、電子版へのリンクが開きます。
ノーベル化学賞と平和賞のそれぞれ単独受賞という前人未踏の記録をもつ
Linus Paulingの業績紹介サイト。
Paulingの実験ノートもあります。またアルファヘリックスや鎌形(鎌状)赤血球貧血症の研究、DNAの構造を解
明する
Watsonたちとの競争なども紹介されています。CrickによるPaulingをしのぶ講演などもスクリプトつきで視聴可能です。
湯川秀樹論文その 日本学会誌などがあつめてあります
Waddingtonの発生学やアインシュタインの、ガモフの「重力をはじめとして著作権切れや
オープンソースのやビデオ、オーディオ、音楽、スライドなどがあつめてある。
ルクレチウスでもファラディー, Drieschなんでもあり。Textから検索してください。
The Voynich Manuscriptなどもここにあります。reviewが面白いですよ。
古いweb pageをみられるサービスwaybackmachineもここにあります。
科学図書館です。著作権が切れたり、許諾をうけた科学本が集めてあります。 ボーアの光と生命、オストワルドのエネルギーもあります。ポアンカレの「科学の価値」も追加されるなど、得難いサイトです。村田全の数学の本、和算の本、三木清、桑木彧雄 戸坂潤 寺田寅彦の科学序説、長岡半太郎など科学論、エールリッヒ伝(志賀潔著)、天野清の量子力学史その他などもよめます!
Vancouver Island Universityの名誉教授Ian Johnston先生が、なくなったお子さんに捧げているページです。ルクレチウスの著作、ギリシャの劇(「鳥」とか「平和」とか、デカルトの「方法序説」や「省察」、カフカの「変身」、「ダランベールの夢」、ニーチェの著作などなど、いろいろな英語の文献がのっているページです。

その他 教養など

UFOを発見?雲や雷、自然の写真集のサイトです。カルマン渦とか
UFOとみまがう雲の写真もあります。探してみよう。
 昆虫の写真がいっぱい!昆虫の多様性を楽しんでください。ダウンロードもできます。
プロジェクト杉田玄白 翻訳無料提供 H. G. ウエルズのタイムマシーン、
文章作法のElements of Style(第一版)の翻訳など
日本文学無料めるサイト。バージニア大学労作
哲学用語辞典 スタンフォード大学
Today in Science History: これは科学版「今日は何の日?」のサイトです。そのほかに科学者の有名な言葉(引用文)なども科学者別に集められていて楽しいサイトです。科学者の有名な言葉や、今日生まれたり亡くなったりした歴史上の科学者がわかるほか、いろんな読み物もあります。リンクは引用文集です。