英語論文執筆に参考になる資料がまとめられているサイトの紹介

「論文執筆/プレゼン資料作成時の参考資料」
というQiitaの記事には、英語論文作成に役立つ良質な資料がまとめられています。
https://qiita.com/k-kawakami213/items/5e7e1ffccbe708e6ac50
例えばマンチェスター大学のAcademic Phrasebankとか、https://www.phrasebank.manchester.ac.uk/
私が以前推薦したMerriam Websterのオンライン版英英辞典とかhttps://www.merriam-webster.com/
日本語の論文執筆指南書や文法チェッカーなど多彩な資料が紹介されています。いろいろ掲載されているリンクをクリックしてみてください。役立つサイトです。

DeepMindのAI学習用教材の紹介です。

AlphaFold2やAlphaGOで有名なDeepMindではいろいろなAI学習用教材を用意しているそうです。たとえばこちらには、
https://github.com/deepmind/educational
深層学習Deep LearningのためのPython、NumPy講座や、教師あり学習入門、教師なし学習入門、タンパク質の立体構造予測原理の入門講座などすべてGoogle Colabで体験しながら学べる教材各種が用意してあります。
Introduction to Python and NumPy for Deep Learning
Introduction to Supervised Learning 1 – Regression
Introduction to Unsupervised Learning
Protein Folding
また大学レベルの講義も公開されていて、
https://www.deepmind.com/learning-resourcesにいろいろ講義が集められています。
一例をあげれば、
https://www.deepmind.com/learning-resources/reinforcement-learning-lecture-series-2021は強化学習入門講義ですが、スライドをダウンロードして講義を聴くことができます。スライドには役に立つ強化学習の教科書のダウンロードリンクも載っています。http://incompleteideas.net/book/RLbook2020trimmed.pdf

スクラッチというプログラミング学習用ツールがあるのを初めて知りました

今日は小学生とZoomで話す機会がありました。ゲームを作ったのでみせたいというので画面共有で、作ったゲームをみせてもらいました。「ゲーム作りで楽しく学ぶ Pythonのきほん」(森 巧尚 著、マイナビ出版)を  だいぶ前からやっていたのでPythonのプログラムかと思いましたが、スクラッチ(Scratch)という小学校のプログラミングで習うソフトでゲームを作ったのだそうです。Zoomの合間にネット検索してみると、ScratchはMIT(マサチューセッツ工科大学=アメリカの有名大学です)のメディアラボが作った無料の教育用のプログラミングツール(8歳から16歳向けだそうです)で、世界中でプログラミング学習に使われているのだそうです。オンラインでも使えますし、自分のPCやマック、携帯などにダウンロードして使うこともできます。こちらをご覧ください。
https://scratch.mit.edu/
日本の小中学校のプログラミング教育でも採用されているとのことで、NHKでも番組があります。
https://www.nhk.or.jp/school/sougou/programming/origin/playworld.html
とても使いやすい開発環境付きのプログラミング言語なので、これでプログラミングを学んでおけば、現在使われているPythonなどのプログラミング言語を学ぶのに大いに役立つと思われます。現在はノーコードのプログラミング言語(以前紹介したOrangeは有名です)も増えていますので、ひょっとしたら将来は、このスクラッチの大人版のようなものを使って、ノーコードでプログラムを書くのが普通になるのかもしれません。スクラッチはそういう時代を先取りしているような気がしています。次の動画はOrangeの紹介です。https://youtu.be/HXjnDIgGDuI

下にはPythonの入門書について以前書いた記事を再録しておきます。下で紹介した本はとっても面白い本だそうです。Python入門にはお勧めの本です。

2022/2/9
小学校からプログラミングの考え方を学ぶようになってきましたね。小学生でPythonとか学んでおけば、たとえPythonがJuliaに替わっても、あるいはMathematicaがもっと普及しても対応できるでしょう。実際につかえるプログラミング言語をさっさと小学校の適当な時期に学ぶのが一番いいと思います。たとえばこんな本はどうでしょう。 「
ゲーム作りで楽しく学ぶ Pythonのきほん」(森 巧尚 著、マイナビ出版)という本です。 ちゃんとしたゲームがつくれるので、ABCとタッチタイピングを学びながらプログラムを打ち込んでいけば、小学生でもPythonが学べます。小学1年生でもお母さんやお父さん、あるいは家族と一緒に学べばなんとか読める本です。ゲーム世代には最適の本で、評判の本です。

YouTube動画を見る時にでる広告を除去する機能拡張について

こちらでは台風11号の被害はあまりありませんでした。福岡は暴風域がかすめたので風はすごかったです。でも対策が進んでいるのか、いつも台風が通過したあとにみられる倒れた屋根の上のアンテナとか、カーポートの波板がはがれているというような風景はみかけませんでした。直撃の台風でなくてよかったです。私の家では南風で郵便受けの蓋が外れて飛んで落ちたくらいの被害でした。あとはご近所の庭の木が風で傾いたり、草花が倒れたりしていました。温帯低気圧になったようですが、北日本の皆様も被害がないことを祈っています。さて、今日はYouTubeをみるときの広告を消す機能拡張を紹介しておきます。Braveのブラウザではなにもせずとも広告は自動で除去されます。FirefoxではAdBlocker for YouTube™という機能拡張https://mybrowseraddon.com/adblocker-for-youtube.html
をあらかじめ入れておくと、広告は表示されなくなります。いつもでてくる英文文法チェッカーの広告とかがなくなるので快適です。たとえばこんな動画をみることができます。
https://youtu.be/B8WnCAOcheM

この動画は以下のチャンネルの動画の一つです。人気のチャンネルだそうです。マイクロソフトのエディタのVSCodeの入門動画ですね。
https://www.youtube.com/channel/UC5Kgc_HNzx4GJ-w4QMeeKiQ/playlists
VSCodeのプログラミング用のおすすめ機能拡張については以下のQiitaにでている記事をご覧ください。とても参考になります。

https://qiita.com/KNR109/items/5f933df1292564e6dc70
下の動画はMRC LMBの動画です。これも見る時に広告がでます。私はヘッドホンを使っているので広告がでてもヘッドホンを外すだけですけれど‥‥。
https://youtu.be/D8xv_pJvD1g

Mathematicaを使った量子力学の学習について

Mathematicaを使った物理学の学習について

無料で公開されている、量子力学をMathematicaを使って学ぶという教科書については以前紹介しました(この記事の末尾にペーストしておきますのでご覧ください)。別の先生の教科書をみつけたので紹介しておきます。Daniel V. Schroeder先生(アメリカのオレゴンにある大学の先生のようです。Department of Physics and Astronomy,Weber State University のMathematicaを使った量子力学の講義本(ドラフト版でNotes on Quantum Mechanics (unpublished, 2022) という本です。a draft textbook for a one-semester undergraduate course in Quantum Mechanicsと書かれていますが、次のweb pageにあるリンクからダウンロードできるので、ご覧ください。https://physics.weber.edu/schroeder/quantum/QuantumBook.pdf
この先生のページhttps://physics.weber.edu/schroeder/#booksにはMathematicaを使った量子力学の講義がいかに優れているかを紹介している次の動画もありますのでご覧ください。Liberating undergraduate quantum mechanics through computation (21-minute video of talk for AAPT summer meeting, 2021)という動画です。
https://1533221.mediaspace.kaltura.com/media/Liberating+undergraduate+quantum+mechanics+through+computation/1_ta4qsdny

他にもhttps://physics.weber.edu/schroeder/software/には、物理の教育用のソフトがおいてあります。分子動力学のデモソフトとかいろんなソフトもありますので面白いと思います。

2022/2/18
Mathematicaは物理学を学ぶときにとても役立つソフトウエアだと思います。2022/2/5の記事に書いたように、今やJupyter notebookから無料でWolfram Engineが使えるのですからこれを利用しない手はありません。(Raspberry PiならMathematicaそのものも無料で使えます)。今日はかなり実用的な量子力学の教科書を紹介します。Using Mathematica for Quantum Mechanics: A Student’s Manualという本でスイスのBasel大学のRoman Schmiedさんが書いた本です。この先生は量子力学、量子コンピュータなどの専門家でかなり実用的な内容の量子力学の本になっています。初歩的な入門を終えた人や、Mathematicaを使って手っ取り早く量子力学を使えるようになりたい人に適した本のようです。(私はまだ読んでいません。)プレプリントサーバーのarXivで公開されていてダウンロードできますのでご覧になるといいと思います。そこからMathematicaのnotebookもダウンロードできます。これはzipファイルなので7-zipなどで解凍してください。

研究倫理についてのeLearningを受講した話です

9月になりました。8月の末に、一年に一回受講することが大学できめられているeLearningの受講をすませました。日本学術振興会の「研究倫理eラーニングコース」というオンライン研修です。登録すればどなたでも受講できるそうです。
https://elcore.jsps.go.jp/top.aspx
その内容は別途発行されている
「日本学術振興会『科学の健全な発展のために』編集委員会編『科学の健全な発展のために-誠実な科学者の心得-』
丸善出版株式会社、2015(平成27)年」にもとづいているそうです。ですから登録が面倒な一般の方はこちらから
https://www.jsps.go.jp/j-kousei/data/rinri.pdf
pdfをダウンロードして読まれるとよいと思います。大学や研究所に所属しているかたはすでに受講を済ませておられるか、あるいはそのうちに受講指示がきて受講することになるので、個人で登録して受講する必要はないと思います。私は九大時代から結構な回数受講しています。昔と比べると、内容は徐々に改良されているのがわかります。以前こうしたeLearningの中にしばしば無批判に含まれていた、物理学者ミリカンのcherry picking疑惑とかメンデルのデータ操作疑惑の話(いずれもしっかりとした反論がなされていて、研究不正の例にするには問題がある話でした)などはこのeLearningの内容には含まれていませんでした。学生や研究者、事務の方などは受講が義務付けられていることが多いと思いますが、一度は受講しておくとよい内容の研修です。科学に興味がある一般の方もいちどはpdf版に目をとおしておかれることをお勧めします。

研究不正といえばこんなYouTube番組がありました。音声読み上げソフトをつかった動画で聞き取りにくいので、私は音を消して字だけを読むようにして視聴しようと思います。
https://youtu.be/OtXTv9KF1eY

この動画シリーズにもとづく本で、Kindle unlimitedに含まれている「奇書の世界史」という本にも収録されていますので、「ゆっくり」と俗称される音声読み上げソフトの声が嫌いなかたは、この本を読まれても良いと思います。とても面白い本なので一読をおすすめします。

九州大学が3Dデジタル生物標本のデータベースを公開しました!

九州大学が3次元立体モデルで生物標本を表示するデータベースを公開しました。昆虫や魚、植物などの標本を三次元立体モデルで表示して観察することができます。

世界に先駆けてリアルな「3Dデジタル生物標本」を1400点以上公開」という九州大学のサイトにのっているニュース記事をご覧ください。
https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/802/
実際の立体モデルをみるのはこちらのページからどうぞ。
https://sketchfab.com/ffishAsia-and-floraZia/models

「公開された3DモデルのほとんどはCC BY 4.0ライセンスの下、誰でも自由にダウンロード・利用できます。」とのことです。埋め込み用のコがページから取得できるので、自分のweb pageにモデルを埋め込むこともできます。
実際に一つ3Dモデルを埋め込んでみましょう。コオニユリという花を表示したのが次の写真です。下のほうに青い字でDownload 3D modelという表示があります。その隣の隣に</>Embedというボタンがあります。これをクリックしてembed用のコードをコピーして、自分のweb pageにはりつければ終わりです。
こんな感じになります。full screenをクリックすると全画面表示で立体モデルを観察できますのでお試しください。

Credit表記は animal類は ffish.asia | plant類は floraZia.comでお願いしますということです。
論文はこちらを見てください。https://riojournal.com/article/86985/
論文にのっているYouTubeビデオを一つ挿入しておきます。くさいちごの立体標本です。

立体図鑑の登場ですね。子供から大人まで楽しめるサイトです。是非活用してください。

無料のPython入門用教科書(追加)

以前、京都大学のPython演習本を紹介したことがあります。この本(こちらからダウンロード可能です)の欠点は解答がないことだという指摘をもらいました。大学生の授業用教材を公開しているだけなので解答を提供していないのは理解できるのですが、Python初心者はちょっとしたところでうまくプログラムが動かず、模範解答がないので、結局有料コースを探してそちらで学ぶということになるようです。

東京大学のこちらの教材はその点、解答つきなので京大版よりずっとよいかもしれません。
https://sites.google.com/view/ut-python/

html版やpdf版、jupyter版などダウンロードして勉強できます。Google Colaboratoryを使うのでGoogleアカウントをつくって利用すると便利です。もちろんanacondaなどでColabを使わずに勉強してもいいと思います。

Rによる疫学解析のためのハンドブックがあるそうです。

無料で利用できるR言語はいまや統計解析で使うプログラミング言語の標準となっています。統計学の学習や研究に必須の道具です。疫学の研究向けのEpi R Handbookという本がオンラインで読めますので、疫学に興味のある方はご覧ください。ダウンロードしてオフラインで読むこともできます。html版をダウンロードするか、あるいはRのパッケージとしてダウンロードすることもできます。
詳しくはhttps://www.epirhandbook.com/en/
の中にあるダウンロードページを見てください。

https://epirhandbook.com/en/download-handbook-and-data.html
日本語版も9月中旬公開予定だそうで楽しみですね。
また関連情報がこちらApplied EpiTMのページにまとまっています。
https://www.appliedepi.org/
登録が必要ですがオンラインチュートリアルもあるそうです。
https://appliedepi.org/tutorial/
写真は我が家で毎日咲いている朝顔の花です。クマゼミの声はもう聴かれなくなり、ヒグラシの声も減って来たようです。毎日雨がふって典型的な夕立の夏です。

AlphaFold2についての最近の情報

AlphaFold2を自分のパソコンにインストールする方法についてはこちらのQiitaの記事が参考になりそうです。
https://qiita.com/suginaga/items/b487293c1b54d51714c9
またGoogleのColabFoldをクラウドではなく、自分のパソコンで使えるようにしたシステムLocalColabFoldの利用法もQiitaに記事がでています。
https://qiita.com/Ag_smith/items/fca48002fbdcb15145c0
これはGPUが本家の無料版では安物しかつかえない、使用時間の制限があって使い物にならないなどの場合の対策として利用されているシステムです。
LocalColabFoldのインストールの仕方はこちらにあります。
https://github.com/YoshitakaMo/localcolabfold/blob/main/README_ja.md
これらの記事は、ColabFoldの論文(オープンアクセスでダウンロードできます)
https://www.nature.com/articles/s41592-022-01488-1
の著者でもある東大の森脇先生の書かれた記事です。

森脇先生のこちらのページもMD simulationとかpymolとかいろいろ面白そうな記事があって参考になります。
https://github.com/YoshitakaMo