糖鎖科学の最新のビデオの紹介です―NIH VideoCast

NIHのビデオキャスト糖鎖科学デーの講演会のビデオがアップロードされています。NIHのvideocastingはNIHで公開されている講演会をビデオでみられるサイトです。ビデオのダウンロードやキャプションファイル(字幕ファイル)のダウンロードもできます。
またNIHのpodcastもあってこちらでは、videocastとaudiocast が見たり聞いたりできますので携帯とかでみるのに便利です。

2018 NIH FDA Glycoscience Research Dayというのが、本年7月13日に開催されており、そのビデオです。この糖鎖科学の講演会と研究発表会の催しは去年も開催されており、そのビデオの内容は私の去年の九大での糖鎖科学の講義にも活用させてもらいました。今年はどんな内容なのか楽しみです。皆さんも是非ご覧ください。

ビデオはダウンロードすることができますし、画質も選べます。ビデオの掲載されているページにある下のようなリンクをクリックするとダウンロードできますので、やってみてください。このビデオは5時間ちょっとの講演会の記録になっています。英語が聞き取りにくい方は、キャプションファイルもダウンロードできますので便利です。

To download this event, select one of the available bit rates:
[64k]  [150k]  [240k]  [440k]  [740k]  [1040k]  [1240k]  [1440k]  [1840k]

生命科学系の英語の講演会のサンプルとしても使えますので、自分で英語で講演するときの参考にもどうぞ。またスライドがビデオにうつっていますが、高解像度のビデオをダウンロードすれば、字も絵もきわめて高画質でみられますのでとても便利です。この記事は高画質版をダウンロードしながら書いています。 (今終わりました。1.5Gのサイズだと40分弱かかりました。)

毎日暑いです。写真は車で夕方涼みにいったダムからみた博多湾です。ひぐらしが鳴いてとてもきれいな公園でした。

ライフサイエンス辞書のコーパスを使った英語の書き方

ライフサイエンス辞書Life Science Dictionaryのサイトで、コーパス (corpus)を検索できます。先日紹介した広島大の河本健先生のページにある動画では、コーパス検索のデフォルトとしては、詳細検索を使うのがよいとのことでした。今回お伝えしたいのは、次の点です。

ひょっとしたらコーパス corpusの検索窓に、いつも一つの単語だけをいれていませんか?それはもったいないです!

コーパスの検索窓には、複数の単語の並びをいれることができます。たとえば、今論文を書いていて、 「GPIアンカー型タンパク質は、アーキアからヒトまで保存されいる」という英文が書きたいとします。アーキア(archaea)というのは古細菌ともいいます。
「アーキアからヒトまで保存されている」というのはどう書いたらいいでしょう?

まずライフサイエンス辞書のページのコーパスタブを開きます。でフルトの簡単検索画面がでますので、それにfrom archaeaといれてみましょう。

詳細検索をクリックして、表示数などを調整します。
最大1000 行表示にして、設定を記憶。冠詞や前置詞を文章内のリストに含めるなどにしています。
検索ボタンを押すと、from archaeaの部分の前後が表示されます。(表示されないときは、スペリングミスか、あるいは入力した句を含むコンコーダンスの例がみあたらないことを示します。たとえばfrom archeaとしてみてください。archeaでも正しいはずですが、用例がありません。)

上の図のコンコーダンスをみていくと、from archaea to humansという用例があるのがわかります。保存されているconservedという単語を使っている用例がないかなぁ、と詳しくみていくと(conservedという単語を画面で検索しただけですが)、ありました!
35番の文に古細菌からヒトまで保存されているという用例がでていました。

あとは、文の番号35をクリックすると、新しいタブが開いてこのように

PubMedの画面がでてきて要約Abstractの部分にある例文が容易にみつけられます(ブラウザ画面でhumansなどの単語で検索してハイライトさせてみました)。

これで目的の作文ができました。
こんな感じで、コーパスの検索窓にいろんな句を入力して用例を探すと、英文作成がずいぶんはかどりますので試してみてください。
コーパスはphrase 検索でつかわないともったいないです。

 

糖鎖生物学の最新の英語講義シリーズの紹介と、その他の面白いサイトの紹介です

このサイトですが、RSSフィードがこのブログページからしかでないというデフォルト設定でした。今日、プラグインをいれて、固定ページからもRSSフィードがでるようにしました。リンク集を今朝、すこし改訂して以下の記事のサイトもとりこみましたが(入れたばかりのリンクを赤い文字で表示してみつけやすくしました)、そうした固定ページへの変更もRSSフィードでわかるようになっているはずですので、是非、RSSフィードも使って訪問してくださるようお願いします。

さて本題です。ジョンズ・ホプキンス大学(Johns Hopkins大学)医学部で2018年におこなわれている糖鎖生物学の最新の講義Introduction to Glycobiology(英語の講義です)が面白そうです。ビデオが順次アップロードされており、みるだけで糖鎖生物学の基本と医学とのかかわりが勉強できます。有名なG. Hart先生やその他の先生が講義されておりシラバスがここにあります。是非聴講してみてください。

その他、リンク集には:
科学技術振興機構JSTのバイオサイエンスデータベースセンターのポータルサイトへのリンクも載せました。中にはいろいろ役立つサイトへのリンクがありますのでクリックして探してみてください。
たとえば、新着論文を紹介している、
ライフサイエンス新着論文レビュー
最新のレビュー記事をのせている、
ライフサイエンス領域統合レビュー
など参考になるリンクがあります。自分に役立ちそうなサイトをブックマークして使ってみてください。

またバイオ系の英語の書き方については以下のブログも参考になります。
http://bioenglish.hatenablog.com/

ライフサイエンス辞書のコーパス活用法の動画がでています

ライフサイエンスディクショナリーのページに、「ライフサイエンス辞書・英語共起表現の活用法(広島大学ライティングセンター・河本健」が紹介されていました。まだみていませんが、とても役立ちそうです。こちらには河本先生のコーパスについての解説もあります。

近所のキンランは、合計5株花が咲いています。すこし画質のいい写真をならべておきます。

ConBio2017 ランチョンセミナーの動画が公開されました

ConBio2017 ランチョンセミナーの動画が公開されました(2018.3.15)

分子生物学会・生化学会合同年会のときの私の講演のムービーが公開されましたのでご覧ください。 講演終了後、springer exemplarのサービス終了などがありましたので、その部分をカットした動画になっています。2部にわかれていますので順にご覧いただければ一番ですが、各部のみをみていただいてもよいと思います。

研究生活における電子学術資料の利活用とメリット – 第1部 情報探索とインプットをより効果的に(Part 1)

研究生活における電子学術資料の利活用とメリット – 第2部 論文執筆やポスター発表に役立てよう(Part 2)

この講演のスライドはここにあります。

退官記念食事会をしてもらいました。ランチョンセミナーの内容変更点について

今日は卒業生のOB,OGの方たちに退官記念食事会をしてもらいました。忙しい時期なので福岡在住の方が主ですが、懐かしい顔ぶれがそろってとても楽しいひと時を過ごさせてもらいました。みなさんありがとうございました。みな元気で学生時代とほとんどかわっていないのは、社会人になってそれぞれ自分が活かせる職場にいるからだろうと思います。学生さんたちのおかげで充実した大学生活をおくらせてもらいました。ほんとうにみなさんありがとうございました。また今後の活躍をお祈りします。

昨年末のConBio2017のランチョンセミナーは、200名を越える方々にきいていただけたようで、ありがとうございました。Springer-Natureによるとあの講演の中で紹介していたSpringer Exemplarが廃止になったそうです。それでスライドの該当部分を削除したものをアップロードしてありますのでご利用ください。講演のビデオも近日中にYouTubeにアップロードされます。公開されしだいこのページで連絡します。

 

 

無料の英語の辞書とweb pageの保存用アドオンの紹介

科学を学ぶ人のためにはホームページ閲覧ソフトであるウエッブ・ブラウザにFirefoxを利用するのがなにかと便利です。アドオンといわれるいろいろな拡張機能を各人の用途に合わせてインストールして使えます。今みているweb pageをそのまま保存出来るアドオンであるScrapBookは特に便利で手放せません。(2018年4月1日追記:ここで書いているscrapbookというアドオンはFirefox ESRでしか使えません。最新のFirefoxについては対応するバージョンアップ版は不完全です)

また英語のページを読んでいるとき、わからない単語にカーソルをあわせると訳語がポップアップするLSDという最近発表されたアドオンも必須のアイテムでしょう。

LSDのページにFirefoxでアクセスし、「インストールはこちらから」というのをクリックしてインストールして下さい。インストール出来ないときはブラウザの上の方にセキュリティの警告がでているのではないでしょうか。インストールを許可するように設定を直してやるとインストール出来ると思います。(2018年4月1日追記:その他のポップアップ辞書もありますので2018.3.15の記事を参照してください。)

これはライフサイエンス辞書プロジェクトが文部科学省の科学研究費の支援を得て作成した辞書で、アドオンには93000語もの生命科学用の辞書がはじめから無料でついています。マウスカーソルを英語の単語の上にあわせるだけで、図のように訳や類義語、用例などがポップアップします。図は私達の以前の論文を文献データベースのPubMedで表示してintercellularという単語の上にマウスカーソルをおいた時の様子です。またマウスをドラッグして単語の原型を選択しても辞書がひけますが、こうすると専門用語でない単語の訳がでてくることも多いので普通の英和辞書としても使えます。類義語や用例も表示されるので英語で論文を書くのには不可欠の道具でしょう。セミナーの準備や論文を読むときにも活用すると能率があがります。

こうした機能を誰でも使えるようにしてくださっている方々に皆で感謝し、訳語のミスや収録されていない単語などに気づいたら報告するなどして協力しましょう。

英語で話すコツ(2):

前回はNIHの英語の話し方の講習会を紹介しました。NIH videocastingでは2008年9月にもGiving a GREAT scientific talkと題して講習会を放映しています。これは学会などで口頭発表するときの心得です。video podcastもありますので見ると参考になります。 講演内容の一部を紹介しておきましょう。

1) 聴衆が自分の話を理解するための予備知識をどれだけもっているかをあらかじめ予測して講演内容を準備しなくてはなりません。.knowing your audienceです。エキスパートの前で基礎知識を長々と講義してはいけませんし、逆に、知的好奇心旺盛な非専門家の聴衆に基礎知識の紹介なしで専門語満載の講演をしてもいけません。どちらの場合でもすくなくとも一つ、この講演をきいてよかったという内容がつたわるようにしたいものです。

2) 下調べは大事です。学会にでかけていくとき先方のコンピュータがマックかウインドウズか、自分のパソコンで講演できるのかUSBでデータをわたすのか、あらかじめ調べておきましょう。先方からパソコンの種類などの問い合わせが普通ありますのでそれをちゃんと読んでおくことも大事です。会場であわてないように会場への行きかた、パソコン周りのことをよく調べて準備しておくことです。会場の大きさ、マイクなども講演前に必ずみて準備しましょう。

3) tell a story これはよくききますね。論文でも同じだといわれています。
・どういう点でこの仕事は重要なのか。
・この問題の解決への自分の独自の貢献とは何か。
・この仕事は今後どうなっていくのか。
この三つの質問の答えができるようにして講演内容をねりあげていきましょう。

4) スライドでの発表ですが、話しはじめて最初の90秒から2分までが第一の勝負です。ここで聴衆をつかめるかつかめないかが勝負どころです。

5) 10分とか12分の短い口頭発表では最初に結論の一部をちらっと紹介して繰り返し論点を強調したりするのがよいでしょう。

その他スライドの作り方(どれくらいの大きさの字を使うのがよいかなど)なども教えてくれます。今忙しくて時間がないのでまた後日ふれることにします。

英語で話すコツ(1):

リンク集にあるNIH videocastingで英語の講演を聴くと英語で発表をするためのよい勉強になります。一流の科学者の一流の研究所での公開講演がいながらにして聴けるのは英語で研究成果の発表をしようという私達には見逃せない機会です。このNIHのビデオ放映では生命科学の最新の研究成果の発表(セミナー)だけではなく、以前紹介したように科学論文の書き方や論文の投稿の仕方、データベースの使い方など科学研究のプロフェッショナルを目指す人の助けになるような講習会も放映されています。

今年の6月5日にはImproving Spoken Englishと題してScott Morganさんが講習会を行いました。英語を母国語としない科学者のためにどのように英語を話したらよいかを楽しく解説してくれているので是非ご覧ください。[追記(2010.04.15) 現在このビデオはNIH ONLYのカテゴリーのビデオに変更されているためwebページではビデオが再生されません。ビデオのダウンロードと音声のダウンロードリンクは利用可能なようですのでおためし下さい。] 講師のMorganさんは科学のプレゼンテーションの専門家で俳優としてもテレビで活躍している方です。Speaking about Science: A manual for creating clear presentations(Cambridge University Press)という本も書いておられます。アメリカ人に理解してもらえるように話すにはどのような点に注意すればよいのかについて、7つのコツを教えてくれます (7 Secrets to Improving Spoken English)。

ビデオはVideo Podcastsのリンクからダウンロードしてゆっくり好きなときにみることもできます。一時停止させたりしながら、ゆっくり見ることもできますのでお試しください。最後のほうでスライドを何枚かとばしていますが、一時停止してみればそれらも読めて参考になります。

いろいろ参考になる話がありますが、たとえばアメリカ人には母音はどうでもよいという話がありました。eitherはイーザーでもアイザーでもよい。 tomatoはトメイトウでもトマートーでもどっちに発音しても気にしないのだそうです。ligandという単語の発音をリガンドといったり、ライガンドといったりしてもどちらでもよい。演者が講演の最中にライガンドといったすぐあとにリガンドといっても誰も何とも思わないのだそうです。それよりも子音が大事、声が大きいことが大事、聴衆をみて話すことが大事、文の最後を聞こえないように話す(飲み込む)のはいけない、単語の音節syllableを一つ一つ丁寧に省略せずに発音することが大事なのだそうです。neovascularization(血管新生)とかallele(対立遺伝子)とか、生命科学向けの単語を実際に発音して解説してくれています。最後に勉強のアドバイスとしては、ビデオをみるのもよいのですが、ビデオで英語になれたらラジオ (National Public Radioがおすすめ)を聞くようにすると話す力が上がるのだそうです。

トップジャーナルに投稿しよう!:

科学の研究では研究成果は論文にして発表します。論文を投稿するとき、その成果がとても優れたものならハイクラスの雑誌(ジャーナル)、英語ではtop-tier journalと呼ばれる雑誌に投稿したいものです。Top-tier journalの一つである雑誌Scienceの編集者を長年つとめたKatrina L. Kelnerさんによると、
Science, Nature, Cell などのtop tier journal へ投稿するかどうかの判断基準は以下のようなものだそうです。

よいストーリーと説得的なデータを用意して投稿しましょう!

 ・今までの自分の研究で最高のものか?
・大きなインパクトのある研究か?
・他分野の科学者の興味をひくようなものか?
・既存の知識・常識をひっくり返すようなものか?
・長い間未解決だった問題の
(予想できなかったようなものであることも多い)解決や、
広範囲に影響を及ぼすような成果へつながる大きな一歩か?

いかがでしょうか。こういう成果にめぐりあえたら是非、top-tier journalにチャレンジしたいものですね。彼女の英語での講演はPublishing in Journalsと題して2009年3月16日に行われました。論文の書き方についての貴重な講演ですので是非ご覧下さい。(後半は別の方による講演です。論文を投稿するときに添える編集者への手紙であるcover letterの書き方その他についての懇切丁寧な解説があります。) 講演を聴くには上の青字の部分をクリックするとNIH VideoCastingのページにつながります。