| 2022/1/31 東京大学の森脇 由隆先生のAlphafold2の導入記事が改訂されていますのでお知らせします。「AlphaFold (ver.2.1.2) インストール」という記事です。この記事のでているQiitaというサービスは良いコンピュータ関係の記事がでているのでちょくちょくみています。 |
| 2022/1/30 生命科学の英語を学ぶ絶好のサイトの一つがYouTubeのiBiologyチャンネルです。 ここにいろいろな生命科学の講義のリストがあります。選んでみてみるとよいでしょう。YouTubeの字幕機能で字幕表示で観られますし、再生速度もゆっくりにもできて、聞き取りの練習にも最適です。また先日紹介したLanguage Reactorでみれば、字幕の保存も可能です。線虫ではCori Bargmann先生の講義がお勧めです。ものすごくきれいな英語で、わかりやすい講義です。 |
| 2022/1/29 お正月に孫とZoomで遊びました。息子がGoogle Mapの画面を共有して、ストリートビューで世界のあちこちの風景を一緒にみました。サンタさんのいる村とか、イギリスの海岸とかをみたあと、今度は大英博物館へいってストリートビューで中の展示物を見て歩けるのを教えてくれました。皆さんもGoogle Mapで大英博物館を表示して、十分拡大して博物館内部のストリートビューの経路を表示したあと、ストリートビューにして博物館内部の散策を楽しまれてはいかがでしょうか。 https://goo.gl/maps/axDC3oRGFjURJ5qT8 他にもGoogle Arts and Cultureのページには様々な博物館の紹介がありますので楽しめます。 |
| 2022/1/28 昨年、AmazonのKindle Unlimitedで2か月99円でお試しという企画があったので、Kindle Unlimitedを使ってKindleを読み始めました。なかなかいいのですが以下の理由で unlimitedの利用は2か月でやめました。１）図書館と同じで、10冊しか一度に閲覧できないこと(2022/5/19追記。現在は20冊が限度に変更されています。これならまあいいかという冊数です。）、２）読めていた本が予告の後、Kindle Unlimitedから外されて読めなくなることがしばしばあること、３）キャンペーン終了後の１か月980円というのはコストパフォーマンスが悪いこと、４）学術書はあまりないこと。例えば量子とか量子力学とかで検索しても数冊しか学術書はヒットせず、あとはスピリチュアル系の本ばかりでてきます。生物も物理も、数学も化学もにたりよったりでいい学術書はあまりないこと、５）著作権管理があって自由に本の型式を変換できないこと。 皆さんもお試しキャンペーンで一度使ってみて気に入ったら利用するとよいと思います。今日はUnlimitedではないKindle本を１つ紹介します。以前の記事で紹介した アインシュタインからの墓碑銘という本です。Kindle版は普通の本より安いことが多いのですがこの本も安く入手できます。おすすめの本ですので是非読んでみてください。 |
| 2022/1/27 皆さんは電子ブックをどのようなソフトで読んでいますか？私はiPadではKindleやi文庫HDを使っていますが、PCではcalbreというソフトをよく使います。MacOSやLinux, Windowsに対応しています。calibreはいろいろな形式のeBookを読むことができる無料ソフトでePubをpdfに変換したり様々な形式のeBookの相互変換に対応しているので重宝しています（うまく変換できないものもありますが‥）。皆さんも一度使ってみてはいかがでしょうか。 |
| 2022/1/26 今日は昨日紹介したLanguage ReactorというChrome あるいはBraveの拡張機能をいろいろためしていました。この拡張機能のおすすめのYouTubeチャネルがここに https://www.languagereactor.com/catalogue/youtube#language=en 列挙されています。列挙されているリンクをいろいろ開いてみると英語の勉強に役立つサイトが見つかると思います。 |
| 2022/1/25 このブログでは英語の動画をよく紹介しています。字幕を表示してご覧くださいということが多いのですが、字幕の表示法の一押しの紹介です。Chromeの拡張機能にLanguage Reactorというのがあります。これをChromeまたはBraveのブラウザにインストールしておけば、YouTubeやNetflixの動画を再生したときに、画面の右に英語字幕の文章が該当部分の前後を含めて表示され、画面には上に英語字幕、下に日本語訳が表示されます。字幕を保存もできますし、右の字幕文の単語を表示すれば辞書がポップアップして訳がでます。文全体の訳もでるようです。ChromeだけでなくBraveで拡張機能をChrome storeからダウンロードしてインストールすればBraveでも使えます。詳しくは後日ブログのほうに書きます。最強の語学学習ツールでしょう。 |
| 2022/1/24 以前九大図書館でオーケストラの指揮者をめざす女子高生に「論理力」がもたらした奇跡（永野裕之 著、実務教育出版）を読みました。聖書に次ぐベストセラーとして有名なユークリッドの原論へのよい入門書だと思いました。Kindle版もあって、論理に興味がある方におすすめです。ユークリッドの原論 （Euclid’s Elements)を英文で読んでみたい人には、物理学者であるRichard Fitzpatrick教授によるこちらの無料本がおすすめです。ギリシャ語と英文の対訳になっています。教授は流体力学や量子力学、天体物理学などの多くの本を書いておられるようですが、同じく無料本でプトレマイオスのアルマゲストを現代的に書き直した本A Modern Almagestも無料でダウンロード可能です。 |
| 2022/1/23 MITから出版予定のKevin P. Murphy先生による機械学習の最新本（ドラフト版）が無料公開されています。2012年発行のMachine Learning: A Probabilistic Perspectiveという1200ページもある本の改訂版ですが、今回は2巻にわけて出版するそうで、公開されているのは第１巻の入門編になります。2012年以降、深層学習に大きな発展があって、それらを含めた最新の機械学習入門書だそうです。2022年3月発行予定の本のドラフト版ですが、コードとかも公開されていてこれだけで学べそうです。第2巻はこちらに3月頃ドラフト版公開予定とのことです。出版は2023年の予定だそうです。（追記：3/7の記事に第二巻についても紹介しています） |
| 2022/1/22 今日は数学の無料本を一つ紹介しておきます。大学院レベルのオープンアクセスの電子書籍でSheldon Axler先生の書いたMeasure, Integration & Real Analysisというものです。Springerから印刷された本としても出版されています。このサイトから最新版と正誤表などがダウンロード可能です。 同じ著者のLinear Algebra Done Rightという本は昔は一時無料公開されていてこのブログでも紹介しました。今は講義動画のみ無料で学べます。 https://linear.axler.net/LADRvideos.html |
| 2022/1/21 高校生のとき、小泉八雲の怪談（Kwaidan）の英語版の朗読の録音を聴いて暗唱していました。旺文社からでていたウイリアム・ムーア先生の朗読ですが、すごく面白かったです。ネットで検索しても先生の朗読はみつかりませんでしたが、代わりにいくつかYouTubeにKwaidanの録音（著作権フリーのオーディオブック）がありましたので探してみてください。Mujinaの朗読を聞きましたが、英語圏の方が理解できない言葉（「お女中」とか「これこれ」とか日本語そのままの表現）があると、必ずNoteといって解説してend of noteといって続けるのでちょっと興ざめしますが、面白いことは面白いです。広島大学のEnglish Podcastも高校生や中学生、小学生からの勉強に役立ちそうです。Podcastの中にはKwaidanもありますが、もっといろいろ面白い番組がありますよ。 |
| 2022/1/20 マックスウェル（マクスウェル）は電磁気学や統計力学に燦然と輝く業績を残したイギリスの大学者です。彼の有名な電磁気学の著作は日本語訳もありますが、Internet ArchiveにはMaxwellによる英語の本がアップロードされています。彼の論文集Scientific Papersや電磁気学の本、マックスウエルの伝記、Maxwellがまとめたキャベンディシュの論文集、一般向けの本など6冊が読めますし、ダウンロード可能です。以下がそのリストです。 1. A Treatise on Electricity & Magnetism (3RD Edition), 2. An Elementary Treatise on Electricity (2ND Edition)
3. Matter and Motion
4. The Theory of Heat (10TH Edition)
5. Scientific Papers
6. Education & World Citizenship – An Essay towards the Science of Education
The Electrical Researches of Sir Henry Cavendish (as Editor)
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| 2022/1/19 自然科学に理解の深い仏教の研究者である佐々木閑（しずか）先生（京都大学工学部工業化学科と同文学部哲学科仏教学専攻を卒業されています）はNHKの100分de名著などでもおなじみです。先生と斎藤成也先生との対話をまとめた本（「生物学者と仏教学者 七つの対論」という本は私も読みました。先生のYouTubeチャンネルに「般若心経」の解説動画がおいてあったので紹介しておきます。このチャンネルには先生の仏教に関する講義その他の動画が満載されていて仏教や仏教哲学に興味のあるかたには最適のサイトだと思います。 |
| 2022/1/18 統計解析にRとRStudioを使うための入門資料は、近頃ものすごく充実してきていますね。立命館大学の森 知晴先生による「卒業論文のためのR入門」というサイトはとてもよさそうです。先生のYouTubeチャンネル「tomo_econの行動経済学・統計学チャンネル」の動画もリンクされているので先生のチャンネルとともに参考にされるとよいでしょう。 |
| 2022/1/17 今年は雪が多いので、雪についての記事をブログに書こうとしています。雪といえば中谷宇吉郎の有名な本、「雪」が思い浮かびます。青空文庫で読むことができます。世界ではじめて人工雪を作った先生が、はじめて顕微鏡で雪の結晶の写真をとったときの苦労話など、楽しく読めて感銘をうけること請け合いの名著です。https://www.aozora.gr.jp/cards/001569/files/52468_49669.html また雪華図説などについての随筆などもおすすめです。 https://www.aozora.gr.jp/cards/001569/files/57860_60232.html https://www.aozora.gr.jp/cards/001569/files/57861_60233.html |
| 2022/1/16 統計ソフトの定番Rとそれを便利に使うRstudio（どちらも無料で使えます）のインストールについては以前紹介しましたが、最新のやり方を学習院大学の麦山 亮太先生が、ブログ記事にまとてくださっているので、興味のある方はご覧ください。 http://ryotamugiyama.com/2020/08/03/rinstall/ |
| 2022/1/15 今日はちょっと高度な本の紹介です。私にはまだ歯が立たない本ですが、皆さんの中には興味がある方がおられるかもしれません。Cambridge University Pressから今年出版される本のドラフト版が無料公開されています。ベイズ的最適化というタイトルの本で、機械学習や統計解析などの分野を学んでいる大学院生向きの本ですが、これら以外の分野の実務家や研究者にも役立つことがあるといいと思って書いている本だそうです。以下のサイトに本の概要が書いてあってダウンロードリンクもあります。 Bayesian Optimization Book
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| 2022/1/14 今日はタンパク質の立体構造を表示するのによく使われているソフトPymolのオープンソース版をLinuxにインストールする方法を説明します。インストールは下のpymol bookには面倒そうに書いてありますが、今日自宅のUbuntu にインストールしたところ、ものすごく簡単にインストールできるようになっていました。Ubuntuの場合は、アプリストアを開き、キーボードのeを押すと検索窓が上に開きます。その検索窓にpymolといれると、pymol-ossというオープンソース版のpymolがヒットします。インストールボタンを押すとインストールが始まり、最新版のpymolオープンソース版がインストールされます。コマンドラインで操作する必要もなく、一発でインストールが終わります。他のLinuxのディストリビューションへのインストールについてはここを参照してください。どのディストロでも簡単にインストールできます。インストールしたpymolの使い方については東京大学の森脇 由隆先生のpymol bookがおすすめです。日本語でほんとうに丁寧に説明されていますし、ページ右上のprinterのアイコンを押せば印刷もできます（pdf printerをプリンタに選べばpdf版の本もできます。） |
| 2022/1/13 神戸大学計算科学教育センターの動画（YouTube チャンネルへのリンクです）は面白そうです。たとえば計算生命科学の基礎Ⅱという15回連続の講義動画では、計算生命科学のための量子化学基礎、タンパク質の量子化学計算、分離動力学計算によるタンパク質の機能解析、分子動力学計算を活用したインシリコ創薬、QM/MMシミュレーションによるタンパク質機能解析など量子生物学を勉強する基礎になる講義がみられるほか、資料のpdfもダウンロードできます。これは2015年度の動画ですが、この講義は毎年開講されていて2020年度分までみることができます。他にスパコンの紹介とかもありますし、動画「GENESISチュートリアル～水中のBPTIを対象とした分子動力学法計算～」は役立ちそうです。 |
| 2022/1/12 今日は日本生化学会の動画チャンネルを紹介します。こちらには2021年11月に行われた日本生化学会年会の特別講演の動画も掲載されています。ノーベル賞受賞者のPhillip A. Sharp（Massachusetts Institute of Technology）先生の遺伝子発現制御に相分離した液滴が働いているという講演や、水島昇先生の細胞内分解―特に小器官の分解についてという講演などを聞いてみてください。https://vimeo.com/channels/jbsoc |
| 2022/1/11 英語の本ですが図の作り方についての良い本Fundamentals of Data Visualizationがありました。クリックして読んでみてください。とても参考になる内容です。また以下の記事は手っ取り早く良い図の作成について理解できるので有名です。Ten simple rules for better figures (PLOS computational biology 2014) |
| 2022/1/10 京都大学で英語ライティング、リスニングを教えておられる柳瀬 陽介先生のブログを知りました。今や英文ライティングは機械翻訳の利用が上式だそうです。解説動画「機械翻訳によって、異文化の問題は前景化するのかそれとも後景化するのか：一般学術目的の英語ライティング授業からの考察」 https://yanase-yosuke.blogspot.com/2021/11/をご覧ください。動画は https://www.youtube.com/watch?v=piaM2RDBwysでも見られます。講演が行われたシンポジュウムの他の先生の動画は以下からみられます。機械翻訳や英語の国際語化につぃての問題点など大変参考になる講演がきけます。 https://sites.google.com/view/125th-sympo-language-education/schedule 英文ライティングで機械翻訳を利用するのはもう常識になっているそうです。次の記事にはDeepL, Grammarly, WordTuneを連携して英文を書く方法について書かれていて参考になります。 https://yanase-yosuke.blogspot.com/2021/04/wordtune10-ai.html あと、英語学習全般についてのアドバイスも以下にあります。 「知的な英語を使いこなせるようになりたい大学生のために 」という記事です。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2019/06/blog-post.html |
| 2022/1/9 大学入試の試験問題をみると、問題文の句読点が「、と。」ではなく、「，と。」になっており、また疑問符？が使われていないのに気づくと思います。これっておかしな話で、なんでコンマを日本語の問題文に使わねばならないのかと思います。これらは問題文を作る時に厳しく訂正される項目のうちの一つです。これは文化審議会の公用文作成の基準に従っているのですが、それがようやく”改良されて”まともなものに近づいたというお知らせです。以下の「公用文作成の考え方について」という建議をご覧ください。建議って何?と思って調べてみると、どうやら建議は意見と違って、委員会が法律上の権限をもって大臣などにだすもののようです。 https://www.bunka.go.jp/seisaku/bunkashingikai/kokugo/hokoku/93650001_01.html 別添の建議自体には作文の上で参考になることも書いてありますのでダウンロードしてご覧ください。とにかく日本語の文章のなかに「、と。と？と！」が使えるようになったという話です。 |
| 2022/1/8 NHKでシャーロック・ホームズのドラマを毎週みています。オンラインで日本語でシャーロック・ホームズの日本語訳を読めるのはここがよさそうです。https://221b.jp/ |
| 2022/1/7 機械学習の教科書の紹介です。 Dive into Deep Learning (Dが二つ続くのでD2Lと省略して紹介されることも多い本です）という教科書で、スタンフォード大、マサチューセッツ工科大、ハーバード大、ケンブリッジ大など世界の300の大学で採用されている教科書だそうです。Jupyter notebookで手を動かしながら学んでいくというスタンスの教科書で評価の高いものだそうです。https://github.com/d2l-ai/d2l-enのサイトにある、Book Websiteをクリックして開くページで、MXNetやPyTorch, Notebooks,Coursesなどとあるタブの最初のMXNetをクリックするとpdf版がダウンロードできます。Coursesをクリックすると授業のシラバスやスライドなども見られます。最初のほうの日本語訳もできているようでここから見られます。 |
| 2022/1/6 ものすごい図鑑 NHKのサイト これは子供だけでなく大人も楽しめるデジタル昆虫図鑑です。 カブトムシ、モンシロチョウ、ハンミョウ、キリギリス、ノコギリクワガタなど、いろんな虫を画面上で回転、拡大、縮小して立体的に観察することができます。複眼の電子顕微鏡写真もあったりして、楽しいサイトです。お子さんと一緒にどうぞ。 |
| 2022/1/5 動画編集にはどんなソフトを使っていますか？以前、Scientific Americanという雑誌をパラパラみていたら、DaVinci Resolve 17という動画編集ソフトの広告がでていて、ハリウッドで使われているソフトで、なんと無料で利用できるとありました。Blackmagic Design Pty. Ltd.社の製品ですが最近日本語のリファレンスマニュアルが無料で公開されているのを知りました。チュートリアルとかも充実しているので時間のある方は試してみるのもいいと思います。Windows, Mac-OSX, Linux対応のソフトです。HDビデオの編集程度ならさほど高スペックなコンピュータはいらないもようです。 |
| 2022/1/4 Juliaというプログラミング言語が注目を集めています。前もちょっと紹介しましたが、Pythonより早くて使いやすいそうです。Juliaをつかったデータサイエンスの入門書（英語）が以下に公開されています。興味のある方はご覧ください。 Introduction to Datascience: Learn Julia Programming, Math & Datascience from Scratch |
| 2022/1/3 今日は、わかりやすい量子化学計算の解説ページを紹介しておきます。元旦に紹介した「ノーコードではじめる機械学習」の著者である久我涼子さんのホームページで、pythonによるアプリケーション開発などの記事もあってきわめて参考になります。このブログの記事から生まれた本は ゼロからわかる!! 独習 量子化学計算: 理論からはじめない新しい量子化学計算の本というKindle本で、これは解りやすい本です（紙の本はありません）。またこちらのページには、tsujimotterさんこと辻順平さんによる、簡単な分子軌道法の入門解説記事があります。 |
| 2022/1/2 QDくんの過去ツイまとめ（機械学習、時系列分析、確率・統計に関する有益記事紹介）というtwitterの記事に有益なリンクがまとめられています。日本語字幕付きのハーバード大学コンピュータサイエンス入門講義の動画とか、いろいろありますので参考になります。 |
| 2022/1/1 機械学習に興味がある方へ：プログラミングなしで機械学習が学べるOrange 3というのをご存知ですか？日本語の解説書としては「ノーコードではじめる機械学習」がよさそうです。Kindleなど電子書籍版と紙の本が最近発行されたばかりですが、買ってみる価値があると思います。YouTube動画を見るのも参考になります。https://www.youtube.com/watch?v=HXjnDIgGDuI |