東京大学の門田幸二先生のweb pageにはRで塩基配列解析をするための詳細かつ丁寧、わかりやすい資料が満載です。たとえばRとRStudioのインストール方法や使い方が最初から一歩一歩丁寧に解説されています（スライドやpdfがダウンロードできます）。Rで塩基配列解析をしてみようと思う方には必須のサイトですので是非ご覧ください。先生のこのページ
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html
のトップのほうにあるリンクではRやRStudioおよび必要なパッケージの初心者用インストールの手引きがダウンロードできます。
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/R_install_win.pdf
Mac用の手引きももちろんあります。これでR、RStudio、必要なパッケージなどをインストールできたら次は「基本的な利用法」
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#users_guide
にある資料でRStudioを使っていきましょう。最高の手引きだと思います。
これが終わったらあとは、塩基配列解析の手引きがはじまります。一歩一歩着実にわかりやすい手引きにしたがってRの塩基配列解析法を学んでいきましょう。先生が書かれた日本乳酸菌学会誌に書かれた記事もダウンロードして読めます。
次にあげる、門田先生のラボのホームページ（いろいろな有用な情報がのっているので是非ご覧ください。）
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/index.html
にのっている、第16-18回の記事へのリンクを下にのせておきます。
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/kadota/JSLAB_16_kadota.pdf
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/kadota/JSLAB_17_kadota.pdf
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/JSLAB_18_kadota.pdf