Clonezillzaの使い方―LinuxやWindowsのまるごとバックアップのやり方

(注:このブログでは、12ポイント太字の部分はリンクです。クリックすると該当ページが開きます。)
日経Linux2020年11月号の付録にClonezilla 2.6.7-28のISOファイルがついていました。このソフトはLinuxやWindows(MacやChromeOS、アンドロイドなども可能)のシステムを、まるごとバックアップをするフリーソフトでここからダウンロード可能です(最新版は2.7.0-10)。使用しているブロックだけをバックアップするので、短時間でイメージやクローンがつくれます。ちょうど今まで利用していたLinux LTS版(ubuntu 16.04 LTS)のサポートがきれていたので、現在の環境をClonezillaでバックアップしておいて、最新版のLTSを入れなおすことにしました。
このソフトはNorton GhostとかTrue Imageとかいう有料ソフトと同様なソフトで、Windows やLinux、Macなどのイメージをつくっておいて、必要になったらそのイメージから現在のシステムを復活する(リストアする)ことができます。
注意点ですが、このソフトでは、まずバックアップ先を指定した後、バックアップするシステムを指定するという順番でバックアップします。つまりバックアップ用の外付けハードディスあるいはUSBメモリなどをまず指定し、その後、現在使っていてバックアップしたいドライブ(バックアップ元といわれるもので、複数同時指定可能)を指定してバックアップするのです。
ネット検索してみても日本語で使い方の詳しい説明をしているサイトがあまりなかったので、以下に具体的なやり方をまとめておきます。
1)まずClonezillaのサイトからClonezilla LiveのISOイメージファイル (ubuntuベースのものでなくて、DebianベースのものでOKです)をダウンロードします。ダウンロードしたISOファイルから起動用USBメディアをEtcherというソフトを使って作成します。EtcherというこのソフトはWindows, Mac, Linuxなどに対応しており、一発で起動用USBを作成できるソフトです。イメージファイルのありかを指定し、USBメモリを選び、ボタンを押すだけでブート用USBメモリができあがります。前に紹介したRufusというソフトも利用できますが、Etcherのほうが簡単です。(もちろんClonezillaのISOイメージをCDやDVDに焼いて、CDやDVDから起動して利用することもできます。)
2)次に、システムのイメージを保存するUSBドライブあるいはハードディスクドライブなどを決めて、その中にイメージ保存用のフォルダを作っておいてください。英語名のフォルダを作っておきます。(私は今回はCloneZilla_demoという名前のフォルダにしました。)ディスクにパーティションを切ってある場合は、どのパーティションを保存先に選ぶかを、容量や大事なファイルの有無(万が一のエラーでファイルが壊れることもあるかと思います)などを考慮してきめます。重要なファイルが入っているディスクやパーティションは壊れると怖いので、大事なファイルは別の場所にバックアップしておくことを薦めます。私は何もファイルがはいっていないパーティションにイメージ保存用のフォルダを作りました。まっさらのUSBメモリだとより安心ですね。保存用のフォルダを中に作成できたら、準備は完了です。

3)上の1)で作成したブート用USBメモリをパソコンに差し込んで起動します。Clonezillaが起動します。起動しない場合はUEFIのブートメニューを(F11キーなどマザーボードに応じたキーを押して)表示してUSBメモリを選べば起動します。古いパソコンでBIOSのもの(legacy BIOS)では起動順序をUSB優先に変えなくてはいけないかもしれません。うまくブートメディアから起動したら次に進みます。
4)上の写真のような起動画面が表示されますので、一番上のデフォルト(Clonezilla live)のままエンターを押す、あるいはしばらく放置しておくと下の写真のような言語選択画面になります。矢印キーで日本語を選びます。enterを押して次に進みます。
5)「キーボードのレイアウトを変更?」の画面、デフォルトのキーボードレイアウト(英語キーボード)を維持の選択のままenter。
6)Clonezillaを開始します のメニューがでます。そのままenter。
7)Clonezilla-オープンソース複製システム(OCS)という画面が開きます。今回はディスクイメージを作って保存したいので、開いたメニューで一番上にある「device-image ディスク/パーティションイメージ」(デフォルトで選ばれている)を選んだままenter。
8)Clonezilla  イメージディレクトリのマウントという画面がでます。(ここからがイメージの保存先の設定になります)一番上の「local_dev ローカルディスク(例=ハードディスク、USBドライブ)をマウント」が選ばれているのでそのままenter。
すると、次の写真のように「Clonezilla イメージリポジトリとしてUSBディバイスを使用したい場合」というメッセージが下部に表紙されるので、イメージ保存用のUSBディバイスを接続します。5秒以上待つとUSBディバイスが認識されるのでenter。
9)すると画面がかわって、現在認識されているストーレッジの一覧が表示されます。イメージを作ろうとしているハードディスクと、さっき接続したイメージ保存用のUSBディバイスが表示されているのを確認してください。皆さんのパソコンによりますが、例えば/dev/sda、/dev/sdb、/dev/sdcなどと表示されると思います。私のパソコンの場合、sdaがSSDでメインディスク、sdbが補助のハードディスクで、sdcは今接続した外付けハードディスクです。これで全部のドライブが表示されているのでCtrl-Cを押します(Ctrlキーとcを同時に押します)。上の写真ではsda、sdb、sdcなどの後に表示されているハードディスクの型番などを消してあります。

10) こんどは「Clonezilla-オープンソース複製システム(OCS)|モード」という画面になります。
さきほど表示されたsda、sdb、sdcのそれぞれのディスクの詳細が表示されています(上の写真)。私の場合はsdcのパーティションsdc2にイメージを保存する予定なので矢印キーでsdc2を選びます。enter。(註:この写真の場合、sda1は200.9Gのext4形式でフォーマットされているSDDであり、sdb1は1.8テラバイトのディスク、sdc1は2Tバイトのntfs形式でフォーマットされているボリューム(パーティション)、sdc2も同様で、sdc3は1.6Tバイトのntfs形式でフォーマットされたボリューム(パーティション)だとわかります。写真ではsda1, sdb1などのディバイスのメーカー型番などは消してありますが本当はIn_以下の部分に詳しく表示されています。)
11) 次は「Clonezilla イメージリポジトリ用のディレクトリブラウザ」という画面になります。私の場合、sdc2を選んだのでその内容が表示されています。いちばん上にあるゴミ箱recycling binが選択されていますが、あらかじめ2)で作っておいたCloneZilla_demoというディレクトリにイメージを保存するので、矢印キーでそれを選びます。選んだらenter。
12)次は保存先の最終確認画面になります。/dev/sdc2[/CloneZilla_demo/]というように、保存先として選んだディレクトリが表示されているので、画面の指示どおり、Tabキーを押してDoneを選択します。そしてenter。するとこの画面の画面下部に黒地に白で保存先の容量と名称などが表示されます(下の画像)。OKなのでenter。
13)画面が替わって、「Clonezilla-オープンソース複製システム(OCS)」の画面で初心者モードを選べる画面となります。デフォルトで選択されている初心者モードを選んでenter。
14)次は「モードを選択してください」 の画面です。「ローカルディスクをイメージに保存」を選びます。enter。(他にパーティションをイメージに保存するモードも選べます。)
15)すると「イメージの保存名を入力してください」という画面になります。西暦と月日からなる保存名がついています。そのままでもいいです。enter。

16)ここからは、 いよいよ保存したいローカルディスク(コピー元)の選択画面となります。私の場合は、sdaとsdbを保存したいのでスペースを押してまずsdaを選択。次に矢印キーで下のsdbを選び、スペースを押してsdbも選択します。選択完了したドライブには先頭に星印*がつきます。17)次の画面は、「Clonezilla 拡張パラメータ| モード savedisk」という画面で、圧縮オプションの選択画面となります。一番上の「zip 並列 GZIP圧縮を使用(マルチコア/SMP用)」でOKなのでこれを選んでenter。(画像は省略しました)
18)次は、ファイルシステムの保存前のチェックの画面となります。これはNTFSシステムを使っているwindowsでは使えません。Linuxなどではチェック可能ですなどと書かれています。今回はディスクに問題はないので、「元ファイルシステムのチェック/修復をスキップする」を選んでenter。

19) イメージ保存後、保存イメージが復元可能かどうかのチェックをするかどうかのオプションです。「はい 保存イメージをチェックします」を選んでenter
20) 画面が替わって、イメージを暗号化しますか?の画面となります。暗号化しないのでそちらを選んでenter。
21)すべての処理の完了後に実行される操作の選択画面です。一番上の「すべての処理の完了時に実行する、再起動シャットダウン他を選択してください」というメニューのままでenter。下に黒地で緑のメッセージが表示されます。確認してenter。
22)すると緑のメッセージの下に、ずらーっとメッセージがならんで表示されます。この中には、これからイメージを作成するドライブについての情報があるので確認しましょう。黒地に黄色の文字で「次のステップは、このマシンのハードディスク・パーティションをイメージとして保存することです。本当に続けてよろしいですか?(y/n)」と聞いてきます。よろしければyを押します。これでイメージ作成が始まります。
23)進行状況の画面がしばらく表示されます。数時間以上かかると思いますので気長に待ちましょう。以下のようにイメージは復元可能ですというメッセージがでたらほぼ完了です。確認してenter。
24)すると次の画面がでます。この画面で矢印キーを使って、電源offを選んでenterで終了です。再起動その他も選べます。

Pythonの勉強用におすすめの本(12/09動画について追記しました)

PythonはRとならんでおすすめのプログラミング言語です。医学部で教えている野村研の卒業生もPythonの講義をしているそうです。物理科学系だけではなく生命科学分野でもPythonを使えると断然有利になります。まったく初心者の方への入門書としては、いちばんやさしいPythonの教本 第2版 人気講師が教える基礎からサーバサイド開発までなどはどうでしょうか。第2版はみていないのでわかりませんが、プログラミングに使うエディターはAtomよりはVSCode(Visual Studio Code)のほうが良いと思います。まず初心者用の入門書で概要がわかったら、次は「すっきりわかるPython入門」をおすすめします。この本はAnacondaをつかってPythonをインストールしていくという、最近主流の入門スタイルで書かれています。大変よくわかるとうちの奥さんのおすすめ本です。出版社のサイトのリンクを下に書いておきます。この本のサイトの「掲載ツール導入・利用ガイド」の項目には、AnacondaやJupyterLabのインストールのやりかたが書いてあるので参考にしてみてください。電子書籍版もあります。
https://sukkiri.jp/books/sukkiri_python
なお九州大学の方(九大図書館にログインして、データベースにあるMaruzen eBook Libraryにアクセスしてみてください)やこのサービスを契約している組織の方は、ここで紹介した本を(一日60ページの制限がありますが)パソコンにダウンロードして読むことができます。すこし読んでみてよかったら購入するのがいいと思います。(残念ながら九大では「いちばんやさしいPythonの教本」は初版しかダウンロードできません)私はどちらもpdfで読んでみて、結局紙の本を購入しました。このライブラリには他のpythonの入門書もいろいろありますので、試し読みしてみて自分に向いている本を選ぶとよいかもしれません。入門用の動画ですがNGSハンズオン2015の動画の中にPython入門の動画がありますので、
https://togotv.dbcls.jp/20151110.html
入門前にこれを見てみるのもおすすめです(私はこれをみてPythonをはじめました)。

あと、最近はやりのJuliaというプログラミング言語の入門書も上のMaruzen eBook Libraryにあって読むことができます。「1から始めるJulia プログラミング」(コロナ社)という本です。Juliaを学びたい方にはおすすめです。Juliaはpythonのように書けてCにまさるとも劣らないスピードで実行できる画期的なプログラミング言語だそうです。
(写真は一週間ほどまえにみかけた皇帝ダリアです。)

Firefoxの不具合をリフレッシュ機能で解消する

昨日はFirefox の古いesr版を最新版へとアップグレードする方法とScrapBookやSageのアドオンの代替品を紹介しました。スムーズにアップグレードできる場合とできない場合がありましたが、後者の場合はFirefoxのバージョンを上げたり、下げたりいろいろいじっていたのがうまくいかない原因だろうと思います。
後者の場合ですが、無事にScrapBookとSageの代替品のインストールも終わって、どちらもうまく使えるようになったので一安心して、再起動すると、なんとツールバーのScrapBookとSageのアイコンが透明になって、マウスをあてると、そこにアイコンは存在するのですが押してもうまく動きません。そして設定したscrapbook.rdfの場所や、Sage feedsの場所の設定も消えてしまっていて初期設定に戻っていました。いろいろGoogle検索したのですが解決法はみつからず、結局Firefoxのリフレッシュを試したところ、うまくいって不具合を解消できたのでやり方をメモしておきます。

リフレッシュのやり方はここにあります。
https://support.mozilla.org/ja/kb/refresh-firefox-reset-add-ons-and-settings

リフレッシュすると、アドオン(拡張機能)やその設定などは消えてなくなりますが、ログインパスワードを含むログイン情報、ブックマークなどは保存したままFirefoxの不具合が解消されるそうです。不具合のあるFirefoxで、上のリンクにアクセスして、ページ内のリフレッシュボタンを押すなどするとリフレッシュが始まります。リフレッシュ中に今までのprofileフォルダはOld Firefox Dataという名前のフォルダとしてデスクトップに保存されるので、デスクトップフォルダの空容量がprofileフォルダを保存するのに十分かどうかを、リフレッシュの実行前に必ず確認しておいてから実行してください。このOld Firefox Data フォルダには前のprofileがそのまま残っていますので、リフレッシュで不具合が出た場合は、このprofileから復旧できます。

リフレッシュが終わるのに時間がかかる人が多いかもしれませんが、じっとまちましょう。しばらくするとリフレッシュが終わります。私の場合、復元とかいうボタンがでたので押しました。終わると私のブックマークタブとかもきれいになくなっていて失敗かと思ったのですが、右上の三本線ボタンを押して、ヘルプ、トラブルシューティング情報、profileで確認すると全く新しいprofileフォルダができているのがわかりました。その中にはたしかにブックマーク情報もはいっているようでした。これを確認した後再起動すると、(記録をとっていなかったので二回目の再起動後かもしれません)めでたく前のブックマークやログイン情報その他が復活しており、ログイン情報も残っているのがわかりました。リフレッシュの仕様によって、すべての拡張機能(機能拡張、アドオン)はなくなっているので、さっそくSage-likeScrapBeeLie Science Dictionary Tool WebExtensionなどのアドオンをインストールしました。最後のアドオンは、Life Science Dictionaryのアドオンで、マウスカーソルを英語にあてると訳や例文がポップアップするものです。pdfをブラウザで表示すればpdfを読む時にもポップアップ辞書として使えます。私は文献の整理にZoteroを使っていますので、Zoteroのページにいって、Zotero Connectorというアドオンをインストールしました(firefoxの機能拡張ページにzoteroといれても見つかりませんでした)。このアドオンはZoteroを起動しておいた状態でツールバーのZotero connectorアイコンをクリックすると文献情報やpdfを一発でZoteroにダウンロードするものです。ZoteroはEndNoteなどのように文献整理、論文の文献欄の作成などができるソフトです。いろいろな無料文献ソフトの中では個人情報の扱いが一番ちゃんとしているようなのでここ数年はこれを使っています。

写真は散歩の途中でみつけた からすうり です。梅の木にからまっています。後ろに見えるのは柿です。秋も深まってきていますが、ここ数日、福岡は20度を越えていて、暑いです。

夏のおすすめ本2020―その2 夏目漱石の「明暗」の完結編など

今日は肩のこらない小説などを紹介したいと思います。夏目漱石の本は青空文庫で簡単にダウンロードして読めるのでおすすめですが、未完に終わった最後の小説「明暗」を完結させた小説があります。「続明暗」というタイトルで、私は去年、漱石の「明暗」に続いて読みましたが、とてもうまく完結させてあってうまいハッピーエンドになっていました。

漱石が胃潰瘍で亡くならなかったら、このような完結の仕方になったかもしれないという終わり方でした。この「続明暗」は有名な小説家水村美苗さんの作品で、芸術選奨文部大臣新人賞を受賞しています。去年NHKでやっていた夏目漱石をあつかった100分de名著の番組の中にも、この本が飾ってありました。とても面白い本ですので、是非読まれるのをおすすめします。

水村さんは、小説家でその他にも多くの賞を授賞されています(野間文芸新人賞や読売文学賞)。12才の時から米国で過ごされた方でイエール大学卒業。プリンストン大学で日本文学を教えておられたこともあり、「日本語が亡びるとき―英語の世紀の中で」という精緻な論説も書かれています。この本は大変評判になり小林秀雄賞を受賞した他、
The Fall of Language in the Age of Englishという題でコロンビア大学出版会から英訳が刊行されています。今は文庫化されているのでこちらも是非お読みください。英語で論文を書くことについて深く考えさせられる本でもあります。松岡正剛さんの千夜千冊にも紹介されています。

以前このブログで紹介したABC予想を解決された望月新一先生のブログでも、日本語と外国語という観点の記事で、水村さんについて触れられておりました。この望月先生のブログの記事は、米軍基地問題や北朝鮮問題、数学の意義についての考察のほか、論文の書き方や英語についての考察が詰まっていて、とても示唆に富む内容ですのでご覧ください。望月先生は古代ギリシャ語、ラテン語、サンスクリットなどを学ばれたそうですが、私達の苦手な定冠詞(英語のthe)や不定冠詞(英語のaとan)についていえば、古代ギリシャ語には不定冠詞はなく、ラテン語や現代ロシア語には定冠詞も不定冠詞もないのだそうです。

夏のおすすめ本2020―その1 Rに関するおすすめ本2冊

毎日猛暑がつづきますが皆さんお元気の事と思います。今日から数回にわたって、面白そうな本、役に立つ本などを紹介していきたいと思います。第一回目はR(アール)の本です。今や統計解析にソフトの定番のプログラミング言語Rは無料で使える素晴らしいソフトですが、統計解析だけではなくゲノム解析にも活躍しているソフトです。昔はグラフィカルインターフェースがなかったのですが、今ではRのパッケージのR commanderや日本の神田善伸先生(自治医科大学)が開発されたEZR(イージーアールと読みます。これも大評判になってRのパッケージになりました)がありますので、グラフィカルインターフェースでRを使うことができて、初心者にもやさしいソフトとなりました R commanderはRをインストールしたあと、パッケージとして追加インストールして使います。EZRはR commanderの追加プラグインになっています。インストールするとどちらも日本語で使えます。EZRを中心に使いたい場合は開発者の神田先生のサイトからダウンロードして使うのもおすすめです)。また、RStudioというRの統合開発環境ソフトを使えば、Rをもっと便利にスムーズに利用することができるようになったので、Rはますます便利で使いやすくなっています。インストール法については以前の記事二つがありますので、ここここを参照してください。

今日紹介するのは、EZRの使い方を、その開発者の神田先生が解説した本です。先生のホームページにも簡単な使い方などが載っていますのでそちらも参照してみてください。

EZRでやさしく学ぶ統計学 改訂3版〜EBMの実践から臨床研究まで〜神田善伸 著(2020年10月発行)

これ一冊あれば、生物系医学系の普通の統計解析はすべて日本語のプルダウンメニューを使ってできます。私も論文のデータ解析にはこの本を主に参照しています。大変役立つ本ですので、是非一冊購入して統計解析の勉強や研究に活用してください。私は第一版を購入して使っていますが、すでに第3版がでているほどに売れている本のようです。これがちょっと難しそうという方むけに、神田先生はもうすこしやさしい初心者向けマニュアルも書かれています。全く初心者の方にはこれがおすすめです。 マンガの部分もあったりしますが、統計解析の基本をひととおり学べますし、EZRの開発秘話とかものっています(立ち読みで読めます)。

サラっとできる! フリー統計ソフトEZR(Easy R)でカンタン統計解析
という本です。立ち読みしてみて、まずこちらを買うのもありかもしれません。医療や生命科学関係の事柄を急いで学びたいという人には同じ著者の

初心者でもすぐにできるフリー統計ソフトEZR(Easy R)で誰でも簡単統計解析

がいいかもしれません。まず神田先生の簡単な入門書で学び、実験データの解析には最初の本(第3版)を使うというので、Rを使った生命科学の統計データ解析には十分だと思います。他にいろいろ本を買う必要はないでしょう。(以上2020/11/19追記)

Rはバイオインフォマティクスや次世代シークエンサーのデータ解析、ゲノム解析にも大活躍しているソフトです。最近英語の本ですが、こんな本が公開されています。
Computational Genomics with Rという本です。
紙の本や電子ブックはこの秋にでるようですが、Rをつかって出力されたhtml版が上のリンクから無料で読めます。バイオインフォマティクスの専門家による本ですので、役立ちそうです。
著者は日本にもいたことがある人で、Rのバイオインフォマティクス解析用のBioconductorの多くのパッケージを開発している方たちです。著者紹介によると、この本のほとんどを書いた方は、Dr. Altuna Akalin wrote most of the book and edited the rest. Altuna is a bioinformatics scientist and the head of Bioinformatics and Omics Data Science Platform at the Berlin Institute of Medical Systems Biology, Max Delbrück Center in Berlin.(以下略)ということで、ドイツのベルリンにあるバイオインフォマティクスとオミックスデータセンターのヘッドだそうです。まだ私も読んでいないのですが、勉強してみたい本ですので紹介しておきます。

写真は、散歩の途中で撮影した山百合と葛の花です。山百合の間によくみると葛の花が咲いているのがわかります。

windows7のサポート終了:windowsをやめてLinuxへうつるチャンスです(2)

さて、今日は前回の続きで、windows7を残したままで、外付けHDDやSSD、あるいはUSBメモリからLinuxを起動して使う方法を紹介します。(どんな外付けのSSDがよいかについては、記事の末尾の註1をみてください。) 下のギャラリーの写真は最新のUbuntu Desktop 20.04 LTS日本語版Remix をインストールする手順です。起動直後から日本語入力ができる上にLong Time Support (LTS)版ですので5年間のサポート(2025年4月まで)付です。

今回の記事はウインドウズ7を残したまま、Linuxを外付けSSDやHDD、あるいはUSBメモリにインストールして使う方法と題していますが、もちろんwindows10とかのパソコンに外付けディバイスをつないで(註1)、そこにLinuxをインストールして使いたいという時にも使えます。サポート切れのwindows7のパソコンの場合は、使う時にネット接続を遮断しておき、Linuxを起動したときのみ、Linux側でネット接続するのが安全でしょう(註2)

以下では、windowsユーザーでLinuxを初めて使ってみようと思う人のために、具体的なインストール手順をまとめておきます。

1)まずLinuxのインストール用メディアを作ります。
インストールするLinuxのディストリビューションを決めてインストール用のDVDあるいはUSBドライブを作成します。(この操作は、前に紹介した本の付録などについているインストール用DVDを使うなら不要です。)前回紹介したいろいろなLinuxのディストロの中でまず試してみようと思うもののISOファイルをダウンロードしてください。前回紹介したubuntu Linuxの日本語版のISOファイルとか、Linux mintのisoファイルとか、puppy Linuxのisoファイルとかお好きなものを選んでダウンロードしてください。次にisoファイルをwindowsのburn dvdの機能を利用してDVDに焼きます。usbメモリをインストール用に使う場合は、rufusというソフトをダウンロードして空のUSB(4G以上は必要でしょう。isoファイルのサイズによってはもっと容量の大きいものを用意してください。)をLinuxインストール用のUSBメモリとします。(追記:もっと簡単なソフトとしてEtcherというものもあります。これはISOイメージを選び、USBメモリを選んでボタンを押せばブート用USBメモリが出来上がるという簡単ソフトです。2021/01/11追記)

2)次はwindowsのパソコンにインストール用メディアをいれた後、電源を入れたら、このインストール用メディアからパソコンが起動するように設定します。
インストール用のDVDやUSBが用意できたら、windows7のパソコンの設定を変えて、電源を入れた時にインストール用のDVDやUSBの入っているドライブからパソコンが起動するようにします。やり方はwindows7のパソコンのBIOS (あるいは最近のパソコンならUEFI(Unified Extensible Firmware Interface))の設定を変えて、「まず最初に起動設定を探しにいくドライブ」を、DVDドライブあるいはUSBドライブに設定するのです。やり方は、パソコンの電源を入れた直後の最初の起動画面で、BIOS設定(古いパソコンはこれ)やUEFI設定(最近のパソコンはこっちでしょう)をするにはどのキーをおすかという指示がでます (F2キーとかを押すとよいとか英語で書いてあると思います)。すぐメッセージが消えてwindowsが起動するので、よくわからない人は、起動の様子をムービーで撮影しておいて、あとでムービーを再生して、ゆっくりどのキーを押せばよいのかを確認してください。起動時に押すキーがわかったら、電源を入れた直後にそのキーを押して、BIOS画面やUEFI設定画面を表示させ、最初に起動のときにコンピュータがみにいくドライブを指定します。こうしておけば、USBメモリやUSB接続の起動ディスク(SSDやHDD)をつないで起動したときはLinuxのインストーラー(インストールが終わった後なら、Linux)が起動し、これらをつながないで起動すればwindows7が起動します。

3)以上の設定が終わったらいよいよlinuxのインストール作業に入ります。
パソコンに上の2)で作成したインストール用DVD(USBやCDの場合もあるでしょう)を入れて起動します。先ほどのBIOS(またはUEFI)設定がうまくいっていたら、Linuxインストール用のDVD あるいはLinuxインストール用のUSBからパソコンが起動します。ubuntuのインストーラーの場合では下のギャラリーの1~3のようにいろいろ画面が変化した後、下のギャラリーの4の画面がでてきます(ギャラリーのサムネールをクリックすると写真がみられますので、クリックしながらみてください)。

ubuntu desktop LTS 20.04 Remixのインストール用DVDの場合、2のようにディスクチェック (インストール用DVDのチェックのようです)が最初に行われ4の画面で止まります。4の画面の「Ubuntuを試す」のほうを押すとインストールなしでubuntu Linuxを使ってみることができます。今回は「Ubuntuをインストール」のほうを選んでクリックします。

すると、5のようにキーボードを選ぶ画面がでて、「続ける」ボタンをクリックすると、6の「アップデートと他のソフトウエア」の画面に変わります。ここでは「通常のインストール」で、「Ubuntuのインストール中にアップデートをダウンロードする」を選んでおきましょう。「続ける」ボタンを押して次に進むと7の「インストールの種類」の画面がでてきます。「コンピュータにはwindows7がインストールされています。どのようにしますか?」ときいてきます。ここでは必ず一番下の選択肢「それ以外」を選んでください。一番上の選択肢は一見よさそうでwindows7とLinuxが共存できそうですが、これを選ぶとトラブルが起こった時対処が大変なので選ばないでください。必ず「それ以外」を選んで「続ける」ボタンを押して次に進みます。

次の8の画面ではコンピュータのハードディスクなどの構成が表示されます。いよいよLinuxをインストールするディバイスとパーティションの設定を開始します。8にでているsdaとかsdbなどというのがHDDドライブなどのディバイス類のことで、sda1、sda2などの数字はそのパーティションです。ディスクの大きさ、使用しているサイズ、空サイズ、パーティションの種類(ntsfなどの種類)やサイズが表示されています。写真では私のHDDドライブの使用量や空サイズの部分は念のためぬりつぶして隠してあります。一番下に空のSSDの空き領域128G余りが表示されているのをご覧ください。フォーマットもしていないので空き領域となっているだけで、ここにLinuxをインストールします。まちがってwindows7や10が利用しているドライブやパーティションなどを選ばないことが大事です。写真9の一番下にはブートローダーをインストールするディバイスという項目があります。これがLinuxをインストールするドライブになっていることを確認し、もしwindowsのドライブなど残しておきたいドライブになっていたら、プルダウンで正しいディバイスを選びなおします。写真ではちゃんと128GのSSDがえらばれていることがSSDのメーカーの型番で確認できます。
(注意:もしこの段階のドライブの表示でどれがwindows7の使っているドライブか、どれが新しいSSDかがどうしてもわからないようでしたら今はこれ以降の作業はとりあえず中止してLinuxにもうすこしなれたほうがよいです―記事の末尾にある註3を参照してください。)

では、下のギャラリーの9の画面から128G余りのSSDにLlinuxをインストールするためのパーティションを設定していく例を紹介します。
9の図のように128Gちょっとある空領域を選択します。(買ったばかりで未フォーマットの、まっさらのSSDでまだ空き領域がない場合は空き領域が表示されません。その場合はdev/sdcなどSSDを選びます。この場合、9の画面で選べるのは「新しいパーティションテーブル」だけですので、それをクリックすると、空き領域ができます。)

9の図にある+/-変更というボタンの+ボタンを押します(この画面では選べるのは、+ボタンと元に戻すボタンだけです)。すると10のように「パーティションを作成」という画面がポップアップします。空き領域のサイズが表示されていますね。まずスワップ領域を設定します。基本パーティションと場所は図のとおりにして、利用方法という部分からプルダウンメニューを11のように表示させ、「スワップ領域」を選びます。サイズの部分を変更して、メモリーと同じくらいに設定します。12の図では4G(4000MB)にしてあります(図12)。マウントポイントの項目はきえていますね。OKを押してこの画面を閉じます。

swap 領域が13の図のようにできました。swap領域のしたに約4Gバイトへった空き領域が表示されています。そこで14のように空き領域をクリックして選択し、+ボタンを押すと、ふたたびパーティションを作成する画面15になります。今度は残りの空領域全部を使ってルートパーティションを作成します。128GのSSDの使用可能領域がswapに設定した4G分減少しているのを確認してください。ここでの設定は 15の図のように「基本パーティション」(論理パーティションにチェックがはいっていたら、基本パーティションに変えてください)と「この領域の始点」、そして「ext4ジャーナリングファイルシステム」はデフォルトのままにして、マウントポイントのみをプルダウンメニューから選択して「/」に変えます。OKをクリックします。

すると17のような画面になり、今作ったswapファイルとext4の領域のサイズや名称が表示されます。/dev/sdcがSSDでその中に/dev/sdc1のswap領域、/dev/sdc2のルートパーティションが設定されています。/dev/sdc2にはチェックが入っています。sdcをクリックして選んでおき、一番下のブートローダーの場所がSSDであることを確認します。インストールボタンを押したら18の最終確認画面「ディスクに変更を書き込みますか?」がでてきます。 「続けると以下に挙げた変更はディスクに書きこまれます 云々」という警告が表示されています。ここまでの設定作業は、戻るボタンを押せば一段階づつもどってキャンセルできます。「続ける」ボタンをおすとディスクに変更が加えられて戻せませんので、ここでゆっくり確認してください。ディスク表示されているのがlinuxをインストールするディバイスであることを確認し(この例ではsdc)、そのパーティションが変更されるのでよいかどうか確認し、よければsdc1 がスワップ領域、sdc2がext4というファイル管理システムに設定されるようになっていることを確認してください。サイズもあっていますか?この18の画面で「続ける」を押すと、ディスクに書き込みが始まり、もとに戻れないので注意してください。間違いなければ設定完了です。「続ける」をおしてディスクに変更がはじまったらubuntuのインストールが始まります。

ubuntuのインストールが始まったら、「どこに住んでいますか?」(時刻を日本標準時にする設定)(19)とか、ログイン名とパスワードの設定(20)、などがはじまります。各項目の設定が終わって画面に指示がでたら指示に従って、再起動してください(22)。ubuntuのログイン画面がでてきますので、先ほど設定したパスワードでログインすると、cloudの初期設定とか(24)いろいろ初期設定項目をきいてきますが、私は全部設定をスキップして使っています。これで日本語入力が使えるubuntu の最新版が windows7と同様にグラフィカルインターフェイスで使えます。ブラウザのFirefoxとか電子メールソフトのThunderbirdとかもはじめから入っていますし、無料のMicrosoft Office互換のOffice Suite一式も入っています。またプログラム言語のpythonもはいっていますので、python入門にも最適です。ただ日本語版ではフォルダ名が日本語になっていて、pythonなど英語圏のソフトを使うとき困りますのでフォルダ名は英語にもどしておきましょう。やりかたはたとえばここにありますのでやってみてください。あとwindows7でつかっていた日本語変換辞書のubuntuの日本語入力システムMozc(Google日本語入力)への移行を行えば日本語入力もとてもスムーズにできます。

別のやり方としてはVirtualboxというソフトでwindows7内にLinuxの仮想マシーンを起動するという方法もあります。これは私が授業で「BioLinux8をwindowsで起動してLinuxの使い方を説明したときに使った方法」です。ubuntuとかを動かすにはメモリーが最低4G、普通は8Gいるようです。それでは4Gくらいしかメモリをつんでいない私のパソコンでは動かないので、ubuntuの代わりにLinux mint 32bit版を使っています。

註1:内蔵型のHDDやSSDでもHDD/SSD用のクレードルとかスタンドという名前で売られているUSB接続ケーブルでパソコンとつなぐスタンドを使えば外付けドライブとして使えてLinuxをインストールできます。このクレードルは、古いパソコンからHDDを取り出してHDDの中身を利用したいときにも便利です。私が最近買ったのは、内蔵型の2.5インチのSSDドライブ(480G)と、そのSSDを入れてUSBでPCと接続するケース(USB3.0 2.5インチHDD/SSDケース SATA I/II/III対応)のものです。ケースが1000円ちょっとでSSDが6000円ほどでした。

註2:windows7を起動しているときネット接続を切るには、LANケーブルを抜くとか、wireless接続用のアダプタを無効化する(USB接続のものならUSBポートから抜くか、windowsのネットワーク設定で接続を切る)方法もあります。あるいはNetDsablerとかのソフトをインストールしておいて、クリック一つでネット接続を切る方法もあります。

註3:ここでいったんubuntuのインストールを中止して、ちょっとpuppy LinuxをUSBドライブから起動するようにして、puppy Linuxで遊んでみてください。puppy Linuxではデスクトップにディスクドライブが画像で表示されるのでpuppy LinuxをUSBから起動してしばらく遊んでみて、自分の使っているwindows7のドライブがどれかを理解してから、この作業に挑戦すると間違いないと思います。windowsのパーティションは、パーティションのサイズやntsfなどというフォーマットの種類でわかると思います。(あるいは究極の安全策としてLinuxをインストールする前に、パソコンの箱をあけてwindows7で使っているHDDドライブなどの配線を外しておいてもよいでしょう。しかしそれができる人ならたぶん間違わないでしょうね。)まちがいなくSSDなどLinuxをインストールするドライブやUSBメモリが選べたら、MBRの書き込み先もまっさらのSSD(あるいは自分のインストールにつかうUSBやHDDなどのディバイス)に設定します。
最初私はpuppy Linuxを最初USBにいれて起動する方法を試しました。これはLinuxに慣れるには最適ですし、プログラムの本体自体は300Mb程度、ハーディスクやUSBメモリの容量も10Gもあれば十分つかえるので最初はこれでいいと思いました。しかし私のUSBメモリはエラーを起こしやすかったため、ランプが点滅を繰り返して起動しなくなってフォーマットしなおしたりして面倒なので結局やめました。ちょうど余っていた古いSSD(128G)があったので、これをUSB接続してそこにUbuntu Desktop 日本語 Remix をイントールして使っています。

windows7のサポート終了:windowsをやめてlinuxへうつるチャンスです(1)

福岡では2月17日に、ちらちらと初雪を観測しました。今まで一番遅い初雪の記録2月6日を111年ぶりに更新したそうです。

さて今日はこのところいろいろトライしているウインドウズ7のサポート停止に対する対策を書いておきます。そろそろlinuxを中心にパソコン生活を始めようというわけです。
上の写真はLinux  Mintを起動した時のデスクトップです。windowsとよく似ていますね。linuxといえばターミナルでのコマンド操作というのがよく話題になりますが、windowsとそっくりのデスクトップでマウスで操作するだけで使えますので、まずはこうしたwindowsなみのグラフィカルインターフェイスで使うのがおすすめです。

私はwindows7で動くパソコンをもっているのですが、windows7のサポートが今年の1月14日で終了した(windows defenderの更新はつづいているようです)ので、それに対する対策を講じなくてはなりませんでした。九大図書館などに自宅からwindows7を使っているパソコンでアクセスするとき文献をダウンロードしようとすると、画面一杯に警告画面が表示され、windows10への切り替えを促され、文献のダウンロードはできなくなっています。セキュリティを考慮した措置ですが、まだまだ問題なく使えるwindows7なのにうっとうしいサポート切れ対策を余儀なくされるのにはほとほと、うんざりさせられます。以前windowsXPのサポート切れにともなって、XPからwindows7にアップグレードするときも研究室の多数のXPパソコンをいちいちアップグレードするのは大変でした。今回は大学で使っているwindows7のenterpriseエディションからwindows10へのソフトやデータを残したままでのバージョンアップは結構簡単にできるのですが、それも結構時間と手間がかかるわけです。また使っているパソコンによってはスペックが不足してwindows7のように快適には使えないことがわかりました。windows7でインストールしたソフトもあるし、それがwindows10で動くのかも不明です。パソコン自体はwindows7で問題なく動いているので、無駄な追加投資をしたくないと思い、windows7はネットワークから切り離して利用することとし、ネット接続するときはlinuxを使うことにしました。参考になったのは日経からでているムックの「Windows 7パソコンをLinuxで復活させる本」です。日経Linuxの最近の記事をまとめたものですが、丁度windows7のサポート停止でウインドウズを止めようと思っている方には最適の本だと思います。

要は、windows7のパソコンはネット接続をせずに利用し続け、ネット接続には外付けハードディスク(あるいはSSD, USBでもだいじょうぶです)にインストールしたlinuxを使うという方針です。近頃はほとんどの作業はブラウザでやるので、linuxでブラウザを使う、メールをやりとりするなどができればネットでの作業はことたり、ネット接続していないwindows7を起動すれば、今まで使っていたwindows7で動いていたソフトもそのまま利用できます。(linuxにはwineというソフトがあって、幸運ならwindows7で使っていたソフトもlinuxのwineで動くかもしれません。)

ubuntu などの、日本語入力システム付のlinuxのインストールディスクを使って、USBや外付けのSSDや外付けHDDにlinuxをインストールします。こうしておけば、linuxをインストールした外付けのSSD(HDDでもUSBでもいいです)をwindows7で動くパソコンにとりつけてUSB接続したSSD(HDDあるいはUSBメモリ)から起動すればLinuxが使えますし、USB接続を外して(つまりUSBケーブルを外して)起動すればあいかわらず今まで使っていたwindows7が使えます。(他のwindowsとの共存のやり方としてはデュアルブートといって、起動したらlinuxかwindows7かどちらを使うかを選んでから起動すると言う便利な方法もありますが、これはどちらか一方が壊れたときとかにトラブルがおこることが多いそうですのでやめました。またlinuxの中でwindows7の仮想マシーンを起動して利用するというのもありますが、パソコンのスペックがいるし、windows7の仮想ディスクをつくるのにproduct IDがいるとかいろいろめんどうくさいのでやめました。)というわけで以下は外付けSDDにlinuxをインストールする手順です。

いろいろあるlinuxの配布版(ディストリビューション、ディストロ)のどれを使うか?distributionにはいろいろあってどれを使うか迷うのですが以下のようなdistributionは有名です。

Ubuntu Desktop 日本語 Remix
Linux Mint これには3種類あってCinnamonというのがおすすめです。32bit版と64bit版があります。
・puppy linux日本語版
・Pop!_OS(プライバシーを重んじているlinuxでファイルは自動で全部暗号化され、この配布版を作成している会社にデータを送ることもないそうです。日本語の利用設定も簡単)
・Zorin OS(これはwindowsからの乗換え用をうたっているものです。商用版あり)

これらはwindowsからの乗換えの記事でよくとりあげられています。私は最初 puppy linuxをUSBメモリに入れて使ってみました。linux mintは世界で一番多く利用されているlinuxだそうで、壁紙もきれいなのでこれもおすすめです。私はネットで情報が多い、Ubuntu Desktop 日本語 Remixを採用しました。これも他のdistributionと同じではじめから日本語入力システムMozcがセットでついていて便利ですし、windowsでつかっていたIMEの辞書も簡単に移行できるのでおすすめです。(下はLinux Mintの画面で、windowsのスタートボタンにあたるところをマウスでクリックした様子です)
長くなりましたので、今日はこの程度にして次回からは具体的なインストールの手順を書いていこうと思います。(次回のリンクはここです。

他のやり方としてはVirtualboxというソフトをウインドウズのパソコンにインストールして、仮想マシーンとしてlinuxを動かすこともできます。これは私が大学の授業でlinuxの導入実習で使っていた方法です。以前のブログの記事にはこのやり方とlinuxの入門書があげてありますのでご覧ください。

お知らせ―サイトを常時SSL化しました!(5/27日追記有)常時SSL化の手順

昨日、WordPressで作っているこのサイトをSSL化しました(SSLはSecure Sockets Layerの略だそうです)。具体的にはサイトにアクセスしてもらったとき、ブラウザのサイトのurl表示のところが鍵マークになり、ブラウザとサイトのサーバー間の接続が暗号化されるようになるということです。最近のブラウザではhttpsでアクセスしないと警告表示がでたりしますので多くのサイトが常時SSL化をしています。昨日やってみましたが以外に簡単にできました。今後はアクセスするときのurlがhttp://glycostationx.orgからhttps://glycostationx.orgにかわるというわけです。

以下は覚書をかねたSSL化したときの手順です。各自ご自分のサイトに合わせて読み替えてみてください。(写真はひと月ほど前に咲いていたリンゴの花です。今年は去年より沢山花が開きました。意外かもしれませんが、九州ではリンゴも栽培されています。)

1.最初にSSL化の失敗に備えて、サイトhttp://glycostationx.orgを丸ごとバックアップしました。サイト自体をAll-in-One WP Migration というWordPressのプラグインでバックアップして保存しておきます。やり方は簡単で、このプラグインをインストールしたあと起動し、エクスポートを選びます。画面がエクスポート用画面に変わるので、エクスポート先をクリックして出てきたメニューから、ファイルを選びます(クラウドを選ぶこともできます)。するとサイト名であるglycostationx.orgをダウンロード、サイズ:何メガバイトなどと表示されるので、拡大収縮表示されている部分をクリックして、保存先をパソコンの適当な場所に指定してダウンロードしたらOKです。この作業は以下を参考にして実施しました。
https://smakoma.com/wordpress-backup-restore.html
(もちろんこのようなプラグインを使わず、ftpなどでサイトのファイルを丸ごとダウンロードすることもできます。こちらのほうがギガバイト以上あるようなサイトの場合は早くて確実だと思います。)

2. サイトのバックアップができたら、次に私の使っているレンタルサーバーで無料のSSL証明書を発行してもらってSSL化を申請して、http://glycostationx.orgをhttps;//glycostationx.orgに変えました。これはレンタルサーバーごとに手順があるのでお使いのサーバーのマニュアルなどで調べるか、Google検索などでレンタルサーバー名とSSL化などのキーワードで探してみてください。エックスサーバーでのやり方を解説している以下のページはとても参考になりました。https://nelog.jp/wordpress-ssl
私の使っているレンタルサーバーでは、SSL化を申請後、1時間もかからずにサイトにhttps://glycostationx.orgでアクセスできるようになりました。

3.次に、WordPressのダッシュボードで、設定―一般とすすみ、WordPressアドレス(URL)とサイトアドレス(URL)の項目(どちらもhttp://glycostationx.orgになっている)をhttps://glycostationx.orgへと変更して変更を保存します。

4.次に、http://glycostationx.orgをブックマークしてある方などをhttps://glycostationx.orgへと自動で誘導するように設定する作業を行います(これはサーバー側での301HTTPリダイレクトというそうです。)。これには.htaccessのファイル(ドットエッチティーアクセスファイル)を編集します。とても簡単な作業で、
サイトの”.htaccess”ファイルの先頭に以下を追加しておくだけでOKです。
RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTPS} !on
RewriteRule ^(.*)$ https://%{HTTP_HOST}%{REQUEST_URI} [R=301,L]

.htaccessファイルの編集には、自分のドメインのフォルダの下にあるpublic_htmlの中にある.htaccessファイルを編集します。レンタルサーバーが.htaccessファイルを編集する手段を提供している場合はレンタルサーバーのツールで編集するのもよいですが、安全のため、いちどftpなどで.htaccessファイルをダウンロードして、保存しておき、テキストファイルエディタで開いてみて中身をよくみてから編集するのをすすめます。

今回、サイトでの.htaccessファイルのありかを確認してftpでダウンロードし、編集してアップロードするには、WinSCPというファイル転送ソフトを使いました。
https://winscp.net/eng/docs/lang:jp
このソフトはデフォルトではドットが先頭についている隠しファイルは表示しないので、ソフトを起動して環境設定―パネルを選び、「一般」にある「隠しファイルを表示する」にチェックを入れるのを忘れないようにしてください。こうすると.htaccessファイルが表示され、ダウンロード、アップロードができるようになります。編集が終わったら、編集済みファイルをWinSCPでアップロードしてもとあった.htaccessファイルに上書きしたら完了です。http://のサイトurlでアクセスしてhttps://のサイトへ飛ぶことを確認してください。
WinSCPは九大での旧ホームページ作りにも使っていたとても便利なFTP/SFTP/SCPクライアントソフトです。他にもiPadへのWindowsからの電子ブック転送とかにも使って重宝しています。

5.次に、自分のサイト内での画像やpdfへのリンクなどにhttp://glycostationx.orgではじまるurlを使っているので、これらをすべてhttps://に変える必要があります。1.でバックアップができていることを確認した上で、サイト内のhttp://glycostationx.orgの記述(画像やpdf, サイト内の別のページへのリンクなど)をhttps://glycostationx.orgへ一括で変更します。一括変更には、WordPressのプラグインSearch Regexを使います。このプラグインでブログ内の記述でhttp://glycostationx.orgで始まるものを検索、これをhttps://glycostationx.orgに一括で変更できるので大変便利です。検索にはプラグインのタイトルどおり正規表現も使えますが、単なる文字列でも検索・置換ができます。

注意:このプラグインは更新が3年ほどなされていないため、最新のWordPress(バージョン5.2)で使うと、エラーのメールがとどきます。ブログ名のあとに「サイトで技術的な問題が発生しています」というタイトルのメールがとどいて驚いたのですが、内容は、
”エラータイプ E_ERROR が ブログサイトのwp-content/plugins/search-regex/view/results.php ファイルの 26 行目で発生しました”などというものでした。
Google検索で以下のキーワードで調べてみると、
「”search regex” wordpress 技術的な問題が発生しました」
次のような解決策のページがありました。
https://smakoma.com/search-regex-error.html
このページのとおり、WordPressのダッシュボードからプラグインを選び、プラグインエディターを開いて、該当のエラー行を削除したら完了です。この作業後はもうエラーのメールはこなくなりました。

エラーがでなくなったところで、プラグインをインストールしてあれば、ツールメニューにSearch Regexがありますので、クリックして起動します。SourceにはPost Contentをまず選びます。Limit toとOrder Byはデフォルトのままでよいです。http://glycostationx.orgを検索して、https://glycostationx.orgへと置換したいので、Search patternと書いてある検索窓にhttp://glycostationx.org、Replace patternと書いてある置換窓にhttps://glycostationx.orgといれて、Replaceボタンを押します。するとサイト内のhtml記述中のhttp://glycostationx.orgで始まる部分が全部表示され、https://glycostationx.orgで置換された表現も併せて表示されます。この段階では置換は行われていません。ちゃんと置換すべき部分が表示されているかどうか、全部確認した上でOKならReplace & Saveボタンを押せば全部置換してくれます。このボタンの操作は戻せないので確認は慎重にしてください。終わったら他にhttp://glycostationx.orgの記述がないかを、SourceをPost excerptにして再確認します。あれば確認して置換します。他のSourceについても順次作業を繰り返し、終わったら置換終了です。

6.最終確認です。ChromeとかFirefoxとかでサイトにアクセスしてちゃんと鍵マークが表示されるか試してください。トップページや固定ページごとに試してみて全部鍵マークが表示されればOKです。私の場合は、論文と研究概要の固定ページでエラーになり、鍵マークが表示されませんでした。その部分をクリックすると画像が疑わしいというようなメッセージがでました。そこで、ブラウザのChromeで問題のあるページを表示して、右クリックしメニューの中の検証をクリックします。表示されるページでConsoleをクリックすると、問題のある画像がどれか教えてくれるので修正することになります。私の場合は、画像を九大の旧サイトを参照することで表示しており、このサイトへのリンクがhttpsではなかったからエラーになったのがわかりました。訂正すると無事、全部鍵マークになりました。

7. あとはGoogle Search ConsoleやGoogle Analyticsへの登録が必要になったりするサイトもあるかもしれませんので、その場合は、各自検索して調べてみてください。

私はGoogle Search Consoleを使っていますが、その場合はプロパティの追加で、URLプレフィックスではなくて、ドメインのほうを選びます。ドメイン名を入れて続行ボタンを押すと、「DNSレコードでのドメイン所有権の確認」という画面に変わり、テキストレコードが発行されます。このテキスト(特定のドメインの同定用の文字列です)をコピーして、サイトのサーバーのDNS編集画面から、このテキストを内容とするTXT タイプの新しいDNSレコードを作成します。DNSレコードの追加が終わったら、あとはGoogle Search Consoleの「DNSレコードでのドメイン所有権の確認」画面で確認ボタンをおして所有権を確認します。確認がまだですというような画面がでたら10分ほどおいて再度確認すると確認が終わると思います。この方法を使えば、http://glycostationx.orgの時のデータもそのまま移行されるので便利です。http://glycostationx.org, https://glycostationx.org, http://www.glycostationx.org, https://www.glycostationx.orgそれぞれについてプロパティをGoogle Search Consoleで作成して所有権を確認‥‥という面倒な手順は不要です。

この方法は、「サーバー名 dns レコードでのドメイン所有権の確認」という検索キーワードで見つけました。

私の口演動画の紹介を含むページを作っていただきました

以前、分子生物学会・生化学会の合同大会2017でランチョンセミナーをさせていただきました。その動画は以前紹介したようにYouTubeにでていますが、このたび、シュプリンガー・ネイチャーが電子ブックに関するインタビューや動画をまとめたページを作成してくださったと連絡を受けたので紹介しておきます。

「著者、利用者が語るその魅力 ― イーブック体験談」というページです。私の動画紹介だけのページはこちらです。他にもいろいろ面白い動画がありますのでご覧ください。

写真は近所の公園で一昨日撮影した桜です。桜がはらはらと散る光景も目につくようになり、そろそろ散った桜の花びらが道路をおおうようになってきました。

糖鎖生物学入門―2

糖鎖生物学入門―2

新元号が令和に決まりましたね。漢和辞典でという字を調べてみると、令日は「よき日」の意味ですし、令人は「よき人、美しい人」の意味、令嬢とか令徳など、の次に来る字が「よきものであり、うやまう」という用例が多いようです。平和や なごみがよきものになりますようにという意味になる、よい元号だと思いました。
今これを九大医学部図書館で書いていますが、九大医学部の桜も満開です。写真は今日の医学部キャンパスで撮影した満開の桜と、

3月26日に撮影した医学部キャンパスの桜です。

さて、糖鎖生物学入門の二回目です。九州大学で同名の講義をした時の資料をもとに全く新しく書いていきます。

糖鎖の構成要素(単糖):
糖鎖sugar chainというのは、単糖とよばれる糖がつながってできる鎖(枝分れするものも多い)です。糖鎖というのは例えばこんなものです。

この図には9種類の糖鎖があげてあります。色のついた丸や四角が単糖monosaccharideを表しており、単糖が様々につながって糖鎖ができるのです。枝分れしたりしていますので、糖鎖はとても多彩な分子構造をとることができそうですね。

単糖というのは、グルコース(ブドウ糖です)とかガラクトースとか、フコースとかN-アセチルグルコサミン(エヌアセチルグルコサミン)とかいう糖で、色々な種類があります。糖鎖について学び始めるときに最初に学ぶべき単糖の名前を下の図にのせておきます。こんな単糖があって、糖鎖をつくっているのだというのをみるのに最適な、入門者むけの単糖だけを選んであります(註1参照)。
この図にのっている単糖の名前や、記号を全部覚える必要はありません。その都度、参照することにしたらいいです。図にある単糖の中でN-アセチルグルコサミンGlcNAc(N-アセチルグルコサミンです。糖鎖生物の研究者は普通、グルックナックと読みます)とか、マンノースMan、グルコースGlc、ガラクトースGalなどの名前はサプリメントの広告とか、日常生活でよく耳にするのではないでしょうか?図には15個の単糖が並んでいますが、たいていの糖鎖はこの図の中の数種類だけを使ってつくられています。単糖の具体的な構造は以下で紹介します。

さて単糖の表記には図にみられるような、カラフルな記号表記が良く用いられています。昔はもっとごちゃごちゃした表記しかなかったのですが、パッと見て糖鎖の構造や類似性がみやすいカラフルな表記が普及しつつあります。Symbol Nomenclature for Glycans (SNFG)と呼ばれる記号表記で、以下のページにまとめられているので参照に便利です。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/glycans/snfg.html

リンクをクリックしてもらって図をご覧になればわかりますが、ものすごい数の単糖がならんでいます。これを全部覚える必要はありません。この図には様々な糖鎖を記述できるようにと、ヒトなどではあまり見かけない単糖も入っているからごちゃごちゃしているのです。そこで次の表には私の独断と偏見で選んだ、入門者に必要な単糖のみを残して後は消したものをあげてあります。(バクテリアにみられる糖とか、希少糖などめずらしい糖―いろんな生理機能も知られて重要性が叫ばれています―を除外しています。)上の図よりちょっと増えて20個ありますが必要に応じて参照していただければと思います。リンク付のpdfファイルもここにありますので参考にしてください。

Glc  Man  Gal 
グルコース マンノース ガラクトース
GlcNAc  ManNAc  GalNAc 
N-アセチルグルコサミン N-アセチルマンノサミン N-アセチルガラクトサミン
GlcN  ManN  GalN 
グルコサミン マンノサミン ガラクトサミン
GlcA  ManA  GalA  IdoA 
グルクロン酸 マンヌロン酸 ガラクツロン酸 イズロン酸
  Xyl  Fuc 
キシロース フコース
Kdn  Neu5Ac  Neu5Gc  Neu  Sia
ケーディーネヌ N-アセチルノイラミン酸 N-グリコリルノイラミン酸 ノイラミン酸 シアル酸(左の単糖から合成される単糖の分子ファミリー名)

青字の単糖にはリンクがはってありますので、クリックすると単糖の構造式や立体構造が表示されるページにとびます。
こうしたカラフルなSNFG表記の記号は、糖鎖科学の標準的教科書Essentials of Glycobiology 3rd editionでも使われています。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK310274/ 書籍版は有料ですが最新版が無料で上のリンクで公開されています。この本の図を全部パワーポイント形式にまとめたスライドも前の記事に書いたように無料で公開されていいます。糖鎖生物学の入門者には、この教科書の通読は必要ありません。せっかくネットにアップロードされていて、本の中身の検索もオンラインで自由にできます(このリンクのSearch this bookボタンを使います)ので、糖鎖学習のハンドブックとして是非活用してください。第二版の日本語訳も出ています。

単糖の構造を立体表示してみよう:PubChemによる表示
PubChemというのをご存知ですか?PubChemはNIHが公開しているオープンデータベースです(だれでも研究データをアップロードできて、だれもが利用できるというのがオープンの意味です)。PubChemを使うと様々な化学物質の情報、生理機能、特許、文献、構造式、立体構造そのほかが無料で調べられ利用できます。糖鎖を構成している単糖の構造を立体表示するにも最適のサイトですので、使ってみましょう。

SNFGのページを開いて以下のリンクから単糖のリストのパワーポイントファイルをダウンロードすると、

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/glycans/docs/SymbolNomenclatureForGlycans_SNFG_Slides_UpdateJun2017.pptx

全部の単糖が入ったファイルがみられます。上で物凄い数の単糖のリストといったものです。各単糖にはPubChemへのリンクが張られており、スライド表示にして単糖の名前をクリックするとPubCemへのリンクがブラウザで開いて、化学式や立体構造がPubChemで表示されるのでとても便利です。いろいろPubChemで単糖を表示して遊んでみるのが入門にはよい経験になります。グルコースやガラクトースを立体表示してくるくる回して分子模型を手にとってみているように学べます。

注1:図は糖鎖構造を書くソフトGlycoEditorの入力画面をスクリーンショットしたものです。無料の糖鎖構造作図ソフトですので自分で使えそうな人は、ちょっと使ってみるのをお勧めします。詳しい使い方は次回以降に説明します。