分子動力学法で生体分子の動きを計算するソフトウエアと、計算で得られた分子の立体表示とアニメーション表示のためのソフトウエアについて、ハンズオンワークショップが先月開催されてその動画が公開されています。QwikMDというソフトウエアは、分子動力学の初心者の勉強にも役立つとのことです。NAMDのほうは本格的な分子動力学ソフトウエアみたいです。
NIH Resource for Macromolecular Modelling and Visualization, Beckman Institute for Advanced Science and Technology, University of Illinoisというグループが開発しているソフトウエアに関するワークショップです。このグループのホームページ
https://www.ks.uiuc.edu/
には、莫大な情報が集約されているので是非ご覧ください。Software, Outreachなどの項目は特に役立つと思います。
ワークショップのサイトはこちらです。
61st Hands-on Workshop on Computational Biophysics
Auburn University, June 24-28, 2024
http://www.ks.uiuc.edu/Training/Workshop/Auburn2024/
recordingと書いてある部分をクリックすると動画がみられます。一つサンプルを埋め込んでおきます。
https://youtu.be/lTvpLDHWGFY?si=fxmmMjjDwlNeZMjl
最後に、ワークショップで扱っているソフトウエア(無料)へのリンクをのせておきます。
QwikMD:
https://www.ks.uiuc.edu/Research/qwikmd/
VMD (Visual Molecular Dynamics);
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/