今日は先進ゲノム支援PAGSの情報解析支援が開催されている中級者情報解析講習会で勉強していました。ZoomのWebinar形式の講習会です。ゲノム解析に必要なPythonの使い方を実際例とともに学べる講習会で、後日資料とビデオが公開されるとのことで公開されましたらこのブログでもお知らせしようと思います。
https://www.genome-sci.jp/bioinformatic
初級講習会の資料や動画も上のページからみられますので、Pythonをバイオインフォマティクスで使いたい人はこのあたりの講習会から始めてみるのも良いと思います。
このweb pageには、参考書やpython 入門サイトも紹介されていますので、是非ご覧ください。2019年開催の中級講習会の動画や資料はこちらにあります。
https://www.genome-sci.jp/lecture201910 書籍化されているそうです。
講義はこんな感じです。
https://youtu.be/Fo6-hlWgNPQ
Jupyter notebookの資料もダウンロードできるので、わかりやすいです。
以下は私の今日の失敗談です。今回の講習会、私はWindows10のPCで受講するつもりで、AnacondaをインストールしたWindows10のPCに、受講に必要な追加モジュールのインストールをはじめました。Windows10で全部インストールできると思っていたので、WSL2（Windows Sussystem for Linux 2)は使いませんでした。8個ある追加モジュールのインストールは思いのほか時間がかかり、昨夜4個インストールした後 疲れて寝てしまいました。残りの4個のインストールを今朝はじめたのですが、最後の一個の追加モジュールをコマンドラインから、conda install -c conda-forge scikit-miscとうちこんで、インストールを試みました。ところがscikit-miscのインストールはできず、Anacondaのサイトで検索してみろと言うメッセージが出て終了してしまいます。さっそくGoogle検索してみると、なんとWindowsにはこの追加モジュールはインストールできないらしいとわかりました(インストーラーがないのです）。あと1時間ほどで講習会が始まるので あせりました。急遽、Ubuntuの入っているPCを起動、Anacondaをいれて、コマンドラインで追加モジュール8個を順次インストールすることにしました。やってみるとUbuntuではWindows10の時と違って、８個の追加モジュールのインストールは、スムーズで時間もそれほどかからず終わりました。最後のscikit-miscという追加モジュールも数分でインストールできました。今回の講習会の資料が公開された時、Windows10や11で勉強するには、WSL2を使うのがよさそうです。