Cytoscapeの使い方についての記事が公開されていたので紹介します。
今、Cytoscapeをつかって線虫C. elegansの遺伝子ネットワークを書いています。 遺伝子のエンリッチメント解析ソフトであるMetascapeの出力にCytoscapeのネットワークを出すものがあるので久しぶりに使ってみています。私は10年前くらいから結構使っていたのですが忘れていたり、使い方が変わったことも多いので英語のマニュアルをみながら使っています。多分LLMに使い方の手引きを作ってくれとたのむと作ってくれると思いますので、そのうちに作ってみようと思います。
今日は、日本語でCytoscapeの使い方を紹介しているわかりやすい記事を二つ紹介します。
【RNA-seq】Cytoscapeの使い方【ネットワーク解析】
https://labo-code.com/bioinformatics/cytoscape-usage/
【ネットワーク解析】CytoscapeのstringAppを使って、タンパク質間相互作用ネットワーク解析を行う【Cytoscape】
https://labo-code.com/bioinformatics/cytoscape-stringapp/
どちらも実際のソフトの使用例をわかりやすく解説しているので入門用におすすめです。ただしほんの入り口だけの解説ですので、まず動かし始めてみようという人や、昔使ったけど忘れてしまった、新しい画面で使い方がわからなくなったという人向けの記事です。