テキストデータをどんどん蓄積していくソフトの紹介―その2 TextClipperの紹介です。

HeartyLadder (ハーティー・ラダー)というソフトをご存知ですか?このソフトのサイトにある文章をそのまま引用させてもらいます。
だれでもみんな人に伝えたい「こころ」があります。
笑みで、言葉で、手紙で、そしてE-mailで・・・・

本ソフトウエアは手などが不自由なため、キーボードやマウスでの入力が出来ない方のために 開発した文章入力用のソフトウエアです。
 ハーティーラダーは、文章の作成やメール、そしてWindows操作を支援するソフトウェアです。キーボードやマウスが使えなくても、漢字交じりの文章を書けて  E-mailのやりとりができます。またホームページを見たり、ワードやエクセルなど一般のアプリケーションの操作もできます。  このソフトを使ってラブレターも書いてもらえたら素敵だなぁと思いながら、  私たちも心を込めて作っています。また、2011年に公開したマイボイスというソフトを使うことで、自分の声での読み上げができるようになっています。 このHeartyLadderがあなたの『心の架け橋(HeartyLadder)』になればうれしいです。

Xoops(註1参照)でつくられているHeartyLadder のサイト ハーティー・ラダー・サポーターのぺ―ジhttp://heartyladder.net/xoops/をみるとこれが、物凄いソフトだということがわかります。です。このソフトの開発改良が多くの方々の参画を得て、日々 着実に進んでいるのを拝見して頭がさがりました。たとえば以下をご覧ください。
http://heartyladder.net/xoops/modules/whatsnew/
ハーティー・ラダーの開発者は吉村隆樹さん。以下に紹介するTextClipperの開発者でもあります。吉村さんについてはご自身の本、パソコンがかなえてくれた夢 (高文研)や、吉村さんのホームページ まなつのみかんにある、ブログをご覧ください。なおこのまなつのみかんのHeartyLadderの記述は古いようなので、上にあるリンクをご覧ください。

HeartyLadderはキーボードやマウスが使えない方でもラブレターが書けるようにというコンセプトのソフトですが、どんどん改良を重ねておられて、今では視線入力装置と連携してALSの患者さんも使えるようになっているそうです。視線入力装置対応のHeartyLadderも無料で公開されています。昔は150万円くらいした視線入力装置が2014年に12000円くらいで入手できるようになったそうで、この視線入力装置を使うためのソフトHeartyAiと、このHeartyLadderと組み合わせるとよいとのことです。以下に説明のpdfがありますのでご覧ください。http://heartyladder.net//upload/takaki/hearty/HeartyAi.pdf
関連した新聞記事もリンクが切れるかもしれませんが、ご覧ください。
https://mainichi.jp/articles/20180331/k00/00m/020/106000c

さて、TextClipperです。これは以下のページにある吉村さんの説明を引用しますと、こんなソフトです。http://takaki.la.coocan.jp/freesoft/textclipper/

TextClipperについて
本プログラムはテキストのデータベースです。
某ユーザーさん曰く
  テキストのデータベースなんてかたぐるしく言わずに、「アイデアクリップ」とか
「アイデアメモ」なんて紹介するともっとユーザーが増えると思います。

と・・・・・
多くのテキストをツリー構造で管理します。
データーベースというと、データの入力が結構大変です。特にテキストのデータベースになると、テキストファイルを読み込んだり、ソフトを切り替えてコピー&ペーストを繰り返してと言うことになるでしょう。でもこのソフトではそういう作業は必要としません。
世はインターネットブーム。ネットサーフィンに興じている人も多いでしょう。
そこで得た情報はどうやって管理しておられるでしょうか。
この部分の文章はとっておきたいと思っても、すぐに簡単には保存できないと思います。
でもこのソフトを常駐させておくと、ネットスケープやインターネットエクスプローラで保存したい部分を反転して後はボタンを1つ押すだけです。
タイトルを付けたりする必要もいっさいありません。
プログラミングやネットサーフィンをしながら手間をかけることなく自然とデータベースにデータが蓄積されていく感じです。これより簡単な保存方法はないでしょう。
また、その逆のデータベース化したテキストを利用するときも、簡単に使用中のワープロやエディタ、通信ソフトにペーストできます。
本プログラムはいろんな場面で応用できると思います。」

私はこのソフトのクリップツールという機能拡張を主に使っています。ネットサーフインしていてこれはと思ったテキストをキーワードをつけて(つけなくてもいいです)、どんどん一つのテキストファイル(Tc_txt.txtという名前のテキストファイルです)に保存していくことができます。新しくクリップしたテキストはこのテキストファイルの最後尾にクリップした日時、簡単な出典表記、自分でつけたキーワード(なしでもOKです)とともに追記されていきます。こうしてテキストデータベースを構築しておけば、あれはなんだったっけと思いだせないときにも、保存したテキストファイルをgrepソフトなどで検索したら一発で該当テキストをみつけられます。キーワードを保存時に追加しておけばなおさら検索は容易になります。保存には自分で保存用キーを設定することもできます。私はたとえばshift+Cにして保存していますが、キーコンビネーションは環境設定メニューの、キー割当から設定できます。

クリップボードに入ったテキストファイルが保存されますので、TextClipperを常駐させておけば、Microsoft Wordやpdfリーダー(Acrobatなど)、ブラウザで表示したテキストなど任意のソース中のテキストファイルを保存することができます。一つの決まったファイルにクリップするごとに付け足されていきますので、このクリップをどんどんつづけていけば、結構充実したテキストデータベースができます。このクリップツールは以前、吉村さんにお願いして作ってもらったものですが、大変便利です。
これはTextClipperのページにあるクリップツールのなかの、作者のところに木谷さん 野村さんとあるものをダウンロードして解凍してできたファイルclipfile.ctaを、TextClipperフォルダに入れると使えるようになります。私はこんなツールがあったら良いなぁとうお願いをしただけです。プログラムは木谷さんと吉村さんです。

私の去年のランチョンセミナーで、論文の例文集をつくっておいて、それをコンコーダンスソフトで検索して、英文執筆に役立てると言う話をしました。その例文集の作成にもピッタリのソフトですので、お試しください。その際、改行の処理とかが必要になるかもしれませんが、いろいろ工夫してみてください。とても便利なソフトですよ。

(註1:Xoopsはこのブログで使っているWordPressのような、コンテントマネジメントシステムCMSというもので、研究室の内部ホームページで必要な資料を共有する、連絡をするなどに活用していたこともあります。いろんなレンタルサーバーで使えるので活用するのもいいかもしれません。私達は、MicrosoftのOneNoteに変えてしまったので今は使っていません。OneNoteで各人の実験結果を毎日報告してもらい、進捗状況を把握しコメントする、通勤電車の中で各メンバーの進捗状況を確認してコメントする、情報を共有する、などの使い方をしていましたが、これは役立ちました。OneNoteは絶対おすすめのソフトです)

画面、動画、テキストなどデータをクリップするソフトの紹介―その1

今日は私が使っているいくつかのソフトを紹介します。まず画面の静止画像をキャプチャするソフトです。これはWinShotを使っています。昔からあるソフトですが私のwindows10環境、windows7環境で作動しています。(残念ながらwindows10ではヘルプはでません)。起動して範囲を指定してスクリーンキャプチャするには、デフォルトではAlt+PrintScreenを押します。範囲指定の十字が出てきますので、マウスを左クリックしてドラッグして範囲を決定してクリックするとクリップボードに範囲の画面がjpgで保存されます。もちろんビットマップ保存、jpeg保存などを、アクティブウインドウ、デスクトップ、台形範囲指定、などで保存できます。保存先のフォルダの指定ももちろんできます。このソフトは教材のスライドに資料として使いたい画像を挿入するのに使っていました。

一方、論文セミナーのスライド作りでは、論文のpdfを表示させておき、pdf表示ソフトの画像キャプチャ機能’(Adobe Acrobat Professionalならスナップショットツール)を利用して必要な図や表をクリップボードにコピーして、パワーポイントファイルにペーストします。図をコピーするときにはpdfの拡大表示(ズームインの拡大率)機能を活用して、表示倍率を100%ではなく300% 以上くらいにした上で、キャプチャしたい範囲を指定してキャプチャするのがいいです。100%でやると、できた画像はスクリーンに投影すると解像度が悪くてぎざぎざが目立って使い物になりません。パワーポイントで投影したときに図の画質が十分になるためには、pdfの表示倍率を高くしてキャプチャすると覚えておいてください。

話がそれましたが、上で紹介したソフトWinShotには、さらに定期実行キャプチャというのもあって、指定した秒の間隔で、デスクトップやアクティブウインドウ、指定した台形範囲などを定期的にキャプチャして一か所のフォルダにビットマップかjpegで保存してくれるモード(ファイルに自動ナンバリングもできる)もあります。これも重宝しています。定期的にキャプチャした画像をまとめてpdfにしたりするのも簡単にできますから、この機能の応用範囲は広いです。

あと、画面上で再生されている動画やカーソルの動きなどを動画で記録するためのソフトとしては、OBS Studioとかいうソフトが有名なようです。一度ダウンロードして使ってみようと思いますので次回に報告します。また次回にはクリップボードにコピーしたテキストファイルをどんどん集めていくソフトの紹介もしますのでお楽しみに。

写真は散歩コースの途中でみかけた萩の花です。秋も深まってきました。

 

プレプリントサーバーとその活用法の紹介4―最新情報の追加です

このブログではプレプリントサーバーの活用について紹介してきました。いつも多数のアクセスありがとうございます。写真は近所でみかけたくずの花です。秋も深まってきました。

何度もNIHのVideoCastを紹介していますが、数日前に米国のポスドクの現状とポスドクとしての能力、存在感をアピールするのにプレプリントを発表することが薦められるという講演があったので紹介しておきます。Jessica PolkaさんのNIHでの講演で、米国のポスドクの現状、最初のfirst author(筆頭著者)の論文を発表するのに要する期間が、これまでになく長くなっており、論文が少ないので研究費を獲得したり、次の職を得るのに困難を覚えるポスドクが増えているのに対する対策、そして査読する能力をどのように向上させるかなどを扱っている、興味深い講演でした。
講演のスライドはここをクリックするとダウンロードできます。Google documentに保存してあるのでFirefoxではうまくいかないので、Google のブラウザChromeかInternetExplorerでアクセスしてください。青字で閲覧のみとか書いてありますが、スライドはダウンロードできます(開いたページの「ファイル」をクリックして開き、「形式を指定してダウンロード」を選んで、Powerpointやpdfなど好きな形式でダウンロードしてください。講演は高画質でダウンロードできますので、たとえば1240kの高画質でダウンロードして、適当なメディアプレーヤーでみればゆっくり講演を聴講できますのでお試しください。ハイビジョンの高画質のムービーでもみられるメディアプレイヤーとして、私はMPC-BEというフリーソフトを使っています。

JessicaさんはASAPbio(エイサプバイオ)という組織―ASAPbio (Accelerating Science and Publication in biology) is a scientist-driven initiative to promote innovation and transparency in life sciences communication. We are a 501(c)3 nonprofit incorporated in the state of California―に属していてプレプリントの利用を推奨するとともに、ポスドクのキャリアパスについても研究している方です。

講演にもありますが、論文に要求されるデータ量が激増していいます。それで昔は4年の大学院(米国の例)の場合、平均3-4年で筆頭著者の論文first author paperがでたが今では平均4-5年と論文の出版が遅れるようになっているようです。これは論文として出版されるために必要な実験量が昔の倍以上になっていることも原因であり、以下の論文で具体的に実証されています。論文中の実験量は図のパネルの数―つまりFig. 1A, Fig. 1B,. Fig. 1Cなどどある場合のA,B,Cなどの数―を数えてそれにTableの数などを加えて算出してます(註1)。下の論文やこのビデオをみてもらうとデータがありますのでご覧ください。実験量が増えたことで、論文として完成するのに時間がかかり、ポスドクや院生が論文をだすのが遅くなってしまうわけです。これは日本で多い5年プロジェクトなどでも経験しますが、ポスドクや院生や研究者にとって深刻な問題です。それをどうして救うかというのがこの講演の内容です。プレプリントを活用できるというのがこの講演の一つのメッセージです。(註1:私見ですが、さらにグラフの場合、統計処理するためサンプルのサイズN=30とかになることがよくありますので、一つのパネルといってもそこには本当に多数の実験が繰り返されている場合があり、これをカウントするともっと実験量が増えると思います)。

Accelerating scientific publication in biology
Ronald D. Vale

プレプリントのメリットは、いろいろあります。
メリットその1) 去年あたりから、グラントの申請や業績報告書にプレプリントを掲載することができる組織が激増しています。つまり就職活動や研究報告、新しい研究費の申請のときに、業績としてプレプリントが使えるようになっているわけです。
日本の方に関係あるところでは
Human Frontiers Science Program (December 12, 2016)でもプレプリントが利用できます。“The Board of Trustees of the International Human Frontier Science Program Organization (HFSPO) has decided that for competitions starting in calendar year 2017, applicants may list preprint articles in the publication section of HFSP proposals. Current HFSP awardees are also permitted to cite publications which are deposited in freely available preprint repositories in interim and final reports to the Organization.”

といった具合です。Wellcome Trust , MRCやNIH, HMMIなど大手のグラント母体もそういう方針になっています。これもASAPbioのページにリストがあります。

プレプリントについては以下のページ(ここをクリック)がまとまっています。またpreprintについて投稿してみた人の経験がこのリンクに動画と画像で紹介されています。

プレプリントサーバーは以前にも紹介しましたが、最新のプレプリントサーバーのリストがありますのでご覧ください。Research Preprints:ServerListというページです。

ここにリンクがあります。

メリットその2) プレプリントを公開すると学会の講演のように、研究者の存在感を示すことができます。

メリットその3) フィートバックがくるので論文を改善できます。bioRxivの場合は10%ほどにコメントがつくようです。他の人にコメントをみられたくないという人も多くて、そんな人は著者にemailしてきたり、twitterやFacebookなどのSNSでコメントをくれるようです。プレプリントサーバーのコメントは公開前にチェックが入っているので炎上とかなないようです。

メリットその4) 雑誌の編集者はプレプリントをみていますので、プレプリントをみてうちの雑誌に投稿してくださいといってくることinvitationも結構あるそうです。(PLos GeneticsやProc. Royal Society Bなど)

メリットその5) 研究の早い段階でプレプリントをみて連絡してくる共同研究者が見かる例も多いそうです。

メリットその6) いつどんな研究をしたかを、公開のプレプリントサーバーに記録としてのこせる(doiもプレプリントに付与されますし、プレプリントの引用を許している雑誌も増えています)上に、バージョン管理もできる。

メリットその7) 就職や研究費(グラント)申請の時、研究者としての生産性を示すことができる。これは上にも述べました。今までは論文を投稿してからアクセプトされるまでは業績や研究成果に載せられないことが多かったのですが、プレプリントを業績として認める組織が増えているので大きなメリットです。

メリットその7) そしてなによりも発見を加速させることができるのが最大のメリットでしょう。

では不安点はというと:
I’m going to get scooped!というのが最大の不安なのではないでしょうか。しかしこれは簡単にはやれないと思われます。論文の内容をプレプリントでみて、それをもとにもっとよい論文を書くというのですが、これをやるのはほぼ不可能だと思います。アイデアとか実験とかはプレプリントに書かれており、投稿日もバージョンも公開されているので剽窃は困難です。アイデアや方法、結果のクレジットを早々ととって、研究成果を共有するメリットのほうがいまや大きくなってきているようです。物理とかコンピュータサイエンスの分野でのプレプリントの経験から、scoopするのが困難でリスクをともなうことは明らかなことだと思います。その他の考える不安点も講演で議論されていますのでご覧ください。

どの雑誌がプレプリントへの投稿前の掲載を許可しているかは、ここをごらんください。

またプレプリントの雑誌会というのもネット上にいろいろあるのでその紹介やレフリーのコメントなどを公開する動きが加速しているという話も講演にあります。

夏休みおすすめソフト(3)RstudioにR commanderとそのプラグインEZRを入れてみよう―EZRインストールのトラブルシューティング

前回はRとRstudioの紹介をしました。続いてRstudio上からRのプラグインであるR commanderと、RコマンダーのプラグインであるEZRをインストールする方法を紹介しようと、最新版のRを使って紹介記事を書いていたのですが何故かEZRのインストールがうまくいきませんでした。Rcmdr(R コマンダー)をRstudioからインストールしたあと、EZRをRstudioからインストールする時うまくいきませんでした。解決したのでうまくいったRコマンダーとEZRをインストール法を紹介しておきます。

前回紹介した方法でRをインストールし、次にRstudioをインストールします。
次にRstudioを起動してRcmdrをインストールします。やり方は、

Rコマンダーのインストール:
右下のpane(パネルのようなもの)からpackagesタブを選びます。boot, class, clusterなどのsystem libraryのパッケージがすでに存在するのがわかります。アルファベット順にならんでいるのでずっとリストをみていってもR commanderなどのパッケージ(Rcmdrなど)はありません。これをインストールするのが今回の作業です。 右下パネルのInstallタブをクリックします。すると新しいウインドウが開いてpackagesという部分にカーソルが点滅していますので、そこにrcmdrといれてみましょう。ポップアップがでてきてRcmdr以下、RcmdrMiscとかRcmdrPlugin.aRnovaなどがずらーっと一覧ででてきます。下ののほうにRcmrPlugin.EZRもありますね。まずRcmdrを選択します。install depencenciesのチェックがはいっているので、そのままにします。そしてInstallボタンを押します。すると左下のコンソールpaneにいろいろいろ赤字で表示がはじまり、packagesを次々と解凍してインストールしているのがわかります。結構な時間がかかると思いますが終わるまで気長に待ちましょう。赤字でいろいろ経過が表示され、その後、カーソルが点滅してすすまなくなったように見えますが、5分も放置しておくと次にすすむようでパッケージの解凍などに時間がかかるようです。コンソールパネルにThe downloaded binary packages are in どこそこ、というパッケージの保存場所の表示がでたら終わりです。終わると右下のPane{パネル)に前にはなかった様々なパッケージがあるのがわかります。パッケージの表示パネルにRcmdrとRcmdrMiscが表示されているのを確認してください。

次に、library(Rcmdr)とコンソールにうちこんでR commanderを起動。see ?effectsTheme for details.という赤字のメッセージでRstudioのコンソール画面は止まるので、Rstudioのウインドウを最小化して画面をみると、「Rcmdrが利用する次のパッケージがありません」というメッセージのでているポップアップウインドウがあり、「これらのパッケージをインストールしますか?」ときいてくるので、はいをクリック。すると、「ないパッケージをインストールする」という画面がでるので、CRANの指定でOKを押します。

Rstudioにもどって見ていると、つぎつぎと赤字でインストールがすすみます。そしてインストールが成功すると>の印がコンソールにでますので、インストール終了です。

コンソールにlibrary(Rcmdr) とうちこんでエンターを押すと、Rコマンダーのポップアップウインドウが自動で開きます(日本語です)。

EZRのインストール:
上の図のR コマンダーのメニューのツール(ヘルプの左)をクリックして、Rcmdrプラグインのロードをクリックします。(ここが大事なのですが、この段階で、Rstudioの右下のPackageのパネルでRcmdrPlugin.EZRにチェックが入っていないことを確認してください。つまりRにロードされていませんので注意してください。私は最初、Rcmdr, RcmdrPlugin.EZRの順にRstudioの右下パネルでチェックをいれて、Rコマンダーを立ちあげていました。そうするとEZRがこのプラグインのロードに表示されない=RコマンダーからEZRが使えないという不具合が起こります。必ずPackageのパネルでEZR pluginにチェックが入っていないことを確認してください。上の図のようにプラグインにEZRが選択されて表示されているので、OKをクリックします。するとRコマンダーを再起動しないとプラグインを利用できません、再起動しますか?(下図)ときいてくるので「はい」をクリックします。

再起動するとEZRの画面がでます(下図)。Rstudioとは別のウインドウに表示されるので注意してください。

メニューの一番右に「標準メニュー」というのがでていたら成功です。ここに本来のRコマンダーのメニューがあつまっていて、Rコマンダープラスアルファの機能がその他のメニューから使えます。解析結果のグラフなどはRstudioのplotパネルではなく独自のポップアップパネルにでてきます。

Rstudioにもどってみると、右下のパネルのPackageのところのRcmdrPlugin.EZRにチェックが入りました。

EZRを閉じるときには、Rコマンダーのメニューから閉じて、その後、Rstudioを閉じてください。

以上です。

その他のRstudioについての注意:
1)RstudioではLinuxとおなじようにTab補完機能が使えます。たとえばコンソールでlibrary(Rとうちこんでtabキーを押すと、RcmdrとかRcmdrPlugin.EZRとかの候補がポップアップしますので、適当なのを選んでエンターをおせば入力の手間がはぶけます。これは便利な機能です。

2)あとR commanderが起動している状態でRstudioを終了するときの注意。Rstudioでquitコマンドをいれても永遠に終わらないので困ります。これは、R commanderの終了画面でOKをおさないとR コマンダーが終了できないためです。RstudioのquitコマンドではRコマンダーはquitできず、quitting sessionsが永遠に続くのです。

3)インストールしたパッケージは、ドキュメントのフォルダにあります(windows7以上の場合)。まっさらにRをしたいときは、Rをアンインストールした後、このドキュメントフォルダ内の、Rフォルダを削除しないとパッケージは残ります。

4)Rstudioでは4つのpaneが表示されるといろんなところに書いてあります。でも一番左上のソースエディタが表示されていない人が多いのではないでしょうか。これを表示させるには、ToolsからGlobal Options、Pane LayoutとすすみEnvironment, History, connections, presentationsと並んである画面にあるViewerのチェックをいれると表示されるようになります。もう一つよくあるのは、ソースエディタが隠れていて見当たらないケースです。この場合は、sourceと書いてあるのでわかります。その部分をマウスでドラッグして拡げればソースエディタが見えるようになります。

 Firefox ESR版の重要な更新についてのお知らせ―古いアドオンがとうとう使えなくなりました

台風の大きな被害が各地で報道されていましたが、今度は大きな地震にみまわれてしまいました。被災した皆様に心からお見舞い申し上げます。また救出作業や停電やライフラインの復旧など、様々な活動に日夜尽力されておられる皆様に心から感謝いたします。

 

今回は以前からFirefox ESRを使っていた皆さんへのお知らせです。

とうとう本格的にFirefox Quantum最新版への移行が必要になりましたね。Firefox ESRがFirefox Quantumベースの最新版になったため、自動更新にしている方は今までESRで利用していた古いアドオンがほとんど使えなくなっていると思います。また手動で更新したら、せっかくESRにして使い続けていたESRでしか動かなかった古いアドオンが使えなくなってしまいますので気をつけてください。たとえばScrapBookとかです。ScrapBookは便利なアドオンですので、最新のFirefoxに対応してもらいたいものです。要望はあるようですがなかなか開発されないようです。その点、Life Science Dictionaryはすぐに最新版に対応してもらって本当に良かったと思います。 FirefoxChrome版のありかを念のためにリンクしておきます。

以下に前のバージョンのFirefox への戻し方を書いておきます。
ただ古いFirefoxではセキュリティーアップデートが継続されませんので、使い続けることはおすすめできません。それでたとえばScrapBookの場合だったら、データを書きだすなどしてこれ以降は古いバージョンのFirefoxを使わないのがよいでしょう。最新版に自動アップグレードされてしまって、古いアドオンをどうしても使う必要がある(バックアップのためなど)ときの対処法を書いておきます。(私のwindows10ではうまくいきましたがその他のシステムでは試していません)

1)新しいFirefox(60番台のESR版)では今まで使っていた多くのアドオンが使えなくなっています。では記憶させていたログイン情報とかパスワードとかはちゃんと自動アップデートされたFirefoxに記憶されているでしょうか。念のため、ログイン情報やパスワードがちゃんと新しいFirefoxに移行されているかどうかを確認してください。このFirefoxをこれからいじりますので、これらが消えてしまうと大変です。さらに念をいれて、以下のやり方が失敗した時に備えて、私はログイン名とパスワードを表示した画面をデジカメで撮影しておきました(パスワードなどを書きだすアドオンが動いておればそれで書きだしてもいいです)。

では古いFirefoxに戻しましょう。

2)自動更新で新しくなってしまったFirefox Quantum ESR版のFirefoxを起動し、ヘルプメニューにあるトラブルシューティング情報という項目をクリックしてみてください。プロファイルフォルダへのリンクがあるのでクリックしてプロファイルフォルダの場所を開いてください。Firefoxはプロファイル(profile)フォルダというフォルダにログイン情報とかブックマークとか、アドオンの情報などすべてを集めていますので、これさえあればトラブルがおこっても大丈夫、ちゃんと動いていた時のFirefoxに戻すことができます。どこか好きなところにこのプロファイルフォルダを中身ごと全部コピーしてバックアップとしてとっておきます。これがあれば最悪、自動アップグレードした状態へもどれます。

3)古いFirefoxに戻すやり方は簡単です。自動アップグレードされる前の古いバージョンのFirefox 52.9.0 ESRのインストーラー(以下にありかを書いておきます)を使って、インストールします。 デフォルトでインストールすれば、古いバージョンが復活するはずです。必要なアドオンを起動して、使え困りまりますので、ツール、オプション、詳細と選択して、更新をクリックし、更新を自動的にインストールするのチェックを外して自動インストールしないようにしておきましょう。

自動更新される前のFirefoxESR版ですが、昔インストールしたときのインストーラファイルがあればそれを使います。なければ以下のftpサイトからダウンロードできます。Mac版、Windows版、Linux版など昔のものから最新のものまでいろいろそろっていますので、必要なインストーラーをダウンロードして、インストールすると、更新される前のバージョンに戻ります。

ひとつ前のバージョン52.9.0esrここにあります。 ウインドウズ版は win64のディレクトリをクリックして開いたフォルダからダウンロードできます(win32は32ビット版)これは前にインストールしてあったScrapBookが使えますが、停止されておりaddonのインストールメニューから探して再インストールする必要があります。もう少し古いもの52.7.3esrここにあります。これはインストールするとすぐにScrapBookが使えます。

覚えておくといいのはプロファイルフォルダの管理のことです。実は私はFirefox Quantumをめったに使っていませんので、以下はFirefox Quantum以前のFirefoxでしか試していません。Firefox Quantum ではうまくいかないかもしれませんので注意してください。

プロファイルフォルダにはブックマークだのアドオン情報などがすべてあつまっていますので、別の パソコンにFirefoxをインストールしたとき、もとのパソコンの情報をそっくり引き継ぐのは新しくインストールしたFirefoxのプロファイルフォルダの中身を、前のパソコンのプロファイルフォルダの中身にそっくり置き換えれば可能です。私が退官するときに古いパソコンのFirefoxの設定をプロファイルフォルダのコピーで別のパソコンへ移しました。もう少し詳しく書くと以下のとおりです。

新しくFirefoxをインストールしてできたprofileフォルダの場所を上と同様にヘルプメニューのトラブルシューティング情報から探します。探し出したプロファイルフォルダの中身を全部消去します。空にしたプロファイルフォルダをクリックして開き、そこに先ほどコピーしておいた設定を移行したいFirefoxからコピーしておいたプロファイルフォルダの中身を全部選択して丸ごとコピーするといいです。こうすると、昔のFirefoxがよみがえります。

写真は道端に咲いていた月見草です。


					

夏休みおすすめ本 その2 細胞生物学とLinux入門のブルーバックス、そしてゲノム編集

試験が終わって夏休みを満喫している学生さんも多いかと思います。新学期が始まる前によんでみるとよい本をいくつか紹介しておきます。まず

1) ブルーバックスの「細胞の中の分子生物学 最新・生命科学入門」(森 和俊 著)は、私の大学二年生向けの細胞生物学の講義の参考書に紹介していましたが、とてもわかりやすい本で、生物学専攻でない物理や化学専攻の大学1,2年生におすすめの入門書です。もちろん生命科学関係の学生にもおすすめで、私のラボの院生も読んでとても参考になったといっていました。

2) ブルーバックスでもう一冊のお勧めは、「入門者のLinux 素朴な疑問を解消しながら学ぶ」(奈佐原 顕郎 著)です。こちらも生物学演習の学生さんに薦めていましたが、linux入門には最高の本だと思います。なぜlinuxが必要かというところからはじまって、最後は気象衛星ひまわりの画像をダウンロードして画像をつなげてムービーをつくるところまで勉強できます。私も読みながらコマンドを実行しながら読み進んでいくと、ちゃんとムービーをつくることが出来ました。ubuntuのlinuxを使えばコマンドもすべて本のとおり打ち込めば実行できますので是非お読みください。以下の講演会(平成27年度NGSハンズオン講習会)のビデオ、テキストをみれば、biolinuxをvirtualboxでwindowsにインストールして動かし、この本の実習を行えるだけではなく、簡単なバイオ系ソフトをlinuxで動かしてみることもできます(リンクの事前予習資料一覧のpdfから始めてください。インストールの仕方のスライドもリンクにあります。丁寧なスライドですのでだれでもbiolinuxがインストールできます)。biolinuxをインストールするやり方は詳細にこのページのリンクにありますので、そのとおりやれば簡単にできます。ただしハードディスクの空容量は十分確保してからはじめてください。平成27年度の講演会では、シェルスクリプト入門、pythonやperl入門、Rの入門などいろいろな講義が動画とテキスト付で公開されています。私も通勤電車のなかで全部視聴して大変勉強になりました。その後の講習会は段々と上級者向けへ内容がシフトしていますのではじめるなら27年度の講習会からかなと思います。

このブルーバックスをbiolinuxを動かしながら読んでいくときの注意点です。
biolinuxではこの本の285ページのコマンドは作動しません。この本はシエルがbashなのですが、biolinuxはシェルがzshなのが原因です。これはzshがdirectoryの中身を探しにいっていないのでno matchというエラーを返してくるのです。コマンド実行前に、、biolinuxで
setopt nonomatchとうって実行しておくと、285ページのコマンドもbiolinuxで動きます。zshとbashの違いについてはたとえばここに詳しく書かれています。

3) これも分子発生学の講義などで紹介した本ですが、CRISPR-Cas9によるゲノム編集の開発者の一人、さんが書いた本 「CRISPR(クリスパー) 究極の遺伝子編集技術の発見」(ジェニファー・ダウドナおよび サミュエル・スターンバーグ著)もおすすめです。ゲノム編集の開発だけでなく、その正しい応用を目指すスタンスが強調されているとてもわかりやすい本です。組織特異的にゲノム編集をするのはどうしたらよいのかなども紹介されていて、ゲノム編集について考えるための必読文献です。Doudnaさんの講演はいっぱいネットにありますがたとえば去年のこの動画などはいかがでしょうか。バクテリアの獲得免疫システムとして働いているCRISPRの概観と、ウイルスがanti CRISPRタンパク質を使ってそれから逃れるといった最新の話題もとりあげられています(2017年の講演)。英語字幕をYouTubeでオンにしたら聞き取りやすいと思います。

もっと新しい講演は以下のものです。

ことし6月のThe Croonian Medal Prize Lectureでの講演です。英国王立協会の由緒ある賞the Croonian Medal and Lecture 2018の受賞講演です。これもYouTubeで字幕オンでみるとよいでしょう。

 

夏休みおすすめソフト  (2) 星空をながめてみよう―星座早見盤プラネタリウムソフト Stellarium

13日未明のペルセウス座流星群、皆さんはご覧になったでしょうか?星空をながめるときには星座早見盤ソフト(プラネタリウムソフト)があるととても便利です。私が使っているお奨めソフトは無料のソフトStellarium (プラネタリウムソフトの代表格)です。Mac, Windows、Linuxなどで動きます。日本語化されているのでボタンの説明などほとんど日本語でつかえます。プラネタリウムでも使われているソフトということで機能満載です。ここからバージョン0.18.2をダウンロードして起動するとデフォルトの星空の表示場所はTokyoになっています。(これより前のバージョンではデフォルトが フランスのパリでした)(もし起動しないときは註1を参照してください。起動してすぐにプログラムが終了してしまう方は註2をご覧ください)。星空を表示する都市を選ぶことができ、KyotoとかFukuokaとか日本のほとんどの都市がリストにあるので自分のいる場所に近い都市を選んでそれをデフォルトに設定しましょう。(デフォルトに設定を忘れると次回起動時、またパリの空がでてきます。)GPSで自分の観察する場所の緯度と経度を調べて入力する(註3参照)ともっと正確な空の表示になります。カーソルを画面左下へもっていくと縦メニューがでます。画面下へもっていくと横メニューがでます。この二つのメニューにあるボタンでソフトを捜査します。カーソルをメニューのアイコンにあわせると日本語でアイコンの説明がでますので、いろいろさわって遊んでみてください。簡単な使い方を以下に書いておきます。

Steralliumの使い方
起動したらまずF6キーを押すか、画面の左にマウスカーソルを置くと表示される縦のメニューの一番上(現在位置)を押しましょう(下図)。これで使用する場所を設定します。観測場所というメニューが開くので地図の右にあるリストから英語名の地名を選びます(FukuokaとかKyotoとか)。そして現在の場所をデフォルトに設定のチェックをいれて閉じます。正確な現在位置を使いたい場合は、緯度と経度の数値をいれます。高度を入れることもできます。(Geographicaなどを使ってみてください)。

次にさっそく夜空をみてみましょう。F5を押すか、画面左にポップあっぷする縦むきのメニュー(縦向きに項目が並んでいる)の上から二つ目をクリックして、日付とj時刻、ユリウス日というメニューを表示します(下図)。左で西暦と月、日、右のユリウス日で時刻を選びます。数字の上下の矢印を押すと数値が自由に増減できます。これでたとえば2018年8月13日、1時10分とかを選ぶと、その日時の空が表示されます。

次に星座の名前などが表示されるように、マウスカーソルを画面下に移動、表示される横向きのメニュー(横向きに項目が並んでいる)の一番左(星座線)と二番目(星座名)をクリックします。
これで星座の名前と、形がわかるようになります(下図)。

マウスカーソルを動かすと、北や南、北東その他、自分の見たい方向を表示できますし、天頂にむかって表示を変えることも自由自在です。

画面をキャプチャしたいときは、コントロール+Sで指定の保存場所(好きなところを指定できますが、デフォルトはwindowsの場合、ピクチャのSterallium フォルダです。)に保存できます。保存場所は、F2を押すか、縦メニューの上から5番目(設定画面)から指定できます。開くメニューの中からツールを選び、スクリーンショットの保存先から好きなフォルダを指定します。F2で開くメニューから、メインを選べば言語設定(日本語かそれ以外表示にする)が変更できます。その他のメニューについては説明しませんが、いろいろチェックを外したり入れたりしてみてください。カスタマイズがいろいろできることがわかります。

あと、画面をいろいろさわっていると(例えば星をクリックすると)画面左上に詳しい天体や天球面の情報が表示されます。字がいっぱい書いてあって画面がみにくいので消したいときは、マウスを右クリックします。

時間をすすめたり、止めたり、戻したりするのは横メニューの一番右のプログラム終了ボタンの隣にある四つのボタンで行います。再生・停止ボタンのようなボタンで時間を流したり止めたりできますし、その左が時間戻し、右が現在時刻へのジャンプボタン、その右が時間早送りです。早送りボタンを何回もクリックすると再生速度が早くなって目にもとまらぬタイムトラベルになります。日が昇ったり、沈んだり、夜になったり朝になったりがタイムマシーンの映画のようにみられます。
ペルセウス座流星群などを表示するのは横メニューの流星群をクリック、そのボタンの左には太陽系外惑星を表示というボタンもあります。ボタンにマウスカーソルをあてると説明が日本語で表示されるので、いろいろ押してみて試してみてください。

さらに望遠鏡視野とか双眼鏡視野とかに表示を変更することもできます。

註1:私はwindows7をつかっていますが、パソコンのグラフィック・プロセッシングユニット(GPU)がSterallium最新版の要求しているOpenGLのバージョンをサポートしていなかったので起動できませんでした。その場合はこちらから古いバージョンのSteralliumをダウンロードしてインストールするとよいかもしれません。バージョン.stellarium-0.13.1-win64 なら私のパソコンでも問題なく動きました。もっと新しいバージョンで動くのがあるかもしれませんので、このあたりから自分のパソコンにあうバージョンを探してみてください。

註2:8月15日に公開された最新版のSterallium バージョン0.18.2では修正されているようですが、ひとつ前のバージョンSterallium(0.18.1)をこの記事を書くためにwindows10のパソコンにいれてみました。無事インストールできたのですが、起動するとなぜかすぐにプログラムが閉じてしまいます。いろいろ調べて不具合の原因と解決法がわかりました。インストール後にできるconfig.iniというファイル(これはappフォルダの下のroaming folderのsteralliumフォルダの中にあります)の中に、 http://ではじまるインターネットリンクが記載されているのですが、その記述のhttp://sterallium.…の部分をすべて、https://www.sterallium.…と書き替えてconfig.iniを保存してください(テキストエディタでconfig.iniをひらいて書き換えて保存します)。そうすればこの症状は消えます。最近はhttp://をhttps://にするのがセキュリティの観点から推奨されていてその対応がなされていなかったのが原因のようです。

註3:Stellariumで星空を表示したい場所の緯度、経度を調べるには、以前紹介したGeographicaというソフトが便利です。たとえば九大伊都キャンパスを表示してみましょう。
中心の二重線の十字のマーカーの部分(自由に動かせます)での、緯度と経度が画面下に表示されています。これは国土地理院の地図を使っているので海抜とかも表示されています。九大伊都キャンパスは丘の上にあって福岡マラソンでは心臓破りの坂みたいにいわれていますが、海抜は意外に低いですね。

 

夏休みおすすめソフト(1):無料で最強の統計ソフト RやRStudioを使ってみよう!インストール法とパッケージがインストールできないとき。

夏休みのおすすめソフトを紹介します。統計学の重要性は「統計学が最強の学問である」(西内啓 著)という本をきっかけに、ビジネスの世界にも広く認識されたようです。この本で、はじめて一般化線形モデルという言葉がひろく紹介されたと思います。本屋にいってみるとR(アール)という統計ソフトの入門書や専門書がたくさんならんでいて、このソフト(無料で、統計解析では最強のソフトです)が広く使われていることがわかります。MacでもLinuxでもWindowsでも動くソフトで、有料の統計ソフトをしのぐソフトですので、ますますこれからも使われていくと思います。私も学生さんにRとPythonとLinuxを勉強しておくと将来絶対必要になるので早めに学ぶことをすすめていました。生物系では統計学は必須ですし、バイオインフォマティクスや次世代シークエンサーのデータ解析にもRは大活躍しています。今ではRのパッケージのR commanderや日本の神田善伸先生(自治医科大学)が開発されたEZR(これも大評判になってRのパッケージになりました)がありますので、グラフィカルインターフェースでRを使うことができて、初心者にもやさしいソフトとなりました (これらはRをインストールしたあと、パッケージとして追加インストールして使います。EZRはR commanderの追加プラグインになっています。インストールするとどちらも日本語で使えます。EZRを中心に使いたい場合は開発者の神田先生のサイトからダウンロードして使うのもおすすめです)。また、RStudioというRの統合開発環境ソフトを使えば、Rをもっと便利にスムーズに利用することができるようになったので、Rはますます便利で使いやすくなっています。

Rをインストールするのは簡単で、まずCRANというサイトにいって、ダウンロードサイトから自分のコンピュータに応じたRのインストーラーをダウンロードします。Mac版、Linux版もありますし、Windowsの場合はここから、最新版のR 3.5.1をダウンロードして、インストールできます。
Download R 3.5.1 for Windows (62 megabytes, 32/64 bit)という部分をクリックしてダウンロードして、インストールしてください。インストールする場所はデフォルトでよいですが、空きの多いドライブにするのもよいでしょう。インストールが終わったら、とりあえず起動ができることを確認してください。

Rのインストールが無事終わったら、続いて、RStudioをインストールしましょう。ダウンロードページをひらいて、Rstudio Desktop Open Source LicenceのDownloadボタンを選んでダウンロードします。windows版、Mac版、ubuntuやfedra用のlinux版があります。自分のOSにあったものをダウンロードしますインストールは簡単ですぐ終わるので終わったらRstudioを起動してください。RStudioを使ってRを使い始めるのも良いと思います。
Rstudioの使い方については、統合TVのビデオ
あるいはそのYouTube版をみてください。

とてもわかりやすいです。
もっと新しいMac版のRStudioの使い方ビデオもあります。Windows版でもほとんど同じですのでこれも参考になります。

その他、RやRstudioの使い方については、YouTubeで検索するといろいろなサイトがでてきます。後日、いくつかサイトを紹介する予定です。(9月17日追記、RstudioにRコマンダーとEZRをインストールする方法については続きの記事→ここをご覧ください!)

さて、昨日からRでの統計解析をしようとパッケージのダウンロードをRStudioで行おうとしたのですが、うまくいきませんでした。以下はその解決法です。

症状エラーメッセージ(以下を参照)がでて、R やRStudioはちゃんと起動しているが、あらたにパッケージがインストールできない。RstudioからでもR本体(64ビット版でも32ビット版でも)からでも同じことでエラーがでてパッケージのインストールができない。Rのメニューの「パッケージ」から「CRANミラーサイトの設定」を選んでTokyoなどのミラーサイトを選ぶと、コンソールに以下のようなメッセージがでてパッケージがインストールできない。ネットにはつながっているようで、httpsでなくhttpのミラーを選べば、ちゃんとサイトに接続できて、パッケージをインストールできることがわかった。一台のパソコンだけでこの症状がでているので、たぶんネット関係の設定がおかしいのだろうとは思いましたが、原因は不明でした。以下がエラーメッセージです。
> chooseCRANmirror()
警告: failed to download mirrors file ( URL ‘https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv’ を開けません ); using local file ‘C:/PROGRA~1/R/R-3.5.1/doc/CRAN_mirrors.csv’
警告メッセージ:
download.file(url, destfile = f, quiet = TRUE) で:
InternetOpenUrl の失敗: ‘失効サーバーに接続できなかったか、最終応答を取得できませんで(以下略)

解決策を探す:
Google検索を、failed to download mirrors file ( URL ‘https://cran.r-project.org/CRAN_mirrors.csv’ でやってみると、たとえばここのペーに同じようなトラブルに見舞われた人が質問していて、それに対する解決策がでていた。症状もhttpならOKでhttpsではだめだというので同じ。R consoleからネットにつながるのも同じだが、どうやらproxy設定とかが問題らしい。Firefoxの設定をInternet Explorerに反映させれば解決すると書いてあるだけで、あと一歩、親切に書いてない。プロキシは使っていないし、ファイアウオールを切っても症状はかわらないし、もちろん Rをクリーンインストールしてもだめだったし…。ちょっと途方にくてしまいました。

解決策がみつかった:
気分を変えて、今度はエラーメッセージの後半
「InternetOpenUrl の失敗: ‘失効サーバーに接続できなかったか、最終応答を取得できませんで」を使って検索すると12057エラーというのが起こっていることがわかりました。その対策はここの記述によると「Internet Explorerで「ツール」→「インターネットオプション」→[詳細設定] タブ の中にあるセキュリティセクションにある- “サーバーの証明書失効を確認する” と “発行元証明書の取り消しを確認する” のチェックを外します。 Internet Explorer を再起動し、上記変更が反映されているか確認します。」(野村がわかりやすいように一部を追記改変) だそうで、このとおりすると解決しました。

上の二つのチェックボックスうち、最初の“サーバーの証明書失効を確認する” のチェックを外すだけでよさそうで、これでパッケージが無事インストールできるようになりました。また同様のことが起こった時の解決用のメモとして記事にしておきます。

写真は前と同じところで撮影したアメンボです。まだ元気に何匹も泳ぎ回っています。

スマホのGPSは圏外でも使える!山の中で道に迷わないために登山用アプリを利用しよう!

今日は温度は少しあがりましたが湿度が低くてあまり暑くは感じませんでした。快晴で山がとてもきれいに見えて散歩していると鶯の声もきこえて、のどかな一日でした。以前紹介した花の咲いていたリンゴの木に実がなっていました!ホタルも先週から沢山舞っています。

私の住んでいるところは山登りのコースの近くなのですが、ちょっと山のほうにいくと、携帯は残念ながら圏外になって通話できません。でもGPSは圏外でも使えるんですね。これは知りませんでした。昨日、ネットニュースにでていたので早速 携帯を機内モードにして使ってみましたが、Googleマップで現在位置を表示させてすぐ機内モードにすると、地図がキャッシュされている間は、バスで移動中もちゃんと現在位置が正確に表示されていました。ネットにはつながっていないので、しばらくするとネット接続が必要なGoogle Mapは使い物にならなくなりますが、確かに機内モードでもスマホのGPSは動いていました!

登山する人は、登山用アプリの「ジオグラフィカ」をダウンロードして使うといいそうです。これは国土地理院の地図をダウンロードした上でキャッシュしてつかうので、携帯が圏外になっても自分のいる位置がGPSでちゃんと表示されます。iPhone版とAndroid版があります。(GPSのついていないiPadとかではもちろん使えません。)

詳しくはここに開発者の方が紹介しているページもありますので、アプリのページとともにご覧ください。携帯によってGPSの精度が悪いものとよいものがあるそうで本番前にチェックしておくなどの注意が必要ですが、とても便利なアプリのようです。私もこんどの山歩きには試してみようとおもいます。

(2018.10.15 追記) いろいろ使ってみて、これはいいソフトだと思いました。ここに書いたように (2018,8,16の記事)いろんな場所の海抜とかも簡単にわかりますし、ウオーキングの時にはトラックモードにしておくと、歩いたコースが地図上に表示され、さらに上った高さ、下った高さ、歩いた距離、速度、消費カロリーなども表示できます。最近旅行にいったのですが、ケーブルカーに乗っているとき高度が刻々と変化するのをみて遊んでいましたし、山頂での山歩きには必須のソフトでした。無料版で十分役立つソフトですが、あまり良いソフトなので私は購入しました。iphone版で960円でした。

宇宙から見た地球

国際宇宙ステーションからみた地球のライブ映像がインターネットで提供されています。iPhoneとかAndroidとかの携帯のアプリ ISS HD Liveをダウンロードしてインストールすると、写真のようなライブ映像(iPhoneのiOS対応アプリで撮影)がみられます。携帯を90度かたむけると地球の映像がフルスクリーンになります。地図とともにあと何分で夜に入る、あと何分で朝になるなどが表示されますので、この図のような写真をとるのも簡単です。

パソコンで見られるサイトはいろいろありますが、たとえば例えばこことかこことかがあるようです。

宇宙からみた地球はとてもきれいで感慨もひとしおです。是非ごらんください。