福岡では桜が満開です―iPadのTipsの本と動画の紹介

(注:このブログでは、12ポイント太字の部分はリンクです。クリックすると該当ページが開きます。)
今年は福岡の桜の開花が早く、もはや満開を迎えてはらはらと散り始めているところもあります。卒業式も終業式も終わって、今は春休み。一昨日、昨日、今日と近所でお花見をしましたが、春休みの小学校の前では、この4月に新一年生になるお子さんが、満開の桜のもとでランドセルを背負って記念撮影してもらっていました。春爛漫です。

図書館でiPadについての新刊を借りてきました。iPadクリエイティブという本です。紙の本と電子ブック両方があります。これはおすすめです。たとえばiPadで読んでいる電子ブックの必要ページをpdfにする方法とか、アップルペンシルの賢い使い方などいろんなtipsが満載で、買って損がない本です。著者のamity_senseiの本の紹介動画とtipsの動画の一例を、下に貼り付けておきます。

こちらは、
「みんなが知らない、純正アプリのiPad読書術。【Kindle × Apple Books】」という動画で、Apple BooksやKindleといった電子ブックの紹介、およびpdf化のやりかたの紹介です。


是非チャンネルをご覧ください。
あと、YouTubeですが、Braveというブラウザでみると広告が抑制されているようです。広告スキップがうっとおしいと思われる方は試してみると良いと思います。広告ブロック機能が強力なブラウザですし、FirefoxやChromeなどからのブックマークの移行も自動で行われて便利です。プライバシーに配慮したブラウザで、なんとプライベートブラウジングモードはTorを使っています。

Pythonや物理数学の無料本―春のおすすめ本

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暖かくて春めいた日が続きます。4月上旬の暖かさとか。九州大学でも前期日程の合格発表が昨日(3/08)あったそうで、ニュースで合格した学生さん達の喜びの声を報道していました。
写真は散歩の途中でみつけたスミレと つくしです。近所では1週間以上前にうぐいすの初鳴きを聞きました。

最近、Pythonの教科書を京大が公開しているのを知りました。プログラミング演習Python2019という講義の教材です。初歩からはじめてグラフィックインターフェイスでのプログラムまでやさしく指導してくれる本で本篇とコラムを集めた本の二冊があります。以前紹介した本の後に読むのに最適だと思います。Anacondaのインストールをした後、この本からPythonの勉強をはじめることも可能だと思います。

また以前紹介していた学習院大学の田崎先生の「数学:物理を学び楽しむために」という本もバージョンアップされていますので紹介しておきます。これは序文によると「物理学(とそれに関連する分野)を学ぶ方を対象にした、大学レベルの数学の入門的な教科書である。高校数学の知識を前提にして、大学生が学ぶべき数学をじっくりと解説する。」という本です。著者の田崎先生のtwitterでは「大学入試が終わって入学までの時間をもてあましている理数系のみなさんに特におすすめします。1章に目を通した後はお好きなところをどうぞ。」と紹介されています。またtwitterには物理や数学よりデータ科学や AI に興味があるという人は 7 章から始める(必要なら前の章を読む)のも一興かも。高校数学から消えた最強武器である行列がガチで学べて、主成分分析、マルコフ連鎖、Google Page Rank への応用まで!」とあります。面白そうでしょう!

Pythonの勉強用におすすめの本(12/09動画について追記しました)

PythonはRとならんでおすすめのプログラミング言語です。医学部で教えている野村研の卒業生もPythonの講義をしているそうです。物理科学系だけではなく生命科学分野でもPythonを使えると断然有利になります。まったく初心者の方への入門書としては、いちばんやさしいPythonの教本 第2版 人気講師が教える基礎からサーバサイド開発までなどはどうでしょうか。第2版はみていないのでわかりませんが、プログラミングに使うエディターはAtomよりはVSCode(Visual Studio Code)のほうが良いと思います。まず初心者用の入門書で概要がわかったら、次は「すっきりわかるPython入門」をおすすめします。この本はAnacondaをつかってPythonをインストールしていくという、最近主流の入門スタイルで書かれています。大変よくわかるとうちの奥さんのおすすめ本です。出版社のサイトのリンクを下に書いておきます。この本のサイトの「掲載ツール導入・利用ガイド」の項目には、AnacondaやJupyterLabのインストールのやりかたが書いてあるので参考にしてみてください。電子書籍版もあります。
https://sukkiri.jp/books/sukkiri_python
なお九州大学の方(九大図書館にログインして、データベースにあるMaruzen eBook Libraryにアクセスしてみてください)やこのサービスを契約している組織の方は、ここで紹介した本を(一日60ページの制限がありますが)パソコンにダウンロードして読むことができます。すこし読んでみてよかったら購入するのがいいと思います。(残念ながら九大では「いちばんやさしいPythonの教本」は初版しかダウンロードできません)私はどちらもpdfで読んでみて、結局紙の本を購入しました。このライブラリには他のpythonの入門書もいろいろありますので、試し読みしてみて自分に向いている本を選ぶとよいかもしれません。入門用の動画ですがNGSハンズオン2015の動画の中にPython入門の動画がありますので、
https://togotv.dbcls.jp/20151110.html
入門前にこれを見てみるのもおすすめです(私はこれをみてPythonをはじめました)。

あと、最近はやりのJuliaというプログラミング言語の入門書も上のMaruzen eBook Libraryにあって読むことができます。「1から始めるJulia プログラミング」(コロナ社)という本です。Juliaを学びたい方にはおすすめです。Juliaはpythonのように書けてCにまさるとも劣らないスピードで実行できる画期的なプログラミング言語だそうです。
(写真は一週間ほどまえにみかけた皇帝ダリアです。)

ヒトの細胞の世界:世界で一番詳しい解説図が公開されています

世界一詳しいヒトの細胞の図解が2018年に公開されています。細胞を構成している分子についての知識は飛躍的に増えていて、X線結晶構造解析、核磁気共鳴(Nuclear Magnetic Resonance: NMRと略します)、クライオ電顕などを使って、細胞内での生体分子の様子がずいぶんわかってきました。その成果の集大成の図といえるでしょう。

こんな図です。きれいですね。秘密の花園みたいにきれいです。図には二つの細胞が描かれています。図の右上隅の細胞は、カドヘリンを介して画面のほとんどを占めている細胞と接着しています(この記事の下から二番目の図にカドヘリンのある場所がしめしてあるのでご覧ください)。画面左上からカドヘリンによる接着部位に向かって広がっているのは細胞膜とその膜上および膜外(細胞外基質)にあるいろいろな分子です。画面左下の黄色いバスケットのように見える部分(核膜孔)の周りの膜は、核膜などでその下は核の内部です。青い紐はDNAでいろんな転写因子も描かれています。

Cellular landscape cross-section through a eukaryotic cell, by Evan Ingersoll & Gael McGill – Digizyme’s Molecular Maya custom software, Autodesk Maya, and Foundry Modo used to import, model, rig, populate, and render all structural datasets
こちらには同じ図ですが、図のあちこちをクリックすると分子の名前だとか分子の詳しい説明などがみられる図(クリックしてサイトを開いてみてください)が掲載されています。ページを開くと上の図が大きく表示されていますが、下に6枚、上の図の部分図が表示されています。絵で描かれている分子の部分をクリックすると、分子の名前が英語で表示され、ダブルクリックすると分子の情報を英語で詳細に書いてあるページが開きます。以下の図はこのサイトの使い方の一例です。
図の中の細胞と細胞の接着部位にある分子をクリックしてみましょう。

マウスカーソルが指に変わって、n-cadherinという分子名が表示されます。これはN-cadherinです。

下の図に示すように、各図の左上にSelect a pathwayと書かれているプルダウンメニューがあります。プルダウンして、Cell Structureを選んでみましょう。以下のような細胞の構造に関わっている分子とその分子名が一斉に表示されます。これでチューブリンだのアクチンだのがどこにあるかが一目瞭然ですね。それぞれの分子をクリックすると分子の解説ページが開きます(何故かN-cadherinの場合は開きませんでした)。

この図で灰色っぽい白に表示されているのは、細胞膜です。上の細胞と下の細胞が結合している部分にN-カドヘリンがびっしり膜から生えているように見えるのがわかると思います。この接着部位は、接着結合(adherens junctions)あるいはその一例である 細胞をぐるっと取り囲む接着帯(adhesion beltあるいはzonula adherensとも言う)と呼ばれています。図の細胞膜の表面(図の左上のすみのほう)には、プロテオグリカンの一種であるperlecanが描かれています。図をひらいてみていろいろクリックしてみて細胞がどんな分子で構成されていて、それぞれの分子がどこにあるかなどをみてみてください。
このMcGillさんたちが作った図では分子の密度は実際のものより薄まっていると書かれています。実際はもっと細胞内は分子が込み合っているようです。

Firefoxの不具合をリフレッシュ機能で解消する

昨日はFirefox の古いesr版を最新版へとアップグレードする方法とScrapBookやSageのアドオンの代替品を紹介しました。スムーズにアップグレードできる場合とできない場合がありましたが、後者の場合はFirefoxのバージョンを上げたり、下げたりいろいろいじっていたのがうまくいかない原因だろうと思います。
後者の場合ですが、無事にScrapBookとSageの代替品のインストールも終わって、どちらもうまく使えるようになったので一安心して、再起動すると、なんとツールバーのScrapBookとSageのアイコンが透明になって、マウスをあてると、そこにアイコンは存在するのですが押してもうまく動きません。そして設定したscrapbook.rdfの場所や、Sage feedsの場所の設定も消えてしまっていて初期設定に戻っていました。いろいろGoogle検索したのですが解決法はみつからず、結局Firefoxのリフレッシュを試したところ、うまくいって不具合を解消できたのでやり方をメモしておきます。

リフレッシュのやり方はここにあります。
https://support.mozilla.org/ja/kb/refresh-firefox-reset-add-ons-and-settings

リフレッシュすると、アドオン(拡張機能)やその設定などは消えてなくなりますが、ログインパスワードを含むログイン情報、ブックマークなどは保存したままFirefoxの不具合が解消されるそうです。不具合のあるFirefoxで、上のリンクにアクセスして、ページ内のリフレッシュボタンを押すなどするとリフレッシュが始まります。リフレッシュ中に今までのprofileフォルダはOld Firefox Dataという名前のフォルダとしてデスクトップに保存されるので、デスクトップフォルダの空容量がprofileフォルダを保存するのに十分かどうかを、リフレッシュの実行前に必ず確認しておいてから実行してください。このOld Firefox Data フォルダには前のprofileがそのまま残っていますので、リフレッシュで不具合が出た場合は、このprofileから復旧できます。

リフレッシュが終わるのに時間がかかる人が多いかもしれませんが、じっとまちましょう。しばらくするとリフレッシュが終わります。私の場合、復元とかいうボタンがでたので押しました。終わると私のブックマークタブとかもきれいになくなっていて失敗かと思ったのですが、右上の三本線ボタンを押して、ヘルプ、トラブルシューティング情報、profileで確認すると全く新しいprofileフォルダができているのがわかりました。その中にはたしかにブックマーク情報もはいっているようでした。これを確認した後再起動すると、(記録をとっていなかったので二回目の再起動後かもしれません)めでたく前のブックマークやログイン情報その他が復活しており、ログイン情報も残っているのがわかりました。リフレッシュの仕様によって、すべての拡張機能(機能拡張、アドオン)はなくなっているので、さっそくSage-likeScrapBeeLie Science Dictionary Tool WebExtensionなどのアドオンをインストールしました。最後のアドオンは、Life Science Dictionaryのアドオンで、マウスカーソルを英語にあてると訳や例文がポップアップするものです。pdfをブラウザで表示すればpdfを読む時にもポップアップ辞書として使えます。私は文献の整理にZoteroを使っていますので、Zoteroのページにいって、Zotero Connectorというアドオンをインストールしました(firefoxの機能拡張ページにzoteroといれても見つかりませんでした)。このアドオンはZoteroを起動しておいた状態でツールバーのZotero connectorアイコンをクリックすると文献情報やpdfを一発でZoteroにダウンロードするものです。ZoteroはEndNoteなどのように文献整理、論文の文献欄の作成などができるソフトです。いろいろな無料文献ソフトの中では個人情報の扱いが一番ちゃんとしているようなのでここ数年はこれを使っています。

写真は散歩の途中でみつけた からすうり です。梅の木にからまっています。後ろに見えるのは柿です。秋も深まってきていますが、ここ数日、福岡は20度を越えていて、暑いです。

Firefox 52.9.0esr版からFirefox Quantum最新版へのアップグレードおよびScrapBookとSageアドオンの代替品の紹介です

Firefox esrのFirefox Quantum最新版へのアップグレードのやり方およびScrapBookとSageというアドオン(拡張機能、機能拡張)の代替品の紹介をします。

プログラム本体とアドオンの扱いにわけて説明します。まずアップグレードの失敗に備えてprofileフォルダのバックアップをとっておきましょう。profileフォルダの中には、ログインパスワードやブックマーク、機能拡張(アドオン)の情報などなど、重要な情報が集められているので、更新に失敗してもバックアップしておいたprofileフォルダを使って失敗前のFirefoxに戻すことができますので是非ともバックアップをとっておいてから以下の作業をやってください。

profileフォルダの探し方は下の図のとおりです。

Firefoxの右上のバーの中にある、三本線が積み重なったマークをクリックして開くメニューから、矢印で示してある「ヘルプ」をクリックして、「ヘルプ」メニューにある「トラブルシューティング情報」をクリック、「トラブルシューティング情報」メニュー中の「プロファイルフォルダー」の項目にある「フォルダーを開く」のメニューからprofileフォルダの位置がわかります。このprofileフォルダ全体を万一のために別の場所にバックアップしておいてください。
この際、profileフォルダのバックアップ先は、決してFirefoxのインストール先のフォルダにはしないことが大事です。Firefoxをインストールするときに上書きされるようなフォルダはバックアップ先には不適です。不具合が生じた時の以前のFireifoxへの戻し方の概略は、アップグレードに失敗したFirefoxをアンインストールし、インストーラーを使ってもとのFirefoxを再インストールし、インストール後にできたprofileフォルダを、バックアップしてあったprofileフォルダに中身を入れ替えるだけです。

ではいよいよアップグレードにとりかかりましょう。

アドオンの取り扱い。
まずFirefoxのQuantum(Firefox 57以降版)にアップグレードする前にQuantumでは使えなくなるアドオン(機能拡張)を調べて、代替アドオンをGoogle検索などを使って探してインストールする準備をしておきましょう。代替アドオンの名前などをメモしておけばOKです。

私の場合は、Firefoxのアドオンで、昔から使ってたScrapBookとSageの代替アドオンを探しました(どちらもFirefox Quantumでは使えません)。

1)ScrapBookは元のデータを含めてScrapBeeというアドオンで代替利用できます。
https://addons.mozilla.org/ja/firefox/user/13434730/

ScrapBeeというアドオンは、ScrapBookのデータを読み込めますので、Firefoxをアップグレードする前に、Scrapbookの元データの場所を確認しておいてください。普通 元データはFirefoxのprofileフォルダの中のScrapBookフォルダにありますので、profileフォルダ全体ををバックアップしておくとバックアップから復元できます。FirefoxのProfilesフォルダの下に、固有の文字列のあとに”.default”とかいてあるprofileフォルダ(たとえばabcdef7x.defaultというようなフォルダ名になっています)があります。これを開くとFirefoxのいろんなデータフォルダがあって、その中にScrapBookという名前のフォルダでデータが保存されているのがわかります。このフォルダを開くとそこにscrapbook.rdfファイルがありますのでこのありかをScrapbeeのoptionで設定すると、ScrapBookで蓄積したデータを最新版のFirefoxで利用することができます。もちろん新たなweb pageの保存もできます。

Scrapbeeのインストールと使い方についての日本語による解説記事は以下をご覧ください。
http://rainbowvortex.blog.fc2.com/blog-entry-121.html

Scrapbeeに元のScrapBookのデータのありかを教える必要がありますが、上の記事にあるように、Scrapbeeのoptionメニューでscrapbook.rdfファイルのありかを記述してそれを保存すればよいだけです(ScrapBookデータフォルダはFirefoxのprofileフォルダの下にあり、ScrapBookフォルダの直下にこのrdfファイルがあります)。ScrapBook フォルダを開いてscrapbook.rdfというファイルの場所を絶対パス表示で表示してそれをコピーしてScrapbeeのオプション設定に記入します。記入後設定をsaveすると、うまくいけば、昔のScrapBookで保存した記事のリストが一覧表示されます。うまく読み込めない場合は、ScrapBookフォルダの場所をFirefoxのprofileの下の位置から、デスクトップなどFirefoxと関係ない場所へ移してやってみてください。読み込めるはずです。

2)RSSリーダーのSageはSage-likeというアドオンをインストールして代わりにしています。
https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/sage-like/
このアドオンをQuantumにインストールしてから、まだフィードファイルフォルダを設定していないので、オプションの設定メニューを使って、以前Sageで設定していたRSSフィードのデータを一括取り込みします。下図のようにオプションメニューを開きます。

Feeds Bookmark folderというのの設定項目が一番上にあります。select feeds folderというプルダウンメニュー(左図の矢印)をひらくと、Bookmarkの他にSage feedsという項目がいくつかあります。このアドオンにはじめからついてきているfeedsもありますが、たぶん下のほうにあるSage feedsをクリックすると、いままで使っていたSageアドオンのfeedsのリストが見つかると思います(右図矢印)。それを選べば、以前と同様にSageで設定したfeedが使えるようになります。

Firefox のQuantum最新版へのアップグレード

先ずアップグレード前の注意点です。
Firefoxをアップグレードする前に、今使っているFirefoxのprofileフォルダをバックアップしておくのを強く勧めます。プロファイルフォルダの場所の見つけ方は上に説明したとおりです。以前の記事にもありますので参照してください。このprofileフォルダにはパスワードやログイン情報の他、多くのアドオンのデータも保存されています。上に書いてあるScrapBookというアドオンのデータもこのフォルダの中にあります。このprofileフォルダさえあればFirefoxが異常になった時でも再インストールなどして前の状態を復活できますので、Firefoxをいじるまえに是非バックアップしておいてください。

Firefoxの古いバージョン52.9.0 esr版がインストールしてあるパソコンがあったので、Firefoxを起動し、メニューの「ヘルプ」→「Firefoxについて」を選んでFirefox 60.9.0esrへアップグレードします。これはアドオン以外は問題なくアップグレードできるでしょう。(どのアドオンが使えなくなったかがわかるのでそれをみて必要な代替アドオンを探してください。)このFirefox esr 60.9.0がインストールしてあるパソコンを最新のFirefox esr 78.4.1にアップグレードしてみました。

一台目のパソコンでは、Firefoxを起動しておき、「ヘルプ」→「Firefoxについて」を選択して更新のチェックを行い(左図)、更新版としてesr 68.12.0が表示されるので更新ボタンをクリックしてアップグレードしました。その後、もう一回同様にヘルプで更新を確認すると、さらに更新があることがわかったので、クリックしてFirefoxを再起動してesr版の最新版である78.4.1へアップグレードできました。以前使っていたプロファイルもそのまま引き継がれて、なんら問題なくアップグレードできました。

ところが別のパソコンでは、アップグレードに失敗しました。そのPCにはFirefox esr 60.9.0がインストールしてあったのですが、ヘルプをクリックして更新を確認したところ、前と同様にesr版の68.12.0へのアップグレードがあると表示されました。クリックしてFirefoxを再起動して更新をインストールしたところ、起動するときにprofilesがないという英語のメッセージ profiles missingがでて昔のプロファイルを読み込めませんでした。Google検索してみると、profileの扱いがFirefoxの67から変更されたことによるらしく、アドレスバーにabout:profilesといれて表示されるいくつかのプロファイルリストに以前使っていたprofileがあればそれを選択するとよさそうでした。mozillaのサイトの説明は不親切で、それをどうやるのかがわからず困りました。

結局はスムーズにアップグレードできたのですが、うまくいった理由はよくわかりません。やったことは、上に述べたようにアドレスバーにabout:profilesとうちこんでエンターを押して表示される、プロファイルリストのページを表示した状態で、「ヘルプ」→「Firefoxについて」を選び、更新の確認を行い、68.12.0が表示されるので更新ボタンをクリックして、Firefoxを再起動しました。すると何の問題もなく以前のプロファイルを保ったまま68.12.0にアップグレードできました。この状態ですぐにヘルプから更新の有無をチェックすると、更新があると表示されたので、更新ボタンをおしてFirefoxを再起動しました。すると何の問題もなく元のプロファイルのままで無事、esr版の78.4.1にりました。しかし再起動するとまたprofileがないとかいってきて、Firfox自体が起動しません。そこでウインドウキー+Rをおして、ファイル名を指定して実行のメニューを呼び出し、firefox -Pとタイプしてfirerfoxを起動しました。するとプロファイルメニューの一覧がでるのでこれから古いプロファイルメニューを選び、いつもこれで起動のチェックをいれて起動します。これで無事昔のブックマーク、パスワード、ログイン情報などが残っているfirefoxが起動しました。これでよさそうだったのですが、まだトラブルは続きました。その症状と解決法は明日書くことにします。

ほとんどの方はprofile missingなどの表示もなく私の一台目のパソコンと同様に最新版にアップグレードできるのだと思いますが、もしできない方がおられましたらこの記事を参考にしてみてください。

オープンアクセスの電子ブックをダウンロードしてみよう―Pythonや制御理論や統計学の教科書、力学の教科書やFelix Kleinについての本などなど

以前の記事に書きましたが、分子生物学会のランチョンセミナーでオープンアクセスの電子ブック(無料で読める電子ブック)を探せるサイトDOAB(Directory of Open Access Book)を紹介しました。リンク集にもリンクをのせてあります。今日、ちょっとのぞいてみるといろいろオープンアクセスの本が新しく公開されていました。検索窓にPythonと入れて検索してみると、Pythonに関連した本がずらずらとでてきます。本のLicenseの下にある
Abstract | Keywords | Free access | Buy the book |の部分のFree accessのリンクをクリックすると本がダウンロードできます。いろいろな本がありますがPythonを学ぶにはIntroduction to Scientific Programming with Python
Authors: Dr. Joakim Sundnes in Simula SpringerBriefs on Computing。Springer Nature (2020) とか
Programming for Computations – Python
Authors: Linge, Svein — Langtangen, Hans Petter
Book Series: Texts in Computational Science and Engineering, Springer Nature (2020) などは面白そうです。
また神経科学へのPythonの応用を紹介している本で
Python in Neuroscience
Authors: Eilif Muller — James A. Bednar — Markus Diesmann — Marc-Oliver Gewaltig
Book Series: Frontiers Research (2015)Publisher: Frontiers Media SA
も神経科学に興味がある人には面白いのではないでしょうか。

検索窓にソフトウエアのMathematicaをいれて検索すると、こんどは制御理論の教科書がでてきました。Mathematicaを使って制御理論を学ぶ教科書のようです。
Control Theory Tutorial: Basic Concepts Illustrated by Software Examples
Author: Steven A. Frank Book Series: SpringerBriefs in Applied Sciences and Technology, Springer Nature (2018)

ほかにもいろいろ面白そうなオープンアクセスの本があります。Browseボタンを押して色んな本をタイトル、分野、そして出版社別にながめることもできます。Publisherで検索すると、各出版社から何冊くらいオープンアクセス本がでているかがわかります。とても多くのオープンアクセス本をだしているSpringer Nature社の面白そうなタイトル(2019-2020年発行)を以下にならべておきますので、検索してみてください(直リンクははってないので、上のサイトでタイトルで検索するなどしてみてください)。科学だけではなくて哲学、社会学の本とかもあります。たとえば王陽明の紹介本とかもありました。

Make Life Visible
Prof. Yoshiaki Toyama, Ph.D. Atsushi Miyawaki… (2020) 生物科学の可視化の技術の本のようです。

Statistical Population Genomics
Julien Y. Dutheil in Methods in Molecular Biology (2020)

Gene Drives at Tipping Points
Precautionary Technology Assessment and Governance of New Approaches to Genetically Modify Animal and Plant Populations
Prof. Dr. Arnim von Gleich… (2020) ジーンドライブについての本

Data Journeys in the Sciences
Dr. Sabina Leonelli, Dr. Niccolo Tempini (2020)

The Amazing Journey of Reason
from DNA to Artificial Intelligence
Mario Alemi in SpringerBriefs in Computer Science (2020)

Introduction to Scientific Programming with Python
Dr. Joakim Sundnes in Simula SpringerBriefs on Computing (2020) これは最初に紹介した本です。

The Pangenome
Diversity, Dynamics and Evolution of Genomes
Dr. Herve Tettelin, Duccio Medini (2020)

Bioimage Data Analysis Workflows
Dr. Kota Miura, Dr. Nata?a Sladoje in Learning Materials in Biosciences (2020)

Good Research Practice in Non-Clinical Pharmacology and Biomedicine
Editors :Anton BespalovMartin C. MichelThomas Steckler 薬学や医学での研究の再現性、正しいサンプリング、実験デザインなどを教えてくれる本です。

The Everyday Life of an Algorithm
Authors: Daniel Neyland アルゴリズムのやさしい紹介の本。

Principles of Mechanics
Fundamental University Physics
Salma Alrasheed in Advances in Science, Technology & Innovation (2019) 物理の力学の本

The Ethics of Vaccination
Dr. Alberto Giubilini in Palgrave Studies in Ethics and Public Policy (2019) ワクチン接種の必要性を議論している本

Understanding Statistics and Experimental Design
How to Not Lie with Statistics
Prof. Dr. Michael H. Herzog… in Learning Materials in Biosciences (2019) 統計学と実験計画法の教科書

The Legacy of Felix Klein 数学者フェリックス・クラインについての本
Prof. Dr. Hans-Georg Weigand… in ICME-13 Monographs (2019)

The Brownian Motion
A Rigorous but Gentle Introduction for Economists
Authors;Andreas Loffler, Lutz Kruschwitz 経済学者のためのブラウン運動の理論の教科書。

写真は5月ごろに撮影したバラの花をホテルにしているアマガエルです。昼間はこのバラの花の部屋の中でじっと休憩していますが、夜になると外にでかけて大きな声で鳴きます。今も外はカエルの声がにぎやかです。

Newtonのリンゴ―疫病を逃れての大発見

ニュートンのリンゴの話です。ケンブリッジ大学がペストの流行で閉鎖されたためニュートンは実家にもどっていました。重力について深く考え続けていた彼がリンゴの木の木陰で思索を続けていた時、リンゴの実が目の前を垂直に落ちていくのを見ました。その時、重力の本質についてひらめいたのだといいます。

この話は、ニュートンと直接話をした人William Stukeley(  1687-1765)が書き留めている手書きの本Memoirs of Sir Isaac Newton’s Life (1752年発行)にのっているそうで原本はここに公開されています。この本の15ページ目にニュートンの言葉がのっています。下のWikimedia Commonsからダウンロードした写真のように手書きの文字で読みにくいのですが、こちらには活字体で書いた原文が掲載されていますので写真の下に引用しておきます。

コロナウイルスで世界中の人が自宅に待機しているのですが、ニュートンのように偉大な発見が今 この瞬間に生まれているのかもしれませんね!

after dinner, the weather being warm, we went into the garden, & drank thea under the shade of some appletrees, only he, & myself. amidst other discourse, he told me, he was just in the same situation, as when formerly, the notion of gravitation came into his mind. “why should that apple always descend perpendicularly to the ground,” thought he to him self: occasion’d by the fall of an apple, as he sat in a comtemplative mood: “why should it not go sideways, or upwards? but constantly to the earths centre? assuredly, the reason is, that the earth draws it. there must be a drawing power in matter. & the sum of the drawing power in the matter of the earth must be in the earths center, not in any side of the earth. therefore dos this apple fall perpendicularly, or toward the center. if matter thus draws matter; it must be in proportion of its quantity. therefore the apple draws the earth, as well as the earth draws the apple.” That there is a power like that we here call gravity wh extends its self thro’ the universe < text from f 15r resumes > & thus by degrees, he began to apply this property of gravitation to the motion of the earth, & of the heavenly bodys: to consider thir distances, their magnitudes, thir periodical revolutions: to find out, that this property, conjointly  (下線を引いた部分は上の本の見開き右がわ―15ぺーじの写真には写っておらず、見開きの左ページに書き込まれています。)

上の写真はニュートンのPrincipia (1687年ラテン語の本として刊行されました)発刊300年を記念してイギリスで発行された記念切手の一枚です。
トップの写真は今年の4月中旬に福岡で撮影した、満開の八重桜をバックに咲くリンゴの花です。

 

コロナ感染拡大にともない公開されている無料で使えるサービスのいろいろ(4/18追記あり)

今日はコロナで外出できなくなっている人のために公開されている、面白そうな無料サービスをいくつか紹介します。

Ohmshaからマンガでわかる免疫学という本その他が無料公開されています。4月19日まで無料公開ということなので急いでご覧ください。(無料公開は終了しています)自然免疫とは何かとか、コロナウイルス感染の報道を理解する上での基礎知識です。(九大の人はMaruzen eBook Libraryにログインしたら読めますし、50ページづつのダウンロードも可能です。)同じサイトに公開されている本には、算数の本とかコスプレ入門とかもあって面白そうです。

英語で書かれた線形代数の教科書Linear Algebra Done Right (Sheldon Axler著、Springer)が演習問題解答やスライドなども含めて無料でダウンロードできます。本はSpringerのコロナ感染拡大にともなう無料公開措置で7月末までここからダウンロードできるそうです。https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-319-11080-6 また、スライドやビデオは、ここにあります数学のお好きな方はこの本はおすすめです。物理や化学の人にはこんなのはどうでしょうか。Linear Algebra and Analytic Geometry for Physical Sciences (Giovanni LandiとAlessandro Zampiniの共著。)これもSpringerが公開してくれている本です。もっといろいろな本がコロナ流行にともないSpringerから公開されています。リストは下のほうに載せてある九大の公開しているリンク集からダウンロードできます ( 九大図書館のリンクは今日ー4/18ーみたところ消えていたので下のほうにあるリンクあるいは、こちらをご覧ください。日本語でのアナウンスはここです。リンク集のExcelファイル中に本の名前とダウンロード用urlなどがのっています)。

私は一昨日、下のリンク集にあるサービスで大図書館にログインして使えるサービスAcademic Video Online(授業や自学自習に役立つ質の良いビデオコンテンツを61,000件以上収録している、ストリーミングビデオのデータベースです。2020年6月30日まで特別トライアル)というのを試してみました。いろんな教育関係のビデオがあるのですが、BBCの番組が多いのに気づき、では昔BBCのHorizonという番組でやっていたというドラマLife Storyがないかなと探してみました。ありました!これはDNAの二重らせん構造を解明した科学者たちの競争と研究の様子をかなり忠実にたどった感動のドラマです。昔、数万円でビデオが売られていたのですが高くで買えませんでした。無料トライアルの今ならその番組が英語字幕付きでみられます。契約している大学も多いと思いますので、アクセスできる方は是非ごらんください。舞台はLondonとCambridgeですが、私がいたCambridge大学の研究室は昔Watson, Crickが研究していた旧キャベンディッシュ研究所の隣にありました。ワトソンが音連れたことがあるプレハブもあって、のぞいていたのを覚えています。この番組は Crickによるとかなり忠実に史実をなぞっているとのことで、Watsonの二重らせんという本を読むより、最初このドラマをみるほうが感動が深いのではないかと思いました。ブラッグとロザリンド・フランクリンが、完成した二重らせんモデルを身にやってきて二人で語り合う最後の場面は感動です。(写真はケンブリッジのMRC分子生物学研究所のノーベル賞関係展示にかざってあったWatsonとCrickが作ったDNAの模型です。ドラマにもこの模型が登場します)
この番組はロザリンド・フランクリンの協同研究者で彼女を良く知るAaron Klug(MRC LMBの所長だった方で、ノーベル賞受賞者)も作成に協力しており、実際こんな会話がかわされたのかもしれないと思われます。Klugさんはロザリンドフランクリンは本当に偉大な科学者だったと語っていたそうです。MRC LMBには彼女とKlugさんが研究していたタバコモザイクウイルスの模型が飾ってありました。(下の動画ですがAcademic Video Onlineの動画リンクなので、認証失敗とかの表示がでて絵がでないときは無視してください。ログインできる人はログインして鑑賞してください。同じ動画はDailymotionにもだれかがアップロードされていますが、字幕抜きなので聞き取りにくいかもしれません。Part 1とPart 2にわかれているようです)

Life Story

ブラッグ:模型を前にしてフランクリンにIt looks as if they have got it right.
フランクリン:Yes.
ブラッグ:I’ve given my life to crystallography.I never thought I’d live to see this.
フランクリン: It’s your work too.
ブラッグ:And yours.
フランクリン:And mine.
ブラッグ:I know how you must feel. I’m sorry.
フランクリン:I might have seen it, but I didn’t. I see it now.
ブラッグ:This race, this winning and loosing, it’s not the way I was taught to do science.
フランクリン:It doesn’t matter. モデルをあおぎみて、This is what matters.
Life is the shape it is for a purpose. When you see how things really are, all the hurt and the waste falls away. What’s left is the beauty.

様々な大学の図書館のホームページには、自宅から使える様々な便利なサイトが載っていると思いますが、コロナ感染拡大にともなってさらに新しいサービスが無料で使えるようになっているので是非大学の図書館のホームページを見てください。たとえば九州大学の図書館のニュースページをみると、先日紹介したCambridge University Pressの無料で教科書で読めるサービスへのリンクがでていますし、様々なサービスが無料で使えるようになっているのがわかると思います。九大図書館が新設した「新型コロナウイルス感染症対応 特設ページ」には上のリンク集以外にいろいろ参考になるリンク(ログインしなくても使えるサービスも含む)がありますので学外の方もふめてご参照ください。ログインなしで無料で使えるサービスリストも同じところにでていますので九大以外のかたも是非ニュースページをご覧ください。たとえばこんなのがのっていました(九大図書館のニュースから引用。詳しくは上のリンクを参照してください。)


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桜が咲きました。春がきています!コロナウイルスに負けずに物理数学の本を勉強しましょう!

コロナウイルスで大騒ぎですが、皆さんのご健康をお祈りいたします。中国から私のラボにきていた卒業生の皆さんやそのご家族の皆さんのご無事を祈っています。私のほうは、論文の作成や論文レフリーを依頼されていたので査読作業も忙しくてブログの更新が遅れていました。昨日査読レポートのアップロードを終えたので久しぶりに外に散歩に出かけてみました。写真は道端に咲いていたきれいな水仙の花です。

今日は福岡は暖かく、なんと五月中旬並みの気温(23度ちょっと)もあったそうです。
桜はというと、気象台の開花予想はもう少し後のようですが、なんと近所の桜は咲いていました!蕾のかたいソメイヨシノが並んでいる中に一本だけ、きれいな花を数輪つけているものをみつけました。レンゲも田んぼに咲きはじめ、タンポポの花を奥さんがみつけました。写真は庭のサクランボの木の花です。一週間前にとった写真ですが、満開の花に蝶々が蜜を吸いに来ているのが写っています(クリックして拡大してご覧ください)。たくさんのかわいいメジロも蜜を吸いにてきていて、私が数メートル離れて立っていても無視して、一心にサクランボの花の中にくちばしを入れておりました。右の写真はあぜ道に咲いているアザミです。花いっぱいの春がやってきています。皆さんも花を植えたり、散歩にでかけたりすると気が晴れると思います。

卒業式がなくなった大学も多いのですが、自宅にこもることが多い今の時期にはいろいろな勉強ができると思います。ときどき紹介しているようにネットでいろんな勉強ができますので、しっかり時間をとって勉強するチャンスかもしれません。以前紹介した学習院大学の田崎晴明先生の物理数学の優れた教科書ですが、数日前には主成分分析なども加筆された改訂版を公開されました。絶対おすすめの本ですので勉強してみてはどうでしょうか。また英語ですがCambridge University Pressではコロナの感染拡大にともなっていろいろなサービスの無料公開を始めています。ここをご覧ください。教科書のhtml版の無料公開(5月末まで)を始めていたので紹介しようと思ったのですが、アクセス数がものすごくて今は公開を停めたようです。再開すると書いてありますのでちょくちょくみてもらうと良いと思います。(結局、一般公開はとりやめになって、大学などでCambridge University Pressのサービス―Cambridge Coreなど―を購読している場合のみ大学経由でアクセスできるようになったようです。4月3日追記)