夏休みおすすめソフト(3)RstudioにR commanderとそのプラグインEZRを入れてみよう―EZRインストールのトラブルシューティング

前回はRとRstudioの紹介をしました。続いてRstudio上からRのプラグインであるR commanderと、RコマンダーのプラグインであるEZRをインストールする方法を紹介しようと、最新版のRを使って紹介記事を書いていたのですが何故かEZRのインストールがうまくいきませんでした。Rcmdr(R コマンダー)をRstudioからインストールしたあと、EZRをRstudioからインストールする時うまくいきませんでした。解決したのでうまくいったRコマンダーとEZRをインストール法を紹介しておきます。

前回紹介した方法でRをインストールし、次にRstudioをインストールします。
次にRstudioを起動してRcmdrをインストールします。やり方は、

右下のpane{パネルのようなもの)からpackagesタブを選びます。boot, class, clusterなどのsystem libraryのパッケージがすでに存在するのがわかります。アルファベット順にならんでいるのでずっとリストをみていってもR commanderなどのパッケージ(Rcmdrなど)はありません。これをインストールするのが今回の作業です。 右下パネルのInstallタブをクリックします。すると新しいウインドウが開いてpackagesという部分にカーソルが点滅していますので、そこにrcmdrといれてみましょう。ポップアップがでてきてRcmdr以下、RcmdrMiscとかRcmdrPlugin.aRnovaなどがずらーっと一覧ででてきます。下ののほうにRcmrPlugin.EZRもありますね。まずRcmdrを選択します。install depencenciesのチェックがはいっているので、そのままにします。そしてInstallボタンを押します。すると左下のコンソールpaneにいろいろいろ赤字で表示がはじまり、packagesを次々と解凍してインストールしているのがわかります。結構な時間がかかると思いますが終わるまで気長に待ちましょう。赤字でいろいろ経過が表示され、その後、カーソルが点滅してすすまなくなったように見えますが、5分も放置しておくと次にすすむようでパッケージの解凍などに時間がかかるようです。コンソールパネルにThe downloaded binary packages are in どこそこ、というパッケージの保存場所の表示がでたら終わりです。終わると右下のPane{パネル)に前にはなかった様々なパッケージがあるのがわかります。パッケージの表示パネルにRcmdrとRcmdrMiscが表示されているのを確認してください。

次に、library(Rcmdr)とコンソールにうちこんでR commanderを起動。see ?effectsTheme for details.という赤字のメッセージでRstudioのコンソール画面は止まるので、Rstudioのウインドウを最小化して画面をみると、「Rcmdrが利用する次のパッケージがありません」というメッセージのでているポップアップウインドウがあり、「これらのパッケージをインストールしますか?」ときいてくるので、はいをクリック。すると、「ないパッケージをインストールする」という画面がでるので、CRANの指定でOKを押します。

Rstudioにもどって見ていると、つぎつぎと赤字でインストールがすすみます。そしてインストールが成功すると>の印がコンソールにでますので、インストール終了です。

コンソールにlibrary(Rcmdr) とうちこんでエンターを押すと、Rコマンダーのポップアップウインドウが自動で開きます(日本語です)。

図のR コマンダーのメニューのツール(ヘルプの左)をクリックして、Rcmdrプラグインのロードをクリックします。(ここが大事なのですが、この段階で、Rstudioの右下のPackageのパネルでRcmdrPlugin.EZRにチェックが入っていないことを確認してください。つまりRにロードされていませんので注意してください。私は最初、Rcmdr, RcmdrPlugin.EZRの順にRstudioの右下パネルでチェックをいれて、Rコマンダーを立ちあがていました。そうするとEZRがこのプラグインのロードに表示されない=RコマンダーからEZRが使えないという不具合が起こります。必ずPackageのパネルでEZR pluginにチェックが入っていないことを確認してください。上の図のようにプラグインにEZRが選択されて表示されているので、OKをクリックします。するとRコマンダーを再起動しないとプラグインを利用できません、再起動しますか?(下図)ときいてくるので「はい」をクリックします。

再起動するとEZRの画面がでます(下図)。Rstudioとは別のウインドウに表示されるので注意してください。

メニューの一番右に「標準メニュー」というのがでていたら成功です。ここに本来のRコマンダーのメニューがあつまっていて、Rコマンダープラスアルファの機能がその他のメニューから使えます。解析結果のグラフなどはRstudioのplotパネルではなく独自のポップアップパネルにでてきます。

Rstudioにもどってみると、右下のパネルのPackageのところのRcmdrPlugin.EZRにチェックが入りました。

EZRを閉じるときには、Rコマンダーのメニューから閉じて、その後、Rstudioを閉じてください。

以上です。

その他のRstudioについての注意:
1)RstudioではLinuxとおなじようにTab補完機能が使えます。たとえばコンソールでlibrary(Rとうちこんでtabキーを押すと、RcmdrとかRcmdrPlugin.EZRとかの候補がポップアップしますので、適当なのを選んでエンターをおせば入力の手間がはぶけます。これは便利な機能です。

2)あとR commanderが起動している状態でRstudioを終了するときの注意。Rstudioでquitコマンドをいれても永遠に終わらないので困ります。これは、R commanderの終了画面でOKをおさないとR コマンダーが終了できないためです。RstudioのquitコマンドではRコマンダーはquitできず、quitting sessionsが永遠に続くのです。

3)インストールしたパッケージは、ドキュメントのフォルダにあります(windows7以上の場合)。まっさらにRをしたいときは、Rをアンインストールした後、このドキュメントフォルダ内の、Rフォルダを削除しないとパッケージは残ります。

4)Rstudioでは4つのpaneが表示されるといろんなところに書いてあります。でも一番左上のソースエディタが表示されていない人が多いのではないでしょうか。これを表示させるには、ToolsからGlobal Options、Pane LayoutとすすみEnvironment, History, connections, presentationsと並んである画面にあるViewerのチェックをいれると表示されるようになります。もう一つよくあるのは、ソースエディタが隠れていて見当たらないケースです。この場合は、sourceと書いてあるのでわかります。その部分をマウスでドラッグして拡げればソースエディタが見えるようになります。

 Firefox ESR版の重要な更新についてのお知らせ―古いアドオンがとうとう使えなくなりました

台風の大きな被害が各地で報道されていましたが、今度は大きな地震にみまわれてしまいました。被災した皆様に心からお見舞い申し上げます。また救出作業や停電やライフラインの復旧など、様々な活動に日夜尽力されておられる皆様に心から感謝いたします。

 

今回は以前からFirefox ESRを使っていた皆さんへのお知らせです。

とうとう本格的にFirefox Quantum最新版への移行が必要になりましたね。Firefox ESRがFirefox Quantumベースの最新版になったため、自動更新にしている方は今までESRで利用していた古いアドオンがほとんど使えなくなっていると思います。また手動で更新したら、せっかくESRにして使い続けていたESRでしか動かなかった古いアドオンが使えなくなってしまいますので気をつけてください。たとえばScrapBookとかです。ScrapBookは便利なアドオンですので、最新のFirefoxに対応してもらいたいものです。要望はあるようですがなかなか開発されないようです。その点、Life Science Dictionaryはすぐに最新版に対応してもらって本当に良かったと思います。 FirefoxChrome版のありかを念のためにリンクしておきます。

以下に前のバージョンのFirefox への戻し方を書いておきます。
ただ古いFirefoxではセキュリティーアップデートが継続されませんので、使い続けることはおすすめできません。それでたとえばScrapBookの場合だったら、データを書きだすなどしてこれ以降は古いバージョンのFirefoxを使わないのがよいでしょう。最新版に自動アップグレードされてしまって、古いアドオンをどうしても使う必要がある(バックアップのためなど)ときの対処法を書いておきます。(私のwindows10ではうまくいきましたがその他のシステムでは試していません)

1)新しいFirefox(60番台のESR版)では今まで使っていた多くのアドオンが使えなくなっています。では記憶させていたログイン情報とかパスワードとかはちゃんと自動アップデートされたFirefoxに記憶されているでしょうか。念のため、ログイン情報やパスワードがちゃんと新しいFirefoxに移行されているかどうかを確認してください。このFirefoxをこれからいじりますので、これらが消えてしまうと大変です。さらに念をいれて、以下のやり方が失敗した時に備えて、私はログイン名とパスワードを表示した画面をデジカメで撮影しておきました(パスワードなどを書きだすアドオンが動いておればそれで書きだしてもいいです)。

では古いFirefoxに戻しましょう。

2)自動更新で新しくなってしまったFirefox Quantum ESR版のFirefoxを起動し、ヘルプメニューにあるトラブルシューティング情報という項目をクリックしてみてください。プロファイルフォルダへのリンクがあるのでクリックしてプロファイルフォルダの場所を開いてください。Firefoxはプロファイル(profile)フォルダというフォルダにログイン情報とかブックマークとか、アドオンの情報などすべてを集めていますので、これさえあればトラブルがおこっても大丈夫、ちゃんと動いていた時のFirefoxに戻すことができます。どこか好きなところにこのプロファイルフォルダを中身ごと全部コピーしてバックアップとしてとっておきます。これがあれば最悪、自動アップグレードした状態へもどれます。

3)古いFirefoxに戻すやり方は簡単です。自動アップグレードされる前の古いバージョンのFirefox 52.9.0 ESRのインストーラー(以下にありかを書いておきます)を使って、インストールします。 デフォルトでインストールすれば、古いバージョンが復活するはずです。必要なアドオンを起動して、使え困りまりますので、ツール、オプション、詳細と選択して、更新をクリックし、更新を自動的にインストールするのチェックを外して自動インストールしないようにしておきましょう。

自動更新される前のFirefoxESR版ですが、昔インストールしたときのインストーラファイルがあればそれを使います。なければ以下のftpサイトからダウンロードできます。Mac版、Windows版、Linux版など昔のものから最新のものまでいろいろそろっていますので、必要なインストーラーをダウンロードして、インストールすると、更新される前のバージョンに戻ります。

ひとつ前のバージョン52.9.0esrここにあります。 ウインドウズ版は win64のディレクトリをクリックして開いたフォルダからダウンロードできます(win32は32ビット版)これは前にインストールしてあったScrapBookが使えますが、停止されておりaddonのインストールメニューから探して再インストールする必要があります。もう少し古いもの52.7.3esrここにあります。これはインストールするとすぐにScrapBookが使えます。

覚えておくといいのはプロファイルフォルダの管理のことです。実は私はFirefox Quantumをめったに使っていませんので、以下はFirefox Quantum以前のFirefoxでしか試していません。Firefox Quantum ではうまくいかないかもしれませんので注意してください。

プロファイルフォルダにはブックマークだのアドオン情報などがすべてあつまっていますので、別の パソコンにFirefoxをインストールしたとき、もとのパソコンの情報をそっくり引き継ぐのは新しくインストールしたFirefoxのプロファイルフォルダの中身を、前のパソコンのプロファイルフォルダの中身にそっくり置き換えれば可能です。私が退官するときに古いパソコンのFirefoxの設定をプロファイルフォルダのコピーで別のパソコンへ移しました。もう少し詳しく書くと以下のとおりです。

新しくFirefoxをインストールしてできたprofileフォルダの場所を上と同様にヘルプメニューのトラブルシューティング情報から探します。探し出したプロファイルフォルダの中身を全部消去します。空にしたプロファイルフォルダをクリックして開き、そこに先ほどコピーしておいた設定を移行したいFirefoxからコピーしておいたプロファイルフォルダの中身を全部選択して丸ごとコピーするといいです。こうすると、昔のFirefoxがよみがえります。

写真は道端に咲いていた月見草です。


					

Google翻訳で中国語のサイトを読む―日本語ではなく、必ず英語に翻訳すること!

中国語のサイトを皆さんはどのように読んでおられますか?Google翻訳は結構使えます。
いろんな言語の翻訳に使えますが、今回は中国語のページ(後半を参照してください)を訳してみます。Google翻訳のページを開いて、翻訳したいホームページのurlや翻訳したい文章を入力します。デフォルトは日本語を英語に翻訳するようになっていますので、元の言語の日本語とある部分のプルダウンから「言語を検出する」を選ぶと、自動的にホームページの言語を検出してくれて今回の場合は中国語になります。こうして原文の言語を選んだら、次に翻訳する言語を選びます。デフォルトでは中国語→日本語の翻訳となりますが、やってみたらわかりますが使い物になりません。そこでまず英語に翻訳(中国語→英語)してみてください。英語へのGoogle翻訳の方が格段に正確でした。これは需要の多さによるのか、中国語と英語が語順などで似ていることによるのかは私にはわかりません。この方法で、中国語の記事を読むようになると、情報収集が格段にはかどりますのでためしてみてください。(以前、アインシュタインからの墓碑銘の記事を書いたときにもGoogle翻訳(ポーランド語から英語)をつかっていました。

雑誌Scientific Americanの4月号(今年3月発行)にThe Brain, Reimaginedという記事が掲載されていました。記事の内容は神経伝達のメカニズムとしてノーベル賞を授賞していたホジキン・ハックスレーの説では説明できない現象(たとえば麻酔が効くこと)が存在し、それらの現象は神経伝達がelectromechanicalな孤立(圧縮)波ソリトンを介して起こるものであるとすると綺麗に説明できるという記事でした。そのきっかけとなる現象は日本人の研究者 田崎一二博士(National Institute of Healthに長年勤務 98歳まで現役の科学者だったそうです。リンクの後半の先生の写真のあたりをご覧ください)による発見であり、Thomas Heimburg(コペンハーゲンのニールス・ボーア研究所)教授の研究によって田崎の研究が一躍注目を浴びたとあります。本当なら教科書を書き換えることになり、ノーベル賞は確実という業績です。Heimburg先生のホームページに論文リストがのっていますので興味あるかたはご覧ください。最初の論文はPNASにでたこの論文だそうです。前に紹介したpreprintサイトにあがっている最新の解説もわかりやすいです。

上の記事を読んで田崎一二博士の業績を検索してみると、中国語のこのサイトの記事がヒットしてきました。上述の記事の引用プラス写真なども含めてすばやくアップロードされていたので驚きました。日経サイエンスはこの雑誌の翻訳を載せていますが、ほかのオリジナル記事が多かったからでしょうか、このScientific American誌の記事の翻訳は日経サイエンス9月号に掲載されたようです。是非ご覧ください。

このところ台風がきたりして物凄い風が福岡でも吹いていました。写真は田んぼに登場した案山子です。毎年このようなシュールな案山子があらわれますが、夜こんな案山子に会うと怖いかもしれません。

物理や数学、工学や生物科学の新刊本をDOABでダウンロードしてみよう:オープンアクセス本のすすめ

このところ、古典のダウンロードサイトばかり紹介していましたが、今日は最新の本がダウンロードできるサイトを紹介します、。去年の講演でも紹介したサイトですが、
DOAB (Directory of Open Access Books)というサイトにはSpring-Natureをはじめいくつかの出版社が公開しているオープンアクセス本がまとめられていて便利です。たとえば生物科学のビッグデータの解析に重宝するGO termというのがありますが、その解説本The Gene Ontology Handbook」が丸ごとダウンロードできるのがわかります。このサイトでいろんなキーワードをいれて探すと、2018年の新刊を含めて、オープンアクセスで公開されている本がいろいろあって面白いです。例えば今日、Mathematicaという数式処理ソフトでこのサイトで検索をかけてみました。九大の生物学科でも昔はMathematicaを使う演習がありましたが、数式処理ソフトとしては有名な市販ソフトです。するとこんな本が見つかりました。

Control Theory Tutorial
Basic Concepts Illustrated by Software Examples
(Steven A. Frank)

検索結果のページの下の方にある、Free Accessというボタンを押してみてください。ダウンロードリンクが開きます。この本は別途、Mathematicaのコードがダウンロードできるようにしてあり、生命科学にも応用範囲のひろい、制御理論の基礎をMathematicaを動かしながら勉強できるようです。著者は生物科学系のカリフォルニア大学の先生で、生命科学の分野の人が制御理論を学ぶのに最適の本のようにみうけられます。興味のある方はダウンロードしてみてください。他にも各人の好みのキーワードで検索するときっとぴったりの本が見つかると思います。

写真は毎日の猛暑を逃れるため、夕方 山の川にいった時にみつけたアメンボです。どこにいるかわかりますか?

プレプリントサーバーとその活用法の紹介―bioRxivの利用法3

プレプリントサーバーbioRxivの利用法の第3回です。前回紹介したように大学や大学院、そして研究室での論文ゼミでbioRxivを活用しているところが増えています。出版される前に論文を読めるというメリットの他に、その論文を査読(レフリーをする)することを体験できますし、その論文がその後どのように印刷出版されるかをたどっていくと、レフリーとのやりとりなども追跡できるので研究者の卵にもとても勉強になります。以下のサイトをみるととても役立つと思いますのでご覧ください。

まず一番のおすすめは、preLights A というサイトです。これはプレプリントのハイライトサービスで、雑誌Journal of Cell ScienceとかDevelopmentとかを出版しているThe Company of Biologistsがスポンサーになっているサービスです。生物関係のおすすめのプレプリントを教えてくれるサービスですので是非使ってください。今日みてみるとテントウムシの模様のできるメカニズムのゲノムからの解明などの研究がハイライトされています。ハイライトの一覧は、ここにハイライトされているプレプリントへのリンクがありますのでブックマークしてください。

biOverlay はプレプリントサーバーにある論文を、独自に(勝手に)選んで勝手に査読してその結果を公開しています。こういうのをoverlay journalというのだそうです。査読の仕方の勉強にもなりそうですね。ご覧ください。

Peer Community Inというのも面白いアイデアです。著者はプレプリントサーバに原稿をアップロードした後、こちらのサイトにも原稿を読んでもらうよう依頼します。こちらのサイトが原稿を独自に査読にまわすかどうか決めて、査読にまわされれば匿名のレフリーが査読します。査読がOKになったらこのサイトで推薦の辞つきで公開されるというわけです。これで著者が得心したら論文としてdoiもわりふられて業績になるという仕組みです。著者がちゃんとしたjournalに投稿するのも問題ありません(このへんの仕組みの図と詳しい説明がここにあります)。推薦の辞はプレプリントだけではなく、すでに公開されている論文についても書かれることがあるようです。
投稿できる分野は進化生物学、生態学、古生物学となっています。以下にリンクがあります。

 Peer Community in Evolutionary Biology, Peer Community in Ecology or Peer Community in Paleontology

写真は、散歩の途中で写真をとってくれと、せがんでいるように声をかけてきたスズメの子です。人を怖がらず、写真をとっている間ずっとポーズしていろんな方向をむいたりしてくれていました。数日前からヒグラシも鳴きはじめ季節が進んでいます。

 

 

プレプリントサーバーを利用した論文紹介ゼミのすすめ―bioRxivの利用法2

土曜日にサイトのテーマを携帯対応のものに変えました。携帯でアクセスする方は、携帯を横にしてみてもらうと見やすいと思います。

If you want to be one year behind, don’t read bioRxiv– Jeff Leek

今日は5月23日のプレプリントサーバーの紹介に続く記事です。上の言葉は生物統計学などで多くの論文を出しているJeff Leek先生の言葉だそうです。論文投稿前のプレプリントをプレプリントサーバーに投稿していろんな人に読んでもらい、同時に引用できるようなdoiも取得した上で改訂して適当な雑誌に投稿するという人が増えています。また大学や研究室の論文セミナーで、雑誌にでた論文を選ぶのではなく、プレプリントサーバーにアップロードされた論文を選んで紹介するという新しいスタイルの論文紹介ゼミも盛んになっているようです。雑誌に出る論文より一年以上早く最新の成果を把握できることも多いので、PubMed検索だけではなく、プレプリントサーバーの検索も習慣にすることをお奨めします。

論文紹介ゼミでは、プレプリントサーバーにアップロードされた論文を読んで紹介し、論文のレフリー(査読者)になったつもりで内容を批判し吟味します。皆で検討した結果を著者にメールなどで連絡して原稿の改善に役立ててもらうというわけです。
こうしたプレプリントのゼミをやると、研究生活の早い時期に論文のレフリーの役割を学べます。著者への連絡がとても役立ったということで、論文を雑誌に投稿するときに謝辞に名前を書いてもらった学生もいるそうです。
今までレフリーになるのは、博士課程の学生で先生のお手伝いで協力するとか、査読を依頼されたときにレフリーの経験の多い先生に教えてもらうなどしかチャンスがなかったのですが、プレプリントサーバーで原稿が読めるようになったおかげで、学部学生や修士の学生でもレフリーの勉強ができるようになったわけです。米国ではプレプリントをつかったレフリーの練習も盛んになっているとのことです。皆さんも是非お試しください。これはpreprint reviewといいますが、これについてはこのリンクも参考になります。

線虫C. elegansの最近のプレプリントで面白そうなのにこんなのがあります。 配偶子幹細胞ニッチについてのKimbleラボの論文と、ノーベル賞をとったMelloさんのところのCRISPRを用いたゲノム編集の新手法の論文です。

C. elegans germ cells divide and differentiate along a folded epithelium

Hannah S Seidel, Tilmira A Smith, Jessica K Evans, Jarred Q Stamper, Thomas G Mast, Judith Kimble

PubMed以外の便利な論文の探し方―ナショナルバイオリソースプロジェクトでも使っているサイトTextpressoの使い方1

近畿地方の皆様、昨日の地震の被害をお見舞い申し上げます。余震も続いていて昨夜も二回ほど激しい揺れがあったそうですが、どうぞ皆様お疲れがでませんように。
私達のところでも熊本地震や以前の玄海地震など、大きな地震とその後の余震では、夜もぐっすり寝られず疲れたのを思い出します。熊本のときは、緊急地震速報が町内のスピーカーから深夜に何度もながれて特に疲れました。玄海地震以降、私は実は今でも夜寝る時には、ポシェットに財布や携帯、手帳をまとめていれておいてLEDの懐中電灯をポシェットにつきさして寝ています。玄海地震ではあと数秒揺れが続いたら家が倒壊するなと思ったのを思いだします。

阪大でも建物にひびがはいっているそうですが、九大でも玄海地震のときは建物にひびが入ったり、医学部のサンプルが壊れたり、理学部の建物の間の渡り廊下がずれたりと、ひどい被害をうけました。その後、本棚から本がとびでたり、パソコンが揺れで落ちたりしないようにと対策をやかましくとるように指導され建物の補強などもすすみましたので、すこしは耐震性は向上したと思います。まだガスや水道がとまっているところも多いそうですし、大学も休校しているところが多いとのことです。どうぞ体力温存第一でお過ごしください。
さて今日は簡単に、文献検索サービスのTextpressoを紹介しておきます。

PubMed以外の論文検索法 Textpressoの使い方1

極めて精度の高い論文検索サービスにTextpressoがあります(このサイトは2018年末には廃止される予定で、最近改良されてTextpresso Centralになっています。) とりあえずは古い方のサイトをいろいろ使ってみることをお奨めします。リンク集にも線虫版のTextpressoは紹介してありますが、酵母やショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、マウス、カエルその他いろいろな文献を検索することができてとても便利です。日本が世界に誇るナショナルバイオリソースプロジェクト(パンフレットのリンクはここ)の一つであるナショナルバイオリソースプロジェクト線虫(遺伝子破壊株だけでなくバランサーやCreのラインなども続々提供中)では、取得した遺伝子破壊株がどのように活用されているかを調査する目的で、論文をTetpressoで検索して把握しています。私も今、論文を書いていますがこのサービスを活用してデータのチェックやっています。 Textpresso Centralの方の使い方は後日このサイトで紹介しますのでお楽しみに。(写真は今朝道端に咲いていたツユクサです)

生命科学系論文の探し方―PubMedの定期的検索

以前、PubMedの使い方について書きました。そこでふれていなかった一定の検索キーワードを決めておいて、検索を毎日定期的に行う方法について研究室内専用のホームページに書いていたものをアップデートして掲載しておきます。皆さんも自分のキーワードを組み合わせて定期的に論文検索をしてみてください。

PubMedのデイリー検索の設定法:
PubMedの文献データベースに、同じ検索式で毎日検索をかけて新しい論文を教えてくれるサービスの設定方法を説明します。まだやっていない人は試して下さい。

1) まず各自の利用しているブラウザでRSS(サイトのアップデート情報などを提供するサービス)を受信できるように設定してください。Firefoxの最新版を使う場合は、RSS リーダーの機能拡張(アドオン)である「Brief」をいれておいてください。(Brief以外の各自のお好みの機能拡張を使っても良いです。私はFirefox ESRをまだ使っているので古いSageという機能拡張を使っています。CromeやIEなど別のブラウザでは適当にお好みのRSS readerを設定してください。)

以下は最新版のFirefox quantum での、Briefのインストールの仕方です。Firefoxの一番上にあるメニューからツールを選び、その中からアドオンを選び、「機能拡張」を選んで右上の検索画面にBriefといれて検索します。

下図のようにBriefが見つかったら、Briefのアイコンをクリック。
下図のような画面が出ますので「+Firefoxへ追加」ボタンをおして、インストールすると使えるようになります。
上手くいくと、右上にBriefのアイコン(下図の矢印で示した音波のようなマーク)が表示されます。
これでBriefの利用準備は完了です。

2) 次に検索してRSSフィードを登録しましょう。
まず文献検索データベースのPubMedにいって、自分が毎日検索したいキーワードを並べた検索式を検索窓に入れて検索を行います。
たとえば、elegans AND (glyco OR sugar OR transferase OR proteoglycan OR fatty OR fat OR division OR meiotic OR meiosis OR lipid OR sphingo) AND 2003[EDAT] : 2018[EDAT]とすると、2003年から2018年までの論文で elegansを含みかつ以下のどれかのキーワード(glyco またはsugarまたはtransferase またはproteoglycanまたはetc etc)を含むものが検索されます。各自、自分にあったキーワードに変えてみてください。検索式内のANDとORと「かっこ」をうまく使うと検索式を自分用にカスタマイズできます。
検索式を入力してSearchボタンを押して検索が終わると、結果がでてきます(下図)。

 

検索結果のページの上のほうにある検索式をいれた検索窓の下(上図で指さしマークを付けてある部分)にCreate RSSと書いてあります。ここをクリックすると、下図のようなポップアップがでてきます。
結果の表示数を選ぶ箱(Number of items displayed)があって、

Feed name:の部分に検索式が書いてあるのが見えるでしょう。表示を15以上にしたければプルダウンで数を増やしておきます。OKならCREATE RSSボタンを押すとRSS feedのポップアップができます(下図)。

 

次にこのポップアップのXMLと書いてあるボタンをクリックします。開いたページ(下図)で、真ん中よりすこし右くらいにあるBriefのマークをクリックするか、それが見あたらなければ真ん中の「」の記号を図のようにクリックしてプルダウンメニューの下の方に表示されるBriefのマーク(下図の矢印のSubscribe―購読―とある部分のマーク)をクリックします。
これでRSSフィードがBriefに追加されました。うまく追加されると、一番右にあるBrief マーク(下図の矢印)に数字が入ったら成功です。
3) では、サイトの内容をみてみましょう。まず上の図の数字付のBrief マークをクリックすると、Briefの操作パネルが表示されます(下図)。

図はヘッドライン表示となっており、PubMedの最初の15件のヒットが論文の表題で表示されています。アブストラクトなど詳しいことを知りたいときは、図の矢印で示した、長方形が二つ重なっているマークをクリックすると、アブストラクトも含めて表示されます。
これで毎日、自動でBriefが検索式をPubMedにアクセスして新しい論文があれば教えてくれます。フィードはブラウザ起動中は自動でチェックされ、チェックする間隔は分、時間単位で決めることができます(設定メニュー)。

それから、もっと別の検索式を設定して、同時に2つ以上のPubMed検索を毎日行うことも簡単です。是非、まだやっていない方はお試しください。

スマホのGPSは圏外でも使える!山の中で道に迷わないために登山用アプリを利用しよう!

今日は温度は少しあがりましたが湿度が低くてあまり暑くは感じませんでした。快晴で山がとてもきれいに見えて散歩していると鶯の声もきこえて、のどかな一日でした。以前紹介した花の咲いていたリンゴの木に実がなっていました!ホタルも先週から沢山舞っています。

私の住んでいるところは山登りのコースの近くなのですが、ちょっと山のほうにいくと、携帯は残念ながら圏外になって通話できません。でもGPSは圏外でも使えるんですね。これは知りませんでした。昨日、ネットニュースにでていたので早速 携帯を機内モードにして使ってみましたが、Googleマップで現在位置を表示させてすぐ機内モードにすると、地図がキャッシュされている間は、バスで移動中もちゃんと現在位置が正確に表示されていました。ネットにはつながっていないので、しばらくするとネット接続が必要なGoogle Mapは使い物にならなくなりますが、確かに機内モードでもスマホのGPSは動いていました!

登山する人は、登山用アプリの「ジオグラフィカ」をダウンロードして使うといいそうです。これは国土地理院の地図をダウンロードした上でキャッシュしてつかうので、携帯が圏外になっても自分のいる位置がGPSでちゃんと表示されます。iPhone版とAndroid版があります。(GPSのついていないiPadとかではもちろん使えません。)

詳しくはここに開発者の方が紹介しているページもありますので、アプリのページとともにご覧ください。携帯によってGPSの精度が悪いものとよいものがあるそうで本番前にチェックしておくなどの注意が必要ですが、とても便利なアプリのようです。私もこんどの山歩きには試してみようとおもいます。

物理学の本をダウンロードしてみよう―Internet Archiveの使い方5

ちくま学芸文庫にはさまざまな科学の名著が網羅されています。カタログを眺めてみると、どれをとっても読んでみたい本ですが、科学の古典もいろいろ含まれていてそれらが日本語で読めるのはとても素晴らしいことです。Internet Archiveには、この文庫でとりあげられている多くの本や、岩波書店その他から翻訳本がでている本が沢山収録されています。Internet Archiveからは、KINDLE, epubやpdf形式など電子書籍の形式を選んで、自分のタブレットやPCにダウンロードできます。後はアプリを使って辞書を自動でひきながら読めるので、英語その他の外国語の本を読むのもずいぶん楽になりました。本当にいろんな本がよめます。今日は物理の本を紹介しましょう。
たとえば 理論物理学の教科書の定番ランダウ・リフシッツの 理論物理学教程は日本語版も出版されていますが、Internet Archiveからは英語版が無料でダウンロード可能です。検索窓に
creator:”L.D. Landau”とかcreator:”L.D. Landau & E.M. Lifshitz”で検索してみてください。とりあえず「力学」へのリンク(第2版第3版)をはっておきます。
こちらのブログ(とね日記)に詳しい情報(一部リンク切れあり)もあります。第3版のありかは、このブログに教えてもらいました。
この「とね日記」にはファインマン物理学全巻が無料でオンラインで読めるというサイトの紹介などもあっておすすめです。ファインマンはアメリカの有名な物理学者で朝永振一郎やシュヴィンガーとともにノーベル物理学賞を授賞しています。彼の大学での物理学の講義は有名でとても面白い教科書です。またご冗談でしょうファインマンさんなどの本でも有名ですね。Internet Archiveには著作の朗読や動画を含めていろいろ無料でダウンロードできるものがそろっています。ここをご覧ください。
私の学生のときには、物理学者のガモフの本の翻訳をよく読んだものでした。ガモフは遺伝暗号の解読にも参加していたので生物学への影響も大きかった人です。宇宙の開闢の時にビッグバンがあったというのを提唱した人でもあります。そのガモフの本もInternet Archiveにはいろいろありました。George Gamowで検索してみてください。トムキンス氏の冒険とかもみつかります。
「物理の伝記」とか「1,2,3、無限大」それに前に紹介した「重力」とかもあります。p135あたりから以前紹介した Faradayの研究の話が書いてあります。
その他の科学の名著として、たとえば、ちょっと検索するだけで、
フォン・ノイマンの自己増殖オートマトンの理論
とか、
Theory Of Games And Economic Behavior ゲームの理論と経済行動とかもあります。
Norbert Wienerの本もいろいろありました。サイバネティクスで有名で、二次の確率過程であるWiener過程はランジュバン方程式の勉強の時におめにかかったことがあります。
サイバネティクス Cybernetics Or Communication And Control In The Animal And The Machine は有名な本ですね。他に検索してみると、彼の自伝とかもあります。

いろいろ検索してみてください。 田んぼに水が張られて田植えの準備がはじまりました。