SimpleFoldというタンパク質の立体構造予測プログラムがオープンソースで公開されていました。よくみるとAppleの研究所からのプレプリントなんですね。AlfaFoldより簡潔なアルゴリズムで予測するということで以下のGitHubからダウンロードして試せます。どれくらい簡潔化というのは一番下に埋め込んだツイートの図をご覧ください。
MacBookで動きますというのがキャッチフレーズみたいですが、Pythonベースのシステムですので、もちろんLinuxでも動くはずです。
SimpleFold: Folding Proteins is Simpler than You Think
https://github.com/apple/ml-simplefold
This github repository accompanies the research paper,
“SimpleFold: Folding Proteins is Simpler than You Think (Arxiv 2025).
Yuyang Wang, Jiarui Lu, Navdeep Jaitly, Joshua M. Susskind, Miguel Angel Bautista
arXiv:2509.18480 [cs.LG]
(or arXiv:2509.18480v1 [cs.LG] for this version)”
https://doi.org/10.48550/arXiv.2509.18480
New preprint & open-source! 🚨 “SimpleFold: Folding Proteins is Simpler than You Think” (https://t.co/cXQYliK7Ws). We ask: Do protein folding models really need expensive and domain-specific modules like pair representation? We build SimpleFold, a 3B scalable folding model solely… pic.twitter.com/7LzkPA9rnN
— Yuyang Wang (@YuyangW95) September 24, 2025
This paper is amazing. Their architecture comparison with AlphaFold2 really tells the whole story. Just flow matching with a transformer… https://t.co/gRLpfFm4PM pic.twitter.com/ofcney93DV
— Andrew White (@andrewwhite01) September 26, 2025