あけましておめでとうございます。福岡は快晴で初日の出も拝めて穏やかな元旦です。年賀状もどっさりとどいて、懐かしい方々からの便りになごませてもらっています。本年もどうぞよろしくお願いいたします。

新年元旦から本の紹介や参考になりそうなリンクなどを毎日、新しい固定ページ（「日替わりリンクなど」という名前です）にまとめることにしました。従来の投稿よりは簡単な紹介ですが参考になるかと思いますので、是非毎日アクセスしてみてください。ページ上部の画像の下にあるタブ（日替わりリンクなど）をクリックしてもページが開きます。

年末に近くの古墳にのぼってきました。光正寺古墳（国指定史跡）という前方後円墳です。古墳公園になっていて古墳のてっぺんまで歩いて登れます。

左の写真は駐車場から歩いてすこしのところにあるのぼり口、古墳がみあげられます。右の道路をすすんでいくと古墳の上に歩いて登れます。右の写真は円墳部分から方墳部分をみた写真です。丘の上にあるので海が遠くに眺められます。海を臨むように古墳が建造されたものと思われます。下の写真は方墳の部分から円墳の部分をみた様子です。大きさがわかると思います。

この古墳、魏志倭人伝にでてくる不彌国（ふみこく）の王のものという説が有力だそうです。福岡市は奴国（なこく）で隣にあったのが不彌国です。

私が短期留学していたことがある英国CambridgeにあるMRC LMB　（分子生物学研究所）ではコロナ下の現在、多くのセミナーをネットで公開しています。先日、10月13日午後10時半から夜中の1時まで（日本時間）、タンパク質の立体構造予測で有名なAlphaFoldの開発者John Jumperさんと、AlphaFoldや有名な碁の人工知能ソフトAlphaGOの開発元DeepMind社の創設者でCEOのDemis Hassabisさんの講演がライブでありました。今回の講演は、ライブ限定でネットでは公開しないということで眠いのを我慢して視聴していたのですが、本日YouTubeで2つの講演ともに公開されましたのでお知らせします。わかりやすい講演ですので是非ご覧ください。
どちらの講演もYouTubeの再生画面の下のほうにある字幕ボタンを押せば、英語字幕が自動生成されますので字幕オンでご覧になるのをおすすめします。日本語の講演の自動字幕生成機能はまだまだ使い物にならないことが多いですが、英語の講演の字幕自動生成機能は結構信頼性が高いです。

MRC LMBのYouTubeチャンネル（ここをクリック）にはその他の面白い動画もありますので、いろいろ探して視聴されるとよいと思います。

Kendrew Lecture 2021 pt1 – Using AI to accelerate scientific discovery – Demis Hassabis

Kendrew Lecture 2021 pt2 – Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold – John Jumper

新年あけましておめでとうございます。昨年は新型コロナウイルスに社会がひっかきまわされた一年でしたが、今年はもとの平穏な社会がもどってくることを願っています。元旦の今日は、新型コロナウイルスについて詳しく解説したパンフレットと、トランプ大統領などの治療に使われた新型コロナウイルスに対する抗体医薬品について紹介します。

このブログでもコロナウイルスについては何回か触れましたが、ここに「新型コロナウイルス感染症COVID-19 診療の手引き　第4.1版」という医療関係者向けの厚生労働省発行の手引きがあるのをみつけました。どうやってPCRをやるのかとか、潜伏期間はどれくらいとか、症状や、マスクや消毒の効果などなど、各自の知識に応じて興味深く読むことができる内容です。読むと新型コロナウイルス感染症の全貌がわかるのでダウンロードして手元に置いておくのをおすすめします。

Google検索していたら、以前の記事で紹介したVir Biotechnology社の抗体医薬品は第3相の世界規模の試験に入ったのがわかりました。またニュースによると(英語のリンクです。日本語の記事は以下を参照してください）同じ記事で紹介していたvaccinal effect （おおざっぱにいえば抗体を投与した後、まるでワクチンをうたれたような防御効果がでる現象です）がインフルエンザウイルスに対する抗体に関して確認されたという論文を、同社が雑誌Natureに載せているそうです。このNatureの論文についてはここに日本語による紹介の記事をみつけましたのでリンクしておきます。またこちらにもわかりやすい日本語での紹介があります。この論文ではウイルスや癌細胞を殺す抗体（ウイルスや癌細胞にある特異的なタンパク質や糖鎖に対する抗体で治療用に使う抗体です）の根元の部分のアミノ酸配列に３箇所のアミノ酸配列変異、いわゆるGAALIE突然変異を導入するという手法を使っています。GAALIE突然変異というのは、G236A/A330L/I332Eの変異から “GAALIE”と名付けられた変異のことす。抗体の研究で有名なKabatさんのデータベースでの抗体のアミノ酸配列の番号づけ（EU index in Kabat ）で、Fc領域にある236番目のアミノ酸グリシン(G)をアラニン(A)、330番目のアラニン(A)をロイシン(L)、332番目のイソロイシン(I)をグルタミン酸(E)に変化させた抗体を作成することです。

この三箇所の変異を導入した抗体を人工的に作って投与したらインフルエンザウイルスに対する強いvaccinal effectが観察されたそうです。

このGAALIE突然変異によるvaccinal effectはもともと癌の治療薬として使われた抗体の研究で見つかりました。現在利用されている多くの腫瘍マーカーは糖鎖です。膵臓癌や胃癌、大腸癌などの診断に広く活用されている腫瘍マーカーとしてCA19-9(シーエーナインティーンナイン）というのがあります。これは4つの糖が結合した糖鎖でシアリルルイスa (Sialyl Lewis A (sLeA）)と呼ばれる糖鎖(シアル酸がついた糖鎖でシアリルルイスエーと読みます）のことです。この糖鎖の発現がこれらの癌で高まることから、この糖鎖は極めて有用な腫瘍マーカーとして、現在臨床検査で活用されています。

この糖鎖と結合する抗体を投与することで癌細胞を殺す治療法が研究されていました。この治療用のシアリルLewis aに対する抗体の根元部分（Fc部分）にGAALIE突然変異を入れた抗体を作って投与すると、vaccinal effectがみられることが発見されて論文になっています。（ここにロックフェラー大学の特許へのリンクがあります）。最初に紹介したNatureの論文では、インフルエンザウイルスに対する抗体で、このアミノ酸配列の三か所での改変を行うと、インフルエンザウイルスに対する高い免疫効果がみられたそうです。同様の改変はもちろんSARS-CoV2の治療抗体でも既に実施されています。

このように新型コロナウイルスに対する治療用抗体薬品の開発もすごい勢いで進んでいますので、COVID-19に感染しても抗体で治療することが容易になる日も近いと思われます。ワクチンの開発もすすんでいますし、今回 phase IIIに進んだというのを紹介したFc部分を改変したヒト型モノクローナル抗体も巨力な治療効果が期待されるので、ちょっと明るい希望が見えてきた元旦だと思います。みなさんもどうぞゆっくり休んで英気を養って、コロナにまけないように今年もがんばっていきましょう。

お正月ですので、写真は床の間の掛軸とハイビスカスの花にしました。般若心経の掛軸を飾っています。

本日12/6日早朝、はやぶさ２のサンプル容器の地球帰還ミッションが成功しましたね。おめでとうございます。JAXAの帽子をかぶった子供たちも、大人も真夜中のパブリックビューイングで大感激でした。（下の動画は、今朝の早朝の生中継の録画です。是非ゆっくりご覧になるのをおすすめします。）

初代のはやぶさの時は、NHKの生中継は無かったのですが、今回はアニメの放送の冒頭にニュースで生中継しましたね。でも本家のJAXAの生中継はやはり格が違いました。上の生中継の動画では、サンプル容器の火球がオリオン座のリゲルをかすめ、尾をひいて流れてやがてケンタウルス座のαとβ星の間に消えていくまでの間の様子を、星座名をあげながら詳しく解説してくださったので動画が本当によくわかりました。またどうやってカプセルを見つけるかとかの解説もわかりやすかったですし、国際宇宙ステーションから撮影されたはやぶさ２の本体の動画とかも見せてくださいました。また はやぶさ２本体から切り離されたカプセルが実際離れていく様子を京都大学岡山天文台のせいめい望遠鏡がとらえた写真や動画の解説もこの生中継であったので、はじめてあのごちゃごちゃした写真の見方がわかりました。前の小惑星でのサンプル採取のときも動画でみましたが、JAXAの広報は秀逸ですね。小学生のお子さんでもおうちの人にちょっと解説してもらいながら見れば、内容はほぼ完全に理解できるのではないでしょうか。はやぶさ２をおっかけていた子供たちの将来が楽しみです。今の大学の学生さんもそうですが、子供たちもものすごく優秀です。この優秀な人材が本当に活躍できる社会を作っていくのが私達大人の責任だと思います。

やぶさ２本体のほうは、次の小惑星を目指して航行中とのことで宇宙から見た地球の映像などもこれからみられると期待しています。

下のリンクにあるJAXAのサイトに火球の写真や動画が掲載されているのでご覧ください。動画の２や３にαケンタウリ（地球に一番近い恒星約4.3光年の距離）とβケンタウリの間をとおっていくカプセルが写っています。
http://www.hayabusa2.jaxa.jp/en/topics/20201206_fireball/

左の写真はJAXAのこのリンクにある今回のカプセルの火球の写真、右の写真は我が家に咲いている水仙の花です。こちらは虫が花に飛行して最接近中の一瞬をとらえています。

世界一詳しいヒトの細胞の図解が2018年に公開されています。細胞を構成している分子についての知識は飛躍的に増えていて、X線結晶構造解析、核磁気共鳴(Nuclear Magnetic Resonance: NMRと略します）、クライオ電顕などを使って、細胞内での生体分子の様子がずいぶんわかってきました。その成果の集大成の図といえるでしょう。

こんな図です。きれいですね。秘密の花園みたいにきれいです。図には二つの細胞が描かれています。図の右上隅の細胞は、カドヘリンを介して画面のほとんどを占めている細胞と接着しています（この記事の下から二番目の図にカドヘリンのある場所がしめしてあるのでご覧ください）。画面左上からカドヘリンによる接着部位に向かって広がっているのは細胞膜とその膜上および膜外(細胞外基質）にあるいろいろな分子です。画面左下の黄色いバスケットのように見える部分(核膜孔）の周りの膜は、核膜などでその下は核の内部です。青い紐はDNAでいろんな転写因子も描かれています。

Cellular landscape cross-section through a eukaryotic cell, by Evan Ingersoll & Gael McGill – Digizyme’s Molecular Maya custom software, Autodesk Maya, and Foundry Modo used to import, model, rig, populate, and render all structural datasets
こちらには同じ図ですが、図のあちこちをクリックすると分子の名前だとか分子の詳しい説明などがみられる図(クリックしてサイトを開いてみてください）が掲載されています。ページを開くと上の図が大きく表示されていますが、下に6枚、上の図の部分図が表示されています。絵で描かれている分子の部分をクリックすると、分子の名前が英語で表示され、ダブルクリックすると分子の情報を英語で詳細に書いてあるページが開きます。以下の図はこのサイトの使い方の一例です。
図の中の細胞と細胞の接着部位にある分子をクリックしてみましょう。

マウスカーソルが指に変わって、n-cadherinという分子名が表示されます。これはN-cadherinです。

下の図に示すように、各図の左上にSelect a pathwayと書かれているプルダウンメニューがあります。プルダウンして、Cell Structureを選んでみましょう。以下のような細胞の構造に関わっている分子とその分子名が一斉に表示されます。これでチューブリンだのアクチンだのがどこにあるかが一目瞭然ですね。それぞれの分子をクリックすると分子の解説ページが開きます（何故かN-cadherinの場合は開きませんでした）。

この図で灰色っぽい白に表示されているのは、細胞膜です。上の細胞と下の細胞が結合している部分にN-カドヘリンがびっしり膜から生えているように見えるのがわかると思います。この接着部位は、接着結合(adherens junctions）あるいはその一例である 細胞をぐるっと取り囲む接着帯(adhesion beltあるいはzonula adherensとも言う)と呼ばれています。図の細胞膜の表面（図の左上のすみのほう）には、プロテオグリカンの一種であるperlecanが描かれています。図をひらいてみていろいろクリックしてみて細胞がどんな分子で構成されていて、それぞれの分子がどこにあるかなどをみてみてください。
このMcGillさんたちが作った図では分子の密度は実際のものより薄まっていると書かれています。実際はもっと細胞内は分子が込み合っているようです。