夏休みおすすめ本 その1―宇宙線を観察してみよう

夏休みの自由研究に霧箱をつくってみませんか。

町の図書館にいってみると新しく入った本の中に、「きみは宇宙線を見たか: 霧箱で宇宙線を見よう」 山本 海行 (著), 小林 眞理子 (著)―仮説社という本があったので早速借りて読んでみました。昔からつくってみたかった霧箱の簡単な作り方が載っていました。ドライアイスを含めて必要な材料の入手法と作り方が丁寧に書かれていてさらに、宇宙線や放射線、原子の話までわかりやすく書いてあるので夏休みの自由研究におすすめの本でした。著者のホームページ(うみほしの部屋)にいってみると、霧箱実験室のコーナーには霧箱の作り方がいろいろでていますし、今日いってみると新しく空き缶でつくる霧箱の作成法などものっているので是非、訪問してみてください。ホームページには福島の放射線の測定結果などものっていて動画も満載のとても読み応えのあるおすすめのホームページです。
冒頭の動画は山本さん、小林さんの本にも紹介してありますが、名古屋大学理学研究科・素粒子宇宙物理系F研 基本粒子研究室のホームページにある高感度霧箱動画のYouTube版です。霧箱の作り方や関連情報もいろいろでていますので、是非こちらのホームページ(上の動画ページへのリンクや素粒子の飛跡の写真も満載です)にもいってみてください。

写真は近くの山で撮った夕日に照らされて鳴くヒグラシです。ちょっぴり秋の気配も感じられますが、まだまだ暑い福岡です。

夏休みおすすめソフト(1):無料で最強の統計ソフト RやRStudioを使ってみよう!インストール法とパッケージがインストールできないとき。

夏休みのおすすめソフトを紹介します。統計学の重要性は「統計学が最強の学問である」(西内啓 著)という本をきっかけに、ビジネスの世界にも広く認識されたようです。この本で、はじめて一般化線形モデルという言葉がひろく紹介されたと思います。本屋にいってみるとR(アール)という統計ソフトの入門書や専門書がたくさんならんでいて、このソフト(無料で、統計解析では最強のソフトです)が広く使われていることがわかります。MacでもLinuxでもWindowsでも動くソフトで、有料の統計ソフトをしのぐソフトですので、ますますこれからも使われていくと思います。私も学生さんにRとPythonとLinuxを勉強しておくと将来絶対必要になるので早めに学ぶことをすすめていました。生物系では統計学は必須ですし、バイオインフォマティクスや次世代シークエンサーのデータ解析にもRは大活躍しています。今ではRのパッケージのR commanderや日本の神田善伸先生(自治医科大学)が開発されたEZR(これも大評判になってRのパッケージになりました)がありますので、グラフィカルインターフェースでRを使うことができて、初心者にもやさしいソフトとなりました (これらはRをインストールしたあと、パッケージとして追加インストールして使います。EZRはR commanderの追加プラグインになっています。インストールするとどちらも日本語で使えます。EZRを中心に使いたい場合は開発者の神田先生のサイトからダウンロードして使うのもおすすめです)。また、RStudioというRの統合開発環境ソフトを使えば、Rをもっと便利にスムーズに利用することができるようになったので、Rはますます便利で使いやすくなっています。

Rをインストールするのは簡単で、まずCRANというサイトにいって、ダウンロードサイトから自分のコンピュータに応じたRのインストーラーをダウンロードします。Mac版、Linux版もありますし、Windowsの場合はここから、最新版のR 3.5.1をダウンロードして、インストールできます。
Download R 3.5.1 for Windows (62 megabytes, 32/64 bit)という部分をクリックしてダウンロードして、インストールしてください。インストールする場所はデフォルトでよいですが、空きの多いドライブにするのもよいでしょう。インストールが終わったら、とりあえず起動ができることを確認してください。

Rのインストールが無事終わったら、続いて、RStudioをインストールしましょう。ダウンロードページをひらいて、Rstudio Desktop Open Source LicenceのDownloadボタンを選んでダウンロードします。windows版、Mac版、ubuntuやfedra用のlinux版があります。自分のOSにあったものをダウンロードしますインストールは簡単ですぐ終わるので終わったらRstudioを起動してください。RStudioを使ってRを使い始めるのも良いと思います。
Rstudioの使い方については、統合TVのビデオ
あるいはそのYouTube版をみてください。

とてもわかりやすいです。
もっと新しいMac版のRStudioの使い方ビデオもあります。Windows版でもほとんど同じですのでこれも参考になります。

その他、RやRstudioの使い方については、YouTubeで検索するといろいろなサイトがでてきます。後日、いくつかサイトを紹介する予定です。(9月17日追記、RstudioにRコマンダーとEZRをインストールする方法については続きの記事→ここをご覧ください!)

さて、昨日からRでの統計解析をしようとパッケージのダウンロードをRStudioで行おうとしたのですが、うまくいきませんでした。以下はその解決法です。

症状エラーメッセージ(以下を参照)がでて、R やRStudioはちゃんと起動しているが、あらたにパッケージがインストールできない。RstudioからでもR本体(64ビット版でも32ビット版でも)からでも同じことでエラーがでてパッケージのインストールができない。Rのメニューの「パッケージ」から「CRANミラーサイトの設定」を選んでTokyoなどのミラーサイトを選ぶと、コンソールに以下のようなメッセージがでてパッケージがインストールできない。ネットにはつながっているようで、httpsでなくhttpのミラーを選べば、ちゃんとサイトに接続できて、パッケージをインストールできることがわかった。一台のパソコンだけでこの症状がでているので、たぶんネット関係の設定がおかしいのだろうとは思いましたが、原因は不明でした。以下がエラーメッセージです。
> chooseCRANmirror()
警告: failed to download mirrors file ( URL ‘https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv’ を開けません ); using local file ‘C:/PROGRA~1/R/R-3.5.1/doc/CRAN_mirrors.csv’
警告メッセージ:
download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) で:
InternetOpenUrl の失敗: ‘失効サーバーに接続できなかったか、最終応答を取得できませんで(以下略)

解決策を探す:
Google検索を、failed to download mirrors file ( URL ‘https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv’ でやってみると、たとえばここのペーに同じようなトラブルに見舞われた人が質問していて、それに対する解決策がでていた。症状もhttpならOKでhttpsではだめだというので同じ。R consoleからネットにつながるのも同じだが、どうやらproxy設定とかが問題らしい。Firefoxの設定をInternet Explorerに反映させれば解決すると書いてあるだけで、あと一歩、親切に書いてない。プロキシは使っていないし、ファイアウオールを切っても症状はかわらないし、もちろん Rをクリーンインストールしてもだめだったし…。ちょっと途方にくてしまいました。

解決策がみつかった:
気分を変えて、今度はエラーメッセージの後半
「InternetOpenUrl の失敗: ‘失効サーバーに接続できなかったか、最終応答を取得できませんで」を使って検索すると12057エラーというのが起こっていることがわかりました。その対策はここの記述によると「Internet Explorerで「ツール」→「インターネットオプション」→[詳細設定] タブ の中にあるセキュリティセクションにある- “サーバーの証明書失効を確認する” と “発行元証明書の取り消しを確認する” のチェックを外します。 Internet Explorer を再起動し、上記変更が反映されているか確認します。」(野村がわかりやすいように一部を追記改変) だそうで、このとおりすると解決しました。

上の二つのチェックボックスうち、最初の“サーバーの証明書失効を確認する” のチェックを外すだけでよさそうで、これでパッケージが無事インストールできるようになりました。また同様のことが起こった時の解決用のメモとして記事にしておきます。

写真は前と同じところで撮影したアメンボです。まだ元気に何匹も泳ぎ回っています。

物理や数学、工学や生物科学の新刊本をDOABでダウンロードしてみよう:オープンアクセス本のすすめ

このところ、古典のダウンロードサイトばかり紹介していましたが、今日は最新の本がダウンロードできるサイトを紹介します、。去年の講演でも紹介したサイトですが、
DOAB (Directory of Open Access Books)というサイトにはSpring-Natureをはじめいくつかの出版社が公開しているオープンアクセス本がまとめられていて便利です。たとえば生物科学のビッグデータの解析に重宝するGO termというのがありますが、その解説本The Gene Ontology Handbook」が丸ごとダウンロードできるのがわかります。このサイトでいろんなキーワードをいれて探すと、2018年の新刊を含めて、オープンアクセスで公開されている本がいろいろあって面白いです。例えば今日、Mathematicaという数式処理ソフトでこのサイトで検索をかけてみました。九大の生物学科でも昔はMathematicaを使う演習がありましたが、数式処理ソフトとしては有名な市販ソフトです。するとこんな本が見つかりました。

Control Theory Tutorial
Basic Concepts Illustrated by Software Examples
(Steven A. Frank)

検索結果のページの下の方にある、Free Accessというボタンを押してみてください。ダウンロードリンクが開きます。この本は別途、Mathematicaのコードがダウンロードできるようにしてあり、生命科学にも応用範囲のひろい、制御理論の基礎をMathematicaを動かしながら勉強できるようです。著者は生物科学系のカリフォルニア大学の先生で、生命科学の分野の人が制御理論を学ぶのに最適の本のようにみうけられます。興味のある方はダウンロードしてみてください。他にも各人の好みのキーワードで検索するときっとぴったりの本が見つかると思います。

写真は毎日の猛暑を逃れるため、夕方 山の川にいった時にみつけたアメンボです。どこにいるかわかりますか?

糖鎖科学の最新のビデオの紹介です―NIH VideoCast

NIHのビデオキャスト糖鎖科学デーの講演会のビデオがアップロードされています。NIHのvideocastingはNIHで公開されている講演会をビデオでみられるサイトです。ビデオのダウンロードやキャプションファイル(字幕ファイル)のダウンロードもできます。
またNIHのpodcastもあってこちらでは、videocastとaudiocast が見たり聞いたりできますので携帯とかでみるのに便利です。

2018 NIH FDA Glycoscience Research Dayというのが、本年7月13日に開催されており、そのビデオです。この糖鎖科学の講演会と研究発表会の催しは去年も開催されており、そのビデオの内容は私の去年の九大での糖鎖科学の講義にも活用させてもらいました。今年はどんな内容なのか楽しみです。皆さんも是非ご覧ください。

ビデオはダウンロードすることができますし、画質も選べます。ビデオの掲載されているページにある下のようなリンクをクリックするとダウンロードできますので、やってみてください。このビデオは5時間ちょっとの講演会の記録になっています。英語が聞き取りにくい方は、キャプションファイルもダウンロードできますので便利です。

To download this event, select one of the available bit rates:
[64k]  [150k]  [240k]  [440k]  [740k]  [1040k]  [1240k]  [1440k]  [1840k]

生命科学系の英語の講演会のサンプルとしても使えますので、自分で英語で講演するときの参考にもどうぞ。またスライドがビデオにうつっていますが、高解像度のビデオをダウンロードすれば、字も絵もきわめて高画質でみられますのでとても便利です。この記事は高画質版をダウンロードしながら書いています。 (今終わりました。1.5Gのサイズだと40分弱かかりました。)

毎日暑いです。写真は車で夕方涼みにいったダムからみた博多湾です。ひぐらしが鳴いてとてもきれいな公園でした。

アインシュタインが訪れた九州大学と福岡(その3)―アインシュタインの旅日記(日本語版)を読みました

このたびの豪雨災害にあわれた皆様にお見舞い申し上げます。近所の方も親戚の家が床下浸水になったとのことで、逆性石鹸(逆性セッケン)をもって後片付けにでかけておられます。猛暑がつづいていますが、どうぞお体を大切になさってください。

アインシュタインの旅日記。町の図書館にいって探してみると日本での旅日記は、なんと、2001年に世界ではじめて全文翻訳されていることを知りました。さっそくその本「アインシュタイン日本で相対論を語る」(講談社)を借りてきて読みました。アインシュタインの日本への旅日記の原本まで探し当てて内容を確認して翻訳した力作で、アインシュタインの日本滞在時の写真満載でとてもよい本ですので是非ご覧ください。エルサレムのアインシュタイン文書館からの序文の他、なんとフリーマン・ダイソンの日本版へのメッセージまで収録されています。ダイソンは有名な物理学者。繰り込み理論の研究でノーベル賞級の業績を上げた物理学者(ノーベル賞は3人しか受賞できない)で、SFフアンには有名なダイソン球の提唱者であり、水爆を使って推進する宇宙船オリオンの開発でも有名です。

もう一冊、図説アインシュタイン(河出書房新社)という本も借りてきました。こちらもアインシュタインの日本滞在の詳細な紹介があるうえに、アインシュタインの理論や生涯の簡潔な紹介が多数の写真や図をまじえて行われていてお勧めです。こちらの57ページには「幻のアインシュタイン招聘計画!」というエピソードが紹介されています。アインシュタインの来日のはるか前、アインシュタインがユダヤ人ゆえにチューリッヒで不遇だったころ、東北大学はアインシュタインを教授として招聘しようとしたのだそうです。当時の東北帝大総長も乗り気で、ヨーロッパにいた石原純教授に給料の額と任期を提示して交渉にあたってもらうように依頼したと書いてありました。私が高校のとき化学の先生が授業で、昔アインシュタインを教授として招聘しようとしたが、お雇い外国人の時代はおわった、日本人でないとだめだとか議会でいわれて没になった、もしアインシュタインがきていたら歴史は変わったのに、とおっしゃっていたのは本当だったようです。

九州大学に前に紹介しましたが桑木彧雄(くわきあやお)教授がおられました。この先生はドイツに留学していたとき、日本人としてはじめてアインシュタインを訪れて面会した方だそうです。たしかアポイントもなしで、おしかけたのではなかったでしょうか。
桑木文庫というのが九大図書館にあります。そこには数学や物理などの古典があつめられていますが、それはこの先生のコレクションです。またアインシュタインの日本訪問、福岡訪問に尽力された先生でもあります。上の「アインシュタイン日本で相対論を語る」の124ページには、アインシュタインが九州大学を訪問した時の記念写真が載っており、桑木教授がエルザ夫人の横に写っています。桑木先生はアインシュタインに高く評価されていたそうで、桑木先生への色紙には、
私が知りあう喜びを抱いた最初の日本の物理学者、認識論学者 桑木教授へ アルバート・アインシュタイン、1922年 自然はつんとすました女神である(同書 124ページ)とあります。

またどちらの本にもアインシュタインが福岡で講義したときの黒板は、ニスをぬって 現在の福岡高校(当時の福岡中学)に長く保存されていたとあり、その写真が載っています。しかし実物は敗戦後、ゆくえ不明になってしまったのだそうです。空襲でやられたのか、そのへんはいろんな説があるみたいです。(写真は梅雨明けの青空です)

アインシュタイン博士が訪れた九州大学と福岡(その2)―アインシュタインの旅日記の謎

アインシュタインの旅日記の謎―なぜアインシュタインは福岡を訪れたのか

今日はものすごい豪雨でしたが、先週の土曜日(6月30日)には九州大学医学部キャンパスにある百年講堂で開催された日本生化学会九州支部会のシンポジュウムで話させてもらいました。若い学生さんたちがいっぱいで熱気にあふれてとても楽しいひと時を過ごさせてもらいました。私達は長い間 この九州大学医学部キャンパス(馬出キャンパス―まいだしキャンパスと読みます)で研究していたので、懐かしい場所です。九州大学医学部キャンパスにはいろいろな見どころがあります。詳しく書いてあるホームページを見つけましたのでここにリンクを張っておきます。以前紹介したMr.トルネードのときもこの西日本シティ銀行の「ふるさと歴史シリーズ「博多に強くなろう」」を紹介しました。いろいろ福岡のことがわかって楽しいシリーズです。そのNo.79の「九州大学医学部のきらめく博士たち」という記事です。医学部キャンパスの詳しい紹介と地図もあって、とても面白いのでご覧ください。

さてその記事の中に、アインシュタインが福岡にくることになったいきさつが書かれています。アインシュタインの旅日記という英語版の本

The Travel Diaries of Albert Einstein The Far East, Palestine, and Spain, 1922 – 1923

が最近出版され、日本についてのとても好意的な意見が書かれていて話題になっています。これは当たり前でしょう。

1922年改造社の招きに応じたアインシュタインが日本にくる船中で血便が出る下痢と発熱の症状を訴えたとき、アインシュタインの奥さんElsaが、乗り合わせていた日本人の医師に治療をたのんだそうです。癌を心配していたそうですが、医師の診断は感染症ということで、医師の薬と治療で完治したのでした。ドイツ語を話すその医師の名は三宅 速(みやけ はやり)。九州大学医学部の外科学の教授、日本外科学会会長で国際外科学会役員、ヨーロッパに何年も滞在して医師として長く働いたことがある方でした。すぐに友人となった三宅医師にアインシュタインは日本訪問の際はかならず福岡の三宅さんのお家をたずねると約束。日本での講演旅行の行先に福岡が加えられたのだそうです。アインシュタインは福岡での講演会のあと、九州大学を訪問、そして三宅さんのお家でウイーンから運ばれてきていたピアノを弾いたとのことです。
三宅さんは何故、アインシュタインと同じ船に乗っていたのでしょうか。ポーランド版のWikipediaの記事によると、第一次世界大戦のあと、国際外科学会は大戦勃発の原因となった敵国であり敗戦国のドイツとオーストリアを学会から締め出す決定をしたそうです。三宅先生は国籍で外科医をしめだすというのはおかしいと主張して、反対の署名集めに奔走、アメリカやヨーロッパを訪問して多くの署名を集めました。その結果、世界的に著名な医学者の賛同署名があつまりました。有名なMayo クリニックの創始者のWilliam James、 Charles Horace兄弟、ボストンのCushing, セントルイスのGrahamなどの署名を含む集まった署名は学会を動かしたそうです。そうした活動の帰り道に乗船した北野丸にEinstein夫妻が偶然 同乗して日本へ向かっていたのです。

三宅先生はその後、もう一度ヨーロッパでアインシュタインと再会、旧交をあたためたそうですが、1945年、米軍の空襲で、岡山の防空壕に避難していたところを殺害されました。芦屋に住んでおられた三宅先生と奥様の三保さんを、息子さんが岡山の自宅に呼び寄せ、鳥取へ疎開する2日前のできごとだったそうです。

戦争が終わった後、息子さんがプリンストンにいたアインシュタインにご両親の死を連絡して墓碑銘へのメッセージをお願いしたところ、ドイツ語と英語のメッセージが届いたとのことです。そのメッセージはタイプうちされていたそうですが、沢山届けられていたアインシュタインの直筆の手紙から一字一字選んで肉筆のメッセージに変換、拡大して三宅先生のお墓に刻まれています。先生の出身地徳島県美馬市にあるお墓については美馬市の作成した動画がYouTubeにありますのでご覧ください。

Hier ruhen Dr. Hayari Miyake und dessen Frau Miho Miyake.Sie wirkten vereint für das Wohl der Menschen, Und schieden vereint als Opfer von deren Verirrungen.
Albert Einstein
この墓碑銘の翻訳は上の動画、あるいは西日本シティ銀行の記事にありますのでご参照ください。

以上の記事は西日本シティ銀行にある記事と、ポーランド語版のHayari Miyakeの記事オランダ語版の美馬市の記事に基づいてまとめました。どちらの記事もGoogle 翻訳(たとえばポーランド語を英語に翻訳して読みました。日本語への翻訳は英語への翻訳にはるかに劣ります)で読んだので間違っているところがあるかもしれませんので間違いはご容赦ください。詳しくは、九大図書館の蔵書にも、お孫さんが書かれた「アインシュタインからの墓碑銘」という本
lがあります。市販されておりますので是非お読みください。

 

アインシュタイン博士が訪れた九州大学と福岡(その1)

2016 年頃、アメリカのtwitterに写真のようなアインシュタインあての手紙の画像が流れました。アインシュタインがスイスのベルン大学へ博士号の申請をして准教授のポジションを求めたのに対する拒絶の手紙です。すでに1905年の相対性理論の論文、光電効果の論文、ブラウン運動の論文などを発表後のアインシュタインの応募でさえ、このような扱いをうけたということで、論文をリジェクトされたり、妙なレフリーにあたって困っている研究者を中心に拡散した写真です。ノーベル賞を後に受賞する論文がリジェクトされた例はいっぱいありますし、ノーベル賞をやがてもらう人を教授人事で落としているところもいろいろありますから、共感の輪がひろがったのもうなずけます。でもこれはフェイクです。おかしいところがわかりますか?ベルン大学はスイスのドイツ語圏の大学です。アインシュタインはベルンの特許局につとめていたわけで、論文はドイツ語で書いています。ということで英語でベルン大学とやりとりするわけはないです。また、調べた人によると、署名している名前の人は存在しません。通りの名前とかも当時のものとはちがうし、いろいろフェイクだという証拠があるそうです。英語の手紙をドイツ語で論文をだしているアインシュタインに書くわけはありません。この手紙についてベルン大学が書いたホームページには、さらに詳しくフェイクの証拠が列挙してあります。また本当のアインシュタインとベルン大学のやり取りも詳しく説明されているのでご覧ください。たしかにアインシュタインは1907 年7月17日にベルン大学の講師のポジションに応募しましたが、提出書類が一つたりない(habilitation thesis―大学教師資格取得論文―といって、教育研究が一人でできるということを示す論文)という不備のため、なしでも採用しようという意見も多かったのですが合格しませんでした。ただ上のホームページにあるように、habilitation thesisを早々に再提出してくれればよいという手紙を大学がだしており、アインシュタインはその指示にしたがって書類を提出して1908年2月28日付でlecturerに採用されたということです。1907年はアインシュタインが等価原理を発見した年でした。彼は1922年ノーベル賞受賞を日本への船旅の途中で知ることになります。その船中でアインシュタインを治療した日本のお医者さんは九州大学の教授になる方です。その話を次回したいと思います。(つづく)

 

プレプリントサーバーとその活用法の紹介―bioRxivの利用法3

プレプリントサーバーbioRxivの利用法の第3回です。前回紹介したように大学や大学院、そして研究室での論文ゼミでbioRxivを活用しているところが増えています。出版される前に論文を読めるというメリットの他に、その論文を査読(レフリーをする)することを体験できますし、その論文がその後どのように印刷出版されるかをたどっていくと、レフリーとのやりとりなども追跡できるので研究者の卵にもとても勉強になります。以下のサイトをみるととても役立つと思いますのでご覧ください。

まず一番のおすすめは、preLights A というサイトです。これはプレプリントのハイライトサービスで、雑誌Journal of Cell ScienceとかDevelopmentとかを出版しているThe Company of Biologistsがスポンサーになっているサービスです。生物関係のおすすめのプレプリントを教えてくれるサービスですので是非使ってください。今日みてみるとテントウムシの模様のできるメカニズムのゲノムからの解明などの研究がハイライトされています。ハイライトの一覧は、ここにハイライトされているプレプリントへのリンクがありますのでブックマークしてください。

biOverlay はプレプリントサーバーにある論文を、独自に(勝手に)選んで勝手に査読してその結果を公開しています。こういうのをoverlay journalというのだそうです。査読の仕方の勉強にもなりそうですね。ご覧ください。

Peer Community Inというのも面白いアイデアです。著者はプレプリントサーバに原稿をアップロードした後、こちらのサイトにも原稿を読んでもらうよう依頼します。こちらのサイトが原稿を独自に査読にまわすかどうか決めて、査読にまわされれば匿名のレフリーが査読します。査読がOKになったらこのサイトで推薦の辞つきで公開されるというわけです。これで著者が得心したら論文としてdoiもわりふられて業績になるという仕組みです。著者がちゃんとしたjournalに投稿するのも問題ありません(このへんの仕組みの図と詳しい説明がここにあります)。推薦の辞はプレプリントだけではなく、すでに公開されている論文についても書かれることがあるようです。
投稿できる分野は進化生物学、生態学、古生物学となっています。以下にリンクがあります。

 Peer Community in Evolutionary Biology, Peer Community in Ecology or Peer Community in Paleontology

写真は、散歩の途中で写真をとってくれと、せがんでいるように声をかけてきたスズメの子です。人を怖がらず、写真をとっている間ずっとポーズしていろんな方向をむいたりしてくれていました。数日前からヒグラシも鳴きはじめ季節が進んでいます。

 

 

プレプリントサーバーを利用した論文紹介ゼミのすすめ―bioRxivの利用法2

土曜日にサイトのテーマを携帯対応のものに変えました。携帯でアクセスする方は、携帯を横にしてみてもらうと見やすいと思います。

If you want to be one year behind, don’t read bioRxiv– Jeff Leek

今日は5月23日のプレプリントサーバーの紹介に続く記事です。上の言葉は生物統計学などで多くの論文を出しているJeff Leek先生の言葉だそうです。論文投稿前のプレプリントをプレプリントサーバーに投稿していろんな人に読んでもらい、同時に引用できるようなdoiも取得した上で改訂して適当な雑誌に投稿するという人が増えています。また大学や研究室の論文セミナーで、雑誌にでた論文を選ぶのではなく、プレプリントサーバーにアップロードされた論文を選んで紹介するという新しいスタイルの論文紹介ゼミも盛んになっているようです。雑誌に出る論文より一年以上早く最新の成果を把握できることも多いので、PubMed検索だけではなく、プレプリントサーバーの検索も習慣にすることをお奨めします。

論文紹介ゼミでは、プレプリントサーバーにアップロードされた論文を読んで紹介し、論文のレフリー(査読者)になったつもりで内容を批判し吟味します。皆で検討した結果を著者にメールなどで連絡して原稿の改善に役立ててもらうというわけです。
こうしたプレプリントのゼミをやると、研究生活の早い時期に論文のレフリーの役割を学べます。著者への連絡がとても役立ったということで、論文を雑誌に投稿するときに謝辞に名前を書いてもらった学生もいるそうです。
今までレフリーになるのは、博士課程の学生で先生のお手伝いで協力するとか、査読を依頼されたときにレフリーの経験の多い先生に教えてもらうなどしかチャンスがなかったのですが、プレプリントサーバーで原稿が読めるようになったおかげで、学部学生や修士の学生でもレフリーの勉強ができるようになったわけです。米国ではプレプリントをつかったレフリーの練習も盛んになっているとのことです。皆さんも是非お試しください。これはpreprint reviewといいますが、これについてはこのリンクも参考になります。

線虫C. elegansの最近のプレプリントで面白そうなのにこんなのがあります。 配偶子幹細胞ニッチについてのKimbleラボの論文と、ノーベル賞をとったMelloさんのところのCRISPRを用いたゲノム編集の新手法の論文です。

C. elegans germ cells divide and differentiate along a folded epithelium

Hannah S Seidel, Tilmira A Smith, Jessica K Evans, Jarred Q Stamper, Thomas G Mast, Judith Kimble

PubMed以外の便利な論文の探し方―ナショナルバイオリソースプロジェクトでも使っているサイトTextpressoの使い方1

近畿地方の皆様、昨日の地震の被害をお見舞い申し上げます。余震も続いていて昨夜も二回ほど激しい揺れがあったそうですが、どうぞ皆様お疲れがでませんように。
私達のところでも熊本地震や以前の玄海地震など、大きな地震とその後の余震では、夜もぐっすり寝られず疲れたのを思い出します。熊本のときは、緊急地震速報が町内のスピーカーから深夜に何度もながれて特に疲れました。玄海地震以降、私は実は今でも夜寝る時には、ポシェットに財布や携帯、手帳をまとめていれておいてLEDの懐中電灯をポシェットにつきさして寝ています。玄海地震ではあと数秒揺れが続いたら家が倒壊するなと思ったのを思いだします。

阪大でも建物にひびがはいっているそうですが、九大でも玄海地震のときは建物にひびが入ったり、医学部のサンプルが壊れたり、理学部の建物の間の渡り廊下がずれたりと、ひどい被害をうけました。その後、本棚から本がとびでたり、パソコンが揺れで落ちたりしないようにと対策をやかましくとるように指導され建物の補強などもすすみましたので、すこしは耐震性は向上したと思います。まだガスや水道がとまっているところも多いそうですし、大学も休校しているところが多いとのことです。どうぞ体力温存第一でお過ごしください。
さて今日は簡単に、文献検索サービスのTextpressoを紹介しておきます。

PubMed以外の論文検索法 Textpressoの使い方1

極めて精度の高い論文検索サービスにTextpressoがあります(このサイトは2018年末には廃止される予定で、最近改良されてTextpresso Centralになっています。) とりあえずは古い方のサイトをいろいろ使ってみることをお奨めします。リンク集にも線虫版のTextpressoは紹介してありますが、酵母やショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、マウス、カエルその他いろいろな文献を検索することができてとても便利です。日本が世界に誇るナショナルバイオリソースプロジェクト(パンフレットのリンクはここ)の一つであるナショナルバイオリソースプロジェクト線虫(遺伝子破壊株だけでなくバランサーやCreのラインなども続々提供中)では、取得した遺伝子破壊株がどのように活用されているかを調査する目的で、論文をTetpressoで検索して把握しています。私も今、論文を書いていますがこのサービスを活用してデータのチェックやっています。 Textpresso Centralの方の使い方は後日このサイトで紹介しますのでお楽しみに。(写真は今朝道端に咲いていたツユクサです)