MRC分子生物学研究所の2022年度生物物理学的技術入門講義シリーズというのが公開されています

MRC LMB (英国ケンブリッジ)ではThe 2022 Introduction to Biophysical Techniques lecture seriesというのをやっています。こちらにタイトル一覧があります。下の一覧表のWebinar の部分をクリックすると、該当する講義の動画がみられますので試してみてください。https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/research/scientific-training/biophysics-lectures/

Talk Date Technique Speaker Download Talks
1 Tuesday 18/01/2022 Introduction to Light Microscopy Nick Barry Webinar
2 Thursday 20/01/2022 Image Analysis Tools Jérôme Boulanger Webinar
3 Thursday 27/01/2022 Fluorescent Labeling and Light Sheet Microscopy Ben Sutcliffe Webinar
4 Thursday 03/02/2022 Super-resolution Microscopy Jonathan Howe Webinar
5 Tuesday 08/02/2022 Fluorescence Spectroscopy and Microscale Thermophoresis (MST) Stephen McLaughlin Webinar
6 Thursday 10/02/2022 Single Molecule Spectroscopy Chris Johnson Webinar
7 Tuesday 15/02/2022 Biomolecular Thermodynamics and Calorimetry (ITC) Chris Johnson Webinar
8 Thursday 17/02/2022 Biosensor Technologies (Biacore, SPR, SwitchSense, Octet) Stephen McLaughlin Webinar
9 Tuesday 22/02/2022 Introduction to Biomolecular NMR Trevor Rutherford Webinar
10 Thursday 24/02/2022 Advanced NMR applications Jane Wagstaff Webinar
11 Thursday 03/03/2022 Protein Crystallization Fabrice Gorrec Webinar
12 Tuesday 08/03/2022 Structural biology 2.0: Crystallography at the LMB in the era of cryo-EM and AlphaFold Dom Bellini Webinar
13 Thursday 10/03/2022 Light Scattering Techniques Chris Johnson Webinar
14 Tuesday 15/03/2022 Analytical Ultracentrifugation (AUC) Stephen McLaughlin Webinar
15 Thursday 17/03/2022 Curve Fitting, Errors andAnalysis of Binding Data Chris Johnson & Stephen McLaughlin Webinar
16 Tuesday 22/03/2022 Introduction to Flow Cytometry Fan Zhang Webinar
17 Thursday 24/03/2022 Instrument and Sample Optimisation for Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) Pier Andrée Penttilä Webinar
18 Tuesday 29/03/2022 Bioinformatics Tim Stevens Webinar
19 Thursday 31/03/2022 Biological Mass Spectrometry Holger Kramer Webinar
20 Thursday 07/04/2022 Quantitative Proteomics and Omics Data Analysis Holger Kramer Webinar
21 Tuesday 12/04/2022 Alphafold2 at the LMB – Use and Applications Clinton Lau Webinar

去年の録画も公開されていますが、最後のAlphafold2の解説(結果の見方や応用を詳しく解説してくれています)が目新しいですね。写真は自宅で咲いたバラです。ことしはカエルが花の中に入らず、庭でやかましく鳴いています。そろそろ梅雨ですね。

「いかにして問題をとくか」(丸善出版)について―ポリアの本を紹介します

「いかにして問題をとくか」(丸善出版)という有名な本がリニューアル出版されたそうです。https://www.maruzen-publishing.co.jp/contents/howtosolveit/index.html
スタンフォード大学教授だった有名な数学者のポリア(George Pólya)によって65年ほど前に書かれて世界各国でベストセラーを続けている本です。以前NHKで紹介されて有名IT企業も採用している問題解決に役立つ本ということで、ビジネスマンの間で大ブームになった本ですね。私も読みました。論理の本などを読むのは止めて、こちらを読むべき本です。問題の解き方について学べる良い本だと思います。原書はこちらで読めます。https://archive.org/details/princeton-science-library-g.-polya-how-to-solve-it.-a-new-aspect-of-mathematical/page/n13/mode/1up
あるいはこちら。
https://archive.org/details/howtosolveitnewa00pl/page/n9/mode/2up
また、プログラマーのためにこの本を紹介しているこちらのサイトも面白そうです。
http://www.softpanorama.org/Bookshelf/Classic/polya_htsi.shtml

芳沢光雄先生がこの本をよむための手引きにもなる良い本を書いておられます。こちらから先に読むとよいかもしれません。「いかにして問題をとくか・実践活用編」(丸善出版)https://www.maruzen-publishing.co.jp/item/?book_no=294094

他に、ポリアの本で英語で読めるものも紹介しておきます。
Mathematical Methods in Science by George Pólya Edited by Leon Bowden
https://archive.org/details/MATHMETODSSCIENCE
Induction And Analogy In Mathematics; Volume I of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya

https://archive.org/details/Induction_And_Analogy_In_Mathematics_1_/page/n9/mode/2up
Patterns of Plausible Inference; Volume II of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya

https://archive.org/details/Patterns_Of_Plausible_Inference_2_/page/n11/mode/2up

Rによる統計解析の最新情報が得られるブログを紹介します。

今日はRを用いた統計学などについての大変役立つサイトを紹介します。神戸大学の中澤港先生のサイトです。公衆衛生学/国際保健学 | 人類生態学 | 人口学 の先生でブログでは、人口学や新型コロナウイルスの統計解析などのほか、Rでの統計解析についての役立つ情報も随時発信してくださっています。Rによる統計解析の教科書もpdfでサイトにおいておられますので探してみてください。いろいろありますが、RとEZRの入門については今年の講義資料などが大変参考になります。https://minato.sip21c.org/ebhc/ebhc-text.pdf
余談になりますが、先生が以前の記事で触れておられた
主成分分析の理屈の理解に役立つKindle本 「多変量解析の基礎 II 主成分分析(改訂版): 理論とRによる演習 Kindle版」古橋武 (著) は250円のKindle本です。
AmazonのKindle unlimitedを契約すると無料で読むことができます。今までKindle unlimitedを契約したことがない人は、二か月間無料のお試しが5/9日までなら契約できるそうです。該当する方は試してみると、この本にかぎらず、いろんな分野の本やコミック、雑誌などを無料で読むことができます。私は去年お試しをして有料契約しなかったので、99円で二か月無料というオファーがきています。

母から聞いた不思議な体験談を紹介します

今日は科学とは関係のない話の紹介です。私の母から聞いた話です。母は幼いときに実母を病気でなくし、すぐ継母がきて奉公にだされたそうです。母が7歳の時、母のお母さん(当時29歳)が病気で亡くなる日のことでした。親戚が集まっており、私の母は病気のお母さんの隣の部屋で親戚の人に寝かしつけられていたそうです。眠っていた母がふと目をあけると、ふすまのところにお母さんが立っているので、「おかあちゃん元気にならはったんや!」、「おかあちゃんがそこに立ったはるやん!」と喜びの声をあげたそうです。しかし大人には何も見えていないようで、大人たちが、ものすごく怖がっていたと、母が話してくれました。私の母のお母さんはその日に亡くなったのでした。私の京都の家には、私の母のお母さんの位牌がありました。母が毎日その位牌に御線香をあげて手を合わせていたのを覚えています。私の母が亡くなった後、母の位牌も作って仏壇に並べたのですが、片付けているときに二つの位牌の裏を見て驚きました。私の母の命日と、母のお母さんの命日は同じだったのです。年末も近い、寒い京都の冬の日でした。

今日のリンクは以下です。明治大学金子研究室ホームページです。
https://datachemeng.com/
昨日、講談社のKindle ポイント50%セールで明治大学の金子先生の教科書を買いました。「Pythonで学ぶ実験計画法入門 ベイズ最適化によるデータ解析」金子弘昌著。これはとても面白い本ですのでおすすめします。また先生の研究室のホームページの上にあるタブにある「データ解析・研究者に関する情報」というプルダウンメニューをご覧ください。いろんな研究に関する知識をおしげもなく公開されているのでおすすめです。たとえば「データ解析・機械学習」のメニューhttps://datachemeng.com/summarydataanalysis/などをみてください。「学生・研究者へ」というメニューもお勧めします。https://datachemeng.com/forstudentsresearchers/
英語論文の書き方、発表の仕方などなど、様々なtipsも学べます。

電子メールのセキュリティ対策について

今日は電子メールのセキュリティ対策について紹介します。
毎日、スパムメールがいっぱい届きます。アマゾンだのJCBカード、メルカリ、三井カード、auなどをかたるメールが多いです。たいていは「残念ながら」などという業務メールではありえない日本語で、アカウントの利用停止を解除してほしかったらすぐにリンクをクリックして手続きをしてくださいというような内容になっています。発信元をみると香港や中国とアメリカ合衆国のアドレスからのものが多いです。こうした電子メールが開封されたかどうか、開封日時や開封した場所などをスパム業者が知る方法があるそうです。これに対する対策ですが、まずhtmlメールをhtml形式では絶対開かないこと、メールは必ずテキストモードでのみ開くことです。
代表的な悪徳業者の手口を二つ紹介します。
1)悪徳業者の手口にトラッキングピクセルをメールに埋め込むという方法があります。これはメールに1ピクセルの透明な画像を添付しておき、そのメールをhtml形式で表示した時にその犯人たちのコンピュータに犯人たちが埋め込んだ画像をダウンロードするためのアクセスがあることから、画像がいつ、どこからダウンロードされたかがわかるという手法です。メールを開いた日時やIPアドレス、位置情報などがわかるわけで、スパムメールをありとあらゆるメールアドレスに一斉に送っておいて、開いたメールアドレスの持ち主の情報を持ち主に気付かれないままに取得することができます。これは悪徳業者だけでなく、一般にも使われている場合もあるので注意が必要です。送ったメールが開封されたかどうかを知ることができるので、マーケッティング調査に利用されたり、そんなメールは開けていないと言うウソを見破るために意図的にトラッキングピクセルがしこまれる場合もあります。トラッキングピクセルを埋め込むサービスをしている業者もあります。

ピクセルトラッキングは、AppleのiOS 15で AppleMailを利用する場合は自動的にブロックされて無効になるようです。またGmailでも対策がとられたようで、htmlの画像ファイルはGoogleのサーバーにダウンロードされて、利用者はそちらにアクセスするようになったので、業者が知ることができるのはGoogleのサーバーに画像がダウンロードされた日時とGoogleサーバーの位置だけになったようです。いろんなメールソフトでhtmlファイルを開くときに画像を自動的にダウンロードしない設定がありますので調べてみてください。ちょっと古い記事ですがこちらの記事が参考になりそうです。https://gigazine.net/news/20210807-stop-email-pixel-trackers/

2)トラッキングリンクの利用も良く行われる手法だそうです。
トラッキングピクセルの他に、トラッキングリンクというのを入れてあるメールもあります。これはリンクのurlアドレスの?(クエスチョン)、&(アンパサンド)、;(セミコロン)以降の部分に受信者固有のコードを記述して送りつける手法です。メールのリンクをクリックすると、だれがこのリンクをクリックしたかが、メールに固有のコードによって業者にわかるという仕組みです。アクセスしてきているディバイスとかもわかるそうで、何度も業者が送り付けてくるリンクをクリックしていると、クリックしている人のプロファイリングが始まって、その結果は売り出されることもあるそうです。こうした怪しいリンクは、リンクを選択して右クリックでクリップボードにコピーして、テキストエディタに貼り付け、?(クエスチョン)、&(アンパサンド)、;(セミコロン)以降のパラメータを削除したものをブラウザに貼り付けて利用することが推奨されています。しかしコードが埋め込まれているように見えない普通のアドレスを生成して市場調査に使っている業者もいるので、心配な人は絶対メールのリンクをクリックしないようにするのがベストです。代わりに送信業者の名前をGoogleなどの検索エンジンで検索して、検索結果に表示されるリンクをクリックするようにするのが安全です。今回は私がとっているメールのセキュリティ対策を二つほど紹介しました。メールに記載されているリンクを不用意にクリックするとプライバシーが保たれない理由の一端の紹介でした。

五月になりました!キンランが今年も咲きました。

キンラン1

今日は面白いブログを一つ紹介します。
とね日記」というブログです。https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw
「理数系ネタ、パソコン、フランス語の話が中心。量子テレポーテーションや超弦理論の理解を目指して勉強を続けています!」という紹介がトップに書かれています。このブログは物理、数学、フランス語などの話題が満載のブログで面白いのでいつも見ています。先日更新されたこの記事は力作で、物理学者のファインマン先生のことが本当に様々な角度から紹介されていて読みごたえがあります。スペースシャトルの事故調査の話やファインマンさんの日本訪問の話、ファインマンさんが小さい時に勉強した数学の本などもダウンロードリンク付で紹介されているという驚きの内容です。皆さんも是非いろんな記事を読んでみてください。

毎年近所で咲いている金蘭が今年も咲きました。

今は春爛漫で家の前でもつつじが満開です。今日は天気がよかったので、つつじを眺めながら庭で昼食を食べていると蝶々が舞い、お隣のモッコウバラの茂みにキジバトがせっせと小枝を運んで巣をこしらえていました。のどかな春の一日でした。写真はモッコウバラと、家で羽化した蝶々が羽根をかわかしている様子です。

広重や川瀬巴水(かわせはすい)の作品を鑑賞できるサイトがあります

国立国会図書館(National Diet Library:略称NDL)のNDLイメージバンクは国立国会図書館の電子展示会での一つだそうで、現在公開中です。私の好きな歌川広重の名所江戸百景の版画や、川瀬巴水の風景画などが満載されており、出典を表記しておけば著作権がきれているものばかりなので、自由に利用、ダウンロードできます。
たとえばこの広重の版画は、名所江戸百景の一枚で、 「隅田川水神の森真崎 で里桜が咲いているかなたには、筑波山がみえています。ダウンロードは簡単です。名所江戸百景のページに移動して、下のほうの「全部見る」ボタンを押して全画像を表示させます。あとはお好きなサムネールをクリックすると、拡大画像が表示されますので、それを右クリックなどで保存するだけです。

高解像度の画像がほしければ、上の右の画像の下の方にある国立国会図書館デジタルコレクションへというリンク部分をクリックすると、該当する画像のデジタルコレクションのページが開きますので、そこからjpegやpdf形式で高解像度画像をダウンロード可能です。

庭のアンズやサクランボの花も満開で虫もいっぱい蜜を吸いに来ていました。しかし、ここ数日の雨で散ってしまいました。散歩道には桜がちらほらと咲き始めて春の到来です。

 

 

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無料の英語の電子書籍を探す時、Project Gutenbergがおすすめです。
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Search and BrowseからBookshelvesを選ぶと、分野別にfree eBooksを探すこともできます。
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現代の著者のfree eBookを探すならこちらがいいです。
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Project Gutenbergには、ポアンカレの「科学と方法」、「科学と仮説」、「科学の価値」の三つの本の合本(英語版)https://www.gutenberg.org/ebooks/39713
もありますし、アインシュタインの「相対論の意味」やその他の本、オーディオブックもあります。https://www.gutenberg.org/ebooks/search/?query=einstein&submit_search=Go%21
生物物理学の発展のもとになったような本で、ルネ・トムのカタストロフィーの理論で有名になった本、D’Arcy ThompsonのOn Growth and Form (1919)も読めます。
https://www.gutenberg.org/ebooks/55264
ロバートフックのマイクログラフィアもダウンロード可能です。図はHookeの細胞の有名な顕微鏡による細胞の図です。

上の動画はフックが勤めていたRoyal Societyによるマイクログラフィアの紹介ビデオです。

PyMOLやProtein Data Bankの講習会ビデオの紹介です

昨日はpymolをLinuxにインストールする方法を紹介しました。ちょうどよい紹介ビデオや資料が載っているサイトを見つけたので紹介しておきます。これは
BINDS-PDBj講習会「PDBから見てわかるタンパク質の最新研究」という講習会で、2021年9月30日(木) に実施されたものです。
https://pdbj.org/news/workshop20210930
上のリンクをクリックすると、講習会のビデオや資料へのリンクがありますのでご覧ください。講義資料「PDBデータの使い方・分子ビューワの使い方の基礎」からは以下のビデオへのリンクと講義資料のpdfがダウンロード可能です。https://www.youtube.com/watch?v=sHXn0tzUhcg 

一週間分の日替わりリンクなどを掲載しておきます。

元旦から毎日更新の固定ページをつくりました。まだご存知ない方が多いようなので、一週間分の掲載内容をトップページにもまとめておきます。庭の水仙が咲きだしました。

2022/1/8
NHKでシャーロック・ホームズのドラマを毎週みています。オンラインで日本語でシャーロック・ホームズの日本語訳を読めるのはここがよさそうです。https://221b.jp/


2022/1/7
機械学習の教科書の紹介です。 Dive into Deep Learning (Dが二つ続くのでD2Lと省略して紹介されることも多い本です)という教科書で、スタンフォード大、マサチューセッツ工科大、ハーバード大、ケンブリッジ大など世界の300の大学で採用されている教科書だそうです。Jupyter notebookで手を動かしながら学んでいくというスタンスの教科書で評価の高いものだそうです。
https://github.com/d2l-ai/d2l-enのサイトにある、Book Websiteをクリックして開くページで、MXNetやPyTorch, Notebooks,Coursesなどとあるタブの最初のMXNetをクリックするとpdf版がダウンロードできます。Coursesをクリックすると授業のシラバスやスライドなども見られます。最初のほうの日本語訳もできているようでここから見られます
2022/1/6
ものすごい図鑑 NHKのサイト
これは子供だけでなく大人も楽しめるデジタル昆虫図鑑です。
カブトムシ、モンシロチョウ、ハンミョウ、キリギリス、ノコギリクワガタなど、いろんな虫を画面上で回転、拡大、縮小して立体的に観察することができます。複眼の電子顕微鏡写真もあったりして、楽しいサイトです。お子さんと一緒にどうぞ。
2022/1/5
動画編集にはどんなソフトを使っていますか?以前、Scientific Americanという雑誌をパラパラみていたら、DaVinci Resolve  17という動画編集ソフトの広告がでていて、ハリウッドで使われているソフトで、なんと無料で利用できるとありました。Blackmagic Design Pty. Ltd.社の製品ですが最近日本語のリファレンスマニュアルが無料で公開されているのを知りました。チュートリアルとかも充実しているので時間のある方は試してみるのもいいと思います。Windows, Mac-OSX, Linux対応のソフトです。HDビデオの編集程度ならさほど高スペックなコンピュータはいらないもようです。
2022/1/4
Juliaというプログラミング言語が注目を集めています。前もちょっと紹介しましたが、Pythonより早くて使いやすいそうです。Juliaをつかったデータサイエンスの入門書(英語)が以下に公開されています。興味のある方はご覧ください。

Introduction to Datascience: Learn Julia Programming, Math & Datascience from Scratch

2022/1/3
今日は、わかりやすい量子化学計算の解説ページを紹介しておきます。元旦に紹介した「ノーコードではじめる機械学習」の著者である久我涼子さんのホームページで、pythonによるアプリケーション開発などの記事もあってきわめて参考になります。このブログの記事から生まれた本は

ゼロからわかる!! 独習 量子化学計算: 理論からはじめない新しい量子化学計算の本

というKindle本で、これは解りやすい本です(紙の本はありません)。またこちらのページには、tsujimotterさんこと辻順平さんによる、簡単な分子軌道法の入門解説記事があります。

2022/1/2
QDくんの過去ツイまとめ(機械学習、時系列分析、確率・統計に関する有益記事紹介)というtwitterの記事に有益なリンクがまとめられています。日本語字幕付きのハーバード大学コンピュータサイエンス入門講義の動画とか、いろいろありますので参考になります。
2022/1/1
機械学習に興味がある方へ
:プログラミングなしで機械学習が学べるOrange 3というのをご存知ですか?日本語の解説書としては「ノーコードではじめる機械学習」がよさそうです。Kindleなど電子書籍版と紙の本が最近発行されたばかりですが、買ってみる価値があると思います。YouTube動画を見るのも参考になります。
https://www.youtube.com/watch?v=HXjnDIgGDuI