YouTubeのおすすめに以下の動画がでてきました。TogoTVの最新の動画です。
『Metascapeを使って遺伝子リストの生物学的解釈をする』
https://youtu.be/WqkIM_i55CM?si=iByXe7xfBrsEhTX1
いろんな実験で得られた遺伝子リストについて、リスト中にどのようなグループの遺伝子が統計的に有意に濃縮されているかを知るのがエンリッチメント解析です。たとえばこちらの資料を読むとわかりやすく解説されています。
用語解説 エンリッチメント解析 林 武司
https://www.jstage.jst.go.jp/article/livestocktechnology/2019/769-Jun./2019_48/_article/-char/ja
ダウンロードリンクも下にペーストしておきます。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/livestocktechnology/2019/769-Jun./2019_48/_pdf私はこのところ、エンリッチメント解析を毎日行っていて、線虫の遺伝子リストをエンリッチメント解析ツールである、WormCat、WormEnrichr、WormBaseのenrichment analysis tool、そしていろんな生物種の遺伝子のエンリッチメント解析に使えるDavid、そしてEnrichrなどに入れて解析しています。どれも同じような結果をだしてきますが今のところ、WormCatとWormEnrichrがよいと思っています。今回動画で紹介されているMetascapeはGO termやKEGGだけでなくタンパク質間相互作用でもエンリッチメント解析できるようで遺伝子名のコンバージョンも自動でやってくれるほか、ビジュアルなアウトプットも得られるのでとてもよさそうです。ちょっとさっきから試していますが、なかなかよい結果が得られるという感触でした。明日、いろいろ試してみようと思います。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/livestocktechnology/2019/769-Jun./2019_48/_article/-char/ja
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https://www.jstage.jst.go.jp/article/livestocktechnology/2019/769-Jun./2019_48/_pdf私はこのところ、エンリッチメント解析を毎日行っていて、線虫の遺伝子リストをエンリッチメント解析ツールである、WormCat、WormEnrichr、WormBaseのenrichment analysis tool、そしていろんな生物種の遺伝子のエンリッチメント解析に使えるDavid、そしてEnrichrなどに入れて解析しています。どれも同じような結果をだしてきますが今のところ、WormCatとWormEnrichrがよいと思っています。今回動画で紹介されているMetascapeはGO termやKEGGだけでなくタンパク質間相互作用でもエンリッチメント解析できるようで遺伝子名のコンバージョンも自動でやってくれるほか、ビジュアルなアウトプットも得られるのでとてもよさそうです。ちょっとさっきから試していますが、なかなかよい結果が得られるという感触でした。明日、いろいろ試してみようと思います。