化合物情報をコンピュータで扱うケモインフォマティクスの分野でよく用いられるライブラリにRDKitというのがあります。このRDKitはPythonで使うライブラリで、その導入方法、使い方についてのよい記事があったので紹介し…
The Nomura Institute of Glycosciece Blog
野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
化合物情報をコンピュータで扱うケモインフォマティクスの分野でよく用いられるライブラリにRDKitというのがあります。このRDKitはPythonで使うライブラリで、その導入方法、使い方についてのよい記事があったので紹介し…
今までタンパク質のアミノ酸配列を決定する方法としては Edman 分解や質量分析法を使うのが定番でした。DNAの塩基配列の決定法に革命をおこしたナノポアシークエンス法が、ついにタンパク質のアミノ酸配列の決定に実用的に使え…
Pythonで量子化学の計算をする方法を紹介しているサイトがあります。ラボコードというサイト（LabCode) にある記事です。 【PySCF】Pythonで始める量子化学計算【一点計算】 https://labo-co…
昨日紹介したAlphaFold DatabaseでのFoldseekの使い方をスクショを交えて説明してみます。 こちらをクリックしてみてください。https://alphafold.ebi.ac.uk/entry/P06…
今日、発生生物学の教科書の定番 Scott Gilbert他著のDevelopmental Biologyの第13版が去年出版されている知りました。Amazonでみかけたのですが、なんと値段が37449円！ しかし日本の…
先日は、GlycoRNAの糖鎖構造が決定されてRNAの修飾された塩基3-(3-amino-3-carboxypropyl) uridine (acp 3 U)にN型糖鎖が結合していることをあきらかにした論文がでたことを紹…
楽しみにしていた『計算物理 春の学校2024』の動画が公開され始めました。 YouTubeのチャンネルから視聴できます。https://www.youtube.com/@comp_phys_spring_school20…
明治維新の前1863年に、長州藩が密かに英国に留学させた長州ファイブなる5人の長州藩士がいました。長州五傑（ちょうしゅうごけつ）と呼ばれる5名は、井上聞多（馨）、遠藤謹助、山尾庸三、伊藤俊輔（博文）、野村弥吉（井上勝）で…
癌細胞や幹細胞では酸素が存在しても呼吸系よりも解糖系の作用が亢進していることが知られており盛んに乳酸が産生されています。この現象は、これを詳しく研究したドイツの偉大な生化学者ワールブルクWarburgにちなんでワールブル…
RNAが糖鎖修飾をうけているというGlycoRNAについてはこのブログでも何度もとりあげています。最近ではglycoRNAがアーティファクトである可能性をにおわすプレプリントがでたことを紹介しました。 さきほどツイートを…