福岡は春爛漫です。家のサクランボの木もたくさん実をつけて二度ほど収穫できました。さくらんぼうは綺麗ですね。できるだけ近所の子供たちにもあげるようにしていてさくらんぼうは綺麗だったなぁと思い出になってくれたらと思っています。
今日は遺伝子発現データのエンリッチメント解析をやっていました。以前はMetascapeの紹介もしたのですが、今日は線虫用のエンリッチメント解析サイトWormCatと結構昔から開発が続いているg:Profilerを使っていました。g:Profilerのサイトはこちらです。https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost
開いたページはエンリッチメント解析用のg:GOStのページです。プルダウンから種を選んで左にあるQueryと書いてある下の箱のなかに遺伝子名のリストをペーストします。改行でくぎられたリストでも空白で区切られたリストでもOKです。二つの遺伝子発現リスト（変異体と野性株に対する薬剤投与後の遺伝子発現リストなど）を比較してエンリッチメントされているGOタームに差があるかどうかなどを、Run queryボタンを押した後で出力される図やダウンロードできるボタンにある結果のまとめのGMTファイルで検討することができます。二つ以上のリストを入力するときには右にあるOptionsにある一番目の遺伝子リストの前にFASTA型式のコメント（”>Wild_type_gene_list”のように”>”ではじまって空白をいれないようにしたコメント）を入れておくとよいと思います。二番目の遺伝子リストの前にも同様にFASTA型式で>Mutant_type_gene_listなどとコメントを入れておきます。あとはRun queryボタンを押すだけです。GO termのあいまいさがあるときは画面に選択肢のリストがでてきますのでよく読んでどうするかを指示します。その後Rerun Queryボタンを押して解析を続ければOKです。
g:Profilerの使い方については動画や参考pdfがあります。
https://togotv.dbcls.jp/en/20200127.html
これは、「g:Profiler を使ってエンリッチメント解析と ID 変換を行う」という題の動画です。YouTubeの動画を埋め込んでおきます。
https://youtu.be/J8OFUApev3s?
g:Profilerは遺伝子のID変換もできるんです。
使い方のスライドpdfはこちらです。こちらはOptionsの設定やカットオフ値の設定など具体的に書かれていて役立ちます。
https://tess.elixir-europe.org/materials/introduction-to-g-profiler
View materialとあるオレンジ色のボタンからpdfをみることができます。