タンパク質の設計を機械学習で行う時代になりました。YouTubeにはRosetta《タンパク質の立体構造モデリングと設計のソフトウエア。ノーベル賞を受賞しています。）の開発者たちによる講習会の動画やノートブックへのリンクが公開されています。Rosetta Commonsの再生リストはこちらです。
https://www.youtube.com/@RosettaCommons/playlists
RosettaをPythonで使えるPyRosettaの講習会動画などもあるので役立ちます。
今日紹介する
Protein design with machine learning という講習会の動画の再生リストはこちらです。
https://youtube.com/playlist?list=PLFavr8uo6kSpbIQKodSYA6reiG-RDXnWq&
PyMolの使い方、AlphaFold2やAlphaFold3の使い方の講義もあります。
Notionには講義のスライドやノートブックがアップロードされています。
https://sweltering-waterfall-a22.notion.site/Lectures-Slides-Activity-Notebooks-7226d85bd15244639cfb707bfa161c82
動画の一例として、タンパク質の立体構造を表示するソフトPyMolの使い方とVSCode入門の動画を埋め込んでおきます。
PyMol and VS Code (Mini-session)
https://youtu.be/7fh90mdg2pI?
UbuntuにPyMolをインストールするのは簡単です。以前の記事に書いたのでご覧ください。