先日 東京女子医科大学の三谷昌平先生の講演をオンデマンド配信で拝見しました。三谷先生の書かれた総説 (Comprehensive functional genomics using Caenorhabditis elegans as a model organism. Proceedings of the Japan Academy. Series B, Physical and biological sciences 93 (8) ：561-577 , 2017.10 DOI:10.2183/pjab.93.036) の流れに従ったお話で、大変勉強になりました。御講演の最初のほうで紹介されたゲノムについての、初心者にわかりやすい入門書というのは読んだことがなかったので、早速古書で入手しました。
オンリーワン・ゲノム―今こそ『遺伝と多様性』を知ろう 単行本（ソフトカバー） –
鎌谷 直之 (著), 早未 恵理 (イラスト)という本です。
大変わかりやすく書かれている本です。これくらいは今の時代、常識になっていないとパンデミックを煽るニセ情報の波にのみこまれかねません。ゲノムについて知りたい一般の方に特にお勧めできる本だと思います。この本をネットで検索しているときに次の本が出ているのを知りました。
ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー?疾患とゲノムを結びつける
岡田 随象 (著) 羊土社という本です。この本、Linuxを使うのにCygwinを使っていてちょっと古いのかなと思いましたが、著者が開催されていた、2021年の大阪大学での講習会資料を参考にすれば、最新の本によみがえります。著者の岡田先生は、東京大学大学院医学系研究科遺伝情報学教室に移行されたようですが、以下のサイトに大阪大学で開催された「遺伝統計学夏の学校@大阪大学」の講義資料があります。上の本もこの夏の学校から生まれた本だそうです。本を購入して読みながら、2021年の講義資料を勉強しましょう。それが一番だと思います。http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/school_2021.html
この本は、ゲノム解析に必要な事柄を、いうならば、「ゲノム解析ミニマム」のように網羅して展望しており、GWASとかも詳しく解説されているので初心者に一番のおすすめです。いろんな本をあちこち読んでみるより、これ一冊を基本として読んであとは自分で勉強していくとよいと思いました。
岡田先生の2021年の講習会のスライドでは、Linuxの入門には、今後はWindows10以降使えるようになったWSL2を利用する方向に移行すると書かれています。WSL2については以下のマイクロソフトのページをご覧ください。windows11ではコマンドラインから一発でwsl2とubuntuをインストールできるそうです。wsl –install
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/install
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/tutorials/gui-apps
いつも思うのですが、統計学を生命科学の実験に使うのであればRをRStudioで使い、EZRから統計解析をすればことたります。あとは実験計画法とかも学んでおけばよいと思います。Rはゲノム解析やバイオインフォマティクスに利用されるので次はそういうRの使い方を学んでいけばよいでしょう。忙しい生命科学研究者ですから、統計学を数学的基礎から学ぶのは時間の無駄です。必要なら専門の統計学の先生に質問しましょう。Pythonだって、機械学習だって、生命科学に使える部分をまず学んでいくのがお勧めです。というより、それ以上学ぶのは若い人にはかえって有害な学習だと思います。特に若い人には、時間が大切なので、そういうことは止めるようにと強調したいと思います。(生命科学以外の方は自分の興味のある分野に使える内容をまず学ぶというふうに読み替えてください。）