| 2022/5/31 宮澤賢治の詩集「春と修羅」（大正13年1924年１月20日発行）には印象深い詩がいろいろのっています。最初のページ（序）はこんな風にはじまります。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/979415/3わたくしといふ現象は 假定された有機交流電燈の ひとつの青い照明です （あらゆる透明な幽霊の複合体） 風景やみんなといっしょに せはしくせはしく明滅しながら いかにもたしかにともりつづける 因果交流電燈の ひとつの青い照明です （ひかりはたもち、その電燈は失はれ）これらは二十二箇月の 過去とかんずる方角から 紙と鑛質インクをつらね （すべてわたくしと明滅し みんなが同時に感ずるもの） ここまでたもちつゞけられた かげとひかりのひとくさりづつ そのとほりの心象スケッチですhttps://web.archive.org/web/20160325205750/http://why.kenji.ne.jp/haruto_f.html賢治の有機交流電燈というのは現代科学で解釈するとどうなるかという記事をホームに書きました。詳しくはホームの記事をご覧ください。下の詩も私の好きな詩です。ここより画像を引用しております。  関連する論文のリンクを三つあげておきます。 https://europepmc.org/article/pmc/5836834 https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.3109/07853890.2010.538078?needAccess=true https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0030120 |
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| 2022/5/30 原子論と般若心経というタイトルでホームに記事を書きました。以下にはリンクのみをあげておきます。ファインマン物理学オンライン版https://www.feynmanlectures.caltech.edu/ファインマン物理学最新版がオンラインで無料で全部読めます。以下は原子論の部分です。 https://www.feynmanlectures.caltech.edu/I_01.html#Ch1-S1原子論といえばルクレチウスやデモクリトスを思い起こしますが、古代インドの古い文献にも原子論のことが書かれているそうです。 以下の日本語の論文をみつけました。 「インドの自然観 ヴァイシェーシカ学派の自然観－インド多元実在論哲学の自然観」 というタイトルの、野沢正信という先生の論文です。今西順吉編著『インド的自然観の研究』（国際仏教学大学大学院、1999年）所収の論文をほぼ採録したものである。とのことです。https://user.numazu-ct.ac.jp/~nozawa/c/contents.htm WikipediaのVaisheshikaの項目の英語版https://en.wikipedia.org/wiki/Vaisheshika には、この経典の英語版などへのリンクがありますので興味がある方はご覧ください。「化学者槌田龍太郎の意見」（化学同人 発行）の「般若心経」という章に書かれている大阪大学教授をつとめておられた槌田龍太郎先生の般若心経と原子論についての論説はとても説得力があると感じています。 |
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| 2022/5/29 ムービー・動画の形式変換、音声抽出、DVDからの動画・音声抽出などができるおすすめソフトをホームの記事で紹介しています。ビデオのファイル形式の変換、ファイルサイズの減少に役立つフリーソフトXmediaRecordです。Windowsで動くソフトです。mp4、wmv、mov、avi、vobなどなどを相互に変換できます。 https://www.xmedia-recode.de/en/index.php のdownloadタブからダウンロードして使ってください。プロテクトのかかっていないDVDをmp4やmp3、vobやwavファイルにも変換できます。 実験で撮影したムービーの型式変更などにも必須のソフトです。メニューの日本語化もできます。オプションメニューの設定から言語を選んで、日本語を選ぶだけです。 |
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| 2022/5/28 以前、iPhoneのブラウザをBraveにかえてtwitterをみると、とても快適だと言う記事を書きました。TwitterはJavaScriptを頻繁に変更して、twitterアプリを導入させようと変質狂的に改悪を続けているようにみうけられます。今まで快適にログインなしでみられていたブラウザが突然twitter社からのメッセージが必ずはさまれるようになってスムーズに見られなくなるという経験を何度もしています。そこで対抗策を探したので報告します。PCのFirefoxでのtwitterの見方を書きます。 例として九州大学の公式twitterアカウントをみてみましょう。アドレスを入力してtwitterを閲覧しはじめると以下の画面になります。  下の方へスクロールしていって、「おすすめトピック」をすぎると、  以下の画面がでてこれを消すことができません。 再読み込みをしてもまた同じことでどうしようもないのですが、実はこの画面の 「登録する」をクリックすると画面が替わって閉じるボタンｘが左上に表示された画面になるので閉じれば、下の方を続いて閲覧できます。 PC版のBraveの場合は、おすすめトピックをすぎると下の画面になり、 閉じるボタンがはじめからあるので(iPad版Braveにはないので、Firefoxと同じ対処が必要。iPad版のSafariでは閉じるボタンがありました）この画面を閉じれば閲覧を継続できます。さて古いiPhoneですが、まず新しいuserをみようとすると、必ず毎回毎回、「Twitterアプリをおすすめします」というメッセージがでて、「今はしない」を押さなくてはならないように仕様が変更されてしまいました。そして「おすすめトピック」をすぎると、必ず「‥‥さんのツイートをさらに表示」というアプリの使用を促す画面がでて、閉じるとまたトップ画面にもどってしまいます。今度は「おすすめトピック」以降のツイートもみられますが‥‥。毎回二度手間が必要になったので閲覧がストレスフルになりました。その対策ですが‥‥。対策はtwitter.comではなくて、nitterを使うことです。nitterはtwitterのフロントエンドで、JavaScriptを使わないので、twitterが収集している個人情報（IPアドレスとかブラウザのフィンガープリンティングとか）をtwitterに渡すことなく閲覧が可能です。詳しくはこちらをみてください。 https://gigazine.net/news/20200309-nitter/ https://github.com/zedeus/nitter この後者のほうのサイトに掲載されているインスタンスを使えば、twitterを閲覧することができます。上のtwitterの煩わしい仕様はすべて消え去ります。nitterの公式サイト、nitter.netを使うのでよいと思います。つながりにくい時は、このサイトにあるinstancesのどれかを使ってみてください。https://github.com/zedeus/nitter/wiki/Instances#official閲覧方法は以下のとおりです。 https://twitter.com/KyushuUniv_JPをnitterで見たいときは、twitter.comの部分を上のリストのインスタンスの一つに変えるだけでよいのです。たとえばnitter.netに変えるだけです。 https://nitter.net/KyushuUniv_JP nitterはダークモードでサイトを表示するので背景が黒いのがいやなら、 https://nitter.net/KyushuUniv_JP?theme=Twitterのようにurlの後に?theme=Twitterを付ければOKです。ブックマークに?theme=Twitterを付けたものを登録しておけばもとのtwitterと同じようにあかるい背景で閲覧できます。 |
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| 2022/5/27 以前iPadのスクリーンショットをpdfに変換する方法について書きました。記事の一部を貼り付けておきます。 図書館でiPadについての新刊を借りてきました。iPadクリエイティブという本です。紙の本と電子ブック両方があります。これはおすすめです。たとえばiPadで読んでいる電子ブックの必要ページをpdfにする方法とか、アップルペンシルの賢い使い方などいろんなtipsが満載で、買って損がない本です。著者のamity_senseiの本の紹介動画とtipsの動画の一例を、下に貼り付けておきます。 https://youtu.be/WwSTBwVMbO0?list=PLLgF0rfDxaurNw93Ru5q12-CZkVC9EyCR 是非チャンネルをご覧ください。ホームの記事では、上の動画とはちょっと違う方法でスクリーンショットからpdfを作る方法を説明していますのでご覧ください。 |
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| 2022/5/26 ホームにゲノムについてのわかりやすい入門書を2冊紹介しましたのでご覧ください。一冊は一般向けで、もう一冊は、ゲノム解析を本格的に始めたい初心者向けの本です。オンリーワン・ゲノム―今こそ『遺伝と多様性』を知ろう 単行本（ソフトカバー） – 鎌谷 直之 (著), 早未 恵理 (イラスト)という本と ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー?疾患とゲノムを結びつける 岡田 随象 (著) 羊土社という本です。この本、Linuxを使うのにCygwinを使っていてちょっと古いのかなと思いましたが、著者が開催されていた、2021年の大阪大学での講習会資料を参考にすれば、最新の本によみがえります。著者の岡田先生は、東京大学大学院医学系研究科遺伝情報学教室に移行されたようですが、以下のサイトに大阪大学で開催された「遺伝統計学夏の学校@大阪大学」の講義資料があります。上の本もこの夏の学校から生まれた本だそうです。本を購入して読みながら、2021年の講義資料を勉強しましょう。それが一番だと思います。http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/school_2021.html この本は、ゲノム解析に必要な事柄を、いうならば、「ゲノム解析ミニマム」のように網羅して展望しており、GWASとかも詳しく解説されているので初心者に一番のおすすめです。いろんな本をあちこち読んでみるより、これ一冊を基本として読んであとは自分で勉強していくとよいと思いました。 岡田先生の2021年の講習会のスライドでは、Linuxの入門には、今後はWindows10以降使えるようになったWSL2を利用する方向に移行すると書かれています。WSL2については以下のマイクロソフトのページをご覧ください。windows11ではコマンドラインから一発でwsl2とubuntuをインストールできるそうです。wsl –installとうつだけ。 https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/install https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/tutorials/gui-apps |
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| 2022/5/25 internet archiveで本を借りる方法を簡単に紹介しました。詳しくはホームの記事をご覧ください。 internet archiveは学術研究教育、研究用途の用途でのコレクションの利用が許されているサイトですのでそれ以外の用途の利用は禁止されています。また、コレクションの内容には不快感を与えるものも含まれていますから、各利用者の属する国の法律（著作権や刑法その他法律など）にのっとった利用が必要なことには留意してください。こちらに詳しく書かれています。https://archive.org/about/terms.php貸し出しの方法はホームの記事のとおりです。以下はリンクのみをあげておきます。 https://archive.org/account/signup https://help.archive.org/help/borrowing-from-the-lending-library/ |
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| 2022/5/24 4/28の「日替わりリンクなど」で、紹介した画像閲覧・処理ソフトの追加記事ですFastStone Image Viewerというソフト(ホームユーザーは無料使用可能なソフトウエアです）はこちらからダウンロード可能ですので使ってみてください。https://www.faststone.org/FSViewerDetail.htm 日本語はサポートされていないので英語のままで使いましょう。検索すると日本語化パッチというのもあるみたいですが、どんな人が作っているのかよくわからないので、日本語化はおすすめしません。このソフトでどうやってjpeg画像 (tiffとかも可能です）から不要な余白を切り取るかを紹介しておきます。一括でやる方法があるのかもしれませんが、今回は手動でやる方法を試してみたので報告します。 ①FastStoneImage viewerで処理したい複数の画像ファイルのあるフォルダを開きます(フォルダを作って処理したいjpeg画像をまとめておくのが便利です）。 ②画像viewerで画像を一つ開いて、画像上で右クリック。 EditのプルダウンメニューからCrop Boardを開きます。下の写真のようになります。  Crop Boardをクリックすると下の写真のような画面に替わります。 中央真下にある＃マークをクリックすると、マウスでcropしたい範囲を選択できるようになります。マウスで余分な部分を切り取って残しておきたい範囲を選択します(上の写真のグリッド線）。この時、下にあるスライダでjpeg画質を設定できるので100%とかに設定しておきます。右下のCrop to Clipboardボタンの上にあるLossless Crop to Fileボタン(あるいはCrop to Fileボタンになっているかもしれません）でファイル名を指定して保存場所を指定した上でOKを押して保存します。下の写真のような画面で保存先、保存ファイル名、保存ファイル形式を選んで保存ボタンを押します。 保存が終わると、自動的に次の画像が表示されています。cropの範囲は前の時と同じなので、一連のスキャン画像で同じ範囲を切り取るのは簡単です。前と同様にLossless Crop to Fileボタン（またはCrop to Fileボタン）を押してOKを押すと、前に選択した範囲と同じ範囲で、クロップされた画像が保存されます。こうして保存すると次の画像に替わるのでどんどん同じ範囲をクロップしていくことができます。こうして余分な領域を除いた画像ファイル群が簡単に作れますので、お試しください。スキャンした画像から自炊pdfファイルを作ったりするのもwindowsの標準機能で簡単です。Crop Boardで次の画像を選ぶには、矢印キーを押しても可能です。 |
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| 2022/5/23 「ビーカーくんがゆく! 工場・博物館・実験施設: そのこだわりにはワケがある! 実験器具たちのふるさと探訪」という本はものすごく面白いのでおすすめします。 https://www.seibundo-shinkosha.net/book/kids/67578/ これは大学生や大学院生も読んで面白い本だと思います。もともとは雑誌「子供の科学」に連載されていた記事で、それを大幅に改訂、追加を行い、連載記事よりずっと面白い本になったというようなことが始めのほうに書いてあります。小学生が読めるようにマンガで紹介するスタイルですが、内容は濃いです。最初の方では、リトマス試験紙の製造法やビーカーの製造法、pHメーターの作動原理などがわかりやすく紹介されています。ぐいぐいと引き込まれてスーパーカミオカンデやニュートリノにまで及ぶ実験装置の理解が進むという本です。紙の本とKindle版その他の電子書籍版がでているようです。出版社のサイトでの試し読みや、Kindle版の試し読みができるのでご覧ください。買おうと思うこと請け合いの本です。 |
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| 2022/5/22 今日の福岡はとてもいい天気でした。日曜日なのでベニス(ベネチア）の風景のライブカメラ映像を楽しみたいと思います。 https://youtu.be/HpZAez2oYsA |
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| 2022/5/21 このブログでもたびたび触れているMathematicaの入門動画と、Mathematicaを使って機械学習を学ぶという入門書のリンクを、こちらとホームに載せておきます。簡単な入門はYouTubeのWolfram Japanのチャンネル（再生リストはこちら。https://www.youtube.com/c/WolframJapan/playlistsにMathematica First Stepという日本語の動画がありますのでこれで入門するのがいいと思います。 https://youtu.be/R35pBPWenYU機械学習の入門本：英語ですが無料公開されているこの本で機械学習をMathematicaを使って学ぶのもよいかもしれません。ちょっとみただけですが、なかなかよさそうです。https://www.wolfram.com/language/introduction-machine-learning/ |
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| 2022/5/20 Juliaというプログラム言語は今人気急上昇中のようですが、最近このJuliaに否定的な意見がでているようです。https://yuri.is/not-julia/ をご覧ください。 Juliaのコアやパッケージがエラーだらけであるので使い物にならない。もうJuliaを使うのをやめたというような内容です。RとかPythonとかに較べると新しいプログラム言語ですので、これからの改善が望まれるわけですが、筆者によるとちゃんと改善する体制には今はなっていないとのことです。これから反論も出てくると思いますので注目したいと思います。 では世界中で十分使い込まれているpythonやRがいいのでは、ということになりますね。Pythonといえば、さっきYouTubeでJuliaに否定的な動画をみていたら右のほうにPython入門動画がでてきました。これは面白そうですので紹介しておきます。 こちらが再生リストです。https://www.youtube.com/c/kinocode/playlists |
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| 2022/5/19 ホームのほうにプログラムのソースコードエディタの一番人気、VSCode入門について書きました。ご覧ください。以下にはリンクだけあげておきます。 https://tech-blog.rakus.co.jp/entry/20220428/vscode UdemyにはVSCode入門の講座があります。丁度今セールをやっていて、多くの講座が1220円より受講できますのでご覧ください。無料の講座がいいという方は、Udemyの講師の方によるYouTube動画があるのでご覧ください。 https://youtu.be/e3DmHK2PDGA 再生リストは以下の場所にあります。9本の動画があります。 |
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| 2022/5/18 先日は漱石の弟子、寺田寅彦のことを書きました。寅彦は漱石が熊本で高等学校の先生をしていたときの生徒でした。物理学が大変革を経験していた時代に生きた漱石はロンドン滞在時代に化学者の池田菊苗が同じ下宿に滞在したこともあり、科学への興味をかきたてられて、文学を科学として考えるプランをたてたようです。その成果が、帰国後東京大学で行った講義をもとに刊行された「文学論」です。漱石はあのラフカディオ・ハーンの後任だったため、独創的な科学としての文学をねらう講義は大変不評であったと伝えられています。その後も漱石の科学への興味は続いて、原子論なども寅彦と議論していたようです。この辺のところは中公新書の「漱石が見た物理学 首縊りの力学から相対性理論まで」）小山慶太著（古本で入手できます）に詳しく書いてあるのでおすすめします。このように科学に強い漱石でしたが、漱石の「夢十夜」（1908年）を読むと、まるで映画のタイムマシンでみたような描写に驚かされます。リンクをクリックするか、ホームの記事をご覧ください。第一夜の描写は映画のタイムマシンを思わせますね。ウエルズがタイムマシンを書いたのは1895年ですので、漱石が英国滞在中、あるいは帰国後にタイムマシーンを読んでいたかもしれませんね。漱石の蔵書にはウエルズのタイムマシンは無いみたいです。東京大学図書館にはあったはずですので寅彦が紹介していたかもと思っています。寅彦の随筆にはでてきますので。 |
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| 2022/5/17 国立国会図書館、OCR処理プログラムと学習用データセットを公開という記事をみました。 これはGithubに公開されているプログラムで、たとえば古い日本語の本の画像をよみこんで、OCR処理をしてテキストファイルを出力するといった使い方ができるソフトウエアです。プログラムのインストールと使い方はhttps://github.com/ndl-lab/ndlocr_cli で公開されています。Ubuntuにインストールしてdockerを利用して使うもので、GPUも使うのでそれなりのスペックのLinuxパソコンが必要らしいです。ただもっと簡単に、Google Colaboratoryで試すこともできるようで、まずこちらで試してみるのがよさそうです。https://zenn.dev/nakamura196/articles/a8227f4524570c |
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| 2022/5/16 今日はホームの方の記事で寺田寅彦の「ジャーナリズム雑感」という随筆を紹介していますのでご覧ください。彼の随筆は青空文庫に多数収録されています。寺田寅彦は夏目漱石の弟子だった自然科学者です。随筆集はとても有名で今も読まれていますし、漱石の作品の中にある光圧の実験や首くくりの力学などは寅彦からの情報によるのだそうです。寅彦は優秀な物理学者で、X線回折の実験は英国のブラッグらの実験（ラウエと昨日書いたのは間違いでした。すみません。5/17日追記）に先んじており、彼の論文のほうがノーベル賞をとったブラッグらの発見より時間的には先にでていたが、日本から遠く離れたヨーロッパには論文が届くのが遅れたのだそうです。ノーベル賞を授賞してもおかしくない科学者で、金平糖の形のできかたとか、今日の複雑系物理学のさきがけの実験もやっていた人物です。科学図書館には彼の未完の名著「物理学序説」がおいてあります。http://www.cam.hi-ho.ne.jp/munehiro/science/scilib.html#terada 私が中学生か高校生の時によんだ次の随筆は今も印象にのこっているので紹介しておきます。ジャーナリズム雑感という随筆です。青空文庫に公開されているので読んでみてください。https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/files/2492_10275.html トップページはこちらです。https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/card2492.html |
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| 2022/5/15 先日固定ページで紹介したNHKスペシャル「数学者は宇宙をつなげるか? abc予想証明をめぐる数奇な物語」（＝完全版（90分）＋簡略版（60分））の望月新一先生による講評が先生のブログに掲載されていました。 「2022年4月のNHKスペシャルに対する「合格発表」： 前半はぎりぎり合格、後半は不合格」というタイトルです。ホームに詳しい紹介を載せましたのでご覧ください。 |
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| 2022/5/14 R Markdownというのを聞いたことがありますか？これで論文を書いて、できた原稿をWordの原稿やpdfあるいはPower Point ファイルなどに自由に変換することもできます。本を書くことも出来るそうです。再現可能なデータ解析結果をレポートするためには手軽に使えるRStudioから利用できるRMarkdownを利用するのがお勧めだそうです。詳しくはホームの記事をご覧ください。以下は参考になるリンクだけ貼り付けておきます。本としては、おすすめは 「再現可能性のすゝめ―RStudioによるデータ解析とレポート作成― （高橋 康介著）」共立出版です。 https://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320112438この本の第一章が特に再現可能性の必要性についてわかりやすく書かれており、なぜRマークダウンが必要かがよくのみこめます。この本を買う前に、次のスライドやリンクで概要をつかめるのでまずこれらのリンクをたどってみてください。 R Markdown 入門 (Tokyo.R #91) https://rpubs.com/ktgrstsh/755893 R ユーザー以外も知るべき R Markdown 入門/Introduction-to-R-markdown-for-Everyone https://speakerdeck.com/ktgrstsh/introduction-to-r-markdown-for-everyone?slide=3TokyoR98 RMarkdown入門 Visual modeではじめよう (niszet, @niszet0) https://nitter.net/tech_slideshare/status/1522109628125179904 このスライド末尾のほうにいろんな入門サイトのリンクがありますので大変参考になります。 |
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| 2022/5/13 MRC LMB (英国ケンブリッジ）ではThe 2022 Introduction to Biophysical Techniques lecture seriesというのをやっています。こちらにタイトル一覧があります。下の一覧表のWebinar の部分をクリックすると、該当する講義の動画がみられますので試してみてください。https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/research/scientific-training/biophysics-lectures/
去年の録画も公開されていますが、最後のAlphafold2の解説(結果の見方や応用を詳しく解説してくれています）が目新しいですね。ホームにはバラの写真を載せました。今年はカエルの王様はこないみたいです。バラの花の中に入らず、外でやかましく鳴いています。もうすぐ梅雨ですね。
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| 2022/5/12 「いかにして問題をとくか」(丸善出版）という有名な本がリニューアル出版されたそうです。https://www.maruzen-publishing.co.jp/contents/howtosolveit/index.html スタンフォード大学教授だった有名な数学者のポリア（George Pólya）によって65年ほど前に書かれて世界各国でベストセラーを続けている本です。以前NHKで紹介されて有名IT企業も採用している問題解決に役立つ本ということで、ビジネスマンの間で大ブームになった本ですね。詳しくはホームの方をみてもらうこととして、以下はリンクだけを載せておきます。原書はこちらで読めます。https://archive.org/details/princeton-science-library-g.-polya-how-to-solve-it.-a-new-aspect-of-mathematical/page/n13/mode/1up あるいはこちら。 https://archive.org/details/howtosolveitnewa00pl/page/n9/mode/2up また、プログラマーのためにこの本を紹介しているこちらのサイトも面白そうです。 http://www.softpanorama.org/Bookshelf/Classic/polya_htsi.shtmlこの本をよむための手引きにもなる良い本があります。こちらから先に読むとよいかもしれません。「いかにして問題をとくか・実践活用編」（丸善出版） https://www.maruzen-publishing.co.jp/item/?book_no=294094他に、ポリアの本で英語で読めるものも紹介しておきます。 Mathematical Methods in Science by George Pólya Edited by Leon Bowden https://archive.org/details/MATHMETODSSCIENCE Induction And Analogy In Mathematics; Volume I of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya https://archive.org/details/Induction_And_Analogy_In_Mathematics_1_/page/n9/mode/2up Patterns of Plausible Inference; Volume II of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya https://archive.org/details/Patterns_Of_Plausible_Inference_2_/page/n11/mode/2up |
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| 2022/5/11 今日は線虫C. elegans(シーエレガンス）の紹介です。ホームには研究室の建物に動物愛護のactivistに爆弾を仕掛けたという犯行声明をうけとって避難した話なども書きましたので読んでみてください。最近、動物愛護の声がたかまってきてマウスやイヌ、サルなど意識のある動物の使用を別の意識のないもの(線虫とかハエとか）に置き換えて実験したり、意識のある動物の使用数を減らしたり、動物の使用方法を改善してよりより苦痛がなく、より無駄な実験がないようにするという機運が高まっています。これをThe 3Rs alternatives (Replacement, Reduction and Refinement)というそうです。次の解説を読んでみてください。 Hubrecht, R. C., and E. Carter. 2019. The 3Rs and Humane Experimental Technique: Implementing Change. Anim. Open Access J. MDPI. 9: 754. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6826930/ 線虫はこの流れにピッタリのモデル生物なので今後の活用が期待されるというわけです。英語ですが、次の論文には線虫のわかりやすい解説がのっています。 A Transparent Window into Biology: A Primer on Caenorhabditis elegans 著者はAnn K. Corsi,Bruce Wightman,and Martin ChalfieでChalfieさんはノーベル賞を下村先生と同時受賞した線虫C. elegansの研究者です。無料でダウンロード可能ですのでpdfと書かれている部分をクリックしてダウンロードしてみてください。https://academic.oup.com/genetics/article/200/2/387/5936175 訂正のpdfのリンクもあります。 https://academic.oup.com/genetics/article/201/1/339/5930076 これからおいおい線虫の活用についてもこのブログで触れていく予定です。 |
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| 2022/5/10 糖鎖生物学の教科書Essentials of Glycobiologyの最新版(第4版）がオンラインで公開されました。ホームでは新型コロナウイルスのスパイクタンパク質の表紙について解説していますのでご覧ください。  Essentials of Glycobiology [Internet]. 4th edition. Varki A, Cummings RD, Esko JD, et al., editors. Cold Spring Harbor (NY): Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2022.という本です。これは糖鎖生物学の標準的な教科書ですので是非オンラインで読んでみてください。Cold Spring Harbor Laboratory Pressから書籍としても販売中です。ブラウザでよむので、Life Science Dictionaryを使って辞書を引きながら読むことができます。オンライン版のリンクです。また こちらは印刷に適したオンライン版の一例です。上の行にあるリンクで好きなページを表示して、ページの右上にあるViewsのところにあるPrint Viewをクリックすると表示されます。 |
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| 2022/5/9 ホームのほうに相分離生物学の簡単な解説を載せましたのでご参照下さい。相分離生物学という新しい分野が注目を集めています。細胞内で相分離(液体―液体の相分離です）でできた液滴が形成され、その液滴内に重要な分子群が濃縮されることで様々な機能を実現させていることがわかってきたのです。線虫の生殖細胞を決定する働きをもつP顆粒がこうした相分離でできた液滴(膜は持っていなくて、液体中で相分離がおきて顆粒になっているだけです）あることの発見を皮切りに、細胞核内の仁とか、カハール小体とかの有名な細胞内小器官も相分離でできた液滴だとわかってきました。さらに遺伝子の転写に働いているスーパーエンハンサーも液滴だったのです。日本語の解説書として一番のおすすめは「相分離生物学」白木 賢太郎 著(東京化学同人）です。以下のリンクのビデオは最初の三本が相分離生物学の創始者による解説です。最後のビデオはNIH videocastの講演です。 https://www.youtube.com/watch?v=AP47mIkd-h0 https://www.youtube.com/watch?v=HzG5_Q1whiI https://www.youtube.com/watch?v=6k8m-7y7zkY https://www.youtube.com/watch?v=Vezrj7FqMlY |
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| 2022/5/8 ホームのほうにTwitterをブラウザで見る方法を書きました。Braveというブラウザは大変優秀で、しばらくtwitterをブラウザでみていると邪魔なメッセージがでて見られなくなるという現象を解消する方法を備えています。プライベートデータを消去するだけです。具体的なやり方はホームのブログをご覧ください。BraveはスマホやPCで使えるブラウザでChromeの機能拡張が使えるほか、Firefoxからのブックマークやログインパスワードなども初回起動時に自動でとりこまれるので乗換えも大変スムーズにいきます。私はFirefox、Chrome、Braveを使い分けています。 |
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| 2022/5/7 今日はRを用いた統計学などについての大変役立つサイトを紹介します。神戸大学の中澤港先生のサイトです。公衆衛生学/国際保健学 | 人類生態学 | 人口学 の先生でブログでは、人口学や新型コロナウイルスの統計解析などのほか、Rでの統計解析についての役立つ情報も随時発信してくださっています。Rによる統計解析の教科書もpdfでサイトにおいておられますので探してみてください。いろいろありますが、RとEZRの入門については今年の講義資料などが大変参考になります。https://minato.sip21c.org/ebhc/ebhc-text.pdf  余談になりますが、先生が以前の記事で触れておられた主成分分析の理屈の理解に役立つKindle本 「多変量解析の基礎 II 主成分分析（改訂版）: 理論とRによる演習 Kindle版」古橋武 (著) は250円のKindle本です。 AmazonのKindle unlimitedを契約すると無料で読むことができます。今までKindle unlimitedを契約したことがない人は、二か月間無料のお試しが5/9日までなら契約できるそうです。該当する方は試してみると、この本にかぎらず、いろんな分野の本やコミック、雑誌などを無料で読むことができます。私は去年お試しをして有料契約しなかったので、99円で二か月無料というオファーがきています。 |
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| 2022/5/6 今日のリンクは以下です。 https://datachemeng.com/ (明治大学、金子研究室トップページ） ホームのほうには最初の部分に、私の母の不思議な体験談を紹介しています。ご覧ください。 昨日、講談社のKindle ポイント50%セールで明治大学の金子先生の教科書を買いました。「Pythonで学ぶ実験計画法入門 ベイズ最適化によるデータ解析」金子弘昌著 とても面白い本ですのでおすすめします。先生の研究室のホームページの上にあるタブにある「データ解析・研究者に関する情報」というプルダウンメニューをご覧ください。いろんな研究に関する知識をおしげもなく公開されているのでおすすめです。たとえば「データ解析・機械学習」のメニューhttps://datachemeng.com/summarydataanalysis/などをみてください。「学生・研究者へ」というメニューもお勧めします。https://datachemeng.com/forstudentsresearchers/ |
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| 2022/5/5 今日は動画を一本紹介します。今年の2月に行われた第4回オンラインサロン「スパコンコロキウム」講演動画 題名：生体分子系の分子動力学シミュレーションデータの解析入門 講演：松永 康佑（埼玉大学大学院理工学研究科） この動画では松永先生が、分子動力学シミュレーション(Molecular Dynamicsという言葉からMDと呼ばれる解析です）について学部4年レベルで解説してくださっています。MD解析の基本の解析の後、データの解析法、解析例をわかりやすく説明してくださっています。一時間弱の動画ですので是非ご覧ください。」https://youtu.be/xQWCA7vWLLE |
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| 2022/5/4 機械学習に関する本を時々紹介しています。PRMLと略される本をご存知ですか？生命科学系のラボでも卒論生や大学院生が輪読しているという話をよくききます。Pattern Recognition and Machine Learningという本で、定評のある機械学習の教科書だそうです。英語版のpdfは無料で公開されています。https://www.microsoft.com/en-us/research/uploads/prod/2006/01/Bishop-Pattern-Recognition-and-Machine-Learning-2006.pdf 日本語訳は上下二冊にわかれて出版されています。本に書かれているアルゴリズムをJupyter Notebook（こちらhttps://github.com/ctgk/PRML）やGoogle Colaboratoryで動かして学ぶこともできるそうです。サンミンさんのこちらのnoteに詳しく紹介されているのでご覧ください。https://note.com/sangmin/n/n8ccacd35b9b1 この本の程度は、機械学習の初心者むけではないと思います。pdfをパラパラながめてみると、これなら読めるかどうかわかると思いますのでまずpdfを眺めてみてください。 |
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| 2022/5/3 今日はホームで紹介したKindle本のセール(講談社で5月5日まで）のお知らせです。これはたとえば1万円の定価のKindle本だったら、1万円で買うと5000円分Amazonのポイントがつくというセールです。AmazonでポイントはAmazonでいろんなものの購入に使えますので実質半額セールということになります。講談社のKindleタイトル全部が対象というわけではないのですが、多くの本が対象になっているのでこのリンクからみていくと、買いたい本が見つかると思います。講談社現代新書、学術文庫、ブルーバックス、理工系の本などいろんなタイトルが実質半額になっているのでご覧ください。有名な教科書「深層学習（岡谷 貴之著）」は旧版のみセール対象になっているので、「深層学習 改訂第2版 (機械学習プロフェッショナルシリーズ) 」と間違えて買わないようにしましょう。Kindle ストアでは 他のセールもやっています。電子書籍のセール情報はこちらにもでているので参考にしてください。 |
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| 2022/5/2 今日は電子メールのセキュリティ対策についてホームで紹介しましたのでご覧ください。トラッキングピクセルという１ピクセルからなる透明画像へのリンクをメールに埋め込んでおいて、開封したら開封者に気付かれずに開封者の居場所や開封日時を取得したりできるのだそうです。またトラッキングリンクというリンクを入れておくと、メールを受け取った人固有のコードが入っているので、クリックした人がサイトを訪れた情報を記録しておき、プロファイリングをしたりすることができるそうです。こうした悪質なメールに対する対策を紹介していますのでご覧ください。ちょっと古い記事ですがこちらの記事もトラッキングピクセル対策には参考になりそうです。https://gigazine.net/news/20210807-stop-email-pixel-trackers/ |
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| 2022/5/1 今日は面白いブログを一つ紹介します。 「とね日記」というブログです。https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw 「理数系ネタ、パソコン、フランス語の話が中心。量子テレポーテーションや超弦理論の理解を目指して勉強を続けています！」という紹介がトップに書かれています。このブログは物理、数学、フランス語などの話題が満載のブログで面白いのでいつも見ています。先日更新されたこの記事は力作で、物理学者のファインマン先生のことが本当に様々な角度から紹介されていて読みごたえがあります。スペースシャトルの事故調査の話やファインマンさんの日本訪問の話、ファインマンさんが小さい時に勉強した数学の本などもダウンロードリンク付で紹介されているという驚きの内容です。皆さんも是非いろんな記事を読んでみてください。（この記事に少し近況を書き加えたものをブログ記事(ホーム https://glycostationx.org/に投稿しました。今後はホームでブログ記事を毎日更新し、簡略化した内容をこちらの固定ページに投稿してみるつもりです。ホームのブログ記事のほうがタグやカテゴリーでの検索、分類が簡単なのでしばらく試行してみて様子をみようと考えています） |