| お知らせ：この「日替わりリンクなど」のページですが、ページのサイズが大きいため携帯で読み込むのに時間がかかります。本日から、前月分のみ残してそれ以前は、月別の子ページにうつすことにしました。3月分、2月分、1月分を見たいときは、それぞれ次のリンクをクリックしてください。2022/01、2022/02、2022/03、2022/04などをプルダウンメニューから選んでも見られます。 |
| 2023/1/1 新年あけましておめでとうございます。本年も皆様にとって素晴らしい一年となりますようにお祈り申し上げます。昨年一年間、ブログの毎日更新のためにこの固定ページを作成してきましたが、本年はこの固定ページの改修を予定しています。そのため、新しい記事のこの固定ページへのコピーは行いません。毎日更新する新しい記事は、ホームのほうをご覧ください。なお以前の固定ページはそのまま残しておきますので、どうぞご利用ください。 |
| 2022/12/31 今日は大晦日で家族で光正寺古墳にでかけました。しかしなんと年末で駐車場が閉まっていて、やむなくもう一つの目的地 宇美八幡宮を参拝しました。4時まえに駐車場について車からでると、神主さんが沢山ならんで列をつくり、巫女さんも一緒に宇美神宮からでてこられるのに出会いました。宇美神宮の拝殿の入り口の門にも神主さんが立っておられて、みていると先ほどの一行は、いったん外に出た後ぐるっと回って、正面の大鳥居から入ってきてこちらに向かってこられるのでした。なんと今日は宇美八幡宮の大祓式（たぶん おおはらえ式と読むのだと思います）の日だったのです。ラッキーでした。夏の大祓式では茅の輪（ちのわ）くぐりという神事もがあるのですが、大晦日の大祓式ではそれはなくて、終了後はただちに除夜祭にうつるのだそうです。境内には沢山お店もでていて、今夜はにぎわっていることと思います。写真は今日撮影した宇美八幡宮の天然記念物のクスノキと、境内にでていたお店です。本年もこのサイトをみていただいてありがとうございました。来年も皆様にとってよいお年でありますように。 
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| 2022/12/30 今年もあと一日ちょっとですね。今日は今年の日本分子生物学会で開催されたフォーラムの動画を紹介します。 第45回日本分子生物学会年会 フォーラム「生命科学のデータベース活用法」というタイトルのもので、こちらのリンクに開催趣旨、発表資料、動画へのリンクなどがのっています。https://biosciencedbc.jp/event/exhibition/mbsj45.html九州大学で沖先生（今は京都大学に移られました）が開発されたデータベースChIP-Atlasの最新情報が聴ける講演 「統合的な転写制御データ基盤の構築 ～ChIP-Atlas update: Bisulfite-seq と ATAC-seq データを統合しエピゲノム制御の全貌に迫る～ 」 https://youtu.be/iOrOJF9_LzU や 最近は学会の動画が、参加しなかったものにも部分的に公開されることが多いのでありがたいですね。知識の共有の時代を活用しましょう！
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| 2022/12/29 ホームのほうに「Ubuntu LTS 20.04をUbuntu LTS 22.04にアップグレードしました。」という記事を書きました。Ubuntu LTSのアップグレードは、グラフィカルインターフェイスでマウスでクリックするだけの簡単操作で完了できました。メモとして記事にしておきますのでまだの方はやってみるとよいでしょう。ソフトやファイルは残したままのアップグレードですが、念のためバックアップをとってから行うようにしましょう。 |
| 2022/12/28 Zennというサイトhttps://zenn.dev/aboutにでていた記事を二本紹介します。2022年末、Rでcsvを読む https://zenn.dev/eitsupi/articles/r-read-csv-2022 巨大なファイルをRに読み込む時の様々な方法のレビューです。 生命科学系でも巨大csvファイルを読み込むことが多いので参考になります。こちらはLatexとVSCode、Zotero、BibTexによる論文執筆法の紹介記事です。 VSCode + Zotero + BibTeXによる論文執筆ワークフロー https://zenn.dev/nicetak/articles/zotero-tex-bibtex 私は文献管理に Zoteroを使っています。Latexで論文を書く方法についての紹介記事で、Windows、」Mac、Linuxを問わず使える方法が紹介されています。 |
| 2922/12/27 昨日は国立国会図書館のサイトのリニューアルを紹介しました。今日、私がよくみる国立国会図書館のサイトCurrent Awareness Portal （https://current.ndl.go.jp/）で、来年1月18日から、個人送信資料で印刷機能が使えるようになるとのお知らせをみました。 国立国会図書館、「個人向けデジタル化資料送信サービス」に1月18日から印刷機能を追加予定 いままでは印刷ボタンがなくて印刷して保存することができなかったのです。できるようになると、調べ物をしたときの記録もとりやすくなって、ますます便利で手放せない情報ツールになりますね。国立国会図書館にまだ利用申請登録をしていない方は是非登録して活用してみてください。あと今日知ったのですが、Amazon のKindle unlimitedが2か月間99円で利用できるキャンペーンをやっています。まだ使ったことがない方は試してみるとよいと思います。 https://forest.watch.impress.co.jp/category/book/  福岡はクリスマスイブ、クリスマスは極寒でした。24日の朝には自宅の屋根の波板にバネのようなつららが下がっていました。もうすこし伸びると本当のバネのようになるつららです。11年ほど前の記事に本当にバネのようになった写真がありました。ひさしぶりのバネ型つららです。春を呼ぶつららですね。https://glycostationx.org/2011/01/10/217/昨日、今日は快晴。お昼間はあたたかくて今日は日向では20度近くまで温度が上がっていました。 |
| 2022/12/26 国立国会図書館デジタルコレクションが改訂されています。私は時々、個人送信資料を利用します。最近、デジタルコレクションのトップページ以下の大改訂が行われて大変みやすく探しやすくなりました。 https://dl.ndl.go.jp/所蔵資料の全文検索、画像を利用した検索などいろいろな新機能が満載です。また本を読むときもページのめくり方を、左から右、右から左のどちらかを選べるようになっています。詳細検索を選択して、検索範囲を”送信サービスで閲覧可能”だけにチェックをいれて、検索窓のタイトルの部分に「現象の数学」というキーワードを入れて検索してみてください。 表示された検索結果を図書にチェックを入れて絞り込みます。これで図書だけが表示されます。1969-1969年に出版されたシリーズ「現象の数学」の第１巻から４巻までが表示されます。この本は、科学技術者向けに、「使える」数学を解説するスタンスの物理数学の教科書シリーズです。微分・積分、無限級数、ベクトル、常微分方程式、ベクトル解析、偏微分方程式や差分方程式などがわかりやすく解説されています。ちょっとのぞいてみて気に入ったところを読んでみると役立ちます。次のリンクをくりっくすると、個人送信資料がよめる人（ログイン名とパスワードをいれて、ログインしている人）は「現象の数学3」が開きます。個人送信資料が読めるようにするのはオンラインで手続き可能（昔の本ブログの記事参照）ですので、是非登録してみてください。 https://dl.ndl.go.jp/pid/2519856 |
| 2022/12/25 物理関係のプレプリントサーバーにhttps://arxiv.orgがあります。コーネル大学が運営している老舗のプレプリントサーバーで、最新の論文の他、物理教育に役立つ本などもアップロードされていて初心者にも役立つことも多いサイトです。ただダウンロードするとき保存するときに名前を変更しない限り、登録IDが入ったファイル名で保存されてしますので、後で本や論文を探す時にめちゃくちゃ不便です。例えば、arxiv.orgで必要な文献を見つけてダウンロードボタンを押して保存されるファイル名は、こんな感じになります。2111.15352.pdfとか1403.7050.pdfとかいうファイル名をみても、何の本か全くわかりません。この仕様は文献がたまってくると極めて不便なのです。この不便さを解消するために作られた、自動で論文の名前を参照して保存ファイル名をつけてくれるブラウザのプラグイン arxiv-utils がありました。こちらからお使いのブラウザに応じたバージョンをインストールして使ってみてください。https://github.com/j3soon/arxiv-utils このプラグインをFirefoxやChrome, Microsoft Edgeなどにいれておくと、文献をブラウザで表示させた時に、右上のDownloadのコーナーに、Direct Downloadというボタンが新たに表示されます。Chromeでためしてみると、そのボタンをおすと、適切な名前が自動でつけられて保存が始まるので、先ほどのわけのわからない管理番号ではなく、それぞれUnderstanding Quantum Technologies 2022, Olivier Ezratty et al., 2021.pdfと Using Mathematica for Quantum Mechanics A Student’s Manual, Roman Schmied et al., 2014.pdf という名前で保存されます。Firefoxの場合は、Direct Downloadを右クリックして、名前をつけてリンク先を保存をクリックして保存する必要があるかもしれません。ファイル名がちゃんと入った形で保存ダイアログがでますのでクリックして保存するだけで簡単です。BioRχivにも対応していたらいいのですが、今のところ対応していないようです。残念。 |
| 2022/12/24 今日はクリスマス・イブです。福岡で雪が積もっているクリスマスをむかえるの珍しいです。雪がちらついているクリスマスイブの夜に講義をしていた覚えはあります‥‥。大学の冬休みがもうすこしはやかったらいいのにねと、学生と話していました。昨日から雪が降っていたので、今朝は近所のお母さんと娘さんが、積もった雪で小さな雪だるまをつくっておられました。サンタさんの村のYouTube中継もあるんですね。沢山の人が訪れているのがみられます。Live at Santa Claus Villageというサイトです。 https://youtu.be/Cp4RRAEgpeU フィンランドのラップランドからの生中継です。思わず手を振りたくなります。 さて今日は日本語の科学関係の動画の紹介です。「山下雄史のYouTube研究室」というサイトです。これは東京大学先端科学技術研究センターの山下先生がわかりやすく科学の基礎を解説してくださっている動画サイトです。最新のクリックケミストリーに関するノーベル化学賞の解説や、量子化学の解説、科学哲学や高校数学や高校物理の動画、数学や機械学習の解説、メッセンジャーRNAワクチンの解説やPythonライブラリの解説まであります。昨日紹介したBioNumPyのもとになったNumPyの解説などもありますよ。 また先生は「生体分子の統計力学入門」(Daniel M. Zuckerman著、藤崎弘士・藤崎百合訳、共立出版）という教科書を元にした講義シリーズも公開されているのでご覧ください。https://youtu.be/_DqduSCAqVk
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| 2022/12/23 BioNumPyについて。先日参加した先進ゲノム支援開催の 2022年度 PAGS・DDBJ合同 中級者情報解析講習会 でPython よりRを使うほうがバイオインフォマティクスのビッグデータの読み込みと整形（データの前処理）が楽だと言う話を聞きました。NumPyとPandasなどを使ってPythonでシークエンサのデータを読み込んだりする時、バイオインフォマティクスで扱う配列データなどは長さがまちまちであるため、Pythonだけでデータの前処理をする場合は工夫がいることが多いようです。それでRで解析するほうが便利ということになるのですが、先ごろNumPyの上に構築されたバイオインフォマティクス用のライブラリBioNumPyが公開されました。論文はこちらです。PythonのパッケージマネージャーのPipでインストールすることができます。 https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.12.21.521373v1 論文には簡単な利用ものっていますし、ベンチマークものっているので読んでみてください。さらに豊富な学習資料も用意されており、こちらからインストール法、利用法、利用例などをみることができます。https://github.com/bionumpy使い方はこちらが詳しいです。 https://bionumpy.github.io/bionumpy/ またノルウェーで今年開催されたBioNumPyのワークショップの資料（Jupyter notebook,)もこちらからダウンロードできます。NumPyの使い方からはじまるので、わかりやすいと思います。BioNumPyはNumpyをもとに構築されたライブラリですのでNumPyを知っているとすぐ使えます。 https://github.com/bionumpy/bionumpy-workshopなお、上のgithubにのっている「最新のマニュアルはこちら」というリンクは、現在リンク切れのようでした。 |
| 2022/12/22 今夜の福岡はこの冬一番の冷え込みになってきています。お昼はとても良い天気で暖かく、庭の手入れとかもできたのですが、午後になると雪がちらつきはじめ、寒風が吹きこんできました。明日は雪がつもるかもしれません。今回はブログのトラブルであわてましたが、無事。誤動作は解消したので症状やトラブル解消法についてメモしておきます。このブログは WordPressで作成、公開しています。 今回のトラブルの原因はWordPressが自動的につくってくれるリビジョン履歴のたまりすぎでした。今年は毎日記事を投稿しているため、固定ページのリビジョン履歴だけで450もありました。リビジョンは記事を書いているとき修正して保存するたびに作られて、問題がおこった時に、修正前の記事に戻れる機能です。何回も修正した場合でも、任意の修正段階の記事に戻ることができます。とても便利な機能ですが、これがたまりすぎると誤動作が起こるようです。誤動作を解消するため、以前同様のエラーがでたとき解消できたサイトのバックアップからの復元機能をためしました。このブログを設置しているレンタルサーバーである、エックスサーバーのバックアップからの回復機能（14日前までのバックアップによる回復は無料です）を利用しました。14日前までの任意の日のサイトのバックアップを使って、サイトを復元できる機能です。MySQL データベースとWordPress本体両方のバックアップの復元が可能です。バックアップからの復元には十数分から数時間かかるのが普通ですが、今回は復元して固定ページで記事を投稿しようとすると、また同じエラーがでてしまいました。結局エラーの原因はWordPressが自動で作ってくれるリビジョンのたまりすぎによるものでした（詳しくは下のほうをご覧ください。）リビジョン管理のできるプラグインを導入して、リジョンの保存期間を過去7日間分だけ残すようにして、あとは削除すると誤動作がうそのようになくりました。リビジョンをつかった復元やリビジョンの編集も可能になりました。今回たまっていたリビジョン履歴は2メガバイト程度だったのですが、それを削除するだけで、正常に戻りました。今回、リビジョンの削除に使ったのは以下のプラグインです。 https://ja.wordpress.org/plugins/rvg-optimize-database/英語のページはこちらです。 http://cagewebdev.com/optimize-database-after-deleting-revisions-wordpress-plugin/WP-Sweepというプラグインもありますが、私の使ったプラグインは固定ページのリビジョンだけの削除とか、ホームの投稿のリビジョンだけの削除とかが選べるので便利です。ただWordPressの6.0.3までの対応なので、最新版のWordPressで利用できるようになるにはしばらくかかるかもしれません。私は6.0.3だったので使えました。 以下は同じような症状でネット検索でこちらの記事にたどりつかれた方と自分用のメモです。 エラーは消えて、固定ページの真っ白な編集画面ももとにもどりました。 リビジョンの削除に使ったのは以下のプラグインです。 英語のページはこちらです。 WP-Sweepというプラグインもありますが、私の使ったプラグインは固定ページのリビジョンだけとか、ホームの投稿のリビジョンだけとか選べるので便利です。ただWordPressの6.0．3まで対応なので、最新版に利用できるようになるにはしばらくかかるかもしれません。私は6.0.3だったので使えました。
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| 2022/12/21 糖鎖生物学者Carolyn R. Bertozziさんの日本生化学会2022での特別講演の動画やノーベル賞講演動画が公開されました。 日本生化学会の本年度2022年大会の特別講演の動画が三本公開されました。 https://vimeo.com/channels/jbsoc 例によってすべてVimeoのサイトで公開されています。 最後のはノーベル化学賞を受賞されたCarolyn R. Bertozzi さんの特別講演の動画です。今年のノーベル化学賞は、糖鎖生物学の研究者のベルトジさんが受賞して大興奮でした。日本生化学会も受賞の知らせのずっと前に特別講演を依頼していました。残念ながら来日はかなわず、遠隔でのビデオ講演でしたが、是非ご覧ください。 https://vimeo.com/782737103 https://vimeo.com/782740644 https://vimeo.com/782745270 これらの動画は作成者の意向によりブログに埋め込めないのでリンクだけあげておきます。また彼女のノーベル賞講演はこちらからみられます。https://youtu.be/WyGoeQEHBEk その他の彼女の講演は以前の記事にまとめてありますので、まだの方はご覧ください。
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| 2022/12/20 一昨日の夜、固定ページの編集中に記事が文字化けして復旧できなくなりました。ブログをおいているサーバー会社では14日間はブログデータを無料で復旧できるので、その復元サービスで不具合がおこる直残の日までデータを戻して復旧作業を行いました。普通は復旧には長くて数時間かかるだけなのですが、今回は会社側のサーバー障害があったためか、復元に1日半ほどかかってしまいました。でもとりあえず復旧して固定ページもみえるようになりました。多分固定ページの長さが長すぎることによる異常だと思いますので、長すぎないように分割して掲載することにします。今のところ、このブログは今年はじめから毎日更新しているので、来年からは固定ページの毎日更新をやめることにして、ホームの記事だけを毎日更新にする予定です。今日は、以前の記事 https://glycostationx.org/2022/12/04/5108/ の続きです。中平先生の本のサポートサイトに新しい記事が追加されました。 https://sites.google.com/view/nakahira/%E5%9B%B3%E5%BC%8F先生のtwitterによると、 「拙著『図式と操作的確率論による量子論』の初学者向け資料を作成しました（72ページ）。主に本書の第5章～第7章の内容をわかりやすくていねいに説明しています。本書を読んで難しいと感じた方は，ぜひお読みください！」ということだそうです。 さっそく読んでみたいと思います。こちらのサポートページから無料で資料をダウンロードできます。 https://sites.google.com/view/nakahira/%E5%9B%B3%E5%BC%8F#h.ql5oya340rxq |
| 2022/12/19 私が大学院生のころ、新聞でクローン人間が誕生したという本が刊行されたと、大々的に報道されて、大騒ぎになったことがあります。In His Image―The Cloning of a Manという本で、著名な科学ジャーナリストのDavid M. Rorvikの書いた本です。本のカバーによると、 ”1973年の9月、科学ジャーナリストのDavid M. Rorvikのところに電話がかかってきました。クローン人間をつくるのでその記録をとってほしいというような内容の億万長者からの電話だったそうです。” この本は。その顛末を記録した本というふれこみで出版されました。この本によるとクローン人間をつくるという試みは成功し、その子は元気に育っているとあります。Internet Archiveでさがしてみるとこの本が貸出で読めることがわかりました。 https://archive.org/details/inhisimageclonin0000rorv_z1v4 借りて文献をご覧になるとわかりますが、著者はGurdonさんのクローニングの成功や、Mintzのクローニングの業績などもよく調べていて、その当時の知識からするとこの本で述べている方法で、ヒトのクローニングができるのではないかと思わせる内容でした。当時この本を読んで、クローン人間が本当にできている可能性が高いと話していた発生生物学の先生もおられました。クローン人間は本当に誕生したのでしょうか？ 可能性について考えてみたいと思います。今日は、ブログサイトの復元がまだ終わらないのでここまでで記事を終えます。 |
| 2022/12/18 大学生協には今年の7月ごろにMolecular Biology of the Cellの第7版がならんでいたそうです。 https://wwnorton.com/books/9780393884821 私はうっかりしていて、新版がでたのを知りませんでした。 この教科書、細胞生物学の定番の教科書で手元において、新しいことを知りたいときに開くと便利な本です。学部生が生命科学系の大学院を受験したいときには、この本の日本語版をよんでおけばまず合格間違いないという本です。うちの奥さんも大学院受験のときは何度もこれを読んで受験していました。その後の研究の基礎になる力がつくこと請け合いの本です。細胞生物学、分子生物学、免疫学、癌の生物学などなど盛りだくさんの内容がつまった手元においておくべき本です。第6版は2014年刊でしたが、すでにゲノム編集のCRISPR-Cas9のことが載っていて講義にも役立ったのを覚えています。今回の第7版には相分離生物学の項目もすでの入っていて、最も新しくて信頼できる教科書としておすすめします。この本はW W Norton & Co Incが刊行している本で、最近私が買ったMiesfeldのBiochemistry 第２版と同じ出版社です。ここはいい本をだしていますね。この本は、ebookもオンラインで読めるようになっているようです。ただ一冊でネットにつながずに読める電子ブック版は、買おうかとさがしてみましたがみつけられませんでした。第6版の日本語版の電子ブックは出ていたと思いますが、章ごとに販売していてそれが、学生や私が気軽に買える値段ではなかったと記憶しています。英語のペーパーバック版は生協で14000円弱で買えるので、こちらを買って手元におくのがいいと思います。学部生は日本語版がでたら買うのをすすめます。これはMiesfeldのBiochemistryの時に書いたのと同じ理由です。 今日の福岡は朝うっすら雪が積もっていました。この冬一番の冷え込みでした。 |
| 2022/12/17 先日 田崎晴明先生のサイトの紹介をしました。実は分子研での先生の生中継動画の紹介ができなかったので、それに関する動画などの情報を再紹介したのでした。昨日、その動画が 再編集の上、公開されたので紹介しておきます。https://youtu.be/79LnbFgRZAE この頃は動画が充実していますね。昨日参加していたゲノム解析の講習会も動画が多分、年内に公開される予定とのことでした。Jupyter notebookも含めてgit cloneしたら、手を動かしながらゲノム解析を学べるのでおすすめです。昨日の講師のお話では、最近はPythonをバイオインフォマティクスで使う割合が増えているそうです。それは生物系でないコンピュータ科学者や物理の人がバイオインフォマティクスに参入してきて、その数が増えているためだろうとのお話でした。ゲノム科学での統計解析や処理ではRを使う方がまだ信頼性が高く、Pythonにない統計解析方法のライブラリなども充実しているので、やはりRの習得は役立つようです。どちらも無料で習得もしやすいのでおすすめのプログラミング言語ですね。 |
| 2022/12/16 深層学習を利用した新規のタンパク質の設計というタイトルでNIH video castでワシントン大学のDavid Baker教授の講演が公開されているので紹介します。 https://videocast.nih.gov/watch=46050?jwsource=cl 生化学出身（ノーベル賞を受賞した Randy Schekman教授のラボ出身）のこの先生はタンパク質立体構造を予測するRoseTTAFoldの開発でも有名な方です。自在にタンパク質を設計できるなら、新型コロナウイルスのスパイクタンパク質に結合する、小さな容易に変性しないタンパク質をつくって薬として使えるはずです。講演はまさにそういう研究成果の解説からスタートしています。深層学習の手法をつかって自在に設計された機能性タンパク質を利用して病気の治療や、新たなな感染症の出現に対抗できるかもしれません。ビデオを是非ご覧ください。 |
| 2022/12/15
今日は先進ゲノム支援PAGSの情報解析支援が開催されている中級者情報解析講習会で勉強していました。ZoomのWebinar形式の講習会です。ゲノム解析に必要なPythonの使い方を実際例とともに学べる講習会で、後日資料とビデオが公開されるとのことで公開されましたらこのブログでもお知らせしようと思います。 初級講習会の資料や動画も上のページからみられますので、Pythonをバイオインフォマティクスで使いたい人はこのあたりの講習会から始めてみるのも良いと思います。 講義はこんな感じです。 Jupyter notebookの資料もダウンロードできるので、わかりやすいです。 以下は私の今日の失敗談です。今回の講習会、私はWindows10のPCで受講するつもりで、AnacondaをインストールしたWindows10のPCに、受講に必要な追加モジュールのインストールをはじめました。Windows10で全部インストールできると思っていたので、WSL2（Windows Sussystem for Linux 2)は使いませんでした。8個ある追加モジュールのインストールは思いのほか時間がかかり、昨夜4個インストールした後 疲れて寝てしまいました。残りの4個のインストールを今朝はじめたのですが、最後の一個の追加モジュールをコマンドラインから、conda install -c conda-forge scikit-miscとうちこんで、インストールを試みました。ところがscikit-miscのインストールはできず、Anacondaのサイトで検索してみろと言うメッセージが出て終了してしまいます。さっそくGoogle検索してみると、なんとWindowsにはこの追加モジュールはインストールできないらしいとわかりました(インストーラーがないのです）。あと1時間ほどで講習会が始まるので あせりました。急遽、Ubuntuの入っているPCを起動、Anacondaをいれて、コマンドラインで追加モジュール8個を順次インストールすることにしました。やってみるとUbuntuではWindows10の時と違って、８個の追加モジュールのインストールは、スムーズで時間もそれほどかからず終わりました。最後のscikit-miscという追加モジュールも数分でインストールできました。今回の講習会の資料が公開された時、Windows10や11で勉強するには、WSL2を使うのがよさそうです。
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| 2022/12/14
RNA, the Epicenter of Genetic Information by John Mattick and Paulo Amaral RNAはDNAに蓄えられた情報を展開する役割をもつ重要な分子です。RNAといえば昔はリボソームRNAとメッセンジャーRNAとtRNAしか知られていなかったのですが、近年の様々な種類の制御RNAの発見はまさにルネッサンスのような革命でした。RNA研究は21世紀の生物学だといわれています（注参照）。この本は、RNA研究で著名な研究者である二人の著者が、RNA研究の歴史をたどりながら、RNAの生命における役割を読みやすく紹介している本です。RNA研究の歴史を先人の誤りや偏見、試行錯誤などをたどりながら、RNAの機能と科学研究の進展の実際の姿を理解できるよい本ですので、是非pdf版をダウンロードして読んでみてください。ワトソンの有名な本「二重らせん」をしのぐ本かもしれません。Kindle版もAmazonで０円で売っていますので、Kindleでも無料で読めます。 今日は福岡は初雪でした。午後、宝満山のほうをみると、白い雪が舞っているのが見えました。自宅のほうでも雪がちょっと舞っていました。いよいよ冬到来です。 註：糖鎖生物学も21世紀の生物学の中心だと個人的には思っています！
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| 2022/12/13
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/indexJ.html その他、講義資料や、動画へのリンクもあります。動画には、先生が公開されている量子力学や熱力学などに関する一般向け、学生向けの講義の他、先生の英語の講義も観ることができます。また日本語や英語で書かれた教科書などのへのリンクやサポートページへのリンクもありますのでご覧ください。物理学が好きな人には一般の方をふくめて、必見のサイトです。次の動画は、2022年6月の理系一般向け講義で『相転移と臨界現象の統計物理学：小さくてあまり面白くないものがすごくたくさん集まると勝手にびっくりするような面白いことをやり始めるという話』というタイトルです。https://youtu.be/GxH7cD6I1zo スライドも先生のサイトからダウンロードできます。
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| 2022/12/12
雪といえば雪の結晶の美しさは有名です。雪ができるためには摂氏マイナス40度以上では氷晶核の存在が必要とされています（その温度以下では自発的に雪になるそうです）。地上に積もったばかりの新雪で、地面や樹木に汚染されていない部分を慎重に調べたところ、世界各地の新雪のほとんどの核が生物由来だとわかったという論文が2007年に雑誌Scienceに掲載されています。核をリゾチームで消化するとか、100度で熱処理すると核としての活性を失うそうで、まちがいなくバクテリアが雪の結晶ができるための最初の段階で働いていることがわかったそうです。最近の論文では実際バクテリアが回収されたりもしています。バクテリアは糖鎖をふんだんにふくんだ外膜などをもっていますから、おそらくバクテリアの周期的に配列している糖鎖が、水分子を配向させて雪をつくっているのだろうと私は考えています。人工雪をつくるときには、殺菌したPseudomonas syringae (グラム陰性菌) を加えているそうです。このグラム陰性菌は植物に感染すると霜害をひきおこすバクテリアです。一般にグラム陰性菌は外膜という構造をもっていますが、このバクテリアの外膜に存在するタンパク質であるinaZが氷晶形成をするように水分子を配置するのだそうです。それでマイナス2度くらいでもバクテリアが氷晶核形成に働いて氷ができるそうです。 inaZはアイナ ジーと読みます。ice-nucleation active bacteriaが持っているタンパク質なのでinaと命名されているのです。inaXとかいうタンパク質もあります。詳しく書いてある論文を一つ紹介しておきます。タイトルは この氷核細菌は空にも飛んでいて、雪や雲の形成に働いていると考えられています。氷晶核形成の能力が高いので、人工降雪機では氷晶核形成のためにinaZをもつバクテリア菌体を添加した水を使っているそうです。inaZってどんな形をしているかは以前の記事で紹介しました。こんな形のタンパク質です。
ソチオリンピックでこのバクテリアが人工雪つくりに使われたという動画も貼り付けておきます。
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| 2022/12/11
日本の各地で雪が降り始めました。今年の１月17日の記事で、雪について、中谷宇吉郎さんの本を紹介しました。以下に再録しておきます。 今日、個人送信資料を利用しようと国立国会図書館デジタルコレクションのトップページをみると、ちょうど雪の話が掲載されていました。https://dl.ndl.go.jp/ また、中谷宇吉郎さんの画像がきれいで読みやすい本が紹介されていました。創元文庫の 明日は、雪と生物の話をする予定です。
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| 2022/12/10 量子テクノロジーを鳥瞰するという本が最近でました。 Olivier EzrattyさんによるUnderstanding Quantum Technologiesというタイトルの本で、著者のサイトからpdf版の本が無料でダウンロードできます。 https://www.oezratty.net/wordpress/2022/understanding-quantum-technologies-2022/ 量子物理学の応用を量子力学の基礎からはじめて、量子コンピュータや量子アルゴリズム、量子暗号、量子生物学など、ほんとうに広範囲にわたってまとめている本です。読者が非専門家の場合はどこを読めばよいか、学部生が読むべき部分はどこかなどの読み方の手引きもはじめのほうにあります。もともとはフランス語ででていた本の英語版（フランス語版から数えて第5版、英語版の第二版）だそうです。なんと図版は900以上、ページ数は1128ページという本で2021年にでた英語版が836ページだったそうで、大幅な改定版ですね。本の後のほうには量子物理学の疑似科学での利用例なども取り上げられています。病気をbiphotonというもので診断治療するとか、水に記憶が残るとかいうNatureにでた論文の詳しい解説もあって、その最近までの発展なども詳しく書かれています。一昨日、日本での講演動画を紹介したハメロフ、ペンローズの意識の量子論なども酷評されています。面白いです。無料でダウンロードできる英語の本ですので、是非著者のサイトからダウンロードして面白そうなところを読んでみてください。 著者はもともとはマイクロソフトの技術者でVisual Basicを作ったりしていた人だそうで、現在は量子テクノロジーの会社を経営したり、フランス政府のコンサルタント、企業のコンサルタントなどをしている方らしいです。 |
| 2022/12/9
購入を予約していた電子書籍版「情報の歴史21」（pdf版）を買いました。 これはよい本です。PCでダウンロードしたpdfをiPadに入れてみています。pdfに印刷制限などはかかっていません。このpdf版は、検索できるのが紙の本にない最大の強みでしょう。最強といってもよいと思います。自分の生まれた年には日本と世界でどんなことがあったのかと調べてみました。政治や文化両方の二本と世界についての記載があるので、その時代が良くわかります。赤穂浪士の仇討事件のおこったとき、世界ではなにがおこっていたのか（この頃ニュートンの光学が出版されており、スイフトがいてライプニッツとニュートンが微積分の先取権をめぐって大論争をしていたなど）もわかります。試しにいろんな検索語をいれて、ヒットしたページをみると、さまざまなできごとの相互の網の目のような関係に思い至ることができます。2021年までのデータがはいっているので、CRISPRとかも のっています。日本の人名では、岡田善雄さんとかものっています。（私は大学院生のとき、岡田善雄先生のラボで、当時開発されたばかりの蛍光セルソーターで細胞をわけてもらいに、阪大微研に何度も通っていました。）。HVJ （Sendai virus)による細胞融合の発見者です。詳しくは以下の生命誌研究館のサイトをご覧ください。 以前の投稿はこちらです。
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| 2022/12/8
茂木健一郎さんが司会する、Stuart Hameroff先生の講演が今年6月 東京大学であったと聞きました。YouTubeで探してみると翻訳字幕付きでアップロードされていたので紹介しておきます。 ハメロフ先生は、2020年にノーベル物理学賞を授賞したRoger Penrose教授と共同研究している生物学者で、意識の生成に微小管が関与しているという斬新な仮説をたてた方だと思います。私はちゃんとその学説を聞いたことがないので、これを機会にこの動画を見てみようと思っています。
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| 2022/12/7
今日はメモを体系的にとって、自分用のデータベースを作る方法jについてのブログを紹介します。 テキストエディタでいろいろな思い付きとか、学んだ知識などを蓄えて知識データベースとして利用する方法が紹介されている2つのブログを見つけました。最初のブログは、ソフトとしてはわりに新しいテキストエディタであるObsidianというソフトを使っているという方のブログです。 ”Obsidianは最高のマークダウン『メモ』アプリである” もう一つは、Obsidianを使っていたが止めて別のシステムに移りましたというブログです。 ”すみません、もうObsidian使ってません…テキストエディタを乗り換えた5つの理由 | jMatsuzaki” 私は、以前紹介したTextclipperを愛用していますが、これは記事をテキストで保存するとき、自分なりのキーワードも付け加えて保存できるのがいいところです。このソフトについては以下の二本の過去記事をご覧ください。
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| 2022/12/6 宇宙人ピピというNHKが放送していた子供むきドラマを子供の時いつもみていました。 https://www2.nhk.or.jp/archives/tv60bin/detail/index.cgi?das_id=D0009010119_00000小学生の子ども達のところに、小さな円盤型宇宙船にのった宇宙人ピピ（いたずら坊主の宇宙人）がやってきて友達になり、いろいろいたずらをして騒動をまきおこすというドラマ。手に持てる大きさの小さな円盤に、ピピがでたり入ったりしているのですが、子ども達が一緒に中にいれてもらうと、ものすごく広い。ピピが子供たちに、「この円盤の中の空間はヒルベルト空間になっていんだ」といっていたと記憶しています。ピピのこのセリフで、「ヒルベルト空間」という言葉を覚えました。なんか不思議な空間なんだろうなぁと。あこがれを持ったのを覚えています。こういう経験が科学への興味をかきたてるのに大きな役割をはたしていると思います。最近、アマゾンプライムビデオで、シン・ウルトラマンという新しいウルトラマン映画がみられるようになりました。これをみると、人間の形のまま巨大化したら体が自重で壊れてしまうはずなのになぜ壊れないかという説明もはいっていて、科学的考証がけっこうとりいれられているのに感心しました。人間が巨人に変身したり、怪獣が巨大化するメカニズムも、超弦理論をもとにしたもっともらしい説明がとりいれられていました。これは京都大学教授の橋本幸士先生が映画の監修をされているからだそうで、先生は超弦理論や学習物理学（機械学習と物理学をむすびつける新分野）を研究しておられるそうです。そういえばスピントロニクスなどの物性物理学でも超ひも理論の手法は活用されているときいたことがあります。この映画の中に、プランクブレーンPlanck braneという専門用語や、スペシュウム133という超重元素、ウルトラマンが人類に彼らの種族の科学を紹介するために手渡した論文、あるいは数式がかかれたマグカップなどもでてきて、物理エンターテイメントとして楽しめそうです。なんと日経サイエンスではこの映画の特集号もでていたのですね。ウルトラマンのスペシュウム光線の考察とかものっているようです。詳しくはこちらをみてください。https://togetter.com/li/1938964 子ども達がこんな映画をみると、きっと超弦理論や宇宙論に興味をもって勉強するようになるでしょうね。いい時代になりました。橋本先生の動画としては、生命誌研究館の以下の動画（永田和宏先生との対話）が生命科学をやっているものにはおすすめです。下には01を載せています。 01-06までの6本の動画が公開されています。生命誌研究館のチャンネルの再生リストからは探しにくいので、最後に5本分のリンクをのせておきます。 |
| 2022/12/5
昨日は投稿にタイトルをつけるのを忘れてしまいました。すみません。「21世紀の量子コンピュータ時代に量子力学の骨組みを理解するための本の紹介です。」というタイトルです。 著者についてはこちらをご覧ください。
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| 2022/12/4
2022/4/14
山田亮先生は有名な教科書「遺伝統計学の基礎」の著者で、京都大学医学研究科 附属ゲノム医学センター 統計遺伝学分野 教授をされています。先生のサイトには統計遺伝学の勉強の参考になる情報がいっぱい掲載されているので是非ご覧ください。
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| 2022/12/3
英語動画や英語音声教材の字幕を自動生成する方法の紹介です。 ブラウザで英語圏のstream番組や動画をみている時、字幕がでないものも多いです。また英語の音声教材で字幕を表示したいこともよくあります。そういうときに便利なChromeの字幕自動生成機能の使い方を紹介します。 まずブラウザのChromeを起動します。Windows 10ではChormeの右上の端にある点が縦に並んだ部分をクリックして、「設定」⇒「ユーザー補助機能」と進むと、「自動字幕起こし」が開いたリストの一番上に表示されます。スライダでオンにしたらOKです。「自動字幕起こし」の下にある「字幕の設定」を使えば字幕の大きさや背景、色などいろいろカスタマイズできます。字幕は最初は50%に縮小された小さな表示で表示されるので、大きくするには字幕窓の下部の下向き矢印の頭（arrow head）をクリックしてください。100%表示に拡大します。Windows7の場合 設定⇒字幕⇒自動字幕起こし、とすすんでスライダで自動字幕起こし機能をオンにします。 Choromeの自動字幕起こしで表示される字幕はコピーできないみたいです。スクリーンキャプチャしてOCRするようなアドオンを探していますのでやり方がわかったらまた記事にします。 字幕のない英語の動画や、音声ファイルをドラッグアンドドロップするなどしてChrome上で再生すると、英語字幕が自動で表示されますので字幕の無い動画や音声教材を利用するのにとても便利です。
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| 2022/12/2
歴史に残る大数学者ガウスがまだ19歳の学生の時、朝目覚めてベッドから出ようとするせつなに、正17角形の作図法（定規とコンパスで作図する方法）を思いついたというエピソードは有名です。世界的数学者であった高木貞治の「近世数学史談」はこのエピソードからはじまっており、この本は多くの人を数学の道へと誘ってきたといわれています（岩波文庫にはいっていますが品切れとなっていました。中古本は安く入手できるようです。国立国会図書館の個人送信資料にもありますが、1946年版が一番新しくて漢字カナ文なので通読できないと思います）。ギリシャ人は正三角形、正四角形、正五角形、正15角形およびそれらの辺数を二倍にしてできる正多角形―たとえば正六角形、正10角形など―の定規とコンパスでの作図法を発見していましたが、ガウスの時代までの2000年余り、それ以上の発展はありませんでした。ガウスの正17角形の作図可能性の研究はその暗黒を打ち破り、新たな数学の発展を告げる成果だったわけです。「近世数学史談」にはガウスの著した本やガウスの手紙にもとづいてこの発見が生き生きと描写されています。ただ結構むずかしくて私は読み終えられませんでした。新しい入手可能な本では、九州大学におられた高瀬 正仁（たかせまさひと）先生の本「ガウスの数論―わたしのガウス」（筑摩学芸文庫）にも詳しく書かれていますので読んでみてください。https://www.chikumashobo.co.jp/product/9784480093660/
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| 2022/12/1
「情報の歴史21」という密度の濃い世界と日本の歴史を一度に把握できる歴史年表のpdf版がでるそうです。 この本とは別に、松岡正剛さんの千夜千冊のサイトもおすすめです。幅広い該博な知識をもとに、多彩なジャンルの本に関する密度の濃い読み応えのある記事が毎回掲載されています。バックナンバーも併せて、是非ときどきのぞいてみてください。
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| 2022/11/30
先日の数理生物学セミナーの二日目には、京都大学の小林鉄郎先生による 「感染症数理モデル入門 ～新型コロナウイルス感染症(COIVD-19)を例に～」という講演がありました。最初から最後まで、とてもわかりやすい講演で、感染モデルのSIRモデルの解説もわかりやすかったです。SIRモデルの予測を目で見るためのモデルソフトウエアとして、Berkeley Madonna を使っておられました。 SIRモデルは、感染症数理モデルの基本モデルです。1927年にでたモデルだそうです。このモデルを元に様々な改良型モデルが実際の感染対策に利用されています。たとえばHethcote, Herbert. (2000). The Mathematics of Infectious Diseases.SIAM review, 42. 599-653（クリックするとpdfがみられます）をご覧ください。 SIRモデルの予測を実際行うには連立の常微分方程式を解くことになります。Mathematicaでも解析できますが、小林先生が講演で利用されていたBerkeley Maonnaで簡単に解析することもできます。やり方はこちらなどにでています。https://www.cs.appstate.edu/~rt/VCTWorkshop/2006/BerkMad_intro.pdf Berkeley Maonnaは昔からあるモデル作成ソフトのStellaをもとに作られたソフトのようです。Stellaもまだあるようですが（ISEEという名前です）、どちらも有料ソフトです。結構な値段がします。無料のソフトで解析したいと言う場合は、フローチャートで解析する機能はないのですが、解析能力はこれらをしのいでいるソフトXPPAUTを使うのもよさそうです。 Mathematicaでの解析法はこちらにあります。https://youtu.be/-kI9J0k8pYA
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| 2022/11/29
今年は近所の公園のイルミネーションが11月28日に点灯しました！ 今までになかった早い点灯です。さっそく今夜近くで見にでかけました。子ども達もバスの運転手さんも楽しめるきれいな照明です。今年は登り階段にもイルミネーションがついていました。 今日は面白かった歴史小説を紹介しておきます。「算法少女」という小説です。このタイトルは実在の和算（日本で発達していた数学）の本の題名からとられたものです。江戸で医者をしていた父と、父から和算を教えてもらった娘の合作の和算書で国立国会図書館にも所蔵されています。 著者の寄稿されたこの本についての文章もご覧ください。 Kindle版もあります。
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| 2022/11/28
昨日と一昨日は、東京医科歯科大学数理生物学同好会（大学院生の会だそうです）が開催してくださっているTMDU数理生物学セミナー（2022年度数理生物学セミナー）を聴講していました。 １）物理学と統計学で脳を理解する ２）神経回路は潜在的な統計学者 ３）YouTubeの動画もあります。自由エネルギー原理ってなに？
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| 2022/11/27
今日も数理生物学のセミナーを聴いていたので簡単な記事になります。 理論物理学者のSabine HossenfelderさんのYouTubeチャンネルがおすすめです。 こんな動画もあります。 彼女は物理学の基礎を研究しているフランクフルトの研究所（the Frankfurt Institute for Advanced Studies）のresearch fellowです。科学のアウトリーチ活動にも熱心で、New ScientistやScientific Americanその他にサイエンスライターとして記事を書いたり、62万人あまりが登録している上記のYouTubeチャンネルで動画を発信したりもしておられます。 The Royal Institutionのこの本に関する講演は以下からご覧ください。
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| 2022/11/26
今日は数理生物学のセミナーをZoomで聞いていたので簡単な記事ですみません。 Turbek, S.P., Chock, T.M., Donahue, K., Havrilla, C.A., Oliverio, A.M., Polutchko, S.K., Shoemaker, L.G. and Vimercati, L. (2016), Scientific Writing Made Easy: A Step-by-Step Guide to Undergraduate Writing in the Biological Sciences. Bull Ecol Soc Am, 97: 417-426. https://doi.org/10.1002/bes2.1258 ダウンロードはこちらから。https://writingproject.fas.harvard.edu/files/hwp/files/life_sciences.pdf
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| 2022/11/25 第一原理電子状態計算から入る量子力学入門のすすめ。量子力学を勉強するとき、いわゆる啓蒙書にかいてあるようなことばかりにひっかかってその先にすすめない人も多いと思います。量子力学の基礎というのは、実はとても専門的な分野で、勉強しても実務にはたいして役立たないようなものだと聞いたことがあります。それで実際の分子の計算とかをやってみて量子力学に慣れるほうが量子力学の入門者には良いと思います。このブログでもいろいろ量子力学や量子化学の入門書や入門コースを紹介していますので、検索窓に量子化学や量子力学といれて記事を検索してみてください。たとえば Mathematicaを使って量子力学を学ぶ本を以前紹介しました。https://glycostationx.org/2022/09/04/mathematica%e3%82%92%e4%bd%bf%e3%81%a3%e3%81%9f%e9%87%8f%e5%ad%90%e5%8a%9b%e5%ad%a6%e3%81%ae%e5%ad%a6%e7%bf%92%e3%81%ab%e3%81%a4%e3%81%84%e3%81%a6/ また、2022/1/3の記事ではわかりやすい量子化学の解説書も紹介しています。2022/1/3 今日は、わかりやすい量子化学計算の解説ページを紹介しておきます。元旦に紹介した「ノーコードではじめる機械学習」の著者である久我涼子さんのホームページで、pythonによるアプリケーション開発などの記事もあってきわめて参考になります。このブログの記事から生まれた本は ゼロからわかる!! 独習 量子化学計算: 理論からはじめない新しい量子化学計算の本というKindle本で、これは解りやすい本です（紙の本はありません）。またこちらのページには、tsujimotterさんこと辻順平さんによる、簡単な分子軌道法の入門解説記事があります。 量子力学による実際の電子状態計算をやってみるのに良い本は、「動かして理解する第一原理電子状態計算 DFTパッケージによるチュートリアル（森北出版）」という本です。 またWindowsでQuantum Espressoをつかってみたいという方には、学生なら無料で使えるGUIソフト（学生以外は高い値段で手がでませんが…）を使った入門動画が公開されているので参考にしてください。 英語ですがQuantum Espressoの入門動画もあります。 もうQuantum Espresso入門をすませた人むけには、今年の11月に開催されたQuantum Espressoのアドバンストコースのチュートリアルがあります。スライドと動画などはこちらから。 この講習会の勉強用には、Quantum Mobileというvirtual machineが用意されています。
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| 2022/11/24
先日動画でみる周期表のサイトを紹介しました。周期律表をつくりあげたメンデレーエフはすぐれた推理力をもっていて、フランスの国家機密であった無煙火薬の製造法をつきとめたというエピソードを読んだことがあります。古い本ですが「数に語らせる」 （岩波書店1952年）という本に載っています。 メンデレーエフは1890年代にロシア政府から無煙火薬の製造法の調査を依頼され、世界一の無煙火薬を生産しているフランスにでかけました。無煙火薬の成分であるエーテルとパイロ・コロジオン（綿火薬の一種）の比率が知りたいのですが、フランス政府はもちろん教えてくれません。いろいろ考えてメンデレーエフが気づいたのは、フランス陸軍の火薬工場が鉄道の幹線ではなく、寂しい支線の端にぼつんと建っていることでした。この支線は火薬工場だけに使われているらしいので、この支線を通る貨車はみんなこの工場でつくる火薬の材料を運んでいるに違いないわけです。運ばれた材料はすべてすぐに使われてどんどん火薬を作っているだろうと考えました。それならこの支線を一年間に通る貨車が運搬する、エーテルと硫酸と硝酸と綿花の量を調べてその割合を計算すれば、エーテルとコロジオンの比率がわかるはずです。メンデレーエフはフランスの運輸鉄道統計をとりよせて、その数字を調べるだけで、使命をはたして本国に引き上げたそうです。 これは公開情報だけを利用して秘密を探るという方法の模範のような話です。初めて読んだとき感銘をうけました。今、いろんなインターネットサービス業者もこうした公開情報をつなぎ合わせるだけで、様々な秘密の情報を得ているといわれています。公開情報だけから秘密を探る方法（オシントといわれます。Open-Source Intelligenceの略）は情報収集の基本手段ですので、公開する情報には気をつけなくてはいけませんね。 https://en.wikipedia.org/wiki/Open-source_intelligence
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| 2022/11/23 今日はブラウザ (ChromeやFirefoxやBrave)で論文を探すときに役立つプラグインを一つ紹介しておきます。所属している機関が契約していない論文や文献は、お金を払わないと読むことができないので困ります。これをpaywallといって問題になっています。unpaywallという機能拡張 (Chromeでは拡張機能と呼ばれています）は、お金を払わなくては読めない論文や本を読みたいとき、著者などが合法的に公開しているサイトにその文献があれば、そちらへ誘導してくれる機能拡張（拡張機能）です。これをブラウザにいれておくだけで簡単にオープンアクセスにしてくれている文献を読めるので大変便利です。以下のリンクから導入を検討してみてください。 https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/unpaywall/ http://unpaywall.org/products/extension |
| 2022/11/22 アインシュタインの一般相対性理論についてわかりやすい動画があったので紹介します。The biggest ideas in the Universe というタイトルです。Johns Hopkins大学教授でわかりやすい物理学の解説で人気の、Sean M Carrollの講演です。ニュートンの運動方程式の解説からはじまって、アインシュタインがニュートンの重力の方程式をリーマン幾何学を用いて、曲率とテンソルを利用して如何に書き換えて一般相対性理論の重力方程式を発見したかを、かなり具体的に解説してくれています。そしてシュバルツシルドによる重力方程式の解の発見とブラックホールの解説までも含まれています。途中には映画インターステラ―の物理学の話もありました。この動画は一般相対性理論をちゃんと勉強してみたい人には、入門編として超おすすめの講演だと思います。例によってThe Royal Institutionの講演ですので、彼の新著 The biggest ideas in the Universe 1: Space, time and motion https://geni.us/V3Orの宣伝にもなっているわけです。彼の本を買おうと思う人に注意です。Sean B. Carrollさんは進化発生生物学の有名な科学者で多くの啓蒙書を書いている方ですが、この講演をしているSean M. Carrollさんとは別人です。間違えてEvoDevoのB. Carrollさんの本を買わないようにしてください（私は買ってしまいました。Kindle版で 286円で売っている本 A Series of Fortunate Events: Chance and the Making of the Planet, Life, and Youというこれもおすすめの本です！） 次のリンクに今回紹介する講演がアップロードされているので是非ご覧ください。 https://youtu.be/cPgXeeBmPNQ Q&Aの部分の録画動画は限定公開のようですがこちらにあります。 https://youtu.be/mtUG1cRYXvU
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| 2022/11/21
動画付元素周期表のサイトを紹介します。元素の周期表の各元素についてビデオでの説明をみられるサイトがあるのをみつけました。 いろいろクリックして動画をみると面白いです。
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| 2022/11/20
面白い科学の本を集めて推薦してくれる企画 科学道100冊の2022年度版が発表されました！ リストには他に、湯川秀樹の「旅人」とか、ファインマンさんの本などもありました。是非上のリストをみてください。面白い本が見つかると思います。
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| 2022/11/19 今日は本の紹介です。 「心理的安全性をつくる言葉55」 原田将嗣 (著), 石井遼介 (監修) 飛鳥新社という本です。 http://www.asukashinsha.co.jp/bookinfo/9784864108881.php 内容は会社でのチーム運営のとき、メンバーにかける言葉について悪い例と良い例をあげて考えていくというものです。l企業向けの本ですが、研究室でチームを率いていくときに参考になる例と考察がいろいろあげてあります。一度読んでみるとよい本だと思ったので紹介しておきます。 アイデアや意見が率直に言えて、みんなが協調して仕事ができるチームを作るために有効な、ちょっとした言葉遣いの心がけについて教えてくれる本です。 心理的安全性はGoogleが重要だと発表して俄然注目されるようになった概念だそうです。Googleの以下のサイト https://rework.withgoogle.com/jp/ には、イノベーションを生み出す職場の作り方だの、デザイン思考だのいろいろ研究室を率いる時に役立つ内容が書かれています。一番上にあるテーマのプルダウンメニューから、「イノベーション」・「チーム」・「偏見の排除」・「学習と能力開発」などなど、いろいろなテーマを選んで読んでみてください。とても参考になります。心理的安全性についてもこちらなどに詳しく書かれているのでおすすめです。 https://rework.withgoogle.com/jp/guides/understanding-team-effectiveness#introduction |
| 2022/11/18
量子生物学ブームをまきおこした本、”量子力学で生命の謎を解く（SB Creative)“（Life on the Edgeの翻訳本）の各章をもとにした量子生物学入門コースがカリフォルニア大学ロサンゼルス校Quantum Biology Tech (QuBiT) Labによって、Zoomで開催されています。こちらのtwitterをご覧になると無料登録のアドレスなどがわかります。 QuBiT Labのtwitterで知ったのですが以下のリンクにはいろいろ面白い量子生物学の情報のリンクが集まっています。是非ご覧ください。Royal Societyの量子生物学の歴史や今後についての総説、米国ナショナルアカデミーの量子生物学に関するシンポジュウムの記録本などいろいろ無料でダウンロードできますので読んでみてください。 https://onequantumusawestcoast.substack.com/p/onequantum-usa-west-coast-november
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| 2022/11/17 ゲーム理論の入門書っていいのは ないものでしょうか。ゲーム理論は数理生物学では必須のテーマですし、進化生物学でも活用されています。もちろん本来の経済学でもその発展に大きく貢献しています。経営学や政治学、コンピュータ科学でもいろいろ応用されていて、いちどちゃんと学んでみたいとずっと思っている分野です。実は数年前、岩波新書の「ゲーム理論入門の入門」（鎌田雄一郎著）という本が立ち読みでわかりやすそうだったので買って読み始めました。しかしナッシュ均衡の説明の「我が家のナッシュ均衡」や、、藤江れいなとマリコ様の登場あたりで挫折しました。何度読み返してもピンと来なかったです。またラーメン店の出店のところは意味不明でしたが、誤植満載だったようでわからないはずでした。今は訂正されているようですが、初版をでてすぐ読んだので正誤表もちゃんとしていなかったのは残念です。Kindle unlimitedではこの本が無料でよめますので契約しているかたは読んでみてください。多分上記の誤りは訂正されていると思います。今朝知ったのですが、こちらの香川大学の三原 麗珠先生のサイトにはいろいろな教材やリンクが紹介されています。 https://sites.google.com/view/reiju/resources/gametheory ページ内の必読文献・参考文献には読書案内やリンク紹介があって参考になります。 https://sites.google.com/view/reiju/resources/gametheory#h.tzpendas2ce三原先生のサイトで紹介されていた渡辺隆裕先生の以下の動画はとてもわかりやすいと思いました。まだ一本目しかみていませんが、順番に見てみようと思います。 https://www.youtube.com/playlist?list=PLy-f5FWpt5uDCh-QtD51hKmZFfPeGND82 以下は一本目の動画へのリンクです。https://youtu.be/yDak2VlSvC8
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| 2022/11/16
Pythonによるデータ処理の新刊本とQuartoの紹介です。 この本は、Pythonでデータ解析をする手引き書です。Pythonの有用性と欠点も明記してあって、他の言語C++とかJavaでの解析やIPytonの利用についてもはじめから解説してあります。今年の9月刊の本ですので最新情報が得られるので初学者にはありがたい本です。コードやデータもダウンロード可能です。 紙の本や電子書籍はO’Reilly Mediaより刊行されていて、有料になりますがいろんなオンライン書店で購入可能です。
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| 2022/11/15
英語のオンライン辞書と英語での論文の書き方についてのブログを紹介します。 ことのところ話題のDeepLによるオンライン辞書Linguee このサイトの検索は、英語から日本語の辞書がデフォルトになっているのですが、英語からドイツ語とか、日本語から英語、英語から中国語などいろいろ設定を変えて検索可能です。これはちょっと調べたいときに便利ですね。検索すると訳が一番上にでてきますが、下の方にあるExternal sources (not reviewed) というところには、検索した単語を含む例文がいっぱいでてくるので、これはコーパスの補助として、とても役立ちそうです。 以前、下に転載した記事で、英語の論文の書き方の参考書やサイトを紹介しました。そこで紹介してあるサイトはとてもよいサイトですので是非参考になさってください。日本語で読みたい人には、よくまとまっている以下のブログの記事をすすめます。ボストン大学で活躍している先生の書かれた記事で、私が紹介していたStyle: Lessons in Clarity and Graceのエッセンスもわかりやすく紹介されています。 https://www.krsk-phs.com/entry/writing.clearly 以下は今年の4月20日の記事の転載です。 2022/4/20
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| 2022/11/14 本屋で「因果推論の科学」という本をみつけて購入しました。「因果推論の科学 「なぜ?」の問いにどう答えるか 」 2022/9/12発行 ジューディア・パール (著), ダナ・マッケンジー (著), 松尾 豊 (解説), 夏目 大 (翻訳) 文藝春秋 購入後、青木薫さんの書評をみましたがよさそうな本です。https://honz.jp/articles/-/52355 著者のパールは2011年に有名なTuring賞を授賞している「人工知能の巨人」だそうです。カリフォルニア大学ロサンゼルス校教授で、AI分野から統計学へと研究の焦点を移した人で、因果推論ダイアグラムDAG (Directed Acyclic Graph)の発明者です。この本は因果推論についてその歴史からはじめて、詳しく一般向けに解説されています。因果推論というのは、たとえば新型コロナウイルスのワクチンは本当に効くのか？mRNAタイプのワクチン接種後の死亡や副作用の原因は本当にワクチンなのか？などの問題に対して現在とりうるかぎり最高の答えを導き出す方法を提供する手法と期待できそうです。本当の原因・結果と、単なる関連との区別がつけられるのか？どうしたら原因から生じた結果であるか、単なる関連にすぎないかを区別できるように、実験を設計したり、データの収集・解析法の設計に役立つ方法です。もちろん今得られているデータをもとにした推論にすぎないわけで、新たな視点、あらたなデータがみつかれば推論結果はおのずと変わってくることに注意しなくてはなりません。この本をよむのに参考になるブログ記事として以下のものをおすすめします。因果推論ダイアグラムDAGのわかりやすい解説の第一回目です。https://www.krsk-phs.com/entry/DAG1 このブログには因果推論について詳しく解説されているので参考になります。また因果推論についてさらに学びたい方は、ハーバード大学の先生が無料で公開している以下の教科書をご覧になるといいでしょう。 “Hernán MA, Robins JM (2020). Causal Inference: What If. Boca Raton: Chapman & Hall/CRC.” 出版前の本ですが、次のページから、pdfやコード、データもダウンロードできます。 https://www.hsph.harvard.edu/miguel-hernan/causal-inference-book/この本の勉強会の記事も公開されていて勉強の参考になりそうです。 https://openbox-stat.net/archive/category/%E5%9B%A0%E6%9E%9C%E6%8E%A8%E8%AB%96 動画も公開されています。 https://www.youtube.com/playlist?list=PLSb5Qurgw73lvEpXMzkl0GptNU5HIQOlc https://youtu.be/efT7gPjTpHI
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| 2022/11/13
今年のノーベル化学賞は糖鎖生物学の研究者のBertozziさん他に贈られました。彼女とは何度かメールでやりとりして、線虫C. elegansのコンドロイチン合成システムの細胞内動態を、クリックケミストリーで可視化できないか議論したことがあります。彼女は今年の生化学会の特別講演でも動画で講演されています。生化学会開催中の会員学会割引があるので、出版社の東京化学同人のサイトをみると、ノーベル化学賞関連記事と題して、クリックケミストリーの解説記事が二本、無料公開されていました。 こちらのこのブログの過去記事も、まだご覧になっていない方はご覧ください。
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| 2022/11/12
さて今日の本題です。来春のNHKの朝ドラは科学者の牧野富太郎が主人公だそうで科学者が主人公の朝ドラは珍しいので楽しみです。
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| 2022/11/11
以前書いたWindows7からlinuxに乗り換える記事の中で、乗換え方の一つにVirtualBoxというソフトウエアを利用する方法があると紹介しました。VirtualBoxはOracleが提供している仮想OSを動かすソフトウエアです。 VirtuaBoxは有名なOracleが提供しているオペレーティングシステムOSの仮想化ソフトです。現在Windows, Linux, Macintosh, とSolarisの動いているコンピュータ(ホスト)で利用できて、それらホストのOS上で、ゲストのOSとしてWindows (NT 4.0, 2000, XP, Server 2003, Vista, Windows 7, Windows 8, Windows 10), DOS/Windows 3.x, Linux (2.4, 2.6, 3.x と4.x), Solaris and OpenSolaris, OS/2, and OpenBSDを動かすことができるそうです。このソフトをWindows7 やWindows10あるいはMacで動かして、Linuxを動かすことが簡単にできます。Linuxの練習にはもってこいのシステムです。Windows10ではLinuxのコマンドラインインターフェイスやグラフィカルユーザーインターフェイスも動くようになりましたが、手軽にグラフィカルユーザーインターフェイスを動かすにはVirtualBoxのほうが簡単です。以前の記事を参照してインストールすれば、手軽にLinuxのコマンドラインとグラフィカルインターフェイスが利用できるようになるのでまだ使っていない方は一度使ってみてください。 今日の本題は、すでにインストールしてあるVirtualBoxのアップデートの仕方です。アップデートがあると、VirtualBoxを起動した時に報せてくれます。アップデートをダウンロードしてからの手順を自分用のメモをかねて、以下にまとめておきます。 アップデートのお知らせがきたら、適当な場所にVirtualBoxのインストーラーをダウンロードしますVirtualBox-6.1.40-154048-Win.exeなどというファイルです。インストールする前に、インストール先のフォルダを確認しておきましょう。C:\Program Files\Oracle\VirtualBox\VirtualBox.exeなどが普通のインストール先です。念のため、インストール先の空き容量を確認しておいてください。インストールできない原因の一つはインストール先のディスクの空き容量不足です。確認できたら、さきほどのファイルをダブルクリックしてインストール開始します。途中でWarning: Network Interfacesというのがでますが、Yesですすみます。(下の図の1-7参照） 
インストールが終わったらfinishボタンを押してプログラムを起動します。「Oracle VirtualBox extension Pack （拡張機能パック）の古いバージョンがインストールされています。最新版をインターネットからダウンロードします」かときいてきたらダウンロードボタンを押します。ファイルをネットでさがしてくれて、「ダウンロードしますか」ときいてくるのでダウンロードを押してください。次の質問がきたらインストールボタンを押します。「古いバージョンがインストールされています」といってきて、「アップグレードしますか」ときいてきます。アップグレードボタンを押してください。ライセンス条項が表示されます。プルダウンで下まで読んで同意しますをお押します。「インストールに成功しました」とでたらOKです。（下の図の8－12参照）つぎに「ダウンロードしたextension packを本当に削除しますか」と聞いてきます。削除を押します。もう一回きいてくるので削除を押します。これで終わりです。起動ボタンをおして起動します。Linux MintなどゲストOSを起動したら、右上などにVirtualbox Guest Additions update availableと出ます。でていなかったら、通知メニューをクリックして表示してみてください。 
以下はLinux Mintでの例です。デバイスメニューからGuest Additions CD イメージの挿入を選ぶと、最新のGuest Additionsをダウンロードしようとします。ダウロードしてください。もしダウンロードの警告メッセージがでないときは、VirtualBoxを起動したら最初に開く画面であるVirtualBoxマネージャーをみて、ストーレッジにすでにGuest Additonsが入っていないか確認します。もし既に入っていたらストーレッジを空にしてから、ゲストOS（今の場合Linux Mint）を起動してみて下さい。今度は自動でGuest Additionsをアップデートするメッセージが出ると思います(下の図13）。メッセージがでたら、実行を押し、管理者パスワードをきいてきます（図14）のでパスワードを入れると、あとはコマンドラインで自動でダウンロードからアップデートまでやってくれます（図15）。終わったら（図16）再起動して操作終了です。 
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| 2022/11/10 今日は二つのプログラム（コード）を比較するのに役立つソフト Winmerge https://winmerge.org/?lang=ja を紹介します。コードを書いたけど動かないので、教科書のコードと比較したいとかいうときに最適のソフトです。ファイルだけでなくフォルダの中身の比較も可能です。日本語版https://winmergejp.bitbucket.io/ もあって、ダウンロードしてインストールするとすぐ使えます。 プラグインもいろいろあって、word excel pdf powerpointファイルなどを比較することもできます。 https://lifetime-engineer.com/winmerge-word/ に次のプラグインの紹介があります。 http://freemind.s57.xrea.com/xdocdiffPlugin/ ためしてみてください。 |
| 2022/11/9
Linuxでスパコンにアクセスして仕事をするためのコマンドまとめが公開されていますので紹介します。こちらのサイトの講習会の案内に記述されている資料です。
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| 2022/11/8
今夜は皆既月食でしたね！快晴で星もきれいで最初から最後まで雲一つない空で月食を満喫できました。さておそくなりましたが、今日は面白い本を一冊紹介します。 さて、今調べてみると、私の持っている本(180円で買ったみすず・ブックス版）はもう絶版で、amazonの古本で7千円以上の値がついていました。その後、「数学における発明の心理」というタイトルで再販されていましたが、これももう古本でしか入手できず、今のところ送料込みで千円ほどで買えるようです。残念ながら国立国会図書館の個人送信資料の「みすず・ぶっくす」のコレクションにはこの本は入っていません。古本が入手できない方はお近くの図書館をあたってみてください。また英語版で良ければInternet Archiveに原書がアップロードされているので読んでみるとよいでしょう。 pdf版やKindle版（なんかタイポが目立つ本でおすすめしません）や画像版が無料でダウンロードできます。
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| 2022/11/7
タンパク質の立体構造予測でAlphaFold2の威力をまのあたりにしたことから深層学習・強化学習に興味をもちました。AlphaFold2やAlphaGo（囲碁のAI)をつくっているDeepMindもYouTubeチャネルをもっています。 やAlphaGoの話の動画シリーズもありますが 強化学習の講義動画もいっぱいあります。
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| 2022/11/6
良いバイオインフォマティクスの教科書が出版されました。 写真は散歩道に生えているすすきです。10月26日の記事に載せた写真です。今日このすすきのいっぱい生えている道を散歩していると、イノシシが目の前を横切って田んぼのほうへおりていきました。一週間ほどまえにはタヌキにも 出会いました。どちらもちょっと止まって、こちらを ふてぶてしくにらんだ後、人間を無視して去っていきました。動物王国です。
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| 2022/11/5
最近の記事に書いたように、https://glycostationx.org/2022/10/07/%e3%80%8c%e9%95%b7%e3%81%84%e9%95%b7%e3%81%84%e3%81%8a%e5%8c%bb%e8%80%85%e3%81%95%e3%82%93%e3%81%ae%e8%a9%b1%e3%80%8d%e3%82%92%e8%aa%ad%e3%82%93%e3%81%a7%e3%81%84%e3%81%be%e3%81%99%e3%80%82/ その中にはファラデーの「ロウソクの科学」の岩波文庫版も入っていて読むことができます。これは私が持っている旧岩波文庫版ではなくて、竹内敬人先生による新訳です。図も補われていて旧岩波文庫版より格段に読みやすくなっています。無料で読める本としては、山形浩生 訳 『ロウソクの科学』 – プロジェクト杉田玄白.があります。 原著はいろんな版がInternet Archiveでみられます。以前 ロウソクの科学について紹介した記事をご参照ください。 このビデオが掲載されているページには、無料のビデオにあわせて製作された無料のロウソクの科学のpdf本（ビデオのセリフすべてや、補足内容を含む副読本です）へのリンク
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| 2022/11/4
今年の3月の記事（本記事の末尾参照）で、生化学入門におすすめの教科書と 本の内容は、生化学入門に最適の読みやすいいい本です。初版以降の生化学の発展ももりこまれて、さらに動画やPDBのデータなども活用して生化学が学べるようになっています。また生化学の反応機構についても増補されているようです。英語自体はやさしいし、興味深いエピソードをまじえながら、読んでいける本になっていますので、学部生や修士の人は、この英語の第二版にチャレンジしてみるのもよいと思います。おすすめの本です。 （以下は2022/3/21の記事の再録です。）
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| 2022/11/3 昨日、ホームに記事を投稿してから固定ページを開こうとすると編集ボタンをおしても記事がでてこなくなっているのに気づきました。編集画面は開いているのですが、画面の右側に、「サイトで重大なエラーが発生しました。対応手順についてはサイト管理者のメールボックスを確認してください。」と表示されています。昨日、記事を投稿する前にWordPressの更新を行って、version をあげて、WordPress 6.1にしたのが原因だと思いました。私のメールボックスには何もメールがきていません。対策をネットでちょっと調べて昨夜は寝ました。今日午前中、昨夜調べた方法で無事、不具合を解消できたのでやり方をメモしておきます。要は、レンタルサーバーの自動バックアップ機能を利用して、不具合が出る前のWordPressの状態にバックアップデータから復元するという方法です。私のWordPressのサイトをおいているレンタルサーバー（Xserverを使っています)のサーバパネルにログインして、サーバー管理画面から、バックアップのページを開きました。次に「自動バックアップデータからの復元」にチェックを入れます。さらにバックアップに使う保存データの日付（11月1日）をプルダウンメニューから選び、復元方法は「対象を指定して復元」を選びます。さらに対象ドメインからglycostationx.orgを選びました。そしてglycostationx.orgのWeb領域、Web用設定ファイル、メール領域のすべてにチェックを入れました。以上の設定でOKかどうか、もう一度確認してOKだったので、復元開始しました。Xserverでは14日前までのサイトのバックアップは無料で復元に利用できるので、こういうサイトの不具合がでたときには大変便利です。復元の時間は2時間12分もかかりましたが無事、正常に復元に成功してWordPress本体が11月1日の状態（前のバージョンのWordPress)にもどり、不具合も解消できました。これで解消できない場合はMySQLの復元をする予定でしたが、必要はなかったです。Xserverの管理画面はとても使いやすく、ヘルプもわかりやすいのでバックアップからの復元は簡単にできました。今日は一つオープンアクセス本を紹介してこの記事を終わります。 Cambridge Coreでは続々とOpen Access本を提供しはじめています。 https://current.ndl.go.jp/node/47097 その中の一冊です。他にも探すと量子重力の本などいろいろ見つかります。 Leading Your Research Team in Science (Cambridge University Press) https://www.cambridge.org/core/books/leading-your-research-team-in-science/A3AE4F688A6CBD0155625BEBA3DBF228 研究リーダーがどうやって研究メンバーをリクルートするか、その研究室を効率的にひきいていく方法、サポートスタッフとの関係、研究資金をいかに獲得するか、研究成果を公表する最も効果的な方法とは、などなど、さまざまなtipsが満載の本です。現在のチームリーダーやこれからチームリーダーになろうと考えている若い人達におすすめの一冊だそうです。目次はこちらにあります。 https://www.cambridge.org/core/books/leading-your-research-team-in-science/contents/109D4AAAE3BEDF69F0D82D3E06D807FF |
2022/11/2 昨日は英語のAlphaFold2の講演動画などを紹介しました。日本語の総説ですが、東京大学の森脇 由隆先生が書かれたオープンアクセスの総説がおすすめです。「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」 JSBi Bioinformatics Review 2022 年 3 巻 2 号 p. 47-60 https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsbibr/3/2/3_jsbibr.2022.3/_article/-char/ja この総説誌にはいろいろ参考になる総説が満載です。是非他の総説やバックナンバーもご覧ください。https://www.jstage.jst.go.jp/browse/jsbibr/list/-char/ja福岡は毎日快晴です。朝夕は寒い日もあってストーブを燃やすこともあるのですが、日中は暑い日もあって、なんと今日は夏日でした。写真は台風のときに雨宿りしていたカマキリです。寒くなった今はもういなくなってしまいました。卵を産んでいたようなのでまた来年、子供が庭に現れるでしょう。季節の移り変わりを感じます。 |
| 2022/11/1 英国MRC分子生物学研究所(MRC LMB)で開催されたNext Generation Biophysics Symposium 2022というシンポジュウムの動画がYouTubeのMRC LMBチャンネル https://www.youtube.com/user/LMBCambridgeで公開されています。 プログラムはこちら。 https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/sites/nextgen/programme/ 動画がない講演も少しありますが、11の動画がアップロードされています。どれも面白そうです。興味のあるものをご覧ください。AlphaFold2の講演もあります。John Jumper, DeepMind, London, UK: AlphaFold and its implications for understanding biology alphafold2 の論文https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2 のlead author ,(筆頭著者）による講演です。 https://youtu.be/uejO0Af3eQc Scientific AmericanのサイトにちょうどOne of the Biggest Problems in Biology Has Finally Been Solved―Google DeepMind CEO Demis Hassabis explains how its AlphaFold AI program predicted the 3-D structure of every known protein このシンポジュウムの最後を飾るのKey Note Lectureは 物理的モデルに基づくタンパク質構造解析ソフトウエア suiteのRosetta |
今年の4月に量子力学を全く新しい観点からまとめている本を紹介しました。最近、関連した日本語の教科書をみつけたので紹介しておきます。
う数学レベルで、多くの驚くような数学の定理や事実を学ぶことができるという本です。
朝ドラをときたまみることがあります。15分の朝ドラ（テーマ曲をのぞくと12分ちょっと）というのは学会での口頭発表の時間とほぼ同じです。学生さんも朝ドラが好きな人が多いので、学会発表の講演の構成を朝ドラのストーリー展開を参考に組み立てるとよいとアドバイスしたりしました。たった12・3分で結構たのしませてくれたり、はらはらドキドキさせてくれたりする朝ドラをお手本に、学会の口頭発表も聴いている人が聴いて良かったと思えるような構成にするのはそんなに難しくないわけです。あと発表の注意点ですが、一番危険なのは、スライドにピカチュウなどの流行のキャラクターを（発表内容と関係ないのに）入れることです。学会にはまじめな先生が多いので、それだけで研究費獲得の確率が大幅低下する可能性が高いです。あと、NHKなどのニュースでおなじみの「あるもの」という言葉を使うのもやめましょう。「「あるもの？」そんなこといってないで、さっさと最初から名前を言え！」と思われて、聞いている研究者から反感をかうこと請け合いです。
して、ミースフェルド生化学（東京化学同人）を紹介しました。生化学を学び始めた方には日本語版をおすすめします。日本生化学会の推薦教科書です。これは初版の日本語版ですが、2021 年に第二版がでています。Amazonでこの第二版の中古本が安かったので購入し、一昨日 本が自宅にとどきました。International Student Editionという米国内とカナダでは販売できないタイプの版本でした。税込8000円ちょっとの値段がついていたので、即ショッピングカートにいれて購入しました。未読本と書かれていたのですがたしかに届いたものは未読本でした。ebookがついているのかと思いましたが、表紙の裏にスクラッチがついていて、それを削るとネットでの登録コードがあらわれてそれで出版社のサイトで登録すると、オンライン版のBiochemistryが読めるようになっていました。オンライン版は紙の本よりきれいで見やすいので良いと思いました。ただオンラインで読んでいるときにLife Science Dictionaryはひけませんでした。また単語を選択して訳がポップアップするFirePOP!も動きません。コピー回数を計測するような仕組みになっているようで、日本人がオンライン辞書を引きながら読むのには向いていないようです。Kindle版もないようですのでちょっと残念です。なおPDICは動くのでコピーすると訳がポップアップするのは確認できました。