AlphaFold3 のオフラインで使用できるような実装は、いろいろめんどうなことがあるようです。
次の森脇先生の記事に詳しく書かれています。
「AlphaFold3 (ver. 3.0.0) インストール」
https://qiita.com/Ag_smith/items/3bb110fe576292bbf0ea
たとえば、『AlphaFold3のモデルパラメータは、Google DeepMind社に利用申請して認可された人のみが利用可能という規約になっています。この仕様のため、AlphaFold2のときのように何も準備なしに構造予測を利用するということはできないことになっています。』などと書かれていて、全然オープンソースではありません。
先日、MITライセンスで使用できるオープンソースのBoltz-1が公開されました。
Our model and code are released under MIT License, and can be freely used for both academic and commercial purposes.
これは今後のオープンソース科学のお手本になるかもしれません。
Thrilled to announce Boltz-1, the first open-source and commercially available model to achieve AlphaFold3-level accuracy on biomolecular structure prediction! An exciting collaboration with @jeremyWohlwend, @pas_saro and an amazing team at MIT and Genesis Therapeutics. A thread! pic.twitter.com/vhBTwGNKsU
— Gabriele Corso (@GabriCorso) November 17, 2024
Boltz-1:
Democratizing Biomolecular Interaction Modeling
https://github.com/jwohlwend/boltz
Boltz-1 is an open-source model which predicts the 3D structure of proteins, rna, dna and small molecules; it handles modified residues, covalent ligands and glycans, as well as condition the generation on pocket residues.
グリカンなども扱えるようで、なかなかよさそうなソフトですね！
To read more about Boltz-1 check out:
– Our short blog-post https://t.co/p1wlzXhvRE
– Our technical report: https://t.co/px0spnTA0S
– Our model and code: https://t.co/HgWZSpyIAy
I’ll share a separate thread with more details about the process and some interesting findings!— Gabriele Corso (@GabriCorso) November 17, 2024